genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  208  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69034923--69035188	28	9.5	28	93	0	435	26	13	27	32	1.93
69038294--69038352	21	2.8	20	77	7	64	23	27	35	13	1.92
69040032--69040216	79	2.3	81	80	9	193	25	23	25	25	2.00
69040036--69040216	40	4.6	40	78	10	167	26	22	25	25	2.00
69047370--69047553	79	2.3	81	81	7	207	25	22	27	24	2.00
69047369--69047553	40	4.6	39	81	4	194	24	22	27	24	2.00
69047422--69047586	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
69049978--69050146	46	3.7	44	76	13	146	24	30	19	26	1.98
69063280--69063310	15	2.1	15	100	0	62	32	0	19	48	1.49
69073784--69073835	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
69077307--69077563	47	5.4	47	88	3	347	34	8	30	26	1.87
69077414--69077535	22	5.3	22	63	21	61	35	10	29	24	1.89
69085608--69085669	33	1.9	32	83	3	79	35	20	20	22	1.96
69089444--69089575	48	2.8	48	86	0	183	21	16	28	34	1.95
69094614--69094733	42	2.9	41	80	3	150	28	15	26	30	1.96
69102159--69102183	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
69103012--69103036	10	2.5	10	100	0	50	32	8	8	52	1.60
69103843--69103880	15	2.6	16	84	16	55	23	0	18	57	1.40
69106213--69106341	46	2.8	46	93	0	213	19	20	29	30	1.97
69107763--69107890	56	2.3	56	87	5	179	25	16	27	30	1.97
69112578--69112728	43	3.5	44	76	11	159	29	14	22	33	1.94
69115849--69115956	46	2.3	46	81	9	121	21	26	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69118994--69119092	37	2.7	37	83	6	132	28	17	24	30	1.97
69121762--69121942	40	4.6	40	79	8	183	24	20	27	26	1.99
69121759--69121975	79	2.7	78	75	12	210	26	21	26	25	1.99
69133454--69133818	183	2.0	183	96	0	667	26	15	33	24	1.95
69133990--69134442	245	1.8	245	97	0	852	22	18	30	28	1.97
69134494--69135212	27	27.0	27	80	6	763	27	22	10	39	1.87
69134494--69135214	107	6.8	109	84	5	816	27	22	10	39	1.87
69135344--69135508	6	27.3	6	75	15	144	21	16	12	49	1.78
69135344--69135508	30	5.5	29	86	9	174	21	16	12	49	1.78
69135496--69135529	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
69137502--69138258	27	28.0	27	84	4	938	26	22	10	40	1.86
69138254--69138327	27	2.7	27	85	0	85	31	21	22	24	1.99
69138526--69138608	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
69138696--69138754	22	2.7	22	78	0	64	20	27	22	30	1.98
69138918--69138986	27	2.6	27	86	4	86	20	24	17	37	1.93
69139075--69139133	22	2.7	22	78	0	64	20	27	22	30	1.98
69138539--69139745	379	3.2	379	99	0	2353	20	21	23	34	1.97
69139297--69139365	27	2.6	27	86	4	86	20	24	17	37	1.93
69139454--69139512	22	2.7	22	78	0	64	20	27	22	30	1.98
69139676--69139749	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
69141173--69141269	27	3.6	27	87	1	131	35	16	23	24	1.95
69141468--69141550	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69141861--69141934	27	2.8	26	79	6	76	17	22	22	36	1.95
69142052--69142198	6	24.3	6	71	16	108	21	16	12	49	1.78
69142052--69142165	30	3.8	30	94	3	185	21	16	12	49	1.79
69142186--69142219	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
69144176--69144263	27	3.3	27	67	9	72	34	21	10	34	1.87
69144194--69144764	27	21.1	27	80	5	548	28	21	9	40	1.85
69144769--69144945	27	6.5	28	81	8	188	36	19	18	25	1.94
69144769--69144964	54	3.6	54	83	4	234	35	18	19	26	1.95
69144765--69144945	81	2.2	81	86	0	238	36	18	18	25	1.94
69145163--69145245	27	3.1	26	87	5	112	20	22	21	34	1.96
69145333--69145391	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
69145540--69145625	27	3.3	26	79	7	75	16	22	24	37	1.93
69145555--69145628	27	2.8	27	83	6	80	17	24	22	35	1.95
69145746--69145817	6	11.8	6	78	14	76	20	16	13	48	1.80
69145746--69145817	31	2.4	30	88	2	99	20	16	13	48	1.80
69153816--69153860	7	6.1	7	89	5	54	77	0	6	15	0.96
69154442--69154860	139	3.0	139	97	0	793	42	23	9	24	1.84
69173321--69173492	47	3.7	47	89	6	253	22	20	28	28	1.99
69173767--69173804	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
69181821--69181885	31	2.1	31	88	5	96	30	12	15	41	1.84
69185389--69185452	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
69185667--69185855	23	8.1	23	92	1	306	29	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69185667--69185855	70	2.7	70	94	0	326	29	19	22	28	1.98
69185906--69185971	20	3.3	20	82	0	78	34	21	13	30	1.92
69187215--69187298	27	3.1	27	93	3	134	20	26	22	30	1.98
69187360--69187411	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
69187443--69187605	27	6.0	27	78	8	161	31	9	19	39	1.83
69187450--69187642	54	3.6	53	79	5	181	29	8	21	40	1.82
69187448--69187642	81	2.4	81	87	2	268	29	8	21	40	1.82
69187620--69187779	27	6.0	27	85	0	196	42	10	20	26	1.84
69187619--69187801	54	3.4	54	80	2	190	40	9	21	28	1.84
69187628--69187784	81	2.0	80	88	1	233	42	10	21	26	1.85
69192103--69192151	24	2.0	24	96	0	89	16	6	24	53	1.66
69196192--69196243	25	2.1	25	100	0	104	36	3	23	36	1.73
69198161--69198249	45	1.9	47	82	8	112	23	24	15	35	1.94
69198236--69198283	25	1.9	25	82	0	60	22	22	20	33	1.97
69203169--69203341	46	3.7	45	78	13	174	28	20	28	21	1.98
69204541--69204580	22	1.9	20	85	10	53	15	40	22	22	1.91
69206344--69206575	50	4.7	49	77	12	197	25	15	26	31	1.96
69206344--69206581	101	2.4	99	83	5	266	26	15	26	31	1.96
69223401--69223433	11	3.3	10	91	8	50	9	18	0	72	1.10
69223375--69223421	17	2.9	16	78	12	51	6	12	2	78	1.02
69237293--69237352	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
69237314--69237375	33	1.9	32	83	3	79	35	20	22	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69244758--69244836	27	2.9	27	79	7	79	34	20	24	21	1.97
69244854--69244905	27	2.0	26	84	3	68	36	19	25	19	1.95
69244785--69244924	67	2.1	68	86	2	192	30	22	27	18	1.97
69248958--69249276	47	6.7	47	91	2	487	32	8	30	28	1.87
69248958--69249276	143	2.2	141	92	2	532	32	8	30	28	1.87
69249395--69249473	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
69252815--69252920	40	2.6	41	81	8	128	23	23	27	25	2.00
69252896--69253108	108	2.0	108	100	0	426	29	15	24	31	1.95
69255651--69255737	43	2.0	43	95	0	156	22	27	17	32	1.96
69256530--69256595	20	3.2	20	71	12	62	30	18	33	18	1.94
69256530--69256776	41	6.0	41	83	2	255	34	15	27	21	1.94
69256673--69256733	20	3.0	21	63	4	52	36	13	26	24	1.92
69256541--69256762	123	1.8	123	83	3	295	35	15	27	21	1.94
69256988--69257048	12	5.2	12	80	7	81	31	18	9	40	1.83
69256988--69257050	22	2.8	22	90	4	90	30	19	9	41	1.83
69257412--69257446	17	2.1	17	100	0	70	65	0	11	22	1.24
69263978--69264099	41	3.0	41	79	2	138	34	17	28	19	1.94
69266759--69266812	27	2.0	28	88	3	83	33	14	11	40	1.82
69284864--69284921	27	2.1	28	83	3	73	27	17	15	39	1.90
69320792--69320824	16	2.1	16	100	0	66	45	12	30	12	1.78
69322194--69322307	31	3.7	31	94	2	187	28	27	15	28	1.96
69322527--69322596	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69323369--69323430	27	2.4	28	82	15	71	29	20	22	27	1.99
69323502--69323609	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
69323499--69323668	54	3.1	54	77	7	164	32	10	17	38	1.84
69323551--69323688	27	5.1	27	78	7	120	29	8	21	40	1.83
69323508--69323730	54	4.1	54	78	7	150	30	10	19	39	1.85
69323724--69323917	27	7.2	27	87	2	266	39	7	24	27	1.83
69323724--69323917	81	2.4	81	91	1	300	39	7	24	27	1.83
69325404--69325451	17	2.8	17	84	6	62	75	2	6	16	1.11
69329519--69329689	45	3.7	47	79	9	163	30	18	28	22	1.97
69334407--69334440	16	2.1	16	100	0	68	29	23	5	41	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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