genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  251  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83189250--83189466	46	4.7	46	89	1	292	39	15	23	21	1.92
83189727--83189773	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
83193421--83193472	11	4.7	11	75	15	54	80	0	19	0	0.71
83193421--83193472	16	3.1	16	84	15	70	80	0	19	0	0.71
83193421--83193467	5	8.0	6	84	15	55	80	0	19	0	0.70
83193428--83193470	18	2.4	18	96	0	77	83	0	16	0	0.64
83197330--83197362	17	1.9	17	93	0	57	6	21	21	51	1.69
83200240--83200265	13	2.0	13	100	0	52	30	30	0	38	1.58
83210764--83211025	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
83212103--83212129	14	1.9	14	100	0	54	0	7	3	88	0.61
83216681--83216751	23	3.1	22	86	8	88	45	23	14	16	1.84
83216799--83217024	46	4.9	46	83	0	227	42	22	12	22	1.86
83216844--83217046	23	8.8	23	66	9	92	41	22	14	21	1.89
83216781--83217046	92	2.9	91	77	3	273	41	22	13	22	1.89
83216781--83217043	46	5.7	46	80	3	206	41	22	13	22	1.89
83218352--83218554	87	2.3	88	82	11	258	35	13	27	24	1.92
83218352--83218556	29	7.1	29	75	6	173	35	13	26	23	1.93
83242640--83242705	24	2.6	24	85	7	78	31	24	6	37	1.80
83242370--83242778	27	15.3	27	89	2	574	30	23	6	39	1.80
83242785--83242911	54	2.3	55	82	5	143	43	20	9	26	1.82
83242814--83242899	27	3.2	26	74	12	84	44	20	6	27	1.77
83242876--83242970	27	3.4	27	75	16	95	40	16	9	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83242822--83242974	27	5.6	26	72	14	78	39	17	9	32	1.83
83243036--83243087	27	1.9	27	88	7	79	30	19	25	25	1.98
83243903--83243985	25	3.4	24	85	8	96	30	25	21	22	1.99
83244120--83244211	42	2.2	42	96	0	166	29	11	21	36	1.89
83244235--83244375	31	4.5	31	95	0	255	28	15	26	29	1.96
83244235--83244415	93	2.0	92	82	7	228	30	17	24	27	1.97
83250045--83250437	195	2.0	195	99	0	777	27	20	11	40	1.87
83257379--83257549	49	3.7	45	71	11	130	23	21	27	28	1.99
83257325--83257539	93	2.3	95	80	8	242	25	20	26	26	1.99
83262655--83262695	19	2.2	19	95	0	73	26	21	36	14	1.93
83268891--83269018	44	3.0	41	82	8	141	36	28	14	21	1.92
83270812--83270842	4	7.8	4	100	0	62	25	22	0	51	1.48
83271454--83271489	19	1.9	19	88	5	56	44	5	5	44	1.50
83276788--83276840	13	4.0	12	77	18	52	3	16	1	77	1.01
83280944--83280978	12	2.7	13	86	13	54	68	0	31	0	0.90
83281606--83281661	22	2.5	22	100	0	112	35	10	14	39	1.81
83287660--83287933	46	5.8	49	77	8	246	25	19	31	23	1.98
83291150--83291327	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
83291151--83291306	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
83291147--83291327	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
83299302--83299479	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
83299303--83299458	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83299299--83299479	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
83310899--83311000	37	2.8	37	90	0	159	26	30	17	25	1.97
83311119--83311630	49	10.5	49	94	2	858	30	29	8	32	1.86
83311991--83312070	40	2.0	40	90	0	124	33	20	6	40	1.77
83316647--83316809	51	3.2	51	89	1	238	32	14	23	30	1.94
83318901--83319021	47	2.6	45	81	13	131	28	19	29	23	1.98
83319005--83319032	11	2.5	11	100	0	56	21	10	35	32	1.88
83319052--83319180	49	2.6	49	84	6	154	27	18	30	23	1.98
83321430--83321652	112	2.0	111	84	9	262	57	13	0	27	1.40
83321544--83322006	103	4.6	101	88	4	605	57	14	0	27	1.42
83321579--83322006	100	4.3	99	88	5	578	57	14	0	27	1.42
83321546--83322006	198	2.3	200	85	5	608	57	14	0	27	1.42
83322091--83322148	4	15.5	4	89	10	56	0	27	0	72	0.85
83322098--83322170	32	2.3	32	80	15	89	1	34	0	64	1.02
83334222--83334395	46	3.8	46	79	11	187	22	29	18	29	1.98
83336017--83336143	65	2.0	64	92	1	209	33	24	7	34	1.83
83341857--83341948	47	2.0	47	84	4	123	25	26	18	30	1.98
83341954--83342125	46	3.7	44	77	11	141	23	27	19	29	1.98
83342003--83342127	47	2.7	44	83	11	153	21	29	19	29	1.97
83359188--83359365	27	6.6	27	84	5	180	29	28	15	26	1.96
83359209--83359364	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
83367205--83367428	79	2.8	78	82	8	274	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83367205--83367428	40	5.7	39	84	8	267	25	27	22	24	2.00
83370336--83370450	56	2.2	53	86	9	155	27	19	28	24	1.98
83380600--83380631	9	3.6	9	91	0	55	34	0	25	40	1.56
83381156--83381187	16	2.0	16	93	0	55	50	0	9	40	1.35
83383978--83384023	21	2.2	21	88	0	65	28	28	30	13	1.94
83390616--83390986	50	7.4	50	85	5	455	21	29	22	26	1.99
83390655--83390986	151	2.2	151	89	1	495	21	31	22	25	1.98
83390655--83390986	101	3.3	101	94	1	551	21	31	22	25	1.98
83392672--83392896	40	5.6	40	84	2	281	23	26	24	25	2.00
83392636--83392896	80	3.3	79	82	4	285	23	26	24	26	2.00
83399057--83399093	18	2.1	18	100	0	74	32	27	5	35	1.79
83400396--83400429	16	2.1	16	88	5	50	58	0	2	38	1.13
83401562--83401663	52	2.0	52	88	0	150	34	24	9	31	1.88
83405524--83405556	16	2.1	16	94	0	57	21	30	24	24	1.99
83405715--83405795	25	3.2	24	79	8	81	17	27	19	35	1.94
83405724--83405802	26	3.1	26	87	7	108	17	25	20	36	1.94
83405885--83406006	65	1.9	65	92	0	208	16	21	16	45	1.85
83406735--83406792	4	14.5	4	96	0	107	24	0	25	50	1.50
83408719--83408793	34	2.2	34	85	4	98	22	1	29	46	1.60
83410593--83410702	53	2.1	53	84	0	139	26	10	29	34	1.89
83411983--83412055	25	2.9	26	80	11	64	30	20	17	31	1.96
83420039--83420216	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83420039--83420216	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
83421422--83421453	1	32.0	1	100	0	64	0	0	0	100	0.00
83422968--83423095	25	5.2	25	73	14	104	25	21	22	30	1.99
83422953--83423099	49	3.0	49	83	3	170	25	20	23	30	1.98
83427874--83428049	78	2.3	75	82	5	199	37	4	16	41	1.69
83427874--83428049	76	2.3	77	82	5	212	37	4	16	41	1.69
83428394--83428635	33	7.4	32	74	15	212	28	8	19	43	1.80
83428394--83428620	64	3.5	64	90	3	337	28	8	18	43	1.80
83428409--83428631	31	6.9	31	75	15	195	28	8	19	43	1.81
83434000--83434092	20	5.2	18	70	23	54	59	3	2	35	1.26
83434000--83434038	18	2.1	19	85	4	53	51	7	2	38	1.44
83434034--83434062	8	3.8	8	90	9	51	75	0	0	24	0.80
83434034--83434063	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84
83434017--83434092	36	2.1	36	82	2	91	63	1	2	32	1.17
83436903--83436927	4	6.2	4	100	0	50	48	28	0	24	1.52
83439829--83439873	22	2.0	22	100	0	90	31	22	17	28	1.97
83440147--83440186	18	2.2	18	90	0	62	20	30	10	40	1.85
83440615--83440731	25	4.9	25	72	16	113	43	0	12	43	1.42
83440605--83440775	69	2.5	69	96	0	315	40	0	12	47	1.41
83440778--83440814	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
83440966--83441032	32	2.1	32	94	0	116	53	23	0	22	1.46
83440845--83442173	23	57.8	23	92	4	2109	47	23	0	28	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83441844--83442237	44	9.0	43	78	11	217	45	28	0	26	1.58
83442242--83442482	115	2.1	116	87	4	344	37	11	7	43	1.70
83448896--83448935	21	1.9	21	94	0	71	25	0	5	70	1.08
83455676--83455719	22	2.0	23	86	4	63	36	4	9	50	1.55
83466800--83466836	18	2.1	18	100	0	74	51	10	0	37	1.37
83467039--83467101	24	2.8	22	74	11	56	34	1	6	57	1.34
83467426--83467517	43	2.1	43	95	0	166	29	18	2	50	1.59
83482047--83482098	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
83482092--83482130	18	2.2	18	90	0	60	12	20	2	64	1.40
83487501--83487762	54	4.8	53	76	4	238	25	20	15	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276