genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14909131--14909162	13	2.5	13	100	0	64	37	46	15	0	1.46
14916984--14917118	49	2.7	50	76	1	137	35	22	17	25	1.95
14928978--14929024	23	2.0	24	83	8	60	42	4	2	51	1.33
14935404--14935439	18	2.0	18	100	0	72	55	5	22	16	1.62
14941008--14941054	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
14942759--14942806	26	1.9	24	83	8	60	41	16	4	37	1.68
14943870--14943922	26	2.0	26	85	7	72	43	5	0	50	1.25
14948582--14948607	12	2.2	12	100	0	52	34	7	34	23	1.83
14955801--14955836	18	2.0	18	94	0	63	36	11	19	33	1.87
14958485--14958540	28	2.0	28	100	0	112	39	21	0	39	1.54
14959612--14959669	29	1.9	30	86	13	84	36	3	8	51	1.49
14961895--14961942	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
14961891--14961946	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
14961891--14961942	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
14962058--14962114	19	2.8	20	73	7	62	56	5	7	31	1.49
14962146--14962207	30	2.1	29	84	3	79	56	3	4	35	1.37
14962176--14962309	25	5.6	25	70	15	95	56	2	4	35	1.35
14962099--14962244	25	5.6	27	73	11	108	53	4	7	34	1.50
14962796--14962970	30	5.8	30	94	0	305	21	3	49	25	1.65
14963718--14963767	14	3.6	14	86	7	75	64	6	14	16	1.48
14963735--14964241	162	3.0	164	82	11	628	36	19	17	26	1.94
14963900--14963927	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14963909--14964077	73	2.3	74	85	2	232	36	19	17	26	1.94
14964057--14964106	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
14964086--14964327	78	3.2	75	86	5	316	37	19	16	26	1.93
14964086--14964470	71	5.1	71	78	15	303	35	19	16	28	1.94
14964208--14964560	155	2.2	156	84	8	450	34	18	16	30	1.93
14964585--14964885	77	4.0	77	85	6	377	32	21	16	29	1.96
14964585--14964885	150	2.0	152	87	4	439	32	21	16	29	1.96
14964886--14964920	14	2.5	14	95	0	61	60	5	17	17	1.55
14964814--14965147	87	3.8	87	88	4	429	35	22	16	25	1.95
14965172--14965366	72	2.7	72	84	4	250	36	23	14	25	1.93
14982320--14982404	40	2.1	40	89	4	127	55	3	3	37	1.34
14986832--14986918	43	2.0	43	100	0	174	18	13	25	42	1.87
14990347--14990380	7	4.7	7	96	3	59	73	0	0	26	0.83
14990530--14990585	17	3.2	17	80	12	53	69	3	5	21	1.24
14993048--14993081	14	2.4	14	85	5	50	50	2	0	47	1.16
14994651--14994679	14	2.0	15	93	6	51	20	0	0	79	0.74
14997584--14997622	19	2.1	19	95	0	69	38	10	17	33	1.84
15006542--15006590	23	2.2	22	85	10	64	38	6	2	53	1.38
15007181--15007214	7	4.9	7	85	0	50	67	2	26	2	1.19
15012254--15012370	58	2.0	58	100	0	234	22	18	15	43	1.87
15025856--15025913	25	2.3	25	82	8	64	41	1	3	53	1.28
15026348--15026446	49	1.9	52	86	8	141	32	8	7	52	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15026840--15026868	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
15030380--15031519	228	5.0	228	88	0	1384	21	25	23	28	1.99
15040636--15040695	30	2.0	30	96	0	111	41	5	13	40	1.66
15041047--15041084	19	2.0	19	85	10	51	76	0	7	15	1.01
15043764--15043868	21	5.0	21	72	13	90	23	18	15	42	1.88
15043766--15043928	42	3.9	42	74	10	138	20	18	16	44	1.86
15043746--15043899	84	1.8	83	84	4	211	21	16	16	44	1.86
15045362--15045393	7	4.6	7	100	0	64	87	0	12	0	0.54
15046654--15046688	17	2.1	17	88	0	52	45	0	2	51	1.16
15046897--15046930	16	2.1	16	89	10	52	58	0	0	41	0.98
15052264--15052308	18	2.5	18	92	0	72	75	2	15	6	1.11
15054553--15054658	33	3.2	32	80	10	108	33	23	11	32	1.90
15054640--15054955	158	2.0	158	100	0	632	29	24	13	32	1.93
15060222--15060465	49	4.9	50	80	4	280	26	18	26	29	1.98
15065432--15065821	150	2.6	150	94	0	674	25	17	27	30	1.97
15065432--15065827	49	7.9	50	77	5	383	25	17	27	29	1.97
15069132--15069225	31	2.9	32	79	7	102	38	21	9	30	1.85
15074154--15074212	22	2.7	22	81	5	75	49	27	0	23	1.51
15078873--15078926	29	2.0	28	86	13	78	40	0	1	57	1.09
15079990--15080048	27	2.3	25	79	5	64	55	3	10	30	1.49
15081053--15081111	27	2.3	25	79	5	64	55	3	10	30	1.49
15084170--15084223	23	2.4	23	81	3	65	33	1	0	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15084823--15084865	19	2.3	19	84	4	52	53	9	4	32	1.53
15085333--15085401	30	2.3	31	85	7	88	44	2	1	50	1.25
15089097--15089690	89	6.6	90	89	0	863	25	7	14	52	1.68
15089097--15089690	179	3.3	178	89	1	893	25	7	14	52	1.68
15089097--15089690	268	2.2	268	90	0	929	25	7	14	52	1.68
15092905--15092972	24	2.8	24	86	6	75	23	17	23	35	1.95
15092916--15092973	24	2.4	25	88	5	91	20	17	25	36	1.94
15092932--15092985	24	2.2	24	83	6	65	22	20	25	31	1.98
15099594--15099657	23	2.8	23	82	0	92	37	18	23	20	1.94
15101766--15101974	105	2.0	105	90	1	330	37	19	15	28	1.92
15116873--15116976	21	5.0	21	75	1	84	48	16	18	17	1.82
15116832--15116956	42	3.0	42	80	0	133	50	18	16	15	1.78
15116860--15116976	42	2.8	41	80	5	135	48	17	17	16	1.81
15117310--15117392	42	2.0	42	90	0	130	22	16	15	44	1.86
15120286--15120365	30	2.7	30	84	7	108	55	15	18	11	1.69
15120286--15120356	15	4.7	15	77	6	81	56	12	19	11	1.66
15120288--15120365	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
15126805--15126981	50	3.6	48	82	6	196	26	30	17	25	1.97
15126913--15127071	46	3.5	44	82	10	160	25	31	16	26	1.97
15142827--15142910	42	2.0	42	97	0	159	22	19	10	47	1.80
15146797--15146991	102	1.9	102	93	0	336	24	12	29	32	1.93
15150010--15150090	25	3.2	25	75	8	83	29	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15150013--15150108	50	1.9	50	84	0	129	29	18	23	28	1.98
15152016--15152127	42	2.7	42	80	2	127	41	19	23	15	1.89
15160902--15160938	17	2.1	18	90	5	58	59	10	0	29	1.31
15160902--15160949	17	2.8	17	84	6	53	58	8	2	31	1.39
15164409--15164447	2	19.5	2	94	0	69	0	46	0	53	1.00
15167442--15167481	13	3.0	13	85	7	53	55	0	0	45	0.99
15176988--15177016	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
15181435--15181475	20	2.0	20	100	0	82	24	31	9	34	1.88
15184553--15184648	30	3.2	30	84	0	138	20	17	45	15	1.85
15206614--15206673	16	3.7	16	71	4	57	23	31	1	43	1.64
15217780--15217862	41	2.0	41	97	0	157	31	3	9	55	1.49
15218978--15219051	29	2.5	29	80	4	76	52	5	5	36	1.47
15227090--15227135	20	2.3	20	84	0	65	30	34	0	34	1.58
15228291--15228324	7	4.9	7	100	0	68	26	0	14	58	1.36
15228941--15228983	18	2.4	18	96	0	77	13	27	11	46	1.78
15229368--15229634	116	2.3	116	94	1	464	40	4	7	47	1.53
15229417--15229598	54	3.2	54	68	22	156	42	3	7	46	1.47
15231606--15231673	35	1.9	35	96	0	127	36	22	5	35	1.78
15232685--15233231	126	4.3	126	90	1	792	27	21	17	33	1.96
15233307--15233335	15	1.9	15	100	0	58	44	34	0	20	1.52
15233276--15233825	104	5.4	104	67	16	319	40	18	2	38	1.65
15233512--15233553	16	2.6	17	85	11	61	54	26	0	19	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15233615--15233643	15	1.9	15	100	0	58	44	34	0	20	1.52
15233814--15233855	16	2.6	17	85	11	61	54	26	0	19	1.44
15233286--15233899	308	2.0	305	96	2	1146	41	18	3	36	1.67
15234184--15234213	16	1.9	15	93	6	51	70	0	0	30	0.88
15234673--15234714	14	3.1	13	83	10	57	78	19	2	0	0.86
15237190--15237282	49	1.9	48	93	2	159	24	24	7	43	1.80
15238567--15238652	43	2.0	43	93	0	145	22	24	3	50	1.65
15242335--15242433	52	1.9	52	89	0	153	25	19	25	30	1.98
15246471--15246514	22	2.0	22	81	0	52	56	6	2	34	1.38
15246548--15246718	9	18.1	9	67	18	73	64	1	1	32	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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