genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  228  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75849914--75850086	46	3.7	46	78	10	199	21	20	27	30	1.98
75849911--75850081	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
75854467--75854505	11	3.5	11	85	3	51	53	0	2	43	1.14
75855677--75855716	20	2.0	20	85	5	53	40	0	15	45	1.46
75864655--75864761	29	3.7	29	82	6	128	27	29	15	27	1.96
75864652--75864761	58	1.9	58	86	1	159	27	30	15	26	1.96
75866125--75866157	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
75872292--75872405	29	4.0	28	73	9	79	28	29	14	26	1.95
75872615--75872658	16	2.8	16	89	0	61	13	25	13	47	1.79
75873647--75873687	20	2.0	20	100	0	82	36	9	0	53	1.34
75873787--75873828	16	2.6	16	96	3	75	14	4	28	52	1.62
75880942--75880986	23	2.0	23	90	0	72	42	8	20	28	1.82
75891434--75891491	27	2.1	28	96	3	109	18	29	0	51	1.47
75891945--75891992	19	2.6	17	78	18	51	47	4	2	45	1.33
75892416--75892501	43	2.0	43	84	8	113	29	30	17	23	1.97
75896665--75896834	40	4.3	40	93	0	252	26	27	20	25	1.99
75896665--75896887	40	5.6	39	87	3	250	26	27	21	25	1.99
75896665--75896887	120	1.9	119	82	4	279	26	27	21	25	1.99
75896819--75896896	40	1.9	41	82	10	97	25	28	21	24	1.99
75908556--75908700	6	23.8	6	74	15	129	47	13	17	20	1.82
75908609--75908700	37	2.5	37	98	0	175	46	15	19	18	1.84
75909056--75909114	22	2.7	22	81	0	64	30	22	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75909202--75909284	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
75909483--75909678	27	7.3	27	81	2	214	26	18	17	36	1.94
75909485--75909678	81	2.4	81	84	1	237	26	19	17	37	1.93
75909683--75910254	27	21.2	27	82	4	643	41	8	22	28	1.82
75913107--75913195	28	3.1	28	67	20	85	46	6	26	20	1.75
75913085--75913199	57	2.0	57	98	0	221	43	6	28	20	1.78
75919255--75919323	33	2.1	33	97	0	129	42	2	10	44	1.53
75919602--75919868	47	5.7	47	72	17	207	29	19	28	21	1.98
75919599--75919871	91	2.9	92	81	8	291	29	19	28	22	1.98
75920830--75920885	29	2.0	27	86	10	76	19	19	41	19	1.91
75921005--75921043	21	1.9	20	84	5	51	12	33	28	25	1.93
75922132--75922172	20	2.1	19	86	9	55	41	4	7	46	1.53
75925606--75925755	75	2.0	75	100	0	300	40	9	20	30	1.84
75931726--75931836	36	3.1	34	86	10	134	18	14	27	38	1.90
75937165--75937205	22	1.9	22	85	5	57	73	7	14	4	1.22
75938519--75938557	19	2.1	19	100	0	78	25	15	10	48	1.76
75946914--75947174	36	7.4	36	69	11	153	24	21	21	32	1.98
75946914--75947138	35	6.4	35	70	12	156	24	20	20	34	1.97
75946914--75947160	71	3.5	71	90	0	370	24	21	21	32	1.98
75949050--75949075	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
75949651--75949688	19	2.0	19	94	0	67	18	10	34	36	1.85
75949825--75949985	40	4.0	40	84	3	173	36	18	26	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75951892--75951916	12	2.1	12	100	0	50	16	32	28	24	1.96
75952677--75952789	40	2.8	40	89	0	163	35	15	27	21	1.94
75959026--75959357	48	6.9	48	86	4	402	25	29	18	25	1.98
75959026--75959357	146	2.3	144	85	4	452	25	29	18	25	1.98
75979963--75980030	31	2.2	30	87	10	102	26	22	27	23	1.99
75979973--75980034	31	2.0	31	100	0	124	25	22	29	22	1.99
75981488--75981590	47	2.2	48	89	1	154	24	30	19	26	1.98
75981606--75981757	48	3.2	48	83	3	207	30	26	12	30	1.93
75981533--75981757	96	2.5	88	80	13	219	28	28	13	29	1.94
75985653--75985804	28	5.4	28	90	1	198	32	28	12	26	1.93
75989189--75989241	27	2.0	26	85	7	72	16	39	20	22	1.92
75989201--75989256	27	2.0	28	82	3	69	16	37	19	26	1.92
75990352--75990390	20	2.0	19	85	5	51	61	17	0	20	1.34
75991636--75991682	24	2.0	24	86	0	67	31	17	6	44	1.73
75991804--75991850	23	2.1	22	88	4	67	48	8	14	27	1.73
75991846--75991901	14	4.2	14	74	21	57	42	0	1	55	1.10
75991847--75991910	19	3.3	19	72	12	67	42	0	4	53	1.22
75991846--75991900	24	2.3	24	81	6	67	43	0	1	54	1.10
75991846--75991921	39	1.9	39	97	0	143	42	0	3	53	1.19
75991853--75991901	25	2.0	25	84	8	64	44	0	2	53	1.12
75992022--75992196	9	19.7	9	81	5	187	44	21	2	31	1.65
75992040--75992196	36	4.4	36	87	4	212	44	20	1	33	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75997258--75997286	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
75997700--75997751	27	1.9	27	92	0	86	28	21	48	1	1.61
75998016--75998074	31	1.9	31	92	0	100	15	8	22	54	1.68
75998580--75998619	21	1.9	21	89	0	62	27	17	30	25	1.97
76001727--76001751	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
76002996--76003025	12	2.4	13	94	5	53	63	0	36	0	0.95
76007624--76007656	9	3.8	9	96	4	59	33	0	21	45	1.52
76008434--76008490	27	2.2	25	84	6	69	42	5	19	33	1.74
76024859--76025017	79	2.0	79	85	4	214	32	13	9	44	1.76
76036056--76036085	15	1.9	16	93	6	53	53	3	0	43	1.17
76037483--76037537	27	2.0	27	86	6	76	52	1	1	43	1.22
76046441--76046482	16	2.7	16	74	3	50	40	0	2	57	1.12
76055214--76055257	22	2.0	21	82	4	52	72	4	6	15	1.22
76055243--76055281	17	2.3	17	86	0	60	74	0	7	17	1.05
76057178--76057469	151	1.9	151	97	0	548	40	18	17	23	1.91
76062182--76062335	69	2.2	69	89	0	236	44	15	3	36	1.63
76062217--76062326	37	3.1	37	67	21	99	46	17	2	33	1.62
76065785--76065925	43	3.3	43	81	6	126	27	18	26	27	1.98
76065853--76065947	43	2.2	43	83	3	111	22	23	26	28	1.99
76065997--76066062	31	2.1	31	94	0	114	54	22	7	15	1.66
76066293--76066340	21	2.3	21	85	0	69	2	52	16	29	1.56
76071951--76071975	6	4.2	6	100	0	50	16	0	36	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76072026--76072663	106	6.0	106	96	1	1098	56	5	6	31	1.46
76075787--76075839	21	2.6	21	90	3	81	41	33	0	24	1.55
76075766--76075820	28	2.0	28	85	7	76	40	30	0	29	1.57
76075806--76075874	28	2.5	28	81	9	79	46	36	1	15	1.56
76076032--76076127	7	13.4	7	73	12	54	39	39	1	19	1.59
76076033--76076080	22	2.2	22	88	0	69	41	35	2	20	1.64
76076032--76076116	29	2.9	28	75	13	82	40	38	1	20	1.60
76076031--76076169	35	3.9	35	75	13	115	42	36	1	19	1.60
76076046--76076087	22	1.9	22	85	0	57	40	40	0	19	1.51
76079481--76079523	20	2.2	20	87	8	61	32	0	0	67	0.91
76079491--76079531	20	2.0	21	85	4	57	34	0	4	60	1.18
76082088--76082187	40	2.5	40	85	3	130	55	1	3	41	1.22
76082354--76082865	276	1.9	274	98	0	988	34	14	13	38	1.84
76092392--76092463	29	2.5	28	86	11	101	27	15	29	27	1.96
76092422--76092749	174	1.9	174	95	0	593	30	14	24	30	1.95
76099918--76100101	43	4.3	43	86	3	199	28	27	18	25	1.98
76100173--76100206	16	2.1	16	88	0	50	61	2	0	35	1.11
76100440--76100469	15	2.0	15	93	0	51	16	33	0	50	1.46
76101634--76101663	14	2.1	14	100	0	60	33	0	43	23	1.54
76104778--76104878	47	2.2	46	90	3	157	43	0	7	48	1.32
76105375--76105412	14	2.7	15	84	12	53	44	28	0	26	1.54
76105693--76105736	17	2.7	17	89	6	65	43	27	0	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76105204--76105794	323	1.8	312	81	9	717	40	28	2	28	1.70
76106090--76106248	73	2.2	73	89	0	237	28	24	21	25	1.99
76106148--76106701	113	4.9	113	93	1	910	26	26	20	26	1.99
76106148--76106701	227	2.4	228	92	1	914	26	26	20	26	1.99
76109603--76109673	33	2.2	33	84	5	90	21	22	15	40	1.90
76114253--76114350	45	2.2	45	96	1	180	45	24	14	15	1.83
76114445--76114611	41	4.1	41	91	2	264	35	22	22	19	1.96
76115225--76115273	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
76120779--76120831	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
76123989--76124130	43	3.3	43	83	4	164	23	14	28	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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