genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26028450--26028494	21	2.1	21	100	0	90	68	11	6	13	1.37
26028453--26028492	12	3.2	12	86	6	53	75	7	2	15	1.14
26028546--26028602	29	1.9	30	82	3	71	73	0	8	17	1.07
26028652--26028736	3	28.0	3	75	2	80	60	3	5	30	1.38
26030790--26030957	51	3.3	51	91	0	273	27	22	14	35	1.94
26032256--26032286	11	2.8	11	95	0	53	54	9	9	25	1.63
26033936--26033967	3	10.7	3	100	0	64	0	34	31	34	1.58
26038729--26038888	51	3.2	50	91	1	248	29	23	15	32	1.95
26043864--26044020	53	3.0	54	87	2	221	31	28	15	24	1.95
26043867--26044037	52	3.3	53	86	2	222	30	29	15	23	1.96
26044666--26044734	34	2.0	34	100	0	138	39	20	14	26	1.91
26045254--26045287	18	1.9	18	88	5	52	32	11	0	55	1.36
26048456--26048524	16	4.2	16	92	3	120	26	1	36	36	1.66
26048456--26048524	33	2.1	32	94	2	120	26	1	36	36	1.66
26048505--26048595	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
26048760--26048794	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26048743--26049005	120	2.2	120	98	0	508	48	5	2	44	1.38
26049333--26049392	18	3.4	18	64	13	52	40	10	6	43	1.64
26053335--26053411	39	2.0	39	97	0	145	31	10	9	49	1.68
26057532--26057570	17	2.2	18	86	4	53	66	5	2	25	1.25
26060573--26060631	10	5.9	10	84	7	84	67	1	10	20	1.28
26064444--26064486	22	1.9	22	85	4	59	55	9	2	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26066344--26066401	31	1.9	30	85	3	80	31	8	15	44	1.76
26067029--26067087	30	2.0	30	89	0	91	59	11	1	27	1.42
26069899--26069929	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
26070436--26070477	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
26071985--26072011	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
26073329--26073367	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
26073607--26073741	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
26073864--26073904	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
26079335--26079498	42	3.7	42	85	8	195	28	27	14	29	1.95
26079370--26079687	94	3.4	94	83	10	275	29	25	15	29	1.96
26079420--26079686	47	5.7	46	80	9	261	28	25	16	29	1.96
26079423--26079705	94	3.0	93	87	4	356	28	25	15	30	1.96
26089865--26089897	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
26113172--26113284	45	2.5	46	95	1	210	16	24	15	42	1.88
26113293--26113335	15	2.9	14	80	10	50	46	41	0	11	1.40
26115778--26115833	21	2.7	20	78	13	60	12	8	5	73	1.24
26117736--26117799	30	2.2	29	83	8	76	32	4	0	62	1.16
26126337--26126425	39	2.3	39	96	0	160	39	22	23	14	1.91
26126343--26126407	21	3.2	21	72	12	64	41	20	24	13	1.88
26128910--26128956	20	2.3	20	85	7	60	57	6	0	36	1.24
26128888--26128956	18	3.6	20	77	12	65	57	4	1	36	1.27
26132087--26132130	17	2.7	15	86	10	52	75	0	15	9	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26134124--26134399	46	6.0	46	84	5	342	41	13	22	22	1.89
26134127--26134399	90	3.0	91	87	3	359	41	13	23	21	1.89
26138088--26138157	35	2.0	35	97	0	131	20	32	11	35	1.88
26138800--26138884	29	3.2	29	61	35	73	17	22	20	40	1.92
26138789--26138888	50	2.0	50	100	0	200	18	22	20	40	1.92
26146766--26147024	46	5.6	46	92	0	358	42	14	22	20	1.88
26149210--26149610	44	9.1	44	73	10	309	28	15	27	28	1.96
26149147--26149434	131	2.2	132	91	1	474	29	14	26	29	1.95
26149210--26149610	89	4.6	88	72	12	295	28	15	27	28	1.96
26151152--26151215	30	2.2	29	83	8	76	32	4	0	62	1.16
26151206--26151296	20	4.5	20	64	26	57	31	1	4	62	1.22
26151217--26151313	30	3.2	30	65	23	85	34	2	6	57	1.35
26151206--26151327	61	2.0	61	98	0	235	33	1	4	59	1.28
26151204--26151293	16	5.8	16	66	18	55	32	1	4	62	1.22
26154348--26154403	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
26160636--26160743	26	4.2	26	96	0	198	31	6	25	36	1.82
26171958--26172197	51	4.9	49	88	8	348	37	15	24	22	1.93
26171958--26172241	46	6.0	46	86	6	354	38	15	23	22	1.92
26171958--26172197	97	2.5	97	93	1	392	37	15	24	22	1.93
26175321--26175391	35	2.0	35	94	0	124	39	19	26	14	1.90
26177937--26177962	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
26179557--26179598	20	2.0	21	86	4	59	33	0	9	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26179648--26179687	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
26179760--26179810	24	2.1	25	88	3	77	33	0	9	56	1.32
26192013--26192747	87	9.2	75	82	9	477	27	16	21	34	1.94
26192013--26192488	75	6.2	74	79	9	476	27	15	21	34	1.94
26192471--26192505	14	2.5	14	90	0	52	17	11	8	62	1.52
26192412--26192890	87	5.4	87	89	4	628	27	16	20	34	1.95
26206399--26206423	13	1.9	13	100	0	50	12	24	32	32	1.91
26206744--26206812	35	2.0	35	86	11	97	44	0	4	50	1.21
26206894--26206928	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26207162--26207200	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
26207175--26207231	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
26208099--26208123	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
26209927--26209967	21	1.9	21	85	14	57	58	0	14	26	1.37
26210016--26210063	19	2.5	19	83	9	62	35	0	2	62	1.07
26213492--26213536	4	11.2	4	95	0	54	24	8	24	42	1.83
26213492--26213535	12	3.7	12	84	0	61	25	9	25	40	1.84
26216590--26216635	23	2.1	21	84	8	56	34	0	2	63	1.07
26220712--26220797	42	2.0	42	91	4	138	22	33	10	33	1.88
26222069--26222126	30	1.9	31	82	10	75	25	8	12	53	1.66
26222325--26222357	15	2.2	16	89	10	52	60	3	15	21	1.48
26249900--26249947	25	1.9	25	87	8	71	62	0	31	6	1.20
26254693--26254729	19	1.9	19	94	0	65	13	16	18	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26257229--26257267	20	2.0	20	100	0	78	12	30	15	41	1.85
26257231--26257287	20	2.8	21	86	5	73	15	31	14	38	1.87
26259111--26259180	31	2.3	30	80	11	79	55	2	1	40	1.23
26261059--26261192	71	1.9	72	92	1	225	43	14	6	35	1.71
26263566--26263630	30	2.2	30	82	0	76	53	9	12	24	1.67
26266323--26266379	30	1.9	30	85	7	80	14	29	33	22	1.93
26269661--26269692	4	7.8	4	96	3	55	75	3	0	21	0.95
26284500--26284666	43	3.9	42	77	6	147	34	24	15	25	1.95
26284530--26284661	44	3.1	42	79	8	131	35	24	15	24	1.94
26288535--26288570	18	2.0	18	94	0	63	41	16	0	41	1.48
26288719--26288746	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
26293220--26293550	67	5.0	67	79	6	325	22	22	17	37	1.94
26293258--26293549	132	2.2	134	80	7	319	23	23	16	36	1.94
26294580--26294859	105	2.6	108	78	6	320	27	16	22	32	1.96
26296326--26296512	67	2.8	67	80	3	223	25	23	14	35	1.94
26300904--26301215	127	2.5	127	89	4	458	36	19	16	27	1.93
26305741--26305782	22	1.9	22	85	0	57	42	16	2	38	1.61
26327435--26327473	20	2.0	20	100	0	78	35	23	15	25	1.94
26327518--26327613	49	2.0	48	87	2	138	32	16	14	36	1.89
26339721--26339777	27	2.1	27	100	0	114	31	3	22	42	1.71
26342795--26342848	24	2.4	24	85	14	71	31	3	0	64	1.11
26342800--26342860	21	2.8	21	75	22	63	34	4	1	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26343128--26343214	10	8.8	10	73	16	65	36	2	1	59	1.17
26343130--26343246	44	2.7	43	82	11	132	35	3	2	58	1.29
26343187--26343256	21	3.6	20	72	11	65	38	4	2	54	1.35
26343127--26343256	14	10.5	12	66	25	58	36	3	2	57	1.27
26347116--26347191	39	1.9	39	97	0	143	43	6	19	30	1.76
26355627--26357474	74	24.9	74	92	2	2827	33	15	19	31	1.94
26357664--26357762	44	2.2	45	80	3	103	38	15	15	31	1.88
26358897--26358956	21	2.9	21	75	9	68	38	6	3	51	1.45
26359238--26359288	27	1.9	26	84	11	68	25	9	11	52	1.68
26363909--26364016	26	4.2	26	89	0	171	33	8	23	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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