genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26364104--26364133	10	3.0	10	95	0	51	10	26	10	53	1.66
26366401--26366480	42	1.9	42	97	0	151	23	11	33	31	1.90
26367653--26367709	28	2.1	28	90	3	89	57	5	0	36	1.21
26368970--26369000	16	1.9	16	100	0	62	16	0	38	45	1.47
26371945--26371974	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
26373728--26373757	14	2.1	14	93	0	51	20	16	6	56	1.62
26374099--26374489	132	3.0	132	83	1	489	27	18	19	34	1.96
26378166--26378199	16	2.2	15	89	5	50	35	2	0	61	1.11
26381917--26381985	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
26381920--26381944	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
26382198--26382265	30	2.3	30	82	10	77	29	17	4	48	1.67
26385079--26385162	36	2.3	36	77	4	89	22	57	10	9	1.61
26385161--26385279	27	4.4	27	89	4	159	21	46	15	17	1.84
26385149--26385254	54	2.0	54	86	3	151	23	47	15	14	1.81
26385161--26385279	54	2.2	54	89	3	177	21	46	15	17	1.84
26385188--26385306	54	2.2	54	81	0	130	24	47	13	14	1.80
26391636--26391727	42	2.2	42	92	0	148	29	31	17	21	1.96
26391905--26391973	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
26391905--26391973	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
26391954--26392044	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
26392207--26392243	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
26392285--26392345	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26392187--26392563	91	4.0	99	88	7	408	47	3	3	45	1.37
26392260--26392563	91	3.3	91	95	0	536	46	4	3	45	1.40
26407177--26407374	41	4.8	42	83	10	214	27	25	19	27	1.99
26409327--26409351	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
26422293--26422350	17	3.4	17	70	13	55	44	0	3	51	1.18
26429478--26429576	52	1.9	52	100	0	198	36	12	25	26	1.91
26430056--26430321	101	2.6	103	83	6	315	27	1	12	57	1.46
26430275--26430319	18	2.5	18	85	10	65	28	0	4	66	1.11
26431760--26431798	17	2.3	17	100	0	78	58	15	0	25	1.37
26434877--26434913	18	2.0	19	89	5	58	5	32	0	62	1.18
26437061--26437095	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
26437157--26437211	22	2.5	21	82	11	58	63	3	0	32	1.12
26437443--26437615	7	23.1	7	71	20	77	65	0	2	31	1.10
26437436--26437614	29	6.2	28	71	16	93	64	1	2	32	1.13
26437436--26437616	12	16.8	11	68	23	102	64	1	2	32	1.13
26437444--26437603	36	4.4	36	73	16	116	65	0	2	31	1.10
26437646--26437699	25	2.2	25	86	6	74	66	1	0	31	1.02
26460228--26461029	6	133.7	6	100	0	1604	50	16	0	33	1.46
26462218--26462308	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
26462289--26462357	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
26462289--26462357	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
26463268--26463319	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26465417--26465468	25	2.1	25	100	0	104	38	26	7	26	1.83
26469528--26469594	18	3.5	18	67	15	53	55	10	4	29	1.53
26469516--26469598	40	2.0	41	97	2	159	51	9	6	32	1.59
26474806--26474896	19	4.9	19	85	8	125	37	9	16	36	1.82
26474815--26474884	17	3.9	17	87	7	95	37	10	15	37	1.81
26474815--26474883	18	3.8	18	88	5	104	36	10	15	37	1.82
26474815--26474884	35	2.0	36	94	2	124	37	10	15	37	1.81
26475387--26475448	30	2.1	30	84	6	81	35	0	0	64	0.94
26475383--26475439	18	3.3	18	79	13	59	33	0	0	66	0.92
26475416--26475465	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
26478878--26478962	43	2.0	43	97	0	161	30	8	21	40	1.82
26481268--26481323	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
26482838--26482903	33	2.0	32	91	2	105	21	27	9	40	1.83
26486322--26486410	45	2.0	45	97	0	169	32	15	26	24	1.96
26502040--26502105	28	2.3	29	76	10	73	39	0	6	54	1.25
26502042--26502103	29	2.1	30	82	8	74	38	0	6	54	1.26
26503993--26504042	25	2.0	24	85	14	66	48	8	10	34	1.66
26506489--26506580	25	3.7	25	75	5	96	29	22	23	23	1.99
26506484--26506580	50	1.9	50	91	0	158	28	22	24	23	1.99
26516071--26516109	19	2.1	19	85	9	53	66	2	25	5	1.25
26525060--26525109	20	2.5	20	93	0	82	12	28	40	20	1.87
26538750--26538790	15	2.7	16	81	7	50	43	2	0	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26543734--26543817	21	3.8	21	74	22	50	39	1	2	57	1.20
26543760--26543814	21	2.5	22	88	8	78	38	1	1	58	1.20
26544114--26544147	16	2.1	16	88	0	50	17	2	0	79	0.86
26544162--26544196	18	1.9	18	88	0	52	25	2	2	68	1.17
26544112--26544204	28	3.3	27	75	12	80	18	4	2	75	1.07
26544112--26544204	29	3.3	28	76	10	82	18	4	2	75	1.07
26544419--26544454	16	2.2	17	90	5	56	27	0	0	72	0.85
26544469--26544532	22	2.7	25	71	24	66	42	0	4	53	1.22
26544519--26544560	20	2.1	20	82	8	50	38	2	2	57	1.25
26544500--26544593	33	2.8	33	82	7	118	41	2	2	54	1.24
26544540--26544597	14	3.9	14	74	22	55	39	1	1	56	1.19
26544566--26544616	20	2.5	21	81	9	61	43	0	1	54	1.11
26544707--26544748	14	3.3	14	75	25	56	26	0	4	69	1.08
26544654--26544758	24	4.5	24	77	17	107	30	0	4	64	1.14
26544794--26544837	18	2.3	19	84	7	63	38	0	0	61	0.96
26544786--26544873	31	3.0	27	78	15	79	44	0	1	54	1.07
26544786--26544865	12	6.6	13	71	22	50	43	0	0	56	0.99
26544975--26545009	18	1.9	18	88	0	52	68	2	2	25	1.17
26544967--26545043	29	2.7	27	76	11	73	74	2	3	19	1.10
26545024--26545057	16	2.1	16	88	0	50	79	0	2	17	0.86
26544942--26545059	29	4.1	30	70	16	70	73	2	3	20	1.09
26545283--26545358	31	2.7	28	82	11	93	59	2	0	38	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26545306--26545404	46	2.1	47	80	9	123	57	1	1	40	1.12
26545467--26545501	10	3.7	9	88	11	52	77	0	0	22	0.78
26547632--26547708	37	2.1	37	97	0	145	32	14	15	37	1.88
26548503--26548673	82	2.1	82	92	0	279	25	23	8	42	1.83
26549995--26550028	9	3.7	9	88	7	50	0	8	2	88	0.62
26549994--26550026	14	2.3	15	89	5	50	0	9	3	87	0.63
26550934--26551121	15	11.9	15	70	20	75	27	9	2	60	1.40
26551067--26551113	3	15.7	3	95	0	85	31	2	0	65	1.04
26551398--26551482	24	3.6	23	76	12	82	28	4	3	63	1.31
26551407--26551502	48	2.0	47	83	2	120	28	9	3	59	1.44
26563676--26564058	41	9.4	41	91	1	590	34	24	23	17	1.96
26564110--26564142	15	2.1	16	88	5	50	51	33	0	15	1.43
26565504--26565634	64	2.1	63	87	5	185	22	8	10	58	1.58
26568839--26568942	23	4.5	23	90	0	172	35	1	20	42	1.63
26569413--26569635	42	5.3	43	84	2	245	20	18	30	30	1.96
26569411--26569635	85	2.6	85	83	2	256	20	18	29	31	1.96
26570164--26570201	18	2.1	18	100	0	76	21	10	15	52	1.72
26573309--26573354	24	2.0	23	86	4	65	17	23	23	34	1.96
26576227--26576279	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
26581758--26581841	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
26583285--26583360	26	2.8	27	88	4	100	38	23	9	28	1.86
26583464--26583658	27	7.2	26	85	6	246	17	23	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26583464--26583658	54	3.6	54	95	1	338	17	23	24	35	1.95
26584472--26584585	57	2.0	57	100	0	228	42	10	8	38	1.71
26597144--26597177	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
26598621--26598666	23	2.0	24	86	4	67	17	6	17	58	1.59
26601676--26601978	152	2.0	152	98	0	588	39	11	16	32	1.85
26603622--26603661	20	2.0	20	85	9	55	60	10	12	17	1.59
26604501--26604549	24	2.1	23	84	3	62	44	6	4	44	1.47
26608610--26608693	26	3.2	26	93	3	134	34	4	23	36	1.76
26610310--26610424	27	4.3	26	78	7	113	18	23	21	36	1.95
26612016--26612156	71	2.0	71	88	2	212	22	19	22	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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