genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2755422--2755463	22	1.9	23	85	9	61	50	4	14	30	1.63
2766612--2766697	35	2.5	34	80	10	86	44	24	2	29	1.66
2767328--2767432	42	2.5	42	78	4	113	30	21	20	27	1.98
2776900--2776957	21	2.8	20	80	12	73	43	12	17	27	1.84
2776908--2776987	20	4.0	20	79	8	72	48	12	13	25	1.77
2778410--2778455	21	2.2	21	88	0	65	21	28	36	13	1.91
2779223--2779270	21	2.3	22	78	10	55	77	6	0	16	0.97
2779231--2779269	21	1.9	21	89	5	62	74	7	0	17	1.05
2781682--2781790	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
2782026--2782131	28	4.1	28	66	26	81	25	30	9	34	1.88
2781999--2782102	47	2.2	47	91	0	163	25	28	10	34	1.90
2782033--2782177	75	1.9	75	88	5	222	26	31	8	33	1.87
2782104--2782333	47	4.9	47	100	0	460	29	30	8	31	1.87
2782316--2782347	15	2.1	15	94	0	55	25	31	12	31	1.92
2782269--2782394	62	2.0	62	87	3	182	26	30	11	30	1.91
2782222--2782441	109	2.0	109	86	3	309	27	30	10	30	1.91
2782331--2782492	47	3.4	47	100	0	324	25	32	12	29	1.92
2782175--2782488	156	2.0	156	86	3	436	27	30	10	30	1.91
2782128--2782518	203	1.9	205	85	5	540	28	30	10	31	1.90
2791659--2791724	30	2.2	30	88	0	105	15	33	28	22	1.94
2800084--2800136	27	2.0	27	100	0	106	28	18	18	33	1.95
2804354--2804483	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810710--2810802	48	1.9	48	93	0	159	36	7	13	41	1.73
2812638--2812718	41	2.0	41	95	0	144	28	7	23	40	1.81
2819721--2819844	19	6.8	19	84	10	179	37	11	13	37	1.81
2819742--2819832	18	5.5	15	76	21	76	37	10	14	37	1.81
2819729--2819844	35	3.2	35	93	3	187	37	12	12	37	1.81
2825207--2825286	40	2.0	40	92	4	135	32	17	20	30	1.95
2825628--2825696	8	8.6	8	75	21	65	82	1	13	2	0.85
2825641--2825696	16	3.6	16	83	11	80	82	1	14	1	0.84
2826698--2827006	41	7.3	41	66	14	171	29	22	23	23	1.99
2826645--2827179	85	6.3	85	90	4	834	30	22	22	24	1.99
2827186--2828102	207	4.4	207	93	0	1530	29	17	23	29	1.97
2828498--2828604	35	2.9	36	87	6	153	37	11	14	36	1.83
2828498--2828604	18	5.8	18	85	4	135	37	11	14	36	1.83
2842314--2842406	24	3.9	24	85	5	125	34	4	40	20	1.72
2857745--2858045	27	11.1	27	85	1	343	35	20	18	24	1.95
2858189--2858248	27	2.2	27	81	0	66	16	21	20	41	1.90
2858392--2858487	33	3.1	32	72	14	83	27	25	22	25	2.00
2877782--2877817	7	5.1	7	86	0	54	30	0	27	41	1.56
2883279--2883375	48	2.0	48	95	0	176	35	8	10	46	1.68
2891649--2891730	38	2.2	38	84	6	114	13	10	39	36	1.80
2897496--2897602	50	2.1	51	86	5	146	46	6	17	28	1.73
2900079--2900315	24	9.9	24	73	10	171	24	12	27	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2900079--2900315	48	4.9	48	75	4	201	24	12	27	36	1.91
2900080--2900286	96	2.2	96	90	0	324	24	12	26	36	1.91
2900080--2900315	96	2.5	96	85	1	312	24	12	27	36	1.91
2904354--2904480	54	2.3	55	79	4	150	21	25	22	29	1.99
2913941--2914373	215	2.0	215	97	0	823	30	17	9	43	1.80
2914995--2915194	108	1.8	110	86	4	289	24	25	15	35	1.94
2914948--2915203	55	4.8	52	77	11	204	23	24	16	36	1.94
2917708--2917920	48	4.6	48	72	8	161	28	23	18	29	1.98
2917664--2917879	90	2.4	90	79	1	218	28	22	19	29	1.98
2917896--2918029	48	2.8	48	82	4	146	25	31	17	26	1.97
2921100--2921152	26	2.0	26	92	0	88	52	16	13	16	1.74
2927508--2927559	8	6.5	8	75	0	50	44	15	25	15	1.85
2927501--2927559	24	2.5	24	85	0	82	45	15	23	15	1.84
2927505--2927561	16	3.6	16	85	0	78	42	15	26	15	1.87
2927791--2927902	29	3.9	29	74	5	111	24	15	34	25	1.94
2927783--2927895	58	2.0	57	84	5	147	26	14	33	25	1.94
2935165--2935207	16	2.7	16	88	0	59	48	16	23	11	1.78
2935437--2935548	29	3.9	29	69	5	93	25	15	33	25	1.95
2936374--2936553	87	2.1	87	97	0	342	28	7	13	50	1.70
2941480--2941674	51	3.8	51	90	0	291	30	25	11	31	1.92
2941719--2941810	24	3.7	24	83	11	121	23	21	16	38	1.93
2941699--2941817	52	2.3	52	89	0	184	27	23	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2941699--2941814	24	4.4	27	77	15	118	27	24	14	33	1.94
2944885--2944940	28	2.0	28	92	0	94	33	21	7	37	1.81
2948106--2948249	51	2.8	50	88	5	218	30	27	11	30	1.92
2948285--2948356	24	3.0	24	83	0	99	26	20	15	37	1.92
2953284--2953341	25	2.3	25	100	0	116	20	15	6	56	1.62
2956027--2956072	23	2.0	23	100	0	92	60	4	13	21	1.49
2959907--2960221	48	6.6	48	75	11	263	28	28	16	26	1.97
2959907--2960221	96	3.3	95	84	4	384	28	28	16	26	1.97
2959945--2960222	144	1.9	144	89	2	434	28	29	17	25	1.97
2959943--2960226	48	5.9	48	86	0	372	28	28	17	25	1.97
2963298--2963339	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
2963612--2963660	15	3.4	15	72	11	57	10	8	36	44	1.68
2963612--2963667	28	2.0	28	100	0	112	10	10	35	42	1.74
2965980--2966012	15	2.1	16	88	5	50	24	0	12	63	1.28
2977612--2977702	42	2.2	42	87	0	128	30	18	25	25	1.98
2979801--2979922	43	2.9	42	82	11	167	28	24	15	31	1.96
2987358--2987404	24	2.0	24	91	0	76	29	21	6	42	1.77
2987642--2987697	15	3.7	15	72	25	55	46	0	1	51	1.11
2987650--2987700	16	3.3	16	70	29	56	50	0	1	47	1.12
2987641--2987705	30	2.2	30	88	5	105	47	0	1	50	1.10
2987878--2988175	9	34.0	9	71	15	162	48	16	1	33	1.52
2987871--2988167	52	5.7	52	86	7	404	49	15	1	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2987887--2988105	95	2.3	94	84	6	282	51	14	1	32	1.51
2988034--2988192	63	2.6	61	87	4	237	46	17	0	35	1.53
2989962--2989987	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
2993983--2994068	43	2.0	43	86	0	118	25	17	25	31	1.97
2993974--2994172	108	1.8	109	82	1	256	24	15	23	37	1.93
2994808--2995069	41	6.4	41	86	1	346	32	22	22	21	1.98
2995258--2995308	24	2.2	24	82	3	59	11	45	0	43	1.40
2995615--2995675	21	2.9	21	78	4	61	18	0	44	37	1.50
2995618--2995675	14	4.1	14	75	4	55	18	0	43	37	1.51
2998488--2998676	101	1.9	101	95	0	342	34	7	12	46	1.69
3002566--3002623	30	2.0	30	86	3	82	44	10	10	34	1.73
3018850--3019075	40	5.6	40	89	2	301	24	23	26	24	2.00
3028290--3028464	47	3.8	46	75	13	171	24	28	17	29	1.97
3028343--3028505	47	3.6	45	75	17	133	24	28	18	28	1.98
3029698--3029735	15	2.5	15	100	0	76	55	7	18	18	1.66
3031952--3031976	12	2.1	12	100	0	50	8	8	32	52	1.60
3040579--3040707	27	4.8	27	84	3	136	41	21	10	27	1.85
3040606--3041614	81	12.4	80	95	1	676	38	18	18	24	1.93
3040669--3041585	162	5.7	162	98	0	1726	38	18	18	24	1.93
3040669--3041585	243	3.8	243	98	0	1726	38	18	18	24	1.93
3042220--3042271	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
3042312--3042369	27	2.2	27	84	3	73	20	24	20	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3044465--3044662	27	7.3	27	78	4	177	40	21	7	30	1.80
3044465--3044643	81	2.2	81	98	0	349	40	22	7	29	1.81
3044639--3044751	27	4.2	27	83	0	145	31	23	5	38	1.77
3044612--3044751	54	2.6	54	77	0	154	32	24	5	37	1.79
3044778--3044861	42	2.0	42	97	0	159	20	14	34	30	1.92
3045119--3045178	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
3046228--3046578	119	2.9	119	87	2	524	24	22	28	24	1.99
3046228--3046578	40	8.8	40	89	1	499	24	22	28	24	1.99
3054483--3054632	40	3.8	40	89	1	203	24	24	29	22	1.99
3056042--3056222	6	29.3	6	71	17	122	18	18	14	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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