genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  196  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64901956--64902081	47	2.7	46	83	13	152	21	20	29	28	1.98
64905070--64905181	27	4.1	27	82	10	122	38	22	22	16	1.93
64905070--64905181	54	2.1	54	84	3	145	38	22	22	16	1.93
64905313--64905374	28	2.2	28	91	0	97	37	11	17	33	1.86
64905310--64905385	28	2.7	28	78	11	93	36	10	17	35	1.84
64921641--64921823	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
64921642--64921825	40	4.6	39	83	9	212	23	22	28	25	2.00
64921694--64921848	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	2.00
64931735--64931831	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
64937992--64938055	19	3.3	19	82	8	67	75	4	14	6	1.17
64941821--64941864	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
64949408--64949484	39	2.0	39	97	0	145	20	35	15	28	1.94
64958846--64958905	31	1.9	32	86	10	88	31	13	28	26	1.94
64962508--64962551	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
64966100--64966162	11	6.0	10	74	20	58	77	1	17	3	0.97
64966100--64966162	5	12.0	5	79	15	58	77	1	17	3	0.97
64966100--64966160	12	5.7	11	75	17	58	78	1	16	3	0.96
64966109--64966162	16	3.8	14	80	17	58	77	1	16	3	1.00
64966100--64966149	6	8.2	6	83	14	50	78	2	18	2	0.95
64966100--64966160	21	2.8	21	82	5	77	78	1	16	3	0.96
64966231--64966301	30	2.4	31	81	11	85	61	1	22	14	1.40
64968412--64968508	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64973563--64973827	46	5.7	46	72	15	231	29	28	20	21	1.98
64973568--64973831	93	2.8	93	96	0	474	29	29	20	21	1.98
64973614--64973779	47	3.6	47	76	16	200	30	29	18	22	1.97
64974252--64974308	30	1.9	30	88	0	87	29	24	8	36	1.86
64974731--64974943	109	2.0	109	98	0	408	32	15	20	30	1.94
64977248--64977535	49	5.8	49	81	3	360	28	24	18	27	1.98
64977253--64977549	100	3.0	100	97	1	549	28	25	18	26	1.98
64977844--64977881	14	2.5	16	87	8	53	34	21	2	42	1.67
64981384--64981464	25	3.2	25	81	11	85	32	20	20	25	1.98
64991620--64991846	112	2.0	113	97	0	429	31	5	39	23	1.77
64993135--64993173	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
64993134--64993173	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
64993219--64993277	24	2.4	25	73	15	61	33	18	18	28	1.95
64993484--64993561	29	2.6	30	80	9	88	28	19	26	25	1.99
64995860--64995894	18	1.9	18	94	0	61	5	34	8	51	1.56
64998276--64998302	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
65001466--65001491	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
65012246--65012373	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
65012246--65012373	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
65014821--65014860	19	2.1	19	86	9	55	7	25	42	25	1.80
65015501--65015574	33	2.4	31	89	10	109	25	13	25	35	1.93
65018513--65018720	39	5.3	39	89	1	292	18	22	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65018513--65018747	39	6.0	39	86	2	217	18	21	29	30	1.97
65023262--65023378	40	3.0	39	78	6	112	17	19	27	35	1.95
65030235--65030355	46	2.6	46	97	0	224	30	28	19	21	1.98
65035330--65035423	30	3.2	30	87	1	145	32	23	14	28	1.94
65047401--65047499	42	2.3	44	81	6	114	29	20	20	30	1.97
65047402--65047516	43	2.7	42	76	11	117	26	19	23	30	1.98
65060907--65060952	24	1.9	24	95	0	83	47	19	13	19	1.81
65064884--65064959	37	2.1	37	97	0	143	36	21	23	18	1.95
65066593--65066721	39	3.3	39	77	7	111	19	26	20	33	1.97
65069619--65069873	129	2.0	129	95	1	458	34	22	15	27	1.95
65074767--65074889	39	3.2	40	82	4	162	21	24	20	34	1.97
65086563--65086757	56	3.5	56	88	3	286	34	24	12	28	1.92
65092245--65092508	28	9.4	28	92	1	388	26	13	28	32	1.93
65104075--65104221	43	3.5	42	80	5	161	33	23	14	27	1.95
65104456--65104507	25	2.1	25	96	0	95	19	25	3	51	1.63
65117774--65117938	47	3.6	46	76	13	137	30	17	29	23	1.97
65133183--65133458	27	10.2	27	83	0	345	39	19	8	32	1.82
65133183--65133530	81	4.3	81	82	2	351	38	20	8	32	1.83
65133176--65133444	108	2.5	108	92	0	430	39	21	7	31	1.82
65133183--65133578	27	14.7	27	76	7	277	38	20	8	32	1.83
65133562--65133809	27	9.2	27	89	0	354	33	20	20	24	1.97
65133572--65133836	80	3.3	80	82	6	304	33	20	21	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65133570--65133836	107	2.5	106	85	4	358	34	19	21	24	1.97
65134263--65134327	22	3.0	21	78	13	60	20	24	23	32	1.98
65134747--65134860	6	18.7	6	73	13	90	21	17	14	45	1.85
65134723--65134803	31	2.6	31	88	2	108	22	16	14	46	1.83
65134747--65134846	37	2.7	37	85	3	130	22	18	15	45	1.85
65135559--65135719	40	4.0	40	90	0	250	18	21	31	28	1.97
65135708--65135838	43	3.0	43	88	0	190	11	20	32	35	1.88
65135969--65136023	25	2.2	25	87	6	76	29	10	30	29	1.91
65136007--65136106	28	3.5	28	72	12	105	22	20	29	29	1.98
65136035--65136136	28	3.6	28	72	12	93	20	18	33	27	1.96
65136006--65136132	57	2.2	57	97	1	238	19	19	32	28	1.97
65145422--65145459	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
65145688--65145809	46	2.7	46	89	0	181	30	25	21	22	1.99
65145686--65145828	46	3.1	45	81	6	119	30	25	20	23	1.99
65146231--65146291	30	2.0	30	87	3	86	31	24	8	36	1.85
65155547--65155599	26	2.0	26	96	0	97	20	26	13	39	1.89
65162623--65162656	14	2.4	15	85	14	54	70	5	2	20	1.21
65165967--65166026	30	2.0	30	83	6	77	30	21	6	41	1.79
65170985--65171074	44	2.0	44	95	0	162	25	25	18	30	1.98
65179348--65179410	15	4.3	15	80	9	76	60	14	15	9	1.59
65179359--65179436	15	5.2	15	73	11	54	57	12	16	12	1.65
65182316--65182467	46	3.3	45	73	9	144	27	30	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65182332--65182468	46	3.0	45	74	12	152	28	29	19	21	1.98
65182344--65182487	46	3.1	45	69	21	109	28	29	20	21	1.98
65183231--65183400	88	1.9	88	93	0	295	44	20	17	18	1.87
65185378--65185409	16	2.0	16	100	0	64	43	25	12	18	1.85
65187483--65187542	30	2.0	30	83	0	75	28	25	5	41	1.76
65189288--65189504	45	4.7	45	80	14	176	25	18	29	25	1.98
65189288--65189594	48	6.6	45	83	6	276	25	18	30	24	1.98
65192145--65192171	13	2.1	13	100	0	54	33	22	14	29	1.94
65202339--65202467	46	2.8	46	92	0	204	31	26	20	21	1.98
65202673--65202766	48	2.0	48	95	0	170	47	10	4	37	1.58
65203194--65203316	62	2.0	62	93	1	212	40	21	8	30	1.82
65214683--65214864	68	2.7	67	78	13	169	34	14	28	22	1.94
65228377--65228583	53	3.8	53	78	4	209	36	19	24	19	1.95
65231109--65231133	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
65233126--65233293	26	6.5	26	69	10	103	22	16	23	37	1.94
65233140--65233288	78	1.9	78	83	5	194	21	16	23	38	1.92
65233403--65233472	33	2.1	33	100	0	140	34	8	11	45	1.71
65234337--65234439	54	1.9	54	82	4	127	33	24	22	19	1.97
65237743--65237771	14	2.1	14	100	0	58	41	0	13	44	1.44
65240217--65240255	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
65243027--65243110	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
65242979--65243163	50	3.7	49	83	2	217	24	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65260202--65260473	40	6.8	40	91	0	436	22	27	20	29	1.99
65268949--65269340	40	9.8	40	93	0	658	22	27	20	29	1.99
65277213--65277365	57	2.7	57	78	7	159	32	20	14	33	1.92
65277583--65277609	7	3.9	7	100	0	54	25	14	0	59	1.36
65287261--65287485	40	5.6	40	84	6	276	23	28	23	24	2.00
65287225--65287485	80	3.3	79	84	4	312	23	27	23	25	2.00
65290667--65290718	23	2.3	23	89	0	86	23	23	34	19	1.96
65293610--65293807	52	3.8	52	87	4	288	54	15	9	21	1.69
65293610--65293807	107	1.9	104	88	5	299	54	15	9	21	1.69
65306780--65306964	40	4.7	40	82	6	207	23	22	26	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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