genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  174  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57158424--57158574	44	3.5	43	77	11	157	33	24	19	23	1.97
57158950--57159097	70	2.1	70	92	0	242	35	16	12	35	1.87
57164050--57164133	42	2.0	42	95	0	150	36	3	30	28	1.74
57175207--57175355	40	3.7	40	94	0	262	26	23	24	24	2.00
57175207--57175378	80	2.2	80	89	3	258	27	23	24	24	2.00
57175207--57175380	40	4.4	40	89	3	201	28	22	24	24	2.00
57182378--57182526	40	3.7	40	85	3	210	24	23	26	25	2.00
57182378--57182559	40	4.6	40	82	4	154	26	23	25	24	2.00
57188402--57188653	27	9.4	27	82	8	241	41	19	7	31	1.79
57188402--57188668	54	5.0	53	82	8	299	41	18	7	32	1.79
57188402--57188652	107	2.3	108	84	7	307	41	19	7	31	1.79
57188416--57188681	27	9.9	27	79	12	196	40	18	7	32	1.80
57188416--57188668	134	1.9	134	81	9	311	41	17	7	32	1.79
57189111--57189185	27	2.8	27	72	8	71	20	18	18	42	1.89
57190140--57190406	27	10.0	25	81	6	230	39	18	9	31	1.83
57190138--57190405	54	5.0	53	82	7	262	39	18	10	31	1.84
57190142--57190402	106	2.5	105	83	6	305	40	18	9	31	1.83
57190816--57190917	27	3.8	27	70	5	71	21	18	17	42	1.90
57193371--57193559	55	3.5	53	82	5	218	21	24	17	35	1.95
57193530--57193753	47	4.8	46	73	9	177	23	24	17	34	1.96
57200306--57200344	14	2.6	16	88	8	55	33	23	2	41	1.68
57203350--57203384	5	7.2	5	93	6	63	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57204209--57204402	39	4.9	39	82	1	201	27	25	18	28	1.98
57204254--57204404	78	1.9	78	89	0	230	27	23	17	31	1.97
57208205--57208231	14	1.9	14	100	0	54	40	7	22	29	1.81
57208122--57208364	106	2.3	106	100	0	486	27	16	24	31	1.96
57208311--57208337	14	1.9	14	100	0	54	40	7	22	29	1.81
57210897--57211010	59	1.9	59	96	0	210	29	3	30	35	1.74
57211874--57211929	27	2.1	27	89	0	85	30	14	19	35	1.91
57244989--57245087	51	1.9	51	91	0	162	32	5	19	43	1.72
57245592--57245649	15	3.9	15	75	8	64	60	13	12	13	1.60
57247046--57247234	94	2.0	94	97	0	360	42	16	16	24	1.88
57247390--57247439	19	2.6	19	77	0	64	16	34	30	20	1.94
57256483--57256528	24	1.9	24	86	0	65	32	23	15	28	1.95
57256639--57256722	26	3.4	25	83	8	91	26	21	21	30	1.98
57256665--57256722	24	2.4	23	85	8	71	27	18	22	31	1.97
57266536--57266720	40	4.7	40	82	7	218	23	21	28	26	1.99
57266536--57266718	79	2.3	81	83	7	232	24	21	27	26	1.99
57266537--57266753	79	2.7	78	78	12	228	25	21	27	25	1.99
57268371--57268516	40	3.7	40	83	7	172	23	23	27	26	2.00
57268371--57268549	80	2.2	80	80	8	188	25	22	26	25	2.00
57268372--57268535	40	4.1	39	79	10	154	24	23	27	25	2.00
57276347--57276618	40	6.8	40	87	4	304	27	21	26	24	1.99
57276400--57276617	119	1.8	119	85	5	298	27	21	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57279787--57279961	46	3.8	46	76	13	196	29	29	20	20	1.97
57279794--57279965	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
57285004--57285100	46	2.1	46	92	1	160	28	20	21	28	1.98
57287411--57287631	46	4.8	46	96	0	388	30	28	20	20	1.98
57293199--57293383	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	26	2.00
57293235--57293416	79	2.3	77	78	11	188	26	21	25	26	1.99
57295195--57295374	40	4.6	40	83	5	215	25	24	26	24	2.00
57295195--57295374	80	2.3	79	87	3	247	25	24	26	24	2.00
57303362--57303545	40	4.6	40	83	6	230	24	23	27	25	2.00
57303362--57303545	80	2.3	80	87	3	255	24	23	27	25	2.00
57307735--57307887	28	5.5	28	91	1	229	25	13	29	31	1.94
57307735--57307887	83	1.8	83	88	2	236	25	13	29	31	1.94
57311559--57311655	46	2.1	46	92	5	162	31	11	30	25	1.91
57316154--57316251	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
57316182--57316264	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
57316154--57316265	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
57317812--57317882	26	2.8	26	82	4	92	22	22	22	32	1.98
57331671--57331846	46	3.8	46	79	10	205	21	21	28	28	1.98
57331668--57331839	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
57341316--57341471	38	4.1	38	89	0	231	21	23	23	31	1.98
57354079--57354134	29	1.9	29	100	0	112	39	12	10	37	1.78
57354757--57354867	39	3.1	39	67	20	121	34	16	6	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57373636--57373910	48	5.8	48	81	4	299	28	28	17	26	1.98
57386134--57386306	93	1.9	93	93	2	303	28	30	20	20	1.98
57386127--57386302	46	3.8	47	79	12	211	30	29	19	20	1.97
57386135--57386321	46	4.0	45	74	13	157	29	29	19	20	1.97
57396001--57396098	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
57403165--57403215	25	2.0	25	100	0	102	37	31	0	31	1.58
57404795--57405017	40	5.6	40	85	5	274	25	27	21	25	2.00
57404795--57405017	79	2.8	80	86	6	301	25	27	21	25	2.00
57404795--57405017	119	1.9	120	85	6	310	25	27	21	25	2.00
57425424--57425472	21	2.3	21	89	0	80	38	18	8	34	1.80
57427412--57427821	27	15.2	27	84	4	508	27	22	10	40	1.85
57427826--57428021	27	7.3	27	83	2	232	35	19	19	25	1.95
57428220--57428302	27	3.1	26	87	5	112	19	21	22	36	1.95
57428604--57428681	27	2.9	28	78	3	70	20	21	23	34	1.97
57428833--57428983	6	25.2	6	81	12	168	19	14	14	51	1.76
57434108--57434268	43	3.8	43	77	7	112	32	26	16	24	1.96
57435690--57435720	14	2.2	14	100	0	62	35	6	29	29	1.82
57438303--57438368	28	2.4	28	92	0	105	31	31	12	24	1.92
57438753--57438835	37	2.2	37	95	0	148	36	16	9	37	1.82
57441988--57442051	25	2.6	25	85	7	85	39	18	0	42	1.51
57442403--57442569	41	4.0	41	85	6	230	36	23	20	19	1.95
57442392--57442573	83	2.2	83	85	8	246	36	24	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57449097--57449191	41	2.3	41	92	3	156	36	25	20	17	1.94
57453534--57453678	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
57461574--57461718	40	3.6	40	84	4	175	26	24	25	24	2.00
57476542--57476806	133	2.0	133	96	1	487	29	22	17	30	1.97
57476750--57476876	40	3.2	40	86	6	195	25	27	22	24	2.00
57480561--57480593	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
57482065--57482149	28	3.0	28	83	6	109	27	15	29	28	1.96
57483352--57483467	42	2.7	42	78	4	126	25	25	23	25	2.00
57489992--57490110	40	3.0	40	92	0	184	25	29	22	22	1.99
57490151--57490260	54	2.0	54	100	0	220	39	22	7	30	1.81
57491450--57492292	37	22.8	37	99	0	1659	24	32	18	24	1.97
57492442--57493154	48	14.9	48	95	2	1220	30	27	6	34	1.83
57498049--57498084	18	2.0	18	94	0	63	13	11	27	47	1.77
57507214--57507358	43	3.4	43	73	16	147	27	26	17	27	1.98
57515247--57515344	41	2.4	41	77	19	114	17	23	24	34	1.96
57518198--57518248	22	2.3	23	83	10	61	31	19	17	31	1.95
57529867--57530124	47	5.5	47	92	0	383	29	31	8	30	1.87
57532424--57532502	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57532620--57533200	47	12.2	47	87	2	820	29	29	8	31	1.87
57532635--57533199	96	5.9	96	95	0	922	29	29	8	31	1.87
57536697--57536735	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
57537164--57537241	28	2.8	29	82	5	90	35	19	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57537358--57537421	28	2.3	28	91	0	101	32	7	28	31	1.85
57541521--57542224	27	26.2	27	91	1	1038	35	20	19	24	1.96
57542448--57542554	27	4.0	26	78	11	83	22	21	19	36	1.95
57542861--57542917	27	2.1	27	83	6	71	15	21	24	38	1.92
57543036--57543820	29	27.1	29	99	0	1543	23	13	16	45	1.84
57543806--57543899	6	15.3	6	69	16	59	20	19	11	48	1.79
57543819--57543878	31	1.9	31	93	0	102	16	23	13	46	1.82
57545795--57546140	173	2.0	174	97	0	649	31	22	14	31	1.94
57546100--57547433	27	49.2	27	87	1	1792	35	19	19	25	1.95
57547658--57547766	27	4.0	28	84	5	127	20	21	20	38	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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