genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7212730--7212881	55	2.8	55	87	2	225	26	15	28	30	1.96
7212730--7212881	82	1.9	82	90	0	241	26	15	28	30	1.96
7218454--7218560	43	2.6	41	73	8	99	28	19	25	27	1.99
7219805--7220113	6	50.8	6	76	15	289	47	14	17	20	1.82
7219784--7220113	30	11.1	30	83	11	367	47	14	17	20	1.82
7219805--7220113	91	3.5	85	87	8	422	47	14	17	20	1.82
7220231--7220296	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
7220231--7220304	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
7220255--7220312	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
7220614--7220696	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
7220895--7221090	27	7.3	27	82	0	230	26	19	18	35	1.95
7221095--7221558	27	17.2	27	84	4	542	40	9	21	28	1.84
7228249--7228276	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
7229395--7229517	43	2.9	42	73	11	124	24	18	25	31	1.98
7241096--7241145	24	2.0	25	84	3	66	64	4	12	20	1.43
7241462--7241514	26	2.0	26	100	0	106	47	7	18	26	1.75
7241464--7241524	26	2.3	26	91	0	95	44	8	14	32	1.75
7243957--7244001	5	8.8	5	83	11	56	0	17	0	82	0.68
7243961--7244002	22	1.9	22	90	0	66	0	19	0	80	0.70
7244431--7244493	30	2.1	30	87	0	90	33	14	26	25	1.94
7247737--7247849	29	4.0	29	89	2	167	29	30	14	25	1.95
7247737--7247849	57	2.0	57	87	3	165	29	30	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7247921--7247958	19	2.1	19	90	5	60	15	39	18	26	1.91
7247931--7247967	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
7248066--7248111	8	5.8	8	81	0	56	6	21	26	45	1.76
7248073--7248116	16	2.8	16	92	0	70	9	20	22	47	1.78
7248891--7248920	13	2.2	14	94	5	53	73	0	0	26	0.84
7256536--7256644	27	4.0	28	84	5	127	20	21	20	38	1.94
7256535--7256644	53	2.1	54	84	5	143	20	20	20	38	1.94
7256939--7256995	27	2.2	26	81	9	71	19	22	19	38	1.93
7257150--7257210	31	2.0	31	90	0	95	21	19	13	45	1.84
7257138--7257231	6	15.3	6	69	12	57	22	17	11	48	1.78
7257138--7257222	31	2.4	36	72	22	90	21	17	11	49	1.78
7273493--7273530	19	2.0	19	100	0	76	42	5	10	42	1.62
7280708--7280733	12	2.2	12	100	0	52	34	0	15	50	1.45
7280989--7281058	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
7285831--7286001	93	1.8	93	88	2	263	30	26	20	22	1.98
7285826--7285994	46	3.6	47	77	10	186	31	26	19	23	1.98
7301935--7302105	93	1.8	93	88	0	261	27	27	21	23	1.99
7301935--7302101	46	3.6	46	73	10	151	28	26	21	23	1.99
7312910--7312946	19	1.9	19	89	10	58	45	10	13	29	1.77
7317998--7318102	40	2.6	40	75	1	102	29	20	26	23	1.99
7326390--7326440	20	2.5	20	87	3	66	29	1	0	68	1.00
7327764--7327821	16	3.6	16	72	4	53	37	18	1	41	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7327832--7327907	16	4.7	16	67	23	52	22	3	11	61	1.46
7327832--7327907	33	2.3	32	84	2	89	22	3	11	61	1.46
7327831--7327907	17	4.8	15	69	20	57	22	3	12	61	1.48
7330041--7330090	26	1.9	26	95	0	91	60	26	2	12	1.43
7330587--7330635	18	2.5	20	87	9	66	46	6	0	46	1.27
7330605--7330650	21	2.2	21	84	7	58	41	10	0	47	1.38
7331989--7332059	29	2.4	29	92	0	124	21	32	25	21	1.98
7332572--7332614	21	2.0	21	81	0	50	72	4	18	4	1.20
7333612--7333645	16	2.1	16	100	0	68	47	11	17	23	1.81
7339892--7339993	40	2.5	40	76	3	107	39	20	27	12	1.89
7345348--7345518	93	1.8	93	92	2	290	28	27	21	23	1.99
7345340--7345515	46	3.8	46	76	14	191	28	27	20	23	1.99
7351077--7351299	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
7351152--7351334	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
7358456--7358515	30	2.0	30	96	0	111	46	3	25	25	1.68
7358459--7358508	15	3.3	15	69	20	50	48	4	24	24	1.68
7358923--7358953	14	2.2	14	94	0	53	77	3	3	16	1.03
7360610--7360664	23	2.4	23	79	8	60	54	0	41	3	1.18
7366625--7366726	48	2.1	48	92	0	168	28	15	11	44	1.82
7369542--7369637	40	2.5	40	81	8	117	36	35	14	13	1.86
7374435--7374509	28	2.7	28	89	0	123	29	28	9	33	1.88
7380322--7380352	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7380928--7380987	31	1.9	30	93	6	86	31	15	25	28	1.95
7381920--7381949	8	3.8	8	95	0	51	53	30	0	16	1.44
7383442--7383468	14	1.9	14	100	0	54	29	14	22	33	1.94
7383439--7383473	14	2.8	12	84	16	52	31	17	20	31	1.95
7384408--7384458	8	6.4	8	80	8	59	50	19	23	5	1.69
7384677--7384757	29	2.9	29	90	3	121	24	17	29	28	1.97
7384677--7384791	57	2.0	56	80	8	126	24	14	33	26	1.94
7390025--7390074	16	3.1	16	76	0	55	44	28	10	18	1.81
7391421--7391510	29	3.1	29	87	1	110	28	14	27	28	1.95
7396781--7396830	16	3.1	16	88	0	73	52	30	4	14	1.59
7396781--7396822	8	5.2	8	88	0	66	54	30	2	11	1.49
7398195--7398309	29	4.0	29	82	6	128	24	14	29	31	1.95
7402312--7402497	55	3.5	52	83	5	210	21	23	18	36	1.95
7402312--7402505	54	3.6	54	83	4	239	21	23	18	36	1.95
7402484--7402605	47	2.6	47	92	0	199	27	23	13	36	1.92
7402744--7402867	44	2.8	44	86	4	144	26	22	12	37	1.90
7405820--7406001	98	1.9	98	91	0	301	15	13	14	56	1.67
7408563--7408759	47	4.1	47	85	3	216	35	8	27	28	1.86
7408610--7408686	25	3.2	25	66	23	65	35	7	27	29	1.85
7408592--7408663	22	3.1	22	66	24	58	33	12	29	25	1.92
7408627--7408816	50	3.8	50	80	12	196	36	7	25	30	1.83
7408677--7408816	52	2.7	53	86	11	186	37	6	25	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7408969--7409077	37	2.9	37	95	0	191	22	18	31	27	1.97
7410328--7410599	40	6.8	40	91	1	420	25	21	27	25	1.99
7419191--7419408	40	5.5	40	88	2	280	23	22	27	25	2.00
7427262--7427590	40	8.5	41	84	9	372	22	22	28	26	1.99
7427305--7427407	31	3.0	32	73	21	109	21	23	30	25	1.99
7427993--7428189	47	4.1	47	86	3	216	35	9	26	28	1.87
7428040--7428116	25	3.2	25	67	23	74	35	9	25	29	1.87
7428022--7428093	22	3.1	22	66	24	58	33	12	29	25	1.92
7428057--7428244	50	3.8	50	82	10	210	36	8	24	30	1.85
7428104--7428268	50	3.3	49	80	10	181	33	7	26	31	1.85
7428393--7428498	37	2.9	37	94	0	176	24	19	31	24	1.98
7431042--7431104	31	2.0	31	87	0	90	26	23	14	34	1.93
7431313--7431464	24	6.4	24	90	3	227	25	22	22	29	1.99
7431299--7431464	71	2.3	71	90	3	262	26	22	22	28	1.99
7431313--7431464	47	3.2	48	89	3	227	25	22	22	29	1.99
7431523--7431580	20	2.9	20	92	0	98	34	20	10	34	1.87
7434486--7434675	93	2.0	93	98	0	371	48	4	5	41	1.46
7435824--7435881	31	2.0	30	83	10	75	50	1	0	48	1.11
7437672--7437761	30	3.0	30	67	17	80	45	2	7	44	1.45
7441522--7442026	94	5.4	94	100	0	1010	29	18	30	21	1.97
7447539--7447661	43	2.9	43	80	2	115	29	26	13	30	1.94
7451585--7451674	29	3.1	29	90	1	137	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7459574--7459847	145	1.9	145	96	0	503	31	23	14	29	1.95
7459825--7459903	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
7462084--7462196	56	2.0	56	98	0	217	31	23	20	24	1.98
7462633--7462726	49	1.9	49	95	0	170	23	20	28	27	1.99
7463486--7463605	60	2.0	60	96	0	222	28	25	21	25	1.99
7464047--7464150	52	2.0	52	94	0	181	33	24	21	21	1.97
7472328--7472389	27	2.3	26	86	8	88	30	20	25	22	1.98
7496542--7496595	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
7504216--7504269	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
7509682--7509706	13	1.9	13	100	0	50	40	24	0	36	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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