genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  71  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21842680--21842799	23	5.3	23	77	2	116	30	16	27	25	1.97
21845147--21845192	20	2.3	20	92	0	74	65	0	15	19	1.28
21845337--21845385	10	4.9	10	85	9	64	67	2	8	22	1.28
21846367--21846416	25	2.0	24	85	11	66	40	6	10	44	1.63
21846837--21846861	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
21853159--21853233	28	2.7	28	91	0	132	36	12	22	29	1.90
21853218--21853259	21	2.0	21	100	0	84	42	9	14	33	1.78
21863436--21863492	6	9.5	6	76	14	55	78	0	5	15	0.91
21863436--21863492	17	3.2	17	77	7	60	78	0	5	15	0.91
21865490--21865550	31	2.0	31	86	0	86	22	19	19	37	1.94
21872804--21872852	19	2.5	19	80	6	53	44	8	18	28	1.78
21874136--21874165	11	2.7	11	94	0	51	36	6	3	53	1.44
21875531--21875570	14	2.9	14	84	0	53	62	12	2	22	1.42
21875662--21875748	28	3.0	28	71	22	72	25	6	2	65	1.29
21876391--21876444	23	2.3	23	83	3	63	42	1	0	55	1.10
21877571--21877629	31	1.9	31	82	6	75	37	10	6	45	1.65
21879027--21879399	188	2.0	188	99	0	737	22	19	30	27	1.98
21883516--21883633	58	2.0	58	100	0	236	25	17	15	41	1.89
21890089--21890134	24	1.9	24	100	0	92	34	15	13	36	1.86
21890231--21890638	45	8.6	48	73	13	273	30	18	23	27	1.97
21890316--21890736	44	9.2	44	72	11	288	31	18	22	28	1.97
21890231--21890741	140	3.6	140	87	1	702	32	17	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21890366--21890551	96	1.9	96	84	4	250	29	18	24	26	1.98
21890231--21890741	281	1.8	280	86	2	747	32	17	22	27	1.97
21892358--21892427	28	2.5	28	73	19	74	40	4	0	55	1.19
21893764--21893814	23	2.2	23	82	6	59	29	31	23	15	1.95
21894367--21894412	15	2.8	17	80	16	60	58	0	0	41	0.98
21894377--21894416	15	2.7	15	96	3	73	60	0	0	40	0.97
21896525--21896617	40	2.4	39	85	3	116	36	36	12	13	1.84
21899871--21900199	130	2.5	131	87	4	490	35	20	17	27	1.94
21902647--21902797	44	3.4	43	81	9	153	23	23	20	31	1.98
21902835--21903002	88	1.9	87	90	1	264	22	25	21	30	1.99
21914515--21914841	130	2.5	132	87	4	454	35	19	16	28	1.94
21915564--21915616	26	2.2	24	90	10	81	50	3	9	35	1.53
21919416--21919477	19	3.2	20	88	4	83	48	6	19	25	1.72
21922420--21922463	23	2.0	22	81	4	52	43	4	11	40	1.61
21922874--21923239	127	2.9	127	85	2	461	38	18	15	27	1.91
21929553--21929600	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
21929798--21929843	20	2.4	19	88	3	65	36	0	2	60	1.09
21940488--21940515	14	2.0	14	100	0	56	35	21	28	14	1.92
21942043--21942203	86	1.9	86	82	2	207	24	15	21	38	1.92
21942127--21942315	72	2.6	72	88	0	270	29	17	22	30	1.97
21942263--21942678	177	2.4	176	82	6	493	28	17	18	36	1.93
21942599--21942631	15	2.2	15	94	0	57	21	6	3	69	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21942260--21942680	88	4.7	89	80	9	439	27	17	18	37	1.93
21944474--21944521	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
21944713--21944758	20	2.4	19	88	3	65	36	0	2	60	1.09
21944961--21945008	24	1.9	26	84	16	66	35	0	6	58	1.23
21945052--21945090	21	1.9	20	89	5	60	23	2	10	64	1.37
21948684--21948718	16	2.2	16	100	0	70	71	0	0	28	0.86
21951119--21951296	89	2.0	89	98	0	347	35	20	15	27	1.93
21955486--21955518	5	6.6	5	100	0	66	0	18	0	81	0.68
21956410--21956501	47	1.9	48	95	2	168	41	4	3	51	1.38
21958258--21958321	17	3.9	15	78	13	56	65	3	4	26	1.27
21959769--21959857	23	3.9	22	71	17	74	47	1	3	48	1.26
21959922--21959948	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
21959939--21959997	26	2.3	26	78	16	70	57	1	1	38	1.19
21964311--21964354	21	2.1	21	91	0	70	29	20	29	20	1.98
21970447--21970563	43	2.7	42	79	7	119	28	22	21	28	1.99
21972210--21972303	31	3.0	31	74	18	95	57	2	7	32	1.38
21972293--21972324	14	2.1	16	88	11	50	56	3	6	34	1.40
21973566--21973602	13	2.8	14	84	8	51	10	2	10	75	1.14
21976505--21976585	40	2.0	40	100	0	162	53	12	7	27	1.65
21980232--21980286	28	2.0	28	82	13	69	23	14	3	58	1.52
21988821--21988875	28	2.0	28	82	13	69	23	14	3	58	1.52
21991922--21991977	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21997524--21997555	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
21999014--21999046	17	1.9	17	88	11	50	21	0	6	72	1.05
22002842--22002884	11	3.9	11	81	0	50	11	4	6	76	1.13
22002836--22002890	17	3.2	17	79	5	58	9	5	7	78	1.10
22003166--22003308	76	1.9	76	97	0	268	35	6	20	37	1.78
22009973--22010022	20	2.4	21	80	12	59	30	8	8	54	1.58
22010752--22010935	100	1.8	100	89	2	289	48	14	12	24	1.78
22010904--22010966	31	2.0	31	93	0	108	44	20	14	20	1.86
22022022--22022060	20	2.0	20	94	0	69	38	23	10	28	1.87
22022308--22022365	5	11.2	5	75	14	55	63	0	5	31	1.16
22022407--22022457	22	2.3	23	80	12	63	62	1	1	33	1.17
22022435--22022471	13	2.9	12	88	11	56	64	0	0	35	0.94
22025658--22025762	31	3.3	31	88	7	156	20	2	19	58	1.52
22025662--22025762	34	3.1	34	90	7	163	18	2	18	59	1.50
22026543--22026612	35	2.0	35	94	0	122	38	8	11	41	1.72
22027171--22027225	19	2.9	19	91	5	85	45	0	25	29	1.54
22027072--22027227	72	2.2	72	79	6	165	48	1	26	23	1.59
22031401--22031434	17	2.0	17	100	0	68	29	17	11	41	1.85
22031465--22031514	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
22032908--22032990	41	2.0	41	95	0	148	49	14	20	15	1.79
22051373--22051417	19	2.4	19	96	0	81	68	24	0	6	1.13
22052502--22052543	22	2.0	21	90	4	66	30	0	9	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22052581--22052655	30	2.5	30	81	10	82	34	2	6	56	1.40
22052627--22052682	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
22052739--22052775	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
22052842--22052877	9	4.0	9	85	0	54	38	0	2	58	1.13
22060913--22060999	41	2.1	41	84	0	111	39	19	10	31	1.85
22061780--22061860	22	3.4	22	69	18	72	37	12	13	37	1.83
22061773--22061874	50	2.0	50	100	0	204	36	11	13	38	1.82
22072609--22072669	19	3.3	19	82	11	65	39	0	6	54	1.27
22072621--22072686	10	6.9	9	71	11	51	37	0	3	59	1.13
22072614--22072686	20	3.7	20	87	7	89	35	0	5	58	1.21
22076964--22077432	130	3.6	129	83	5	520	34	19	18	27	1.95
22077034--22077430	130	3.0	131	85	2	530	34	18	19	27	1.96
22082599--22082642	9	4.9	9	82	0	61	2	9	2	86	0.75
22083257--22083294	18	2.1	18	90	0	58	10	5	60	23	1.50
22083584--22083617	7	4.9	7	100	0	68	73	0	0	26	0.83
22083598--22083654	29	1.9	29	96	3	105	75	0	8	15	1.04
22083573--22083647	10	6.8	10	72	22	53	76	0	4	20	0.95
22083573--22083649	7	12.7	6	81	11	54	76	0	3	19	0.94
22090010--22090041	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
22090037--22090098	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
22098985--22099074	33	2.7	33	84	3	119	35	14	21	28	1.92
22100850--22100882	10	3.3	10	88	12	50	81	0	15	3	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22102468--22102506	19	2.0	20	85	14	55	15	7	5	71	1.26
22102812--22102949	69	2.0	69	89	0	213	31	15	17	36	1.91
22104972--22105028	27	2.0	29	83	6	73	24	8	3	63	1.39
22107011--22107095	26	3.4	25	75	14	77	60	8	7	24	1.51
22107026--22107115	26	3.6	24	73	22	62	60	6	5	27	1.45
22107215--22107259	15	2.9	15	80	12	56	53	2	0	44	1.13
22108291--22108320	15	2.0	15	93	0	51	0	0	23	76	0.78
22108800--22109192	183	2.2	182	86	2	565	28	20	19	32	1.97
22108894--22109148	44	5.6	44	69	17	173	29	18	18	32	1.95
22109125--22109269	46	3.2	45	81	6	159	26	22	17	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276