genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  271  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89734063--89734112	20	2.5	20	100	0	100	32	16	18	34	1.92
89735420--89735563	50	3.0	48	83	8	200	36	6	25	31	1.81
89735423--89735563	48	2.9	49	82	8	180	36	6	24	32	1.81
89735710--89735817	37	2.9	37	92	0	180	23	18	31	26	1.97
89740531--89740626	29	3.4	28	89	4	147	29	31	13	26	1.94
89744780--89744962	29	6.3	29	87	1	253	32	30	12	24	1.92
89749157--89749258	24	4.5	22	75	12	98	28	25	16	29	1.97
89749149--89749258	46	2.4	46	84	6	134	28	26	16	29	1.97
89760987--89761132	40	3.7	40	84	7	181	23	22	27	26	2.00
89760987--89761155	80	2.1	80	81	7	193	25	21	26	26	2.00
89762531--89762715	40	4.6	40	93	1	300	25	27	23	23	2.00
89770441--89770614	46	3.8	45	73	6	152	31	18	26	23	1.97
89777246--89777417	46	3.7	44	78	12	159	25	19	31	23	1.98
89780565--89780676	56	2.0	56	98	0	215	23	10	33	33	1.89
89781561--89781620	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
89793067--89793196	39	3.3	40	81	2	147	36	18	13	31	1.89
89793194--89793222	10	2.9	10	100	0	58	48	10	0	41	1.37
89794955--89794992	20	1.9	20	88	0	58	5	2	31	60	1.33
89830705--89830809	53	2.0	53	81	3	122	37	17	26	19	1.93
89838133--89838269	53	2.5	53	82	2	157	37	20	21	20	1.94
89846858--89846927	36	1.9	36	82	0	86	34	31	10	24	1.88
89855895--89856034	37	3.8	37	96	0	253	24	31	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89856175--89856409	48	4.9	48	92	2	389	30	28	5	34	1.81
89856175--89856409	98	2.4	96	91	2	389	30	28	5	34	1.81
89859655--89859751	28	3.4	27	74	13	88	35	29	14	20	1.92
89859682--89859782	29	3.5	29	76	8	98	29	30	16	22	1.96
89859648--89859782	57	2.4	57	84	0	180	31	28	16	22	1.96
89860854--89861045	97	2.0	97	97	0	366	32	10	20	36	1.87
89861265--89861402	69	2.0	69	97	0	258	34	15	28	21	1.94
89861592--89861859	39	6.8	39	94	3	443	25	22	28	23	1.99
89862432--89862609	89	2.0	89	97	0	338	30	11	21	36	1.88
89864069--89864410	40	8.6	40	90	5	443	25	21	27	25	2.00
89871986--89872209	40	5.7	40	84	6	262	26	21	26	25	1.99
89872038--89872242	80	2.6	80	83	6	222	26	20	27	25	1.99
89873615--89873869	40	6.4	40	93	1	386	27	28	20	23	1.99
89874658--89874760	37	2.8	37	95	0	179	24	33	20	22	1.97
89874882--89875498	48	12.9	48	94	1	1004	29	27	7	35	1.84
89878994--89879161	42	4.0	41	75	12	117	33	27	14	24	1.95
89879013--89879112	42	2.3	43	84	6	123	33	23	17	27	1.96
89884085--89884162	39	2.0	38	97	2	147	28	15	20	35	1.93
89892466--89892588	50	2.5	50	86	0	174	33	24	20	21	1.97
89892466--89892613	75	2.0	75	90	2	235	33	23	19	22	1.97
89892466--89892589	25	5.0	25	83	0	158	33	25	20	21	1.97
89897999--89898028	6	5.0	6	91	0	51	0	0	13	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89901284--89901314	15	2.1	15	93	0	53	45	0	6	48	1.28
89907220--89907378	39	4.1	39	91	0	237	27	20	22	29	1.98
89912327--89912546	47	4.7	47	100	0	440	25	27	20	26	1.99
89915031--89915086	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
89918104--89918699	47	12.7	47	95	3	1085	26	27	19	27	1.99
89919028--89919560	280	1.9	280	98	0	1030	29	22	9	38	1.86
89921705--89921756	26	2.0	25	85	3	68	53	3	0	42	1.19
89923986--89924046	28	2.1	28	84	3	77	32	3	3	60	1.29
89925314--89925378	25	2.9	21	75	16	76	53	15	1	29	1.51
89925352--89925412	32	1.9	32	86	0	86	57	16	1	24	1.48
89927716--89927740	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
89930034--89930069	17	2.1	17	94	0	63	55	19	11	13	1.68
89942057--89942099	21	2.0	21	100	0	86	72	4	9	13	1.26
89942239--89942274	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
89944254--89944594	161	2.1	162	86	1	477	36	20	7	35	1.80
89945860--89945895	18	2.1	17	94	5	63	61	2	0	36	1.11
89946375--89946407	16	2.1	16	88	5	50	15	0	33	51	1.43
89946653--89946885	126	1.8	126	84	1	315	39	14	16	29	1.88
89946876--89946937	25	2.4	25	89	5	88	50	4	9	35	1.57
89946889--89946937	25	2.0	25	95	0	89	51	4	8	36	1.51
89950750--89950909	46	3.5	44	71	11	133	30	30	18	21	1.97
89950742--89950914	93	1.9	93	88	0	265	29	30	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89951644--89951799	79	2.0	80	89	1	242	44	17	14	23	1.86
89957405--89957582	27	6.6	27	83	3	178	29	27	15	27	1.96
89957426--89957581	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
89968037--89968339	152	2.0	150	98	1	579	40	13	12	33	1.82
89970490--89970527	20	2.0	20	85	10	53	2	21	2	73	1.07
89971536--89971569	15	2.2	15	89	5	50	20	17	5	55	1.62
89971567--89971622	21	2.5	22	80	8	60	3	16	1	78	0.97
89971660--89971694	9	4.0	9	92	7	63	77	0	0	22	0.78
89971661--89971694	17	2.0	17	100	0	68	76	0	0	23	0.79
89973652--89973681	11	2.7	11	100	0	60	80	0	6	13	0.91
89990135--89990186	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
89999363--89999481	46	2.5	48	82	9	136	26	23	13	36	1.92
90010251--90010475	48	4.9	47	76	10	191	27	17	24	30	1.97
90010289--90010459	43	3.9	43	72	15	127	27	16	25	29	1.97
90010986--90011537	292	1.9	291	96	0	1032	30	7	24	38	1.82
90011756--90011848	29	3.2	29	98	0	177	16	29	35	19	1.93
90012797--90012857	31	2.0	31	93	3	106	47	0	11	40	1.40
90033657--90034077	81	5.2	81	82	5	494	40	19	8	31	1.82
90033677--90034079	27	15.0	27	82	4	393	39	18	9	32	1.83
90034056--90034120	27	2.4	27	89	0	94	40	16	15	27	1.89
90034578--90034603	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
90044547--90044602	28	2.1	26	83	6	67	37	25	21	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90049046--90049091	22	2.1	22	95	0	83	32	30	10	26	1.90
90050868--90050975	27	3.9	28	83	10	134	37	22	24	15	1.93
90050866--90050975	55	2.0	54	91	1	175	38	21	24	15	1.92
90052390--90052436	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
90062196--90062247	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
90063075--90063139	27	2.4	26	80	10	69	23	24	16	35	1.95
90063170--90063233	27	2.4	27	78	0	56	31	10	18	39	1.86
90063197--90063330	27	4.7	28	73	18	98	32	5	16	44	1.72
90063286--90063410	27	4.7	26	85	7	162	29	8	21	40	1.82
90063287--90063443	54	2.9	54	82	7	178	29	10	20	39	1.86
90063260--90063410	81	1.9	82	84	6	209	29	7	19	42	1.80
90063259--90063443	81	2.3	82	80	8	200	29	10	19	40	1.85
90063287--90063450	27	6.1	27	78	9	138	28	10	21	38	1.88
90063442--90063639	27	7.3	27	87	2	263	38	8	24	28	1.85
90063442--90063639	81	2.4	81	88	1	290	38	8	24	28	1.85
90063485--90063659	81	2.2	81	88	0	251	37	9	22	30	1.85
90065829--90065864	9	4.0	9	89	10	56	44	0	0	55	0.99
90067155--90067192	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
90075228--90075360	48	2.8	48	87	0	185	25	18	25	30	1.98
90075954--90076510	292	1.9	289	95	1	1015	30	7	23	38	1.81
90076732--90076795	29	2.2	29	97	0	119	15	28	35	20	1.93
90091763--90091883	60	2.0	60	90	3	190	23	26	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90099105--90099550	161	2.8	160	85	4	567	39	19	9	31	1.83
90099118--90099524	27	15.2	27	82	6	452	38	19	9	32	1.83
90099503--90099567	27	2.4	28	87	5	89	41	16	13	27	1.87
90099118--90099551	80	5.4	80	79	8	400	38	19	9	32	1.84
90099105--90099551	134	3.3	133	80	6	463	39	19	9	31	1.83
90100416--90100477	31	2.0	31	100	0	124	29	9	9	51	1.66
90110273--90110389	56	2.1	56	96	0	216	46	9	22	22	1.80
90111519--90111737	80	2.7	80	83	7	250	26	21	27	25	1.99
90111519--90111704	40	4.7	40	85	5	234	25	21	27	25	1.99
90113236--90113321	27	3.2	27	77	8	86	37	22	22	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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