genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18637209--18637294	45	1.9	45	92	0	145	23	13	24	38	1.91
18643792--18643844	4	13.2	4	100	0	106	24	0	24	50	1.49
18648342--18648616	138	2.0	138	97	0	523	35	15	28	21	1.94
18652290--18652350	24	2.7	23	77	12	63	24	3	3	68	1.19
18661809--18661877	29	2.4	29	77	18	81	43	36	4	15	1.67
18662306--18662363	15	3.8	15	84	11	82	51	12	1	34	1.49
18662473--18662668	97	2.0	99	90	3	315	24	23	17	34	1.96
18663246--18663280	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
18663376--18663439	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
18663689--18663745	3	17.7	3	76	20	53	59	5	0	35	1.20
18665824--18665862	19	2.1	19	95	0	69	46	10	10	33	1.72
18665852--18665889	14	2.7	14	91	0	58	34	7	10	47	1.67
18667479--18667520	17	2.5	17	81	14	59	9	7	7	76	1.17
18670035--18670079	22	2.0	22	100	0	90	31	4	8	55	1.51
18670811--18670989	41	4.4	41	89	0	270	36	22	23	17	1.95
18671145--18671197	7	7.6	7	78	0	52	24	0	24	50	1.49
18671153--18671237	21	3.9	21	72	11	80	29	1	24	44	1.61
18671164--18671253	46	2.0	46	95	0	162	31	2	24	42	1.67
18671280--18671399	7	17.1	7	74	6	91	21	0	38	40	1.54
18671672--18671716	14	3.2	14	81	12	65	24	0	26	48	1.51
18672694--18673066	157	2.4	155	77	11	375	32	15	22	28	1.95
18673318--18673376	25	2.4	25	91	0	100	1	42	18	37	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18681685--18681891	43	4.8	43	94	0	369	22	31	19	26	1.97
18691588--18691850	3	89.3	3	73	8	175	28	8	1	61	1.34
18691634--18691693	31	1.9	32	93	3	104	30	10	0	60	1.30
18691792--18691830	14	2.8	14	100	0	78	28	5	0	66	1.12
18697129--18697239	57	1.9	57	83	0	141	31	18	26	24	1.97
18697594--18697717	3	43.3	3	70	9	71	29	7	2	60	1.36
18697813--18697857	24	1.9	23	82	13	56	22	6	2	68	1.24
18701266--18701353	44	2.0	44	100	0	176	22	13	38	25	1.91
18705797--18705826	3	10.0	3	92	0	51	30	0	36	33	1.58
18707341--18707503	83	2.0	84	95	1	292	30	11	23	34	1.91
18707993--18708024	8	4.0	8	100	0	64	37	0	0	62	0.95
18708037--18708132	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
18708840--18708897	30	1.9	30	85	0	80	39	3	24	32	1.72
18709230--18709363	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
18713139--18713289	42	3.5	43	77	8	137	27	25	20	27	1.99
18714012--18714058	23	2.0	23	100	0	94	53	21	4	21	1.63
18725287--18725641	46	7.7	46	89	0	505	39	14	23	21	1.91
18725238--18725641	138	3.0	138	90	3	619	38	15	23	22	1.92
18725902--18725948	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
18726301--18726328	14	2.0	14	100	0	56	21	7	35	35	1.81
18734410--18734440	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
18741794--18741867	20	3.7	20	98	0	139	10	31	37	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18743975--18744008	3	11.0	3	93	6	59	64	0	2	32	1.08
18744351--18744442	46	2.0	46	97	0	175	23	22	13	40	1.89
18746666--18746836	85	2.0	85	89	0	261	40	10	24	23	1.86
18749100--18749129	14	2.1	14	93	0	51	30	13	16	40	1.87
18764181--18764357	39	4.5	39	84	1	221	29	5	20	43	1.75
18765695--18765735	20	2.0	21	85	4	57	51	0	12	36	1.40
18766527--18766595	29	2.4	29	95	0	120	34	10	30	24	1.89
18766588--18766722	33	4.3	33	72	14	124	34	12	22	30	1.91
18766602--18766716	58	1.9	60	82	5	144	31	14	20	33	1.93
18769475--18769525	25	2.0	25	96	0	93	33	7	33	25	1.85
18777787--18777816	16	1.9	15	93	6	51	73	3	10	13	1.21
18780788--18780840	24	2.2	24	93	0	88	22	22	1	52	1.56
18794118--18794259	76	1.9	76	85	5	198	32	18	19	30	1.95
18795878--18795919	18	2.3	18	88	8	59	35	0	2	61	1.09
18795988--18796157	91	1.9	90	80	3	198	27	16	13	42	1.86
18796199--18796391	58	3.3	56	70	14	126	49	13	11	25	1.75
18804037--18804073	11	3.4	11	84	0	56	48	0	0	51	1.00
18804037--18804109	24	3.1	23	75	9	76	52	0	1	46	1.09
18806107--18806134	6	4.7	6	100	0	56	17	32	14	35	1.90
18814362--18814453	22	4.2	22	86	5	132	30	28	1	40	1.64
18814425--18814483	30	2.0	30	89	0	91	30	33	0	35	1.58
18814403--18814505	52	2.0	51	85	9	138	32	32	0	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18814455--18814496	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
18814539--18814603	31	2.1	32	82	2	78	32	0	1	66	1.01
18814614--18814711	49	2.0	49	95	0	178	29	17	25	27	1.97
18814742--18814775	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
18816920--18817795	23	34.2	29	70	29	316	50	20	0	28	1.49
18816923--18817841	51	18.1	51	96	1	1622	49	20	0	29	1.49
18819878--18820145	125	2.1	126	87	2	387	32	22	15	30	1.95
18821479--18821636	52	3.0	52	99	0	307	30	11	19	38	1.87
18821745--18821789	21	2.1	22	87	4	65	64	2	2	31	1.18
18821744--18821807	20	3.2	20	76	13	60	60	1	1	35	1.15
18822434--18822487	16	2.9	19	78	21	69	27	1	0	70	0.98
18822434--18822498	19	3.5	19	73	21	57	29	1	0	69	0.98
18822443--18822502	17	3.2	19	77	13	63	31	0	0	68	0.90
18822679--18822727	25	1.9	26	88	12	75	32	4	0	63	1.13
18830528--18830572	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
18830565--18830737	78	2.2	78	93	2	296	43	23	9	23	1.83
18831420--18831464	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
18835463--18835545	39	2.1	39	88	0	121	46	14	6	32	1.69
18843694--18843730	19	1.9	19	88	0	56	18	5	0	75	0.99
18849850--18850048	75	2.6	78	84	7	262	31	17	13	37	1.88
18850004--18850408	87	4.7	87	79	5	339	32	11	12	43	1.78
18850004--18850441	84	5.2	84	77	5	364	33	11	11	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18850081--18850441	167	2.1	170	85	8	470	32	10	11	45	1.74
18856401--18856529	42	3.0	41	81	3	150	17	24	14	43	1.87
18856663--18856690	8	3.5	8	100	0	56	50	0	0	50	1.00
18863160--18863348	3	63.0	3	98	0	369	32	0	0	67	0.91
18866719--18866785	33	2.0	33	91	0	107	28	16	32	22	1.95
18868744--18868798	19	2.8	20	77	8	67	67	3	3	25	1.23
18869413--18869446	3	11.7	3	93	6	61	32	0	0	67	0.91
18873720--18873753	3	11.7	3	93	6	61	32	0	0	67	0.91
18878811--18878846	17	2.1	17	89	0	54	44	0	44	11	1.39
18879309--18879334	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
18893765--18893797	15	2.2	15	100	0	66	51	6	0	42	1.26
18894198--18894245	20	2.3	21	85	3	62	39	2	0	58	1.10
18894322--18894372	24	2.2	24	86	10	70	41	0	0	58	0.98
18894349--18894381	16	2.1	16	88	11	50	51	0	3	45	1.16
18906502--18906603	26	3.9	26	86	7	118	34	12	10	42	1.78
18906697--18906788	42	2.2	42	82	7	116	25	20	31	22	1.98
18912912--18912970	17	3.4	17	71	17	57	55	3	3	37	1.33
18913307--18913354	9	5.3	9	84	0	69	37	22	10	29	1.88
18913307--18913359	18	2.9	18	91	0	88	35	20	11	32	1.88
18914555--18914634	41	2.0	39	85	7	108	33	1	30	35	1.66
18916227--18916256	15	1.9	15	93	6	51	0	16	0	83	0.65
18920687--18920767	26	3.1	26	85	0	108	44	16	16	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18932125--18932316	45	4.2	44	83	7	185	20	18	14	46	1.84
18932158--18932227	21	3.2	21	64	18	52	20	18	10	51	1.74
18932150--18932316	90	1.9	90	88	5	257	20	18	13	46	1.83
18932203--18932272	21	3.2	21	62	18	52	22	20	12	44	1.85
18935114--18935215	26	3.9	25	82	7	114	42	11	17	28	1.85
18935114--18935215	52	2.0	52	84	7	136	42	11	17	28	1.85
18937002--18937073	32	2.2	32	82	0	90	41	2	12	43	1.57
18938232--18938273	13	3.5	12	84	15	52	35	0	14	50	1.43
18961948--18962004	30	2.0	28	89	6	87	42	1	7	49	1.40
18961953--18962017	29	2.2	29	84	10	80	41	0	7	50	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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