genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  160  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52047373--52047399	10	2.7	10	100	0	54	22	33	29	14	1.94
52056282--52056376	47	2.0	47	100	0	190	31	12	12	43	1.80
52059836--52059884	23	2.1	23	88	0	71	24	30	16	28	1.96
52061354--52061443	22	4.0	22	73	12	67	45	17	8	27	1.78
52068456--52068517	26	2.3	26	80	2	70	33	25	11	29	1.91
52073553--52073809	27	9.6	27	88	5	360	29	28	14	27	1.95
52073553--52073834	55	5.2	55	84	4	367	30	29	13	26	1.94
52073553--52073814	105	2.4	106	92	3	427	29	29	14	27	1.95
52074880--52074919	21	1.9	21	100	0	80	50	17	5	27	1.67
52081838--52081989	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
52081838--52082014	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
52096210--52096290	38	2.1	38	95	0	144	45	16	7	30	1.74
52096468--52096510	17	2.5	17	100	0	86	53	16	13	16	1.73
52100487--52100528	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
52102375--52102436	25	2.5	25	86	0	88	29	22	19	29	1.98
52102425--52102476	24	2.2	24	82	6	61	26	21	23	28	1.99
52108514--52108615	29	3.6	29	80	4	100	26	33	16	23	1.96
52109411--52109458	19	2.3	21	82	10	64	56	0	27	16	1.41
52110748--52110879	27	4.9	26	81	9	149	33	22	24	19	1.97
52110748--52110882	54	2.5	53	87	3	191	33	22	24	19	1.97
52112477--52112581	26	4.0	26	92	0	183	35	25	6	32	1.82
52114065--52114147	42	2.0	41	97	0	148	30	26	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52118778--52118932	27	5.8	26	83	8	168	34	20	23	20	1.96
52118778--52118938	54	3.0	54	89	2	227	34	20	24	20	1.96
52120529--52120636	26	4.2	26	93	0	189	35	25	8	30	1.86
52121160--52121191	9	3.8	9	84	16	50	6	0	37	56	1.25
52121160--52121191	16	2.0	16	100	0	64	6	0	37	56	1.25
52121652--52121848	100	2.0	100	91	2	324	40	12	15	31	1.84
52122213--52122243	16	1.9	16	93	0	53	22	6	9	61	1.50
52122904--52122956	25	2.2	24	86	3	70	16	24	22	35	1.95
52129556--52129843	97	2.9	97	97	1	531	39	10	17	31	1.84
52137069--52137109	17	2.4	17	100	0	82	4	36	46	12	1.63
52137174--52137264	28	3.2	30	83	9	111	24	13	32	29	1.93
52137179--52137259	29	2.8	28	83	9	101	23	13	34	28	1.93
52139229--52139419	56	3.4	56	92	1	303	32	23	15	28	1.95
52145218--52145263	22	2.1	22	88	4	67	69	2	6	21	1.22
52150404--52150551	73	2.0	73	98	0	287	37	19	18	25	1.94
52156320--52157236	56	16.4	56	98	0	1744	33	24	16	25	1.95
52162709--52162761	24	2.2	24	90	3	81	35	18	26	18	1.95
52165218--52165435	40	5.5	40	86	3	271	26	29	22	21	1.99
52178324--52178366	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
52178838--52179017	28	6.5	28	94	2	294	26	13	28	31	1.94
52178838--52179017	55	3.3	55	94	1	299	26	13	28	31	1.94
52178838--52179017	83	2.2	82	93	1	306	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52182054--52182171	47	2.5	47	81	0	137	31	31	16	21	1.95
52188581--52188664	24	3.5	24	81	1	96	41	20	19	19	1.90
52193714--52193984	94	2.9	91	80	7	258	30	18	26	24	1.97
52193714--52193978	47	5.6	47	73	13	208	31	18	26	24	1.97
52195107--52195147	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
52196079--52196188	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
52197808--52197947	27	5.2	27	85	2	165	18	23	22	35	1.96
52197808--52197947	54	2.6	55	87	2	185	18	23	22	35	1.96
52215542--52215674	43	3.1	43	89	3	205	12	23	33	30	1.91
52215651--52215691	16	2.6	16	100	0	82	9	34	29	26	1.88
52215608--52215726	59	2.0	59	91	0	193	12	26	31	28	1.93
52221603--52221771	46	3.7	46	75	17	170	30	30	17	21	1.96
52221611--52221782	93	1.8	93	90	2	274	29	30	19	21	1.97
52221608--52221797	46	4.1	46	71	16	135	30	29	18	21	1.97
52227129--52227303	46	3.8	45	80	7	190	29	29	20	21	1.98
52227137--52227308	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
52227180--52227323	46	3.1	46	72	14	134	29	29	19	21	1.98
52229354--52229529	43	4.1	42	89	4	257	11	22	33	31	1.91
52232522--52232555	16	2.1	16	94	0	59	41	38	0	20	1.53
52233157--52233326	27	6.3	27	84	0	223	25	20	19	34	1.96
52233157--52233326	54	3.1	54	88	0	250	25	20	19	34	1.96
52241046--52241105	30	2.0	30	100	0	120	23	6	26	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52247352--52247394	21	2.1	20	86	4	59	39	4	9	46	1.57
52247532--52247612	39	2.1	39	90	0	126	28	12	18	40	1.87
52249525--52249553	11	2.6	11	100	0	58	24	10	20	44	1.82
52249613--52249657	10	4.5	10	86	5	56	66	4	8	20	1.36
52251251--52251313	25	2.6	23	76	14	63	71	1	3	23	1.09
52252695--52252772	33	2.4	32	81	10	86	32	11	19	37	1.87
52256654--52256716	30	2.1	30	100	0	126	15	9	28	46	1.78
52270213--52270271	16	3.7	16	81	0	64	50	18	18	11	1.76
52270484--52270573	29	3.1	28	85	7	119	31	13	26	28	1.94
52272630--52272688	16	3.7	16	79	0	73	54	22	16	6	1.66
52272901--52272990	29	3.1	28	90	4	137	30	13	28	27	1.94
52276770--52276808	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
52277246--52277350	55	1.9	56	82	5	133	35	20	24	20	1.96
52277273--52277350	27	2.8	27	86	5	102	33	20	24	21	1.97
52277273--52277360	27	3.1	27	80	8	97	34	22	22	20	1.97
52277466--52277530	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
52286402--52286451	18	2.8	18	84	3	66	48	6	18	28	1.71
52286654--52286717	23	2.8	24	81	9	80	25	17	18	39	1.92
52294390--52294507	23	5.0	23	75	11	87	20	21	20	38	1.94
52294411--52294507	46	2.1	46	84	1	122	19	20	19	40	1.92
52299334--52299420	44	2.0	44	95	0	156	18	33	28	19	1.95
52309578--52309959	40	9.6	40	96	0	701	22	23	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52317865--52318121	40	6.5	40	87	2	342	23	23	28	25	2.00
52318099--52318203	53	2.0	53	98	0	201	23	21	25	28	1.99
52320800--52320905	53	2.1	52	85	5	144	33	19	17	28	1.95
52342231--52342334	51	2.0	51	98	0	199	24	17	20	38	1.93
52345421--52345553	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
52346391--52346535	73	2.0	73	98	0	281	38	8	16	36	1.79
52346886--52346978	47	2.0	47	97	0	177	41	8	18	31	1.80
52347452--52348416	46	20.8	46	97	1	1777	31	6	29	32	1.83
52348559--52348710	74	2.1	74	92	0	250	26	17	29	26	1.98
52348570--52348714	37	3.9	37	87	3	211	24	18	30	26	1.98
52349830--52350428	40	15.0	40	92	0	921	27	30	21	21	1.98
52350569--52350904	48	7.0	48	95	1	564	29	29	5	35	1.81
52368265--52368358	47	2.0	47	93	0	161	39	22	19	19	1.93
52382405--52382445	19	2.2	19	100	0	82	43	0	21	34	1.53
52390560--52390614	27	2.0	27	85	0	74	52	14	14	18	1.74
52392641--52392806	29	5.2	30	64	27	92	23	16	18	42	1.89
52392624--52392819	65	3.0	65	100	0	392	24	15	18	41	1.89
52395773--52395811	20	2.0	21	85	10	55	35	0	2	61	1.10
52397070--52397123	29	1.9	29	82	14	69	40	1	5	51	1.36
52398561--52398711	55	2.8	55	76	1	151	19	22	17	40	1.91
52399453--52399566	57	2.0	57	96	0	210	33	21	21	24	1.97
52415482--52415515	15	2.3	15	90	5	52	58	0	11	29	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52415645--52415687	13	3.3	13	80	0	59	27	4	0	67	1.10
52415631--52415687	26	2.2	26	96	0	105	28	5	0	66	1.13
52415638--52415694	26	2.2	27	87	9	91	31	7	0	61	1.23
52417711--52418093	40	9.6	40	90	0	532	24	20	27	26	1.99
52418727--52418751	10	2.5	10	100	0	50	40	8	20	32	1.81
52420802--52421129	47	6.9	47	93	1	548	32	8	30	28	1.87
52420802--52421129	143	2.3	143	93	2	547	32	8	30	28	1.87
52427377--52427474	42	2.3	42	78	5	117	26	14	23	35	1.93
52427377--52427494	43	2.8	41	72	11	103	25	15	25	33	1.95
52428066--52428119	25	2.2	25	100	0	108	31	7	20	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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