genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16177670--16178485	3	272.0	3	100	0	1632	66	0	0	33	0.92
16179601--16179708	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
16180887--16180917	8	3.9	8	91	0	53	45	25	25	3	1.69
16181306--16181445	27	5.2	26	82	7	165	18	23	22	35	1.96
16181306--16181448	54	2.7	53	90	3	216	18	23	22	34	1.96
16183859--16183936	13	6.5	13	72	21	80	38	0	11	50	1.39
16183859--16183936	36	2.2	35	90	4	120	38	0	11	50	1.39
16183855--16183900	23	2.0	23	100	0	92	43	0	8	47	1.34
16183895--16183939	23	2.0	23	95	0	81	37	0	13	48	1.42
16185029--16185056	10	2.8	10	100	0	56	28	21	10	39	1.87
16185055--16185103	20	2.5	20	93	0	89	24	0	16	59	1.37
16187816--16187855	19	2.1	19	95	0	71	30	15	7	47	1.72
16190663--16190705	17	2.5	17	85	7	61	76	4	11	6	1.13
16192465--16192493	12	2.3	13	94	5	51	68	0	31	0	0.89
16199270--16199309	19	2.1	19	95	0	71	30	15	7	47	1.72
16202039--16202101	23	2.7	23	83	9	83	41	1	12	44	1.52
16205982--16206012	15	2.1	15	100	0	62	51	9	6	32	1.60
16206030--16206095	22	2.9	23	73	11	55	54	4	1	39	1.30
16212412--16212484	24	2.9	27	76	14	82	53	0	12	34	1.38
16212575--16212614	22	1.9	20	85	10	53	67	7	0	25	1.16
16226780--16226805	12	2.2	12	100	0	52	30	19	0	50	1.48
16227387--16227427	19	2.2	19	86	0	55	65	7	2	24	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16237946--16238027	41	2.0	41	95	0	146	34	21	13	30	1.92
16242638--16242680	14	3.2	13	83	9	50	41	44	0	13	1.44
16242644--16242721	7	11.1	7	77	0	66	44	44	0	10	1.37
16249584--16249639	16	3.4	16	85	4	85	12	5	14	67	1.38
16252031--16252223	72	2.7	72	88	0	260	34	21	17	26	1.95
16254217--16254327	27	4.0	27	74	10	82	38	0	3	57	1.16
16254254--16254325	20	3.7	19	85	7	92	37	0	5	56	1.22
16269982--16270038	23	2.5	24	80	8	64	61	0	14	24	1.33
16273486--16273519	17	2.0	17	100	0	68	5	0	41	52	1.25
16274185--16274336	72	2.1	72	83	9	186	34	18	15	31	1.92
16274238--16274758	127	4.1	127	94	1	879	35	19	15	29	1.93
16274238--16274833	254	2.4	252	88	5	881	35	20	15	28	1.93
16274792--16274970	71	2.5	71	99	0	349	35	17	15	31	1.91
16289423--16289456	17	2.0	17	100	0	68	5	0	41	52	1.25
16293033--16293177	73	2.0	73	98	0	281	22	18	21	37	1.94
16300722--16300757	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
16302734--16302770	18	2.1	18	100	0	74	37	27	10	24	1.88
16308973--16309014	22	2.0	20	86	9	57	40	0	4	54	1.21
16308994--16309048	16	3.6	15	78	11	58	34	0	1	63	1.05
16308986--16309054	30	2.3	30	80	11	88	39	0	1	59	1.06
16309006--16309049	15	3.0	14	80	9	52	38	0	0	61	0.96
16316710--16316738	14	2.1	14	100	0	58	31	20	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16319936--16320010	39	1.9	39	91	0	123	49	2	14	33	1.58
16328091--16328233	40	3.5	40	78	6	146	24	14	27	33	1.94
16328091--16328272	82	2.2	81	80	6	190	26	14	25	34	1.94
16342009--16342145	66	2.1	65	85	8	179	21	29	28	20	1.98
16348044--16348122	24	3.2	24	82	10	81	59	5	5	30	1.40
16347985--16348290	23	12.4	25	69	18	144	61	5	5	27	1.41
16348138--16348256	53	2.2	52	83	5	150	63	7	2	26	1.34
16348139--16348240	28	3.8	26	78	8	116	64	6	1	26	1.29
16348296--16348337	22	2.0	21	86	13	59	64	4	9	21	1.42
16349139--16349276	71	1.9	71	98	0	267	22	19	50	7	1.74
16349373--16349411	20	2.0	20	100	0	78	10	0	28	61	1.28
16349709--16350037	51	6.8	51	72	14	234	26	20	20	32	1.97
16349638--16349992	140	2.5	140	88	1	516	26	21	20	31	1.98
16349637--16350169	45	11.6	45	70	11	233	27	21	19	31	1.98
16349637--16350261	96	6.7	96	74	10	417	27	21	19	31	1.97
16350205--16350347	44	3.2	44	70	3	135	29	20	24	25	1.99
16350205--16350374	88	1.9	88	88	5	236	29	21	22	27	1.99
16356637--16356722	24	3.7	24	75	14	74	60	8	3	27	1.42
16356883--16357004	28	4.7	25	69	16	70	62	3	4	30	1.30
16356899--16357046	27	5.6	27	71	13	112	63	4	3	28	1.30
16357102--16357143	22	2.0	21	86	13	59	64	4	9	21	1.42
16365916--16366009	20	4.7	19	71	18	75	37	1	2	59	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16365984--16366028	18	2.4	19	85	10	58	44	0	4	51	1.21
16367346--16367392	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
16367653--16367910	46	6.0	46	80	14	280	22	24	15	37	1.93
16367743--16367899	38	3.9	38	85	12	233	24	24	17	33	1.96
16367697--16367910	84	2.5	84	95	0	374	22	24	16	36	1.94
16368094--16368247	62	2.5	62	91	1	238	22	24	22	29	1.99
16378826--16378884	19	3.1	18	73	9	55	61	5	1	32	1.28
16393371--16393432	20	3.0	20	86	6	81	56	11	6	25	1.58
16395197--16395222	6	4.3	6	100	0	52	69	30	0	0	0.89
16396158--16396191	17	2.1	17	83	5	52	52	0	20	26	1.46
16402188--16402221	17	2.1	16	88	5	50	58	0	8	32	1.29
16412304--16412342	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
16412568--16412665	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
16412570--16412658	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
16421567--16421626	23	2.6	23	83	0	93	13	25	33	28	1.93
16423130--16423175	23	2.0	23	100	0	92	34	13	21	30	1.91
16425287--16425326	12	3.2	12	83	16	55	77	0	17	5	0.94
16428359--16428436	35	2.2	35	100	0	156	44	12	5	37	1.65
16430677--16430726	19	2.9	17	80	19	59	42	0	2	56	1.11
16430712--16430755	19	2.3	20	81	18	58	34	0	4	61	1.16
16430723--16430763	18	2.2	20	86	8	59	29	2	4	63	1.28
16430760--16430800	21	2.0	21	85	0	55	19	7	2	70	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16431682--16432656	161	6.1	161	99	0	1925	28	5	26	39	1.79
16433056--16433114	19	3.4	19	64	22	56	28	27	1	42	1.65
16433052--16433118	33	2.0	33	100	0	134	32	23	2	40	1.70
16438292--16438411	3	40.0	3	100	0	240	33	0	0	66	0.92
16451259--16451341	31	2.7	32	78	12	93	55	4	1	38	1.29
16456321--16456448	36	3.5	36	81	7	152	14	14	31	39	1.86
16458818--16458942	35	3.5	37	81	7	123	27	16	16	40	1.88
16458853--16458944	36	2.6	35	84	1	112	27	18	16	38	1.92
16461124--16461196	36	2.0	36	97	0	137	15	32	15	36	1.88
16465910--16465965	17	3.4	16	74	11	60	60	23	0	16	1.35
16467629--16467721	47	2.0	47	89	0	141	30	15	22	32	1.94
16470497--16470537	17	2.4	17	88	12	57	46	2	0	51	1.14
16471220--16471269	9	5.6	9	82	0	64	44	22	8	26	1.80
16472725--16472781	25	2.3	25	93	0	96	57	12	7	22	1.58
16474149--16474316	71	2.4	71	84	4	205	33	15	19	31	1.93
16476380--16476448	24	2.9	22	79	10	66	27	4	7	60	1.42
16484280--16484397	62	2.0	62	83	5	152	50	3	4	42	1.38
16484432--16484466	17	2.0	17	88	5	52	45	0	5	48	1.26
16488445--16488495	20	2.5	21	84	9	70	29	15	31	23	1.95
16495014--16495079	26	2.4	27	82	12	73	15	10	7	66	1.43
16496617--16496717	44	2.2	44	94	3	175	21	17	23	36	1.95
16498259--16498332	9	8.7	9	72	25	63	24	0	18	56	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16498279--16498332	23	2.5	22	87	6	74	25	0	18	55	1.43
16502849--16502911	18	3.4	18	75	12	56	41	3	0	55	1.16
16502964--16503053	26	3.7	25	76	20	77	46	0	6	46	1.29
16506264--16506316	16	3.3	16	76	10	54	33	5	24	35	1.79
16506828--16506858	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
16508349--16508418	26	2.7	25	73	6	68	17	25	21	35	1.95
16508385--16508464	25	3.3	25	70	10	67	17	27	23	31	1.97
16508385--16508525	73	1.9	73	82	5	178	19	24	22	34	1.97
16511648--16511709	31	2.0	31	81	6	72	38	6	12	41	1.69
16512870--16512948	31	2.6	31	79	16	78	46	11	6	35	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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