genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  274  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90645579--90645603	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
90655528--90655564	18	2.1	18	90	10	58	45	37	0	16	1.47
90664486--90664526	20	2.0	20	85	0	55	34	17	0	48	1.47
90665086--90665169	42	2.0	42	97	0	159	36	13	4	45	1.64
90678073--90678145	27	3.0	23	74	20	67	34	1	1	63	1.12
90678863--90678930	27	2.5	27	83	4	93	26	26	25	22	2.00
90678974--90679036	27	2.3	28	84	10	78	63	0	0	36	0.95
90686076--90686134	28	2.2	27	85	8	84	22	27	11	38	1.89
90686082--90686139	28	2.1	28	100	0	116	24	24	10	41	1.86
90688638--90688686	22	2.2	22	82	7	55	22	18	4	55	1.60
90688724--90688786	30	2.1	30	94	5	110	28	3	11	57	1.49
90688910--90688942	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
90690950--90691037	40	2.2	39	85	2	122	32	29	21	15	1.95
90690950--90691076	39	3.2	40	80	5	125	32	29	21	17	1.96
90690967--90691106	39	3.5	39	80	2	147	30	25	22	20	1.98
90694531--90695357	137	6.0	137	93	0	1420	34	20	19	26	1.96
90698012--90698045	7	4.7	7	85	7	50	23	0	29	47	1.52
90698053--90698098	21	2.1	22	84	11	60	15	0	41	43	1.46
90698083--90698126	7	6.3	7	91	0	52	13	2	45	38	1.56
90698486--90698549	22	2.9	23	77	15	71	64	3	3	29	1.24
90698541--90698663	40	3.1	40	85	2	167	43	17	19	19	1.88
90698554--90698663	39	2.8	40	87	2	168	41	17	20	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90699366--90699623	132	2.0	132	82	3	313	27	18	20	34	1.96
90711366--90711900	41	11.9	44	69	16	253	33	20	19	26	1.96
90711280--90711959	137	5.0	137	92	0	1110	33	20	19	26	1.96
90712172--90712220	25	2.0	25	100	0	98	32	44	4	18	1.68
90714105--90714130	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
90714233--90714293	31	1.9	32	90	3	97	29	18	22	29	1.97
90714925--90714973	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
90715490--90715527	18	2.1	19	85	10	60	7	42	2	47	1.46
90715558--90715633	35	2.2	35	86	9	102	34	39	3	22	1.73
90718514--90718948	241	1.8	241	98	0	852	33	18	14	33	1.92
90719068--90719186	9	12.6	9	73	10	94	46	21	0	31	1.57
90719085--90719162	39	2.0	39	87	0	111	44	23	0	32	1.53
90725801--90726071	132	2.1	132	84	3	350	26	18	19	35	1.95
90727960--90727990	4	7.8	4	100	0	62	25	22	0	51	1.48
90730146--90730218	38	1.9	38	94	0	128	47	15	10	26	1.77
90740911--90740954	20	2.2	20	88	8	63	29	2	0	68	1.02
90745095--90745128	17	2.0	17	100	0	68	29	11	5	52	1.61
90746858--90746897	13	3.2	13	80	19	50	25	25	0	50	1.50
90746845--90746885	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
90747047--90747132	21	4.1	21	87	0	100	33	23	23	19	1.97
90754690--90755239	278	2.0	278	99	0	1082	31	16	24	27	1.96
90756411--90756474	29	2.1	30	83	11	78	53	6	1	39	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90760566--90760600	3	11.7	3	93	0	61	37	0	31	31	1.58
90765192--90765237	9	4.8	10	78	10	51	30	2	4	63	1.26
90765192--90765237	19	2.4	19	85	7	58	30	2	4	63	1.26
90777955--90777986	16	2.0	16	100	0	64	43	0	25	31	1.55
90788338--90788515	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
90788359--90788514	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90791467--90791494	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
90793463--90793492	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
90794353--90794522	55	3.2	55	63	18	151	48	7	4	39	1.51
90794386--90794544	49	3.1	49	61	16	115	44	9	5	40	1.59
90794396--90794559	57	3.1	57	63	23	154	42	9	4	43	1.59
90794351--90794559	104	2.0	104	100	0	418	44	8	4	41	1.56
90806058--90806104	24	2.0	24	83	8	60	44	14	14	25	1.84
90809018--90809088	37	1.9	36	88	8	108	11	22	5	60	1.51
90810925--90811042	43	2.7	43	88	0	191	36	21	15	27	1.93
90812777--90812828	18	2.8	18	82	2	50	5	15	0	78	0.92
90818184--90818221	20	1.9	20	88	0	58	71	0	2	26	1.00
90818263--90818311	14	3.8	13	76	15	57	53	0	2	44	1.12
90818255--90818308	26	2.1	24	83	13	63	53	0	3	42	1.18
90818300--90818360	17	3.4	18	73	13	54	67	1	1	29	1.10
90819658--90819881	116	1.9	116	99	0	439	24	17	20	37	1.94
90820030--90820144	7	17.1	7	69	25	72	35	3	0	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90820029--90820144	20	5.8	21	73	19	81	35	3	0	60	1.20
90819976--90820093	46	2.5	46	82	12	125	32	2	2	62	1.22
90820023--90820093	13	5.9	12	72	16	58	35	1	1	61	1.13
90820052--90820161	16	6.8	17	69	22	58	33	5	0	60	1.26
90820325--90820383	21	2.7	23	78	14	63	35	8	1	54	1.41
90820444--90820499	17	3.3	17	75	12	53	32	3	0	64	1.11
90820481--90820529	14	3.8	13	76	15	57	44	2	0	53	1.12
90820488--90820546	26	2.3	25	77	11	66	42	3	0	54	1.17
90821799--90821864	18	3.8	18	77	15	59	62	1	4	31	1.25
90821835--90821951	13	9.1	13	71	18	59	60	1	3	34	1.23
90821793--90821871	41	1.9	41	82	7	97	63	2	3	30	1.25
90821798--90821944	20	7.5	19	73	20	108	59	1	4	34	1.27
90825891--90825918	13	2.2	13	100	0	56	25	7	14	53	1.66
90827128--90827160	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
90837110--90837160	26	2.0	25	88	7	77	39	0	3	56	1.18
90855493--90855543	25	2.0	25	100	0	102	45	11	19	23	1.83
90856941--90856993	20	2.7	20	77	8	63	58	0	0	41	0.98
90857559--90857606	21	2.3	22	79	13	57	33	2	0	64	1.05
90862314--90862806	245	2.0	244	94	1	871	32	13	19	34	1.91
90868700--90868728	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
90869492--90869602	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
90873988--90874138	75	2.0	75	100	0	302	30	21	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90880573--90880612	21	1.9	21	85	10	55	55	5	10	30	1.54
90880854--90880901	19	2.4	21	86	10	66	39	0	0	60	0.97
90880874--90880937	19	3.3	19	80	4	58	32	0	7	59	1.26
90885647--90885692	24	2.0	24	86	4	67	26	19	10	43	1.84
90899282--90899343	29	2.1	29	85	5	81	40	9	8	41	1.67
90900131--90900224	36	2.7	36	73	11	97	26	7	6	59	1.49
90910097--90910227	60	2.2	60	78	8	140	42	0	15	41	1.52
90912412--90912603	53	3.9	49	81	13	207	30	30	15	23	1.95
90912430--90912620	52	3.8	52	80	8	164	29	29	16	23	1.96
90925445--90925668	46	4.8	46	88	3	308	20	26	14	39	1.90
90925445--90925665	93	2.4	91	89	2	316	20	26	14	38	1.91
90928835--90928886	25	2.1	25	100	0	104	46	11	0	42	1.40
90930246--90930297	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
90939971--90941387	737	1.9	737	100	0	2834	36	12	14	36	1.84
90941980--90942008	9	3.2	9	100	0	58	41	10	10	37	1.73
90946908--90946982	38	2.0	38	94	0	132	33	5	30	30	1.80
90952039--90952279	120	2.0	120	97	0	455	26	22	21	29	1.99
90955666--90955724	28	2.1	28	87	0	82	45	3	0	50	1.18
90955667--90955724	15	4.1	15	70	18	52	44	3	0	51	1.18
90959407--90959438	9	3.4	10	87	12	50	65	9	0	25	1.22
90963283--90963322	21	1.9	21	94	0	71	27	20	30	22	1.98
90963771--90963819	12	4.1	12	83	0	62	28	10	6	55	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90963765--90963816	18	2.9	18	77	11	52	25	11	5	57	1.55
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90964092--90964123	9	3.4	10	87	12	50	65	9	0	25	1.22
90967968--90968007	21	1.9	21	94	0	71	27	20	30	22	1.98
90968456--90968504	12	4.1	12	83	0	62	28	10	6	55	1.57
90968450--90968501	18	2.9	18	77	11	52	25	11	5	57	1.55
90968513--90968573	6	10.2	6	76	0	50	22	6	14	55	1.62
90968628--90968796	48	3.5	48	90	0	259	25	12	17	44	1.83
90970770--90971076	43	7.2	43	94	1	514	27	9	20	43	1.82
90971055--90971115	29	2.1	28	81	3	68	24	8	13	54	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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