genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  259  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85678689--85679165	105	4.4	105	90	5	731	28	1	12	57	1.44
85678803--85678851	25	1.9	26	84	12	66	28	2	10	59	1.41
85678908--85678956	25	1.9	26	84	12	66	28	2	10	59	1.41
85678733--85679001	54	5.1	54	67	18	224	27	0	12	59	1.38
85678745--85679011	51	5.1	51	68	18	208	28	0	11	59	1.38
85678944--85679152	115	1.8	113	87	4	312	27	1	15	55	1.48
85685445--85685497	19	2.9	18	75	5	52	62	5	0	32	1.19
85689048--85689208	81	2.0	81	85	2	216	40	19	9	30	1.84
85689032--85689292	27	9.6	27	74	5	141	40	18	10	31	1.84
85689024--85689286	81	3.2	81	79	4	208	41	18	9	30	1.81
85689552--85689673	41	3.0	41	87	4	183	21	22	30	25	1.99
85690032--85690096	22	3.0	22	75	8	60	26	26	16	30	1.97
85689688--85690234	216	2.5	216	89	1	837	24	21	20	33	1.97
85698440--85698562	57	2.1	56	82	7	140	43	6	21	27	1.77
85702990--85703069	38	2.1	38	90	4	126	35	26	20	18	1.95
85703207--85703256	21	2.3	21	80	10	57	36	20	4	40	1.71
85703278--85703310	17	2.0	17	88	5	50	42	12	0	45	1.41
85714176--85714214	19	2.1	19	100	0	78	12	10	5	71	1.28
85714385--85714410	12	2.2	12	100	0	52	50	0	42	7	1.31
85723195--85723232	19	2.0	19	100	0	76	68	0	5	26	1.11
85723802--85723860	31	2.0	30	90	6	93	45	13	6	33	1.70
85724644--85724767	65	1.9	65	83	3	160	41	8	7	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85726456--85726507	20	2.6	20	93	0	86	21	13	11	53	1.70
85730926--85731220	145	2.0	145	97	0	554	36	21	18	23	1.95
85735385--85735452	34	2.0	34	88	0	100	22	26	22	29	1.99
85736719--85736746	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
85742589--85742656	34	2.0	34	82	0	82	22	23	22	32	1.98
85745137--85745174	17	2.2	18	85	4	51	60	0	7	31	1.25
85746591--85746676	30	2.9	29	74	17	86	45	1	0	53	1.07
85749535--85749578	18	2.4	18	88	0	61	54	0	0	45	0.99
85749589--85749620	17	1.9	16	93	6	55	43	0	3	53	1.16
85749590--85749628	17	2.4	16	83	8	51	46	2	2	48	1.29
85749551--85749633	43	1.9	44	85	2	114	45	4	1	48	1.31
85768248--85768274	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
85769578--85769695	23	5.0	23	74	11	96	34	17	22	24	1.96
85769578--85769694	47	2.4	47	84	8	139	34	17	23	24	1.96
85770520--85770591	37	1.9	37	97	0	135	37	25	20	16	1.93
85777596--85777675	23	3.4	23	84	5	99	37	20	23	18	1.94
85777615--85777683	23	3.0	23	79	10	77	39	17	24	18	1.92
85784451--85784475	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
85785398--85785548	73	2.1	73	83	8	191	27	21	19	31	1.98
85789196--85789236	20	2.0	22	85	9	59	29	19	0	51	1.47
85789196--85789242	21	2.2	22	81	11	53	29	19	0	51	1.47
85791911--85791935	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85791970--85792082	47	2.4	47	89	7	167	16	18	21	43	1.88
85792204--85792252	18	2.6	19	80	6	64	30	6	10	53	1.59
85792201--85792266	18	3.6	18	77	2	60	27	9	15	48	1.74
85792288--85792345	18	3.2	18	77	0	71	36	12	12	39	1.80
85792283--85792360	36	2.2	36	81	4	86	38	10	11	39	1.76
85794339--85794552	45	4.7	45	81	6	259	25	17	30	27	1.97
85794334--85794506	94	1.8	95	93	1	303	26	17	30	25	1.97
85794329--85794665	45	7.1	47	75	12	242	27	18	28	26	1.98
85796969--85797037	29	2.4	29	92	0	120	26	13	24	36	1.92
85796969--85797049	29	2.8	28	76	14	83	27	12	24	35	1.91
85797755--85798115	84	4.3	84	99	0	713	29	18	22	29	1.98
85799576--85799636	20	3.4	19	72	25	60	47	0	26	26	1.52
85799888--85799948	30	2.0	30	83	0	77	49	1	29	19	1.58
85800005--85800111	52	2.1	52	96	0	196	44	13	14	28	1.81
85804474--85804534	20	3.4	19	72	25	60	47	0	26	26	1.52
85804786--85804846	30	2.0	30	83	0	77	49	1	29	19	1.58
85804903--85805009	52	2.1	52	96	0	196	44	13	14	28	1.81
85811188--85811231	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
85818578--85818628	21	2.5	21	87	6	70	45	23	17	13	1.84
85821819--85821883	33	2.0	32	84	3	85	12	12	4	70	1.30
85825042--85825078	19	2.1	18	90	10	58	54	0	5	40	1.24
85825049--85825089	19	2.2	19	86	0	55	53	0	2	43	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85825080--85825136	18	3.1	19	82	10	64	38	0	5	56	1.22
85825080--85825135	19	3.1	18	84	7	60	39	0	5	55	1.23
85825092--85825153	19	3.2	19	86	6	81	41	0	3	54	1.16
85825119--85825164	10	4.5	10	81	13	58	41	0	2	56	1.11
85825780--85825819	21	1.9	21	94	0	71	22	10	10	57	1.61
85826323--85826383	28	2.2	28	96	0	113	63	0	19	16	1.30
85830988--85831017	15	2.0	15	100	0	60	26	6	33	33	1.83
85831841--85831899	31	1.9	31	92	0	100	32	22	6	38	1.80
85832629--85832702	30	2.5	30	82	4	87	21	2	22	52	1.59
85836633--85836667	17	2.1	17	94	0	61	22	5	2	68	1.24
85837598--85837639	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
85838476--85838620	77	1.9	76	80	8	168	21	16	27	34	1.95
85838707--85838776	35	2.0	35	97	0	131	31	7	25	35	1.83
85840483--85840519	14	2.6	15	87	8	51	48	10	10	29	1.72
85841037--85841079	21	2.0	21	95	0	77	23	16	25	34	1.95
85842143--85842178	14	2.6	14	86	0	54	36	11	0	52	1.37
85842309--85842470	87	1.9	87	88	0	243	48	8	5	38	1.56
85848502--85848531	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
85849220--85849254	18	1.9	18	88	0	52	28	0	8	62	1.24
85849897--85849924	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
85859239--85859305	14	4.8	14	77	0	71	40	4	14	40	1.67
85859239--85859305	28	2.4	28	92	0	116	40	4	14	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85859323--85859394	33	2.2	33	82	7	85	31	1	13	52	1.49
85859761--85859817	15	3.5	15	69	17	51	47	0	3	49	1.18
85859840--85859876	16	2.3	17	86	13	60	40	0	0	59	0.97
85865706--85865755	24	2.0	25	84	3	66	30	2	4	64	1.23
85865931--85866005	29	2.6	28	78	17	82	33	5	1	60	1.28
85866167--85866213	23	2.0	23	100	0	94	29	17	8	44	1.78
85877959--85878523	44	13.0	43	71	7	363	28	19	24	26	1.99
85878129--85878513	86	4.4	87	74	7	361	28	19	24	27	1.99
85877955--85878618	130	5.1	130	91	0	995	29	20	23	26	1.99
85878559--85878715	44	3.6	44	74	4	147	29	23	19	26	1.98
85878579--85878750	44	3.9	44	73	3	139	30	22	20	26	1.98
85878579--85878744	88	1.9	88	82	2	208	31	21	21	25	1.98
85879928--85880002	29	2.6	28	78	17	82	33	5	1	60	1.28
85880166--85880210	23	2.0	23	100	0	90	26	20	8	44	1.80
85881391--85881424	12	2.8	12	91	8	52	20	0	2	76	0.92
85881391--85881424	17	2.0	17	94	0	59	20	0	2	76	0.92
85881423--85881463	16	2.5	17	84	7	59	56	0	4	39	1.21
85884580--85884614	18	1.9	18	88	11	54	68	25	0	5	1.11
85885885--85885928	22	2.0	22	100	0	88	36	0	9	54	1.32
85888317--85888372	29	1.9	29	96	0	103	37	7	12	42	1.70
85893149--85893222	29	2.4	30	82	14	82	40	0	1	58	1.07
85894398--85894440	15	2.8	15	78	3	50	27	0	20	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85894428--85894630	94	2.1	96	83	6	261	40	1	17	39	1.59
85894717--85895244	126	4.2	126	90	2	837	33	17	21	27	1.96
85898296--85898333	17	2.3	17	86	4	51	36	5	5	52	1.47
85898274--85898773	116	4.3	116	96	0	876	47	8	3	40	1.51
85899163--85899200	18	2.1	18	90	0	58	44	13	23	18	1.85
85909724--85909858	70	1.9	69	95	1	243	11	22	1	64	1.34
85910205--85910281	38	2.0	38	92	0	127	12	12	3	70	1.31
85912934--85912982	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
85917061--85917108	22	2.1	23	92	3	80	39	0	27	33	1.57
85921134--85921196	28	2.3	27	83	10	74	26	7	3	61	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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