genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17761346--17761840	96	5.2	96	98	0	920	35	25	12	26	1.91
17761322--17761865	24	22.7	24	75	10	362	35	26	12	26	1.91
17762292--17762323	16	2.0	16	93	0	55	56	15	0	28	1.40
17765156--17765234	42	1.9	41	84	7	106	43	20	13	22	1.87
17765175--17765427	42	6.1	42	72	6	167	41	16	16	24	1.89
17765194--17765425	84	2.7	86	74	11	219	42	16	16	24	1.89
17766710--17766750	21	2.0	20	86	13	57	34	9	21	34	1.87
17771027--17771077	23	2.2	22	83	10	66	49	1	15	33	1.56
17771038--17771084	23	2.0	23	91	0	76	46	4	12	36	1.62
17778628--17778666	14	2.8	14	100	0	78	58	12	7	20	1.58
17779839--17779887	20	2.5	20	96	0	89	32	20	16	30	1.94
17782048--17782079	11	2.9	11	100	0	64	37	25	0	37	1.56
17783889--17783952	31	2.1	31	84	0	83	25	26	14	34	1.94
17784160--17784242	25	3.4	24	85	6	114	26	21	19	32	1.97
17784291--17784357	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
17784291--17784346	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
17784394--17784441	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17785816--17785872	21	2.7	21	78	10	55	71	1	10	15	1.21
17786327--17786370	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
17790297--17790337	9	4.6	9	84	0	55	26	7	19	46	1.76
17792877--17792903	13	2.1	13	100	0	54	48	29	0	22	1.51
17793618--17793824	54	3.6	54	70	17	155	42	1	3	52	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17793763--17793804	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
17793754--17793795	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
17794021--17794056	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
17797224--17797284	29	2.1	30	93	3	106	40	31	4	22	1.75
17802245--17802368	33	3.8	33	92	0	203	19	8	41	30	1.82
17808531--17808818	96	3.0	96	99	0	569	35	13	15	35	1.87
17808947--17809000	26	2.0	28	92	7	94	37	3	0	59	1.15
17810609--17810728	42	2.9	42	96	0	213	50	12	25	11	1.74
17813262--17813376	42	2.7	43	85	6	146	27	25	15	31	1.96
17813306--17813466	47	3.6	46	83	12	174	28	26	16	29	1.97
17813495--17813643	31	4.8	31	86	6	212	26	27	18	27	1.98
17813619--17813747	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
17822063--17822129	35	1.9	35	100	0	134	16	28	20	34	1.95
17826910--17826953	18	2.4	18	92	0	70	38	15	13	31	1.87
17828098--17828154	22	2.7	22	84	10	66	3	17	8	70	1.28
17829529--17829576	5	10.0	5	82	8	64	79	2	0	18	0.84
17832930--17832964	18	1.9	18	94	0	61	5	0	45	48	1.26
17839896--17839944	5	10.0	5	78	12	57	79	2	0	18	0.83
17839890--17839939	13	3.6	13	82	15	64	78	2	0	20	0.86
17854542--17854881	178	1.9	176	87	3	495	24	29	12	33	1.92
17855664--17855745	25	3.4	24	76	17	73	70	0	25	3	1.03
17856445--17856493	11	4.5	11	84	0	62	71	8	2	18	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17856476--17856501	11	2.4	11	100	0	52	84	7	0	7	0.77
17862404--17862452	20	2.5	18	80	12	53	40	2	0	57	1.10
17863448--17863517	29	2.4	29	75	22	74	37	1	10	51	1.44
17865761--17865803	17	2.5	17	84	0	59	18	30	27	23	1.98
17866642--17866727	43	2.0	43	93	0	145	23	25	2	48	1.62
17877877--17877978	28	3.5	27	69	21	71	26	21	28	23	1.99
17877841--17877977	60	2.3	59	82	8	152	29	21	24	24	1.99
17880292--17880336	24	2.0	22	82	8	54	51	22	2	24	1.60
17906130--17906162	17	1.9	17	93	0	57	30	12	0	57	1.35
17906153--17906181	11	2.5	12	94	5	51	27	0	0	72	0.85
17907656--17907685	6	5.2	6	96	4	53	30	0	0	70	0.88
17909343--17909444	3	36.0	3	72	14	65	0	32	1	64	1.11
17909343--17909390	23	2.1	23	88	0	69	2	37	0	60	1.09
17909348--17909406	23	2.6	23	86	0	82	0	37	0	62	0.95
17909349--17909441	8	11.1	8	68	17	55	0	33	2	64	1.06
17909352--17909444	11	8.5	11	71	12	59	0	33	2	64	1.06
17911795--17912054	64	4.1	64	100	0	520	45	10	9	34	1.71
17918648--17918826	17	10.0	17	64	14	74	45	10	14	30	1.78
17918701--17918769	37	1.9	36	88	11	106	42	11	15	30	1.83
17918707--17918788	18	4.5	19	74	17	75	41	10	14	32	1.81
17918723--17918826	18	5.9	17	72	13	77	41	11	17	29	1.84
17918852--17918938	16	5.2	16	73	10	75	58	10	9	21	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17918928--17918975	23	2.1	23	88	11	73	47	10	2	39	1.49
17918819--17919055	128	1.8	130	89	4	379	50	10	8	29	1.67
17918981--17919096	17	6.7	17	77	16	114	50	9	13	25	1.72
17918981--17919091	35	3.2	35	82	10	113	50	9	13	26	1.72
17918819--17919135	128	2.4	127	83	9	363	49	9	9	31	1.67
17919622--17919690	23	3.0	22	75	24	72	0	27	0	72	0.85
17919616--17919688	25	2.9	26	78	15	82	0	27	0	72	0.85
17919651--17919690	13	2.9	14	88	7	64	0	30	0	70	0.88
17920392--17920508	30	3.9	29	80	7	119	45	3	21	29	1.68
17920504--17920538	14	2.4	15	90	4	54	25	0	2	71	1.00
17920780--17921097	107	3.0	104	87	7	487	37	17	15	29	1.91
17920780--17921097	54	5.9	54	90	6	495	37	17	15	29	1.91
17920780--17921097	161	2.0	160	89	6	491	37	17	15	29	1.91
17921184--17921216	13	2.4	14	95	5	59	69	9	9	12	1.36
17921177--17921224	14	3.5	14	85	5	62	62	8	10	18	1.52
17921300--17933206	72	165.4	72	99	0	23778	33	18	16	31	1.93
17933339--17933567	72	3.2	73	86	3	302	35	18	14	31	1.91
17945496--17945934	17	24.6	18	69	20	110	45	10	11	33	1.74
17945502--17945567	16	3.9	16	78	13	53	48	10	13	27	1.75
17945585--17945668	36	2.3	37	77	6	91	39	11	8	40	1.72
17945668--17945943	17	15.4	17	72	10	149	45	10	12	31	1.75
17945705--17945770	21	3.0	22	86	8	91	40	7	7	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17945888--17945943	18	3.1	19	76	7	62	41	14	10	33	1.80
17945938--17945988	18	2.9	17	77	8	57	47	7	9	35	1.66
17946784--17946900	30	3.9	29	77	11	94	44	3	21	30	1.69
17946799--17946900	30	3.4	30	83	2	125	44	3	21	30	1.70
17946898--17946933	16	2.2	17	90	5	56	19	0	2	77	0.88
17946898--17946933	17	2.1	17	89	0	54	19	0	2	77	0.88
17947345--17947440	29	3.2	29	81	11	90	33	12	5	48	1.63
17951678--17952085	75	5.4	75	87	1	523	31	21	19	26	1.98
17951798--17952000	35	5.5	34	66	22	106	33	23	17	25	1.96
17953962--17954150	39	4.8	39	90	1	218	20	23	28	28	1.99
17953996--17954187	39	4.9	39	89	1	231	20	23	27	28	1.99
17953996--17954187	78	2.4	78	85	1	258	20	23	27	28	1.99
17958922--17959093	39	4.4	38	86	3	182	22	23	26	27	1.99
17958951--17959145	39	4.9	39	87	1	219	20	23	26	29	1.99
17958951--17959131	78	2.3	78	85	0	245	20	22	26	29	1.99
17959702--17960079	180	2.1	180	100	0	756	33	11	18	35	1.87
17962058--17962112	21	2.6	21	88	5	76	23	1	29	45	1.63
17962796--17962854	2	29.5	2	96	0	109	49	49	1	0	1.11
17962860--17963125	77	3.4	79	80	3	272	46	22	9	21	1.79
17962861--17963091	79	2.9	80	82	6	267	45	24	9	20	1.80
17965333--17965385	6	8.7	6	93	2	88	66	15	0	18	1.26
17965401--17965439	16	2.4	17	86	8	62	56	25	0	17	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17981002--17981043	13	3.2	13	80	9	50	33	7	28	30	1.84
17988121--17988522	204	2.0	204	99	0	795	36	17	16	29	1.92
17988952--17989225	138	2.0	137	94	2	487	27	20	13	37	1.90
17997261--17997373	55	2.1	55	96	1	210	38	18	15	26	1.91
17998805--17998863	18	3.3	18	78	0	55	30	16	16	35	1.92
18006356--18006427	32	2.2	34	90	5	112	19	15	15	50	1.79
18007693--18007737	23	2.0	23	91	4	74	24	17	31	26	1.97
18011104--18011142	3	13.3	3	94	5	71	69	0	30	0	0.89
18014254--18014287	17	2.1	16	88	5	50	26	0	20	52	1.46
18025548--18026700	47	24.4	47	96	1	2036	31	10	31	26	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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