genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  121  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38813502--38813540	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
38817074--38817103	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
38817845--38817883	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
38818040--38818070	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
38819201--38819247	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
38827237--38827266	14	2.1	14	100	0	60	36	0	36	26	1.57
38827334--38827363	14	2.1	14	93	0	51	13	3	40	43	1.60
38827392--38827425	13	2.6	13	95	0	59	26	0	38	35	1.57
38828936--38829135	41	4.9	41	90	3	314	20	24	22	33	1.97
38833048--38833126	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
38833245--38833655	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
38849445--38849564	47	2.6	46	78	16	131	28	19	28	24	1.98
38849493--38849664	46	3.7	44	73	12	132	29	15	28	26	1.96
38852824--38853908	542	2.0	542	100	0	2170	26	17	26	28	1.98
38863251--38863379	49	2.7	49	78	7	124	26	31	10	32	1.89
38869293--38869464	46	3.7	44	74	12	141	29	15	29	26	1.96
38885739--38886093	48	7.4	48	85	1	453	29	16	26	27	1.97
38889473--38889533	15	4.1	15	81	10	72	9	14	14	60	1.58
38891981--38892409	48	9.0	48	85	0	484	30	18	25	25	1.98
38891981--38892409	143	3.0	144	84	2	560	30	18	25	25	1.98
38894821--38895182	50	7.6	47	77	12	241	23	29	18	28	1.98
38894816--38895182	46	7.7	49	77	12	295	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38894815--38895188	96	3.9	94	77	12	313	24	29	18	27	1.98
38894915--38895188	94	2.9	92	82	8	304	23	29	19	27	1.98
38901464--38901736	96	2.9	96	80	7	299	24	28	17	28	1.98
38901364--38901689	48	6.8	47	74	5	235	25	30	17	26	1.97
38903324--38903578	55	4.8	53	78	8	252	35	18	24	21	1.95
38903770--38903800	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
38906263--38906319	25	2.3	25	87	0	87	19	28	28	22	1.97
38910617--38910871	55	4.8	54	80	9	278	36	17	25	21	1.95
38910624--38910824	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
38911063--38911093	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
38922061--38922218	40	4.0	40	91	4	257	22	22	24	30	1.99
38925296--38925405	20	5.9	18	68	19	57	40	1	3	53	1.29
38925445--38925469	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
38925457--38925497	21	2.0	21	85	4	57	46	4	0	48	1.23
38929111--38929218	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
38929101--38929224	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
38933794--38933917	30	4.1	30	89	1	185	26	22	6	44	1.77
38933804--38933911	15	7.2	15	64	12	60	26	20	7	45	1.77
38936924--38937232	48	6.5	48	90	1	444	31	8	31	28	1.87
38937355--38937433	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
38939946--38940001	22	2.5	22	83	8	69	46	16	3	33	1.64
38942267--38942333	26	2.6	26	76	4	64	37	23	19	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38944123--38944404	48	5.9	48	75	7	241	20	17	28	33	1.95
38944123--38944404	96	2.9	95	84	3	359	20	17	28	33	1.95
38979521--38979705	93	2.0	93	95	0	334	28	20	18	32	1.96
38982465--38982529	22	2.9	22	90	2	94	33	33	4	27	1.78
38983534--38983571	20	2.0	20	94	5	69	23	28	15	31	1.96
38987238--38987277	11	3.7	11	96	3	73	70	7	0	22	1.12
38990401--38990702	39	7.6	39	85	5	355	25	21	27	25	1.99
38990401--38990702	118	2.6	119	87	5	427	25	21	27	25	1.99
38990401--38990702	79	3.8	79	88	6	393	25	21	27	25	1.99
38992629--38992671	14	3.0	14	89	3	59	79	0	18	2	0.85
38992633--38992683	15	3.5	14	84	7	57	78	0	19	1	0.85
38996598--38996694	29	3.1	34	62	32	90	30	10	13	45	1.77
38996599--38996746	58	2.6	58	97	1	280	32	8	13	45	1.73
39006768--39006885	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
39006881--39007027	74	2.0	74	97	0	276	38	22	10	27	1.88
39007583--39007726	20	6.8	20	71	16	110	32	16	25	25	1.96
39007581--39007760	89	2.0	89	98	0	351	37	16	22	23	1.94
39009639--39009666	13	2.2	13	100	0	56	14	21	21	42	1.88
39010187--39010216	16	1.9	15	93	6	51	43	33	3	20	1.68
39011516--39011578	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
39012657--39012698	10	4.3	10	78	6	50	28	11	23	35	1.91
39018472--39018547	29	2.6	29	82	2	98	25	13	30	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39018497--39019001	174	2.9	174	98	0	965	30	14	24	31	1.94
39023124--39023284	81	2.0	80	86	3	223	33	14	25	26	1.95
39029815--39029967	76	2.0	76	94	0	270	47	17	11	23	1.81
39037163--39037187	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
39037273--39037318	18	2.5	18	85	3	56	69	2	8	19	1.25
39046980--39047162	39	4.7	39	90	0	294	24	26	19	30	1.98
39051079--39051111	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
39055367--39055452	40	2.2	39	87	2	118	31	29	15	24	1.95
39070170--39070232	32	2.0	32	96	0	117	23	19	28	28	1.98
39072181--39072219	20	2.1	19	85	9	53	51	17	28	2	1.59
39073798--39073917	48	2.5	48	86	2	163	35	15	23	26	1.94
39084570--39084653	38	2.2	38	85	4	116	30	25	21	22	1.98
39089669--39089780	43	2.6	43	95	0	206	28	33	26	10	1.90
39089773--39089856	38	2.2	38	86	0	123	30	26	21	21	1.98
39094959--39095023	32	2.0	32	100	0	130	43	15	15	26	1.86
39096111--39096189	37	2.1	37	92	0	131	25	30	18	25	1.98
39096308--39096534	47	4.8	47	91	1	346	28	31	8	31	1.87
39096513--39096556	22	2.0	22	100	0	88	27	36	4	31	1.77
39096464--39096605	71	2.0	71	98	0	275	29	30	7	31	1.85
39096417--39096650	118	2.0	117	92	5	391	29	30	7	31	1.85
39096535--39096650	49	2.4	48	92	5	191	30	30	7	31	1.86
39099217--39099276	29	2.1	29	87	0	84	31	0	26	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39102873--39102953	41	2.0	41	92	0	135	20	27	25	25	1.99
39103107--39103137	16	1.9	16	93	0	53	19	45	29	6	1.75
39107331--39107427	40	2.4	40	82	3	124	34	15	16	34	1.90
39108356--39108414	26	2.3	26	96	0	109	30	16	38	13	1.88
39111186--39111253	33	2.1	33	100	0	136	32	23	11	32	1.91
39136033--39136438	208	1.9	208	85	4	559	29	17	19	34	1.94
39158124--39158215	40	2.3	40	92	0	148	30	29	16	23	1.96
39161313--39161420	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
39164783--39164844	25	2.5	24	82	10	70	38	11	12	37	1.80
39165596--39165636	13	3.1	14	75	10	50	43	14	19	21	1.87
39165829--39165856	13	2.2	13	100	0	56	53	17	14	14	1.73
39172432--39172464	14	2.4	14	100	0	66	42	12	9	36	1.74
39173079--39173125	21	2.5	20	80	16	55	61	2	34	2	1.20
39175729--39175773	23	2.0	23	86	8	65	48	2	20	28	1.61
39175897--39175960	23	2.8	23	90	2	103	20	15	20	43	1.87
39185486--39185602	23	4.6	23	84	10	117	17	4	33	45	1.68
39185482--39185588	28	4.0	28	82	9	134	19	3	30	45	1.68
39185793--39185837	22	2.0	23	95	4	83	17	17	22	42	1.89
39191234--39191298	21	3.2	21	72	24	75	35	0	6	56	1.24
39191236--39191301	20	3.3	20	72	16	73	34	0	6	57	1.23
39191237--39191306	23	3.3	23	73	22	89	35	0	5	57	1.23
39191227--39191307	40	2.0	42	90	7	132	35	0	6	56	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39191261--39191335	33	2.3	33	84	9	91	38	0	5	54	1.23
39191277--39191357	33	2.5	33	82	11	87	46	0	6	46	1.27
39191897--39191941	23	2.0	23	86	8	65	48	0	22	28	1.50
39192059--39192148	23	4.0	23	82	7	114	20	20	22	37	1.94
39200478--39200570	28	3.4	28	88	4	127	20	16	6	56	1.61
39200478--39200570	14	6.7	14	75	2	89	20	16	6	56	1.61
39202236--39202299	21	2.9	22	79	6	76	40	25	18	15	1.90
39202236--39202301	23	3.0	23	80	6	91	40	24	19	15	1.90
39203868--39203892	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
39205391--39205657	63	4.2	63	77	4	180	32	30	7	29	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276