genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23678296--23678339	6	7.3	6	94	0	79	45	15	20	18	1.85
23681494--23681525	16	1.9	17	93	6	57	75	0	3	21	0.95
23684054--23684094	20	2.0	22	85	9	59	39	7	29	24	1.82
23686180--23686585	219	1.9	219	92	0	686	16	28	18	36	1.93
23687896--23688014	54	2.2	54	81	1	139	33	5	9	52	1.55
23687989--23688128	55	2.5	54	80	4	154	25	8	18	47	1.77
23690089--23690147	19	3.0	19	77	5	55	61	1	0	37	1.07
23690294--23690373	37	2.2	37	95	0	142	31	21	16	31	1.95
23690785--23690821	19	2.0	19	89	5	58	54	2	0	43	1.14
23690784--23690840	25	2.2	27	84	6	73	56	1	0	42	1.10
23690978--23691008	16	1.9	16	93	0	53	29	6	16	48	1.70
23692588--23692746	78	2.0	78	97	0	300	27	16	10	44	1.81
23692752--23692782	16	1.9	16	100	0	62	38	9	6	45	1.63
23696502--23696574	19	3.7	19	68	24	53	26	8	1	64	1.30
23697836--23697983	63	2.3	63	80	12	165	23	27	16	31	1.96
23697892--23698020	68	1.9	68	82	6	163	24	28	16	30	1.96
23698486--23698546	30	2.0	30	84	6	79	29	24	6	39	1.80
23700549--23700609	27	2.3	26	79	17	72	31	1	8	59	1.37
23700555--23700607	27	1.9	28	85	11	74	32	1	9	56	1.42
23704960--23705037	38	2.1	38	97	0	147	39	11	12	35	1.80
23714663--23714790	67	1.9	67	95	0	229	38	17	10	33	1.84
23724817--23724867	25	2.1	24	82	13	61	43	1	1	52	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23725298--23725374	24	3.2	24	73	20	72	51	3	0	44	1.19
23729390--23729420	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
23735184--23735302	60	2.0	60	100	0	238	33	15	21	29	1.94
23740868--23740927	19	3.1	19	77	15	61	31	3	5	60	1.35
23742042--23742084	21	2.0	22	86	4	61	16	4	11	67	1.38
23743504--23743539	6	6.0	6	100	0	72	33	0	16	50	1.46
23743577--23743631	27	2.0	28	85	3	76	56	1	34	7	1.38
23743633--23743664	6	5.3	6	92	0	55	46	0	34	18	1.49
23744091--23744125	17	2.1	17	100	0	70	0	17	34	48	1.47
23746620--23746651	14	2.3	14	100	0	64	21	12	12	53	1.71
23750236--23750281	18	2.5	19	85	7	67	69	4	13	13	1.33
23750398--23750448	15	3.4	16	76	20	56	70	0	29	0	0.87
23750534--23750590	26	2.3	25	88	8	82	36	12	10	40	1.77
23755829--23755973	72	2.0	72	86	2	202	33	16	26	23	1.96
23758010--23758054	22	2.0	22	83	8	56	4	31	0	64	1.13
23758019--23758072	23	2.2	25	87	6	76	1	31	0	66	1.02
23759068--23759215	67	2.2	67	81	2	163	38	4	16	40	1.69
23759200--23759310	49	2.5	44	81	13	136	50	9	10	29	1.68
23759774--23759861	36	2.3	38	77	16	92	38	4	6	50	1.50
23759790--23759860	36	1.9	37	91	2	117	39	2	8	49	1.48
23759801--23759856	17	3.2	16	69	26	51	35	1	8	53	1.43
23763300--23763341	20	2.0	21	86	4	59	42	30	4	21	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23763409--23763448	7	5.7	7	81	0	53	22	12	32	32	1.91
23763409--23763450	21	2.0	21	90	0	66	21	11	35	30	1.90
23764110--23764151	17	2.5	17	81	14	52	69	16	11	2	1.29
23764356--23764763	71	5.7	71	100	0	816	22	11	17	48	1.79
23765523--23765559	18	2.1	18	100	0	74	51	10	0	37	1.37
23771048--23771080	12	2.8	12	95	0	57	39	9	12	39	1.74
23772184--23772271	21	4.1	22	77	10	92	36	26	22	14	1.93
23772189--23772269	44	1.9	41	82	7	99	34	28	22	14	1.94
23772462--23772556	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
23772476--23772559	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
23778258--23778389	43	3.3	42	65	27	106	51	11	11	25	1.71
23778125--23778458	155	2.2	152	83	5	426	53	11	8	26	1.64
23778125--23778443	76	4.1	77	86	2	410	53	11	8	26	1.65
23778641--23778712	33	2.2	33	87	5	101	20	15	47	16	1.83
23780581--23780928	104	3.3	104	95	2	592	55	14	0	29	1.45
23780857--23781065	71	2.9	70	79	11	190	58	14	0	26	1.40
23780944--23780968	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
23780888--23781065	71	2.4	74	84	9	220	58	15	0	25	1.41
23780888--23781126	80	3.2	75	82	8	247	57	15	0	26	1.42
23781288--23781341	4	13.5	4	81	14	51	0	27	0	72	0.85
23785898--23786068	43	4.0	43	81	8	188	33	25	16	24	1.96
23785898--23786067	86	2.0	85	83	5	218	33	25	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23793084--23793128	21	2.2	20	92	4	72	42	6	15	35	1.73
23796755--23796787	17	1.9	17	93	0	57	48	0	12	39	1.40
23796778--23796823	21	2.2	21	84	0	56	45	0	4	50	1.21
23805198--23805228	13	2.4	13	94	0	53	90	9	0	0	0.46
23809453--23809494	21	2.0	21	86	13	61	21	14	9	54	1.68
23811701--23811805	55	1.9	55	86	7	151	39	8	2	49	1.48
23811857--23812107	124	2.0	124	100	0	502	47	15	11	25	1.79
23813609--23813637	7	4.1	7	100	0	58	31	0	0	68	0.89
23821838--23821882	22	2.1	22	88	12	67	24	2	13	60	1.45
23830146--23830249	40	2.6	40	95	0	181	28	29	17	24	1.97
23832862--23832908	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
23835953--23836026	35	2.1	35	100	0	148	10	17	5	66	1.41
23835972--23836035	18	3.6	18	70	19	62	7	20	6	65	1.40
23837722--23837824	53	1.9	53	86	3	145	28	18	24	29	1.98
23837777--23837868	47	2.0	46	91	2	148	26	16	25	32	1.96
23838555--23838609	24	2.2	25	87	3	85	16	23	25	34	1.95
23842686--23842712	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
23845009--23845047	19	2.1	19	90	0	60	41	17	10	30	1.83
23845072--23845126	24	2.4	22	81	6	56	47	3	7	41	1.49
23845384--23845469	27	3.1	27	64	26	72	52	2	26	18	1.58
23845361--23845472	55	2.0	55	96	0	206	46	1	28	23	1.62
23857710--23857746	19	1.9	19	88	0	56	56	8	5	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23861674--23861788	33	3.5	32	74	10	90	28	24	13	33	1.94
23861665--23861788	66	1.9	66	80	12	148	29	24	14	32	1.94
23861698--23861923	101	2.2	101	82	4	276	27	23	15	33	1.95
23862775--23862799	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
23870224--23870276	25	2.2	25	83	9	67	64	1	9	24	1.34
23870373--23870412	19	2.1	19	85	4	53	62	2	5	30	1.29
23872483--23872953	45	10.7	45	67	6	210	28	22	20	28	1.98
23872485--23873346	132	6.5	132	89	1	1088	28	22	20	28	1.99
23873414--23873538	64	2.0	64	90	0	196	36	13	18	32	1.90
23874680--23874777	49	2.0	49	84	4	126	22	25	17	34	1.95
23877238--23877285	19	2.6	18	80	9	60	45	8	20	25	1.79
23879356--23879408	25	2.2	25	83	9	67	64	1	9	24	1.34
23882863--23883024	3	54.3	3	98	1	317	67	0	0	32	0.91
23883276--23883321	3	15.3	3	81	0	56	60	2	2	34	1.21
23884357--23884400	23	1.9	23	95	0	79	15	13	18	52	1.75
23885048--23885439	89	4.4	89	78	5	251	30	21	17	30	1.96
23884880--23885509	44	14.2	44	74	8	472	30	20	17	31	1.96
23884960--23885439	178	2.7	177	79	3	491	31	21	17	30	1.96
23886379--23886421	12	3.5	12	87	12	61	11	4	0	83	0.78
23886377--23886424	17	2.9	17	84	9	64	12	4	0	83	0.79
23886929--23886957	6	4.8	6	100	0	58	0	0	13	86	0.58
23886929--23886978	14	3.7	14	86	5	50	8	0	8	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23889672--23889722	19	2.7	20	81	6	61	41	9	19	29	1.84
23891621--23892014	3	131.3	3	100	0	788	66	0	0	33	0.92
23893050--23893093	23	1.9	23	95	0	79	15	13	18	52	1.75
23894427--23894488	31	1.9	32	87	9	90	40	11	4	43	1.62
23895672--23895722	6	8.3	6	91	4	75	56	15	11	15	1.66
23895666--23895722	18	3.1	19	84	5	80	59	14	10	15	1.60
23899197--23899259	31	2.0	31	90	0	99	47	7	6	38	1.58
23909066--23909262	54	3.6	53	69	18	127	36	2	0	60	1.14
23909134--23909285	46	3.5	44	75	20	110	34	1	1	61	1.15
23909066--23909256	99	1.9	100	79	12	214	36	2	0	60	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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