genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29179411--29179500	27	3.3	27	96	0	171	7	23	35	33	1.84
29181185--29181304	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
29182434--29182616	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
29182435--29182618	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
29182487--29182651	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
29189094--29189213	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
29190342--29190524	79	2.3	81	84	9	234	24	22	28	25	1.99
29190343--29190526	40	4.6	40	82	11	209	23	22	28	25	1.99
29190395--29190559	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
29194945--29195309	43	8.5	43	88	3	547	11	24	32	30	1.91
29194945--29195309	129	2.8	129	92	0	606	11	24	32	30	1.91
29195286--29195387	45	2.3	45	82	3	125	19	22	29	28	1.98
29199149--29199553	205	2.0	205	97	0	765	47	10	6	34	1.65
29200893--29201077	50	3.9	47	77	19	176	22	28	20	28	1.99
29202367--29202424	29	2.0	29	96	3	109	41	6	6	44	1.58
29203040--29203095	22	2.6	21	78	10	60	58	0	3	37	1.15
29203056--29203094	20	2.0	19	85	5	51	58	0	2	38	1.12
29203141--29203200	21	3.0	20	78	11	68	61	1	1	35	1.16
29205419--29205634	40	5.4	40	97	0	405	17	19	29	33	1.95
29210076--29210175	50	2.0	50	100	0	200	40	32	12	16	1.84
29210362--29210417	27	2.1	27	100	0	112	26	21	17	33	1.96
29213196--29213253	30	1.9	30	85	0	80	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29220120--29220466	47	7.4	47	85	1	462	27	30	9	32	1.88
29220120--29220476	141	2.5	141	92	2	617	26	30	9	33	1.88
29223773--29223985	47	4.5	47	90	0	327	29	30	7	31	1.86
29223852--29223927	22	3.3	22	66	16	64	26	31	10	31	1.90
29227373--29227516	39	3.7	39	81	5	166	25	20	27	26	1.99
29227380--29227532	78	2.0	78	80	5	175	25	18	28	26	1.98
29228367--29228481	57	2.0	57	89	0	176	29	8	18	43	1.80
29234283--29234405	39	3.1	39	95	3	212	24	20	26	29	1.99
29234942--29235021	25	3.2	26	63	20	69	28	8	30	32	1.87
29234928--29235027	50	2.0	50	100	0	200	28	10	30	32	1.89
29240126--29240162	11	3.5	11	78	14	51	29	5	18	45	1.72
29240125--29240164	20	2.0	20	100	0	80	30	5	20	45	1.72
29240437--29240561	39	3.2	39	90	2	198	24	20	28	26	1.99
29240437--29240599	77	2.1	76	81	10	188	23	22	28	25	1.99
29241467--29241569	51	2.0	51	100	0	206	33	11	17	36	1.86
29244956--29245016	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
29244957--29245017	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
29251659--29251749	29	3.2	29	88	1	130	28	34	14	23	1.93
29255820--29255923	39	2.6	39	89	4	156	26	29	20	23	1.98
29255792--29255976	40	4.7	40	80	11	202	26	28	22	22	1.99
29255792--29255976	79	2.3	81	81	8	218	26	28	22	22	1.99
29267454--29267506	27	2.0	27	88	0	79	28	13	20	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29278571--29278947	180	2.1	180	100	0	754	37	15	11	35	1.84
29284740--29284800	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
29286012--29286036	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
29287551--29288094	47	11.6	47	97	0	1016	32	8	30	29	1.87
29289090--29289685	48	12.4	48	97	0	1111	36	6	25	31	1.81
29298147--29298294	67	2.2	66	83	8	174	32	17	28	21	1.96
29299996--29300123	38	3.1	40	77	18	161	29	25	15	29	1.96
29299965--29300121	85	1.8	85	98	0	305	31	24	14	29	1.95
29300038--29300160	48	2.6	48	90	1	194	30	24	14	30	1.95
29301833--29302017	40	4.6	41	80	9	213	25	28	22	23	1.99
29301833--29302017	79	2.3	81	80	8	209	25	28	22	23	1.99
29303145--29303264	56	2.1	56	96	3	224	23	23	9	44	1.82
29306122--29306153	15	2.1	15	100	0	64	18	25	18	37	1.94
29306921--29306976	20	2.8	20	91	5	87	33	7	5	53	1.51
29307956--29308070	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
29307981--29308070	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
29308176--29308240	28	2.3	28	92	5	105	29	6	29	35	1.82
29317573--29317731	39	4.1	39	90	1	239	27	20	29	22	1.99
29326047--29326542	47	10.6	47	95	0	823	33	8	29	28	1.87
29327036--29327077	18	2.3	18	100	0	84	35	19	9	35	1.84
29328609--29328683	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
29328737--29329044	40	7.7	40	89	0	438	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29345373--29345472	48	2.1	48	92	0	164	22	5	26	47	1.71
29345828--29345940	23	5.0	23	77	14	110	38	19	19	22	1.93
29345826--29345906	22	3.6	22	80	9	76	39	18	18	23	1.92
29345826--29345938	44	2.5	44	81	7	111	38	19	19	23	1.94
29345819--29345965	23	6.3	23	75	15	99	36	19	21	23	1.95
29347304--29347505	54	3.7	54	80	2	199	30	14	15	40	1.87
29347306--29347506	18	11.2	18	78	0	177	30	13	15	39	1.87
29353972--29354039	28	2.4	29	82	9	86	32	27	13	26	1.93
29354279--29354304	11	2.4	11	100	0	52	7	7	46	38	1.61
29358489--29358596	29	3.8	29	85	6	157	31	27	14	25	1.95
29363057--29363152	29	3.3	29	82	2	120	32	29	12	26	1.93
29365451--29365487	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
29372592--29372645	26	2.1	26	100	0	108	25	16	18	38	1.92
29375900--29375961	33	2.0	33	84	9	85	25	0	16	58	1.38
29381657--29381800	41	3.5	40	80	7	148	23	21	27	27	1.99
29381646--29381816	41	4.2	41	74	10	145	22	21	28	26	1.99
29384562--29384786	40	5.6	40	82	6	276	24	27	23	25	2.00
29384526--29384786	80	3.3	79	81	6	285	24	26	23	25	2.00
29392033--29392160	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
29392033--29392160	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
29397067--29397286	40	5.6	40	84	4	268	25	26	23	24	2.00
29399655--29399766	29	3.9	29	81	5	111	27	28	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29399655--29399766	58	1.9	57	82	5	136	27	28	14	29	1.95
29401227--29401260	16	2.1	16	88	0	50	26	5	20	47	1.73
29402845--29403016	46	3.7	46	74	17	176	22	19	28	29	1.98
29406809--29406927	29	4.2	29	77	6	127	26	28	13	31	1.94
29426951--29427097	40	3.7	40	92	0	251	25	25	21	26	2.00
29435001--29435189	40	4.7	40	91	0	306	26	26	19	26	1.99
29439205--29439321	47	2.5	46	81	9	123	24	29	18	27	1.98
29439290--29439416	46	2.7	46	83	8	141	23	30	20	25	1.98
29445083--29445109	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
29449511--29449591	33	2.5	33	87	0	117	30	24	19	24	1.98
29449969--29450060	27	3.4	27	80	0	94	22	20	20	35	1.96
29451375--29451437	27	2.3	27	81	5	65	34	25	19	20	1.96
29451579--29451660	27	3.0	27	77	7	103	23	24	20	31	1.98
29454479--29454558	29	2.8	28	81	7	99	27	33	16	22	1.95
29454479--29454558	28	2.8	28	81	7	99	27	33	16	22	1.95
29457990--29458044	27	2.1	26	86	3	74	14	16	21	47	1.82
29458324--29458401	29	2.8	28	80	7	95	29	34	12	23	1.92
29459575--29459884	40	7.8	40	84	1	390	25	27	21	24	1.99
29459605--29459884	118	2.4	118	94	1	479	26	27	21	25	1.99
29459575--29459881	158	1.9	158	87	2	447	25	27	21	24	1.99
29461098--29461176	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
29461306--29462547	45	27.3	45	97	1	2270	28	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29466545--29466586	17	2.4	17	81	14	50	21	0	33	45	1.52
29477993--29478067	20	3.8	20	73	7	62	40	17	30	12	1.86
29481939--29482068	45	2.9	45	89	2	190	23	19	26	30	1.98
29495306--29495351	24	2.0	23	86	4	65	39	26	21	13	1.90
29496723--29496766	20	2.2	20	95	0	79	29	11	25	34	1.91
29498079--29498141	31	2.0	31	93	0	108	23	23	15	36	1.94
29498350--29498433	26	3.4	25	88	6	109	27	21	22	28	1.99
29499811--29499858	24	2.0	24	84	8	62	27	41	4	27	1.74
29518915--29519024	37	3.0	37	90	0	175	29	29	19	22	1.98
29522578--29522668	28	3.2	27	74	11	85	32	30	15	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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