genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
630495--630556	30	2.1	30	96	0	115	25	16	29	29	1.96
638767--639739	108	9.0	108	100	0	1946	40	8	21	29	1.82
640083--640166	43	1.9	44	87	2	125	22	20	32	25	1.98
641503--641672	46	3.7	46	75	7	173	24	19	25	30	1.98
649095--649263	46	3.7	46	77	13	193	23	20	27	28	1.99
649092--649262	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
650827--651061	38	6.1	38	86	3	308	22	22	25	30	1.99
650827--651061	78	3.0	78	89	2	332	22	22	25	30	1.99
651058--651189	45	3.0	45	78	7	139	25	20	26	28	1.99
660334--660407	37	2.0	37	97	0	139	33	25	13	27	1.93
664344--664465	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
668829--668934	53	2.0	53	92	0	176	26	22	6	44	1.77
679062--679449	107	3.6	107	99	0	767	22	18	25	33	1.97
705334--705381	20	2.4	21	80	13	57	75	6	18	0	1.01
705378--705422	13	3.3	14	81	12	58	68	0	24	6	1.13
705392--705422	15	2.0	16	93	6	55	67	0	25	6	1.14
708554--708624	29	2.5	28	84	6	88	35	8	7	49	1.60
714728--714769	8	5.4	8	82	5	59	64	2	2	30	1.19
715609--715642	13	2.4	14	90	9	52	41	0	0	58	0.98
718103--718220	27	4.3	27	87	5	148	33	24	24	17	1.97
718103--718218	54	2.1	55	88	1	171	32	24	25	18	1.97
719831--719966	26	5.2	26	95	0	236	37	23	4	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722224--722402	27	6.6	27	79	8	166	26	14	29	30	1.95
722221--722402	82	2.2	81	83	3	240	26	14	28	30	1.95
729726--729768	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
730244--730422	27	6.6	27	79	8	166	26	14	29	30	1.95
730241--730422	82	2.2	81	83	3	240	26	14	28	30	1.95
732314--732355	12	3.6	12	80	6	50	78	2	0	19	0.86
732403--732473	37	1.9	37	97	0	133	46	19	14	19	1.84
735776--735802	14	1.9	14	100	0	54	18	7	7	66	1.40
742117--742585	40	11.7	40	88	0	695	30	20	27	21	1.98
742118--742585	80	5.8	80	97	0	882	30	20	27	21	1.98
751124--751242	47	2.5	47	86	2	148	32	8	31	27	1.86
751684--751886	101	2.0	101	97	0	379	31	12	25	31	1.92
768607--768781	46	3.8	46	74	15	162	29	28	19	23	1.98
768614--768786	93	1.9	93	87	0	256	28	28	19	23	1.98
770550--770638	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
770550--770629	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
770561--770638	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
772547--772671	63	2.0	63	98	0	241	34	12	13	39	1.83
773712--773869	41	3.9	42	71	14	118	25	30	20	23	1.99
776242--776363	60	2.0	60	90	0	190	24	27	8	40	1.83
782211--782368	41	3.9	39	80	10	160	27	29	21	21	1.99
782211--782354	40	3.6	40	82	6	159	27	29	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788431--788692	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
790789--790821	15	2.1	16	88	11	50	30	6	6	57	1.47
795781--795814	14	2.4	14	100	0	68	17	0	17	64	1.29
798232--798313	26	3.2	25	77	6	92	15	23	21	39	1.92
798365--798435	24	3.0	24	75	10	74	23	22	15	38	1.93
799077--799102	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
811691--811715	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
846162--846465	47	6.4	47	90	1	419	27	29	8	34	1.86
855395--855561	43	3.9	43	73	7	126	29	14	21	33	1.94
863965--864059	28	3.4	28	91	0	154	30	31	14	23	1.94
864046--864142	40	2.4	40	87	0	131	31	27	18	21	1.97
866283--866315	17	1.9	17	93	0	57	39	21	18	21	1.93
867511--868455	50	18.9	50	98	1	1790	33	24	6	35	1.80
878805--878908	27	3.9	27	65	5	75	38	22	7	31	1.82
878893--879033	27	5.2	27	76	5	133	36	17	19	26	1.94
878893--879016	54	2.3	54	88	0	176	36	19	19	25	1.95
879526--879655	27	4.8	26	82	4	134	21	22	20	35	1.96
879526--879641	54	2.1	54	88	3	171	19	21	21	37	1.95
879526--879655	53	2.4	54	84	7	174	21	22	20	35	1.96
905001--905043	19	2.1	21	87	8	63	13	27	4	53	1.60
905650--905701	16	3.2	16	83	2	50	53	15	21	9	1.70
905912--905996	28	3.0	28	84	6	118	25	14	29	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916224--916267	19	2.3	19	88	0	61	20	11	0	68	1.20
920984--921199	43	5.0	43	80	7	233	23	16	26	33	1.96
923009--923071	33	1.9	33	90	0	99	20	14	26	38	1.91
932016--932045	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
933930--934160	48	4.8	48	84	2	277	26	18	28	26	1.98
935551--935590	21	2.0	19	85	9	53	30	7	5	57	1.48
936114--936268	38	3.8	38	77	15	175	27	25	16	29	1.97
936147--936238	48	1.9	48	90	0	148	28	21	17	32	1.96
943204--943412	38	5.0	38	74	17	175	30	24	15	29	1.96
943249--943377	48	2.7	48	89	1	188	31	23	15	29	1.95
948014--948074	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
950718--951811	49	22.6	49	97	1	1987	30	29	8	32	1.86
959476--959561	44	2.0	44	85	0	118	33	31	18	16	1.93
966273--966562	27	10.7	27	79	2	222	40	19	9	31	1.83
966433--966508	28	2.8	28	82	6	75	48	17	3	30	1.65
966982--967046	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
967256--967320	22	3.0	22	93	0	103	16	13	26	43	1.86
970893--971260	183	2.0	181	89	2	567	33	10	23	32	1.88
972054--973033	490	2.0	490	99	0	1942	30	16	20	32	1.95
975007--975252	49	4.9	51	79	3	293	27	18	25	28	1.98
975007--975247	100	2.4	100	95	0	428	26	19	25	28	1.98
978583--978641	29	2.0	29	100	0	118	27	23	10	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
980135--980221	43	2.0	43	86	0	120	31	26	18	24	1.98
981967--982024	29	2.0	29	93	0	98	31	15	22	31	1.95
985514--985695	40	4.6	40	90	2	260	24	25	22	28	2.00
993540--993761	40	5.6	40	91	1	322	26	26	22	24	2.00
995667--995811	40	3.6	40	84	10	188	25	27	22	24	2.00
1003108--1003174	33	2.0	33	91	0	107	22	26	17	32	1.96
1004735--1004813	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
1004932--1005795	49	17.8	49	97	1	1589	30	28	8	32	1.86
1008985--1009055	35	2.0	35	88	0	106	42	15	2	39	1.62
1012620--1012879	39	6.1	39	73	18	189	23	27	26	21	1.99
1012635--1012858	39	5.0	48	73	19	214	22	29	27	20	1.99
1012716--1012879	89	1.8	89	94	0	292	23	29	27	20	1.99
1012628--1012877	128	2.0	128	90	0	401	23	28	27	20	1.99
1015203--1015258	15	3.7	15	79	15	71	10	14	12	62	1.55
1017391--1017586	50	3.9	50	81	1	205	25	18	28	27	1.98
1022431--1022528	28	3.5	28	85	2	133	34	23	13	28	1.92
1022431--1022558	29	4.5	28	84	2	148	33	25	13	28	1.93
1022430--1022558	57	2.3	57	80	2	161	33	25	13	27	1.93
1027048--1027208	42	3.7	42	73	15	121	27	27	18	26	1.98
1027132--1027303	48	3.6	48	80	3	193	25	29	19	25	1.99
1031939--1032012	27	2.7	27	83	8	96	36	18	22	21	1.95
1040246--1040318	26	2.8	26	85	0	92	39	23	20	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1043450--1043482	17	1.9	17	93	0	57	51	12	12	24	1.73
1049521--1049577	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
1052061--1052236	40	4.4	40	82	3	221	22	21	26	30	1.98
1061220--1061256	13	2.8	13	100	0	74	13	8	45	32	1.73
1062815--1063004	40	4.8	40	79	12	173	26	22	26	24	2.00
1062815--1062998	79	2.3	81	81	11	213	26	22	26	25	2.00
1062867--1063031	79	2.1	79	81	8	185	27	21	26	24	1.99
1068307--1068421	58	2.0	58	96	0	212	27	14	26	30	1.95
1070787--1071009	39	5.7	40	84	8	257	26	22	26	24	2.00
1070787--1071015	79	2.9	81	82	9	276	26	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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