genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  180  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59216795--59216839	22	2.0	22	95	0	81	33	15	24	26	1.95
59225932--59225971	20	2.0	20	85	0	53	37	5	7	50	1.53
59226127--59226593	228	2.1	227	87	0	682	24	28	24	22	1.99
59231105--59231146	21	2.0	21	100	0	84	52	9	14	23	1.71
59234967--59235462	96	5.4	93	72	13	362	31	2	9	56	1.45
59235200--59235361	80	2.0	81	84	3	211	31	1	9	56	1.42
59235111--59235570	176	2.6	173	83	4	593	31	1	10	55	1.45
59235294--59235463	49	3.5	48	75	8	175	30	1	11	57	1.44
59242221--59242648	50	8.8	48	71	9	238	28	19	27	24	1.98
59242225--59242648	96	4.4	96	74	13	299	28	19	27	24	1.98
59246490--59246742	130	2.0	126	83	4	319	39	7	16	35	1.77
59247380--59247427	22	2.3	21	75	7	53	27	6	2	64	1.28
59250894--59250951	25	2.4	25	85	2	82	22	0	1	75	0.89
59250902--59250952	13	3.9	13	78	17	61	23	0	1	74	0.92
59255790--59256215	109	3.9	109	97	0	782	33	19	17	30	1.95
59256721--59256767	10	4.5	10	77	17	51	63	0	4	31	1.13
59257770--59257809	20	2.0	20	85	9	55	2	17	25	55	1.55
59259078--59259143	33	2.0	33	96	0	123	27	12	34	25	1.91
59259079--59259151	33	2.3	32	90	6	114	27	13	34	24	1.93
59259932--59259978	7	6.4	7	84	15	60	25	0	0	74	0.82
59259932--59260019	31	2.8	31	76	11	74	27	2	3	67	1.19
59259934--59260019	3	29.0	3	74	15	63	26	2	3	67	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59261633--59261693	6	9.8	6	72	13	52	16	3	4	75	1.11
59261621--59261664	12	3.8	11	84	6	52	18	4	0	77	0.94
59262433--59262488	26	2.2	26	96	0	103	25	32	14	28	1.94
59269073--59269127	5	11.4	5	74	14	53	45	0	0	54	0.99
59269401--59269435	16	2.1	17	89	5	54	25	5	0	68	1.11
59273754--59273795	22	1.9	23	85	9	61	69	7	9	14	1.37
59274452--59274486	16	2.2	16	89	0	52	65	5	2	25	1.28
59274621--59274672	22	2.3	23	90	3	79	73	3	5	17	1.19
59274621--59274679	22	2.6	22	84	10	75	72	3	6	16	1.20
59277575--59277619	14	3.2	14	87	0	54	26	13	6	53	1.64
59278598--59278649	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
59279637--59279661	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
59279614--59279694	34	2.4	33	83	6	90	28	3	2	65	1.22
59280944--59281020	40	1.9	40	83	0	100	38	31	14	15	1.87
59281371--59281404	13	2.6	13	95	0	59	2	44	29	23	1.68
59283214--59283245	16	2.1	16	88	11	50	15	6	3	75	1.14
59285967--59286005	19	2.1	19	85	9	53	41	7	5	46	1.55
59289201--59289348	40	3.7	40	94	0	251	30	20	27	21	1.98
59300671--59300740	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
59300671--59300768	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
59301217--59301242	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
59303529--59303917	195	2.0	195	95	1	699	26	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59307889--59307926	19	2.0	19	89	0	58	21	0	5	73	1.02
59311287--59311402	57	2.1	55	95	3	205	30	15	12	41	1.85
59311935--59311976	22	1.9	22	85	0	57	45	0	7	47	1.30
59326420--59326510	46	2.0	46	93	0	155	51	16	7	24	1.70
59326820--59326869	3	16.7	3	82	0	55	4	32	4	60	1.34
59327134--59327163	14	2.1	14	93	6	51	3	0	6	90	0.56
59327532--59327578	22	2.1	23	84	4	60	53	0	2	44	1.12
59338671--59338696	12	2.2	12	100	0	52	53	7	7	30	1.57
59339598--59339643	18	2.5	19	89	3	67	76	2	15	6	1.09
59342782--59342848	33	2.0	33	85	5	91	29	10	23	35	1.89
59349415--59349529	30	3.8	30	90	0	167	46	6	20	26	1.74
59349438--59349517	15	5.3	15	69	16	58	48	7	17	26	1.73
59354116--59354223	15	7.2	15	71	12	87	43	7	22	26	1.79
59354109--59354223	30	3.8	30	95	0	194	44	6	22	26	1.78
59356031--59356203	94	1.8	94	86	2	249	36	24	20	17	1.94
59356018--59356217	94	2.1	93	81	5	242	37	23	21	19	1.95
59371337--59371395	26	2.1	28	81	9	68	49	5	1	44	1.34
59376926--59376967	6	7.0	6	88	0	66	52	0	2	45	1.13
59378893--59378923	12	2.5	13	94	5	55	67	6	3	22	1.28
59379143--59379217	24	3.0	27	79	15	97	54	6	14	24	1.64
59386912--59387056	27	5.4	27	85	4	186	37	22	22	16	1.93
59386912--59387077	54	3.1	54	87	3	237	37	22	22	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59386930--59387077	27	5.4	27	74	10	122	37	23	22	16	1.94
59388700--59388807	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
59392770--59392935	27	6.1	27	85	4	203	36	22	22	17	1.94
59392770--59392935	54	3.1	54	89	3	246	36	22	22	17	1.94
59395300--59395355	26	2.2	26	93	6	96	37	23	7	32	1.82
59397917--59397962	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
59397929--59397972	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
59412892--59412993	39	2.6	39	90	0	150	28	2	23	45	1.67
59420907--59420941	17	2.1	17	88	0	52	34	5	20	40	1.76
59421934--59421968	18	1.9	18	94	0	61	28	8	22	40	1.84
59424295--59432263	523	15.2	523	93	0	13524	36	25	11	26	1.91
59428462--59428493	15	2.1	15	100	0	64	53	25	0	21	1.46
59432199--59432315	33	3.3	33	68	25	103	42	26	6	23	1.79
59432190--59432337	74	2.0	74	98	0	287	41	26	8	24	1.82
59433443--59433604	43	3.8	42	76	11	125	31	27	19	22	1.97
59433443--59433604	86	1.9	85	81	8	195	31	27	19	22	1.97
59449547--59449728	49	3.7	49	74	14	153	24	30	19	26	1.98
59456070--59456137	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
59455959--59456286	174	1.9	174	98	0	629	30	25	14	29	1.95
59456239--59456317	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
59470068--59470095	9	3.1	9	100	0	56	21	35	21	21	1.96
59477472--59477709	50	4.7	51	75	8	218	31	26	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59477476--59477709	101	2.3	100	81	2	263	32	26	17	24	1.96
59482871--59482946	22	3.3	22	66	28	59	34	11	27	26	1.91
59482546--59482949	47	8.6	47	96	1	639	31	12	28	26	1.93
59484718--59484776	15	4.0	15	82	2	66	55	13	16	13	1.68
59488805--59489048	23	10.6	23	83	5	287	24	20	24	30	1.99
59496948--59497011	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
59497218--59497298	24	3.4	24	94	3	137	27	20	19	32	1.97
59497355--59497431	9	7.9	9	72	16	64	35	22	7	35	1.83
59497353--59497433	20	4.1	20	93	0	144	33	20	9	35	1.86
59497470--59497517	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
59500770--59501001	50	4.7	48	77	13	197	31	25	17	25	1.97
59500771--59501047	50	5.6	49	76	10	172	32	25	16	25	1.96
59503637--59503754	42	2.7	43	79	6	114	22	17	25	33	1.96
59515290--59515368	37	2.1	37	86	4	106	26	29	18	25	1.98
59515487--59515725	47	5.1	47	90	0	361	27	30	9	32	1.88
59524544--59524678	48	2.8	48	84	6	159	31	31	18	17	1.95
59524881--59524936	28	2.0	27	80	10	60	21	28	7	41	1.79
59526392--59526421	15	1.9	16	93	6	53	36	20	0	43	1.52
59528034--59529017	48	20.5	48	96	0	1779	34	6	28	31	1.82
59529004--59529032	15	1.9	15	100	0	58	34	13	27	24	1.93
59529332--59529481	75	2.0	75	97	0	282	29	8	21	41	1.81
59530427--59530519	46	2.0	47	93	2	161	34	4	25	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59530666--59531031	40	9.1	40	93	0	597	25	21	27	25	1.99
59531193--59531243	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
59535025--59535453	48	8.9	48	92	2	714	36	6	26	31	1.81
59535025--59535453	98	4.4	98	91	4	699	36	6	26	31	1.81
59535594--59535696	37	2.8	37	89	2	163	22	20	33	24	1.97
59536704--59536753	24	2.1	24	88	0	73	52	10	4	34	1.54
59548223--59548394	87	2.0	89	85	6	235	42	11	11	35	1.76
59548400--59548579	73	2.3	78	75	14	183	40	8	16	34	1.79
59550214--59550268	27	2.0	27	100	0	110	56	3	14	25	1.55
59574590--59574640	21	2.4	21	83	0	75	1	50	17	29	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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