genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  186  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61168714--61168816	43	2.4	42	80	6	109	27	18	22	32	1.97
61169553--61169595	23	1.9	22	85	4	59	18	6	25	48	1.73
61170137--61170178	21	1.9	23	85	9	61	33	4	14	47	1.65
61171080--61171163	40	2.1	41	90	2	134	33	7	13	46	1.70
61178475--61178589	40	2.9	40	92	0	185	22	22	27	26	1.99
61178584--61178725	43	3.3	42	84	2	167	13	21	30	33	1.92
61180026--61180072	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
61181876--61181988	56	2.0	56	96	0	208	23	17	25	33	1.96
61183726--61183826	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
61190937--61191007	35	2.0	35	91	0	115	26	25	8	39	1.84
61194298--61194368	35	2.0	35	88	0	106	26	25	9	38	1.87
61195746--61195812	34	2.0	34	87	0	98	28	22	28	20	1.99
61205330--61205394	32	2.0	32	96	0	121	32	20	18	29	1.96
61223831--61223963	48	2.8	48	90	0	203	30	28	6	33	1.83
61228913--61229030	45	2.6	42	81	11	121	23	29	18	27	1.98
61232052--61232094	10	4.1	10	82	11	50	62	2	2	32	1.20
61235991--61236086	34	2.8	34	81	6	113	31	21	21	25	1.98
61240922--61241161	49	4.8	50	74	5	227	25	18	26	30	1.98
61245166--61245197	10	3.2	10	95	0	55	25	18	0	56	1.42
61245406--61245525	46	2.6	46	95	0	213	29	29	21	20	1.98
61245406--61245544	46	3.0	45	88	4	138	28	29	20	20	1.98
61251888--61252067	100	1.8	100	85	2	254	26	20	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61251886--61252116	49	4.7	49	78	3	248	25	19	26	28	1.99
61256917--61257012	34	2.8	34	82	3	113	26	23	25	25	2.00
61263867--61264090	40	5.6	40	83	3	252	24	23	26	26	2.00
61263874--61264059	83	2.3	80	86	4	257	23	22	27	26	1.99
61268400--61268591	40	4.8	40	88	1	154	27	25	21	26	1.99
61275141--61275335	40	4.8	40	85	6	257	24	22	26	26	2.00
61275145--61275335	83	2.3	80	87	4	258	23	23	27	26	2.00
61275141--61275364	40	5.6	39	83	5	234	24	22	26	26	2.00
61275141--61275365	123	1.9	122	86	3	321	24	22	26	26	2.00
61278662--61278701	18	2.2	19	91	8	66	20	42	22	15	1.88
61283015--61283040	9	2.9	9	100	0	52	30	46	11	11	1.76
61286713--61286792	32	2.5	32	93	0	133	27	30	17	25	1.97
61288814--61288939	28	4.5	28	96	1	227	25	11	29	33	1.92
61301823--61301870	24	2.0	24	100	0	96	41	12	4	41	1.62
61303356--61303574	109	2.0	109	98	0	420	39	4	21	34	1.74
61313384--61313566	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
61313382--61313566	40	4.7	40	82	7	225	24	28	22	24	2.00
61316337--61316389	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
61316331--61316397	20	3.3	20	91	0	107	34	10	20	34	1.87
61316447--61316638	24	8.0	24	91	5	248	28	19	22	28	1.98
61316447--61316638	49	4.0	47	87	7	235	28	19	22	28	1.98
61316832--61316894	31	2.0	31	90	0	99	34	15	25	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61327084--61327137	19	2.9	19	72	22	51	18	12	1	66	1.33
61338098--61338221	38	3.2	38	86	2	149	27	26	22	23	2.00
61341804--61341906	48	2.1	48	82	7	120	17	30	22	30	1.97
61343604--61343707	38	2.7	38	89	2	147	29	25	23	22	1.99
61348471--61348702	79	2.9	80	82	8	285	26	21	26	25	2.00
61348478--61348728	119	2.1	119	82	7	296	27	20	25	26	1.99
61348471--61348695	40	5.7	40	88	5	289	25	21	26	26	2.00
61348478--61348728	79	3.2	79	81	10	280	27	20	25	26	1.99
61356104--61356151	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
61356195--61356253	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
61356199--61356253	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
61356304--61356447	24	6.0	24	90	2	218	28	22	20	28	1.99
61358141--61358258	40	3.0	40	87	3	168	24	27	22	25	1.99
61358292--61358393	39	2.6	39	85	3	141	27	22	27	22	1.99
61358259--61358393	40	3.4	40	82	10	152	26	22	26	23	2.00
61367472--61367530	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
61367476--61367530	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
61367581--61367772	24	8.0	24	86	1	260	29	22	20	28	1.98
61381310--61381451	40	3.6	40	90	2	207	23	23	28	24	2.00
61392767--61393084	125	2.5	126	86	4	457	25	28	22	23	1.99
61398745--61398800	26	2.2	26	100	0	112	35	19	10	33	1.87
61398753--61398807	26	2.3	23	85	14	69	34	18	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61400177--61400299	42	2.9	43	79	4	126	29	13	24	32	1.94
61403695--61403826	65	2.0	64	84	8	169	27	5	15	51	1.65
61409078--61409203	40	3.2	40	90	0	198	26	26	20	26	1.99
61411918--61411995	37	2.1	38	87	2	113	26	29	17	25	1.98
61412111--61412333	47	4.7	47	91	1	313	27	30	8	33	1.87
61412161--61412239	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
61421709--61421890	40	4.6	40	89	2	260	24	26	21	27	1.99
61424426--61424470	20	2.2	21	84	7	58	6	31	24	37	1.81
61435295--61435343	23	2.1	23	100	0	98	42	16	8	32	1.77
61437342--61437471	48	2.7	48	97	0	242	32	29	6	31	1.84
61439175--61439249	23	3.3	23	71	14	84	26	16	12	45	1.82
61439161--61439226	21	3.0	22	66	16	64	28	15	15	40	1.87
61439161--61439248	44	2.0	44	100	0	176	27	15	13	43	1.85
61440939--61440979	14	2.9	14	77	0	55	21	9	31	36	1.86
61442449--61442620	93	1.8	93	83	2	229	23	20	27	27	1.99
61447042--61447159	42	2.8	42	79	6	121	22	19	28	28	1.98
61447056--61447193	42	3.2	42	74	12	111	26	19	25	28	1.99
61450879--61450919	14	2.9	14	77	0	55	21	9	31	36	1.86
61455174--61455208	18	1.9	18	88	0	52	40	2	2	54	1.30
61463276--61463533	40	6.5	40	87	2	342	27	28	21	22	1.99
61472957--61473013	25	2.3	25	82	11	64	29	7	21	42	1.79
61474825--61474955	38	3.2	38	72	17	118	30	23	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61474876--61475003	48	2.7	48	85	3	161	28	21	17	32	1.96
61483472--61483551	28	2.9	28	75	3	81	31	28	8	31	1.87
61487080--61487197	42	2.8	42	85	0	146	32	22	16	28	1.95
61487154--61487341	48	3.9	48	87	1	270	30	22	17	29	1.96
61510388--61510426	13	2.8	13	84	7	51	38	2	2	56	1.27
61512709--61512740	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
61512706--61513000	50	5.9	50	75	4	245	25	16	25	31	1.97
61512755--61512937	101	1.8	101	86	0	267	25	18	26	30	1.98
61513198--61513227	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
61521395--61521434	21	1.9	21	90	10	64	50	22	2	25	1.62
61522522--61522569	24	2.0	24	91	0	78	25	18	12	43	1.85
61537604--61537643	21	1.9	21	84	0	53	32	25	32	10	1.89
61538853--61539837	48	20.5	48	94	1	1674	21	27	23	26	1.99
61545072--61545491	49	8.7	49	93	2	703	31	9	30	28	1.88
61545609--61545679	37	1.9	37	82	0	88	22	22	30	23	1.99
61549851--61549902	25	2.0	25	82	10	61	48	13	0	38	1.43
61557846--61557997	68	2.3	68	81	8	172	25	30	14	29	1.95
61559355--61559432	31	2.5	31	85	0	111	25	24	19	30	1.98
61559456--61559547	42	2.2	42	90	3	141	34	22	13	29	1.92
61559692--61559789	26	3.8	26	91	1	162	25	24	23	26	2.00
61560597--61560675	27	2.9	27	94	3	133	20	26	22	30	1.98
61560714--61561006	27	10.8	27	77	7	234	32	9	19	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61560827--61561020	54	3.6	54	90	2	300	31	9	20	38	1.84
61560714--61561067	27	13.0	27	77	7	196	34	9	18	37	1.83
61560715--61561006	81	3.6	81	76	4	282	32	9	19	39	1.83
61560827--61561139	54	5.8	54	85	1	196	36	8	20	34	1.83
61560972--61561131	81	2.0	81	83	0	203	41	7	20	30	1.80
61560999--61561201	27	7.5	27	86	0	253	40	6	23	30	1.79
61561215--61561304	27	3.3	27	84	3	110	33	11	15	40	1.83
61563926--61564000	27	2.8	28	82	8	84	37	17	12	33	1.86
61564284--61564347	32	2.0	32	87	0	92	26	18	25	29	1.98
61565986--61566080	47	2.0	47	91	2	156	29	13	13	43	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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