genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  241  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79539799--79539829	10	3.0	10	95	4	53	12	9	9	67	1.41
79541345--79541391	21	2.2	22	81	11	53	23	6	4	65	1.33
79541374--79541456	32	2.5	34	79	16	95	20	12	1	66	1.31
79550504--79550562	27	2.2	27	81	6	66	35	27	13	23	1.92
79562052--79562288	40	5.9	40	93	0	384	23	28	21	27	1.99
79583330--79583840	253	2.0	255	96	1	938	32	19	12	35	1.90
79584334--79584510	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
79586164--79586225	31	2.0	31	87	3	90	32	9	25	32	1.88
79590983--79591197	46	4.7	46	96	1	369	28	31	21	19	1.97
79608335--79608484	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
79611314--79611395	42	2.0	42	90	0	128	21	26	25	25	2.00
79612322--79612407	42	2.0	42	95	0	154	31	18	20	29	1.97
79621393--79621433	22	1.9	22	90	5	66	26	12	4	56	1.56
79621658--79621688	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
79621796--79621835	18	2.2	18	86	8	55	42	2	0	55	1.13
79621831--79621901	19	3.7	19	83	9	83	35	1	5	57	1.31
79621831--79621900	20	3.6	19	81	11	72	35	1	5	57	1.32
79621839--79621901	20	3.3	19	80	6	74	34	1	4	58	1.29
79623613--79623916	151	2.0	152	95	0	547	37	5	12	45	1.64
79625497--79625538	3	14.0	3	84	0	57	35	4	0	59	1.19
79628181--79628364	92	2.0	92	89	2	280	27	19	9	43	1.82
79638162--79638344	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79638141--79638344	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
79644466--79644523	30	1.9	30	89	0	89	31	12	24	32	1.91
79644867--79645173	47	6.5	46	74	14	225	28	19	28	23	1.98
79644867--79645079	94	2.3	91	84	7	252	27	20	29	23	1.98
79657954--79658011	30	1.9	30	92	0	98	32	10	27	29	1.90
79658332--79658462	47	2.8	47	78	7	140	28	22	29	20	1.98
79658332--79658548	94	2.4	91	80	6	215	28	20	28	22	1.98
79668026--79668050	13	1.9	13	100	0	50	28	32	32	8	1.86
79669211--79669471	129	2.0	129	92	0	432	30	22	10	37	1.87
79683712--79683787	39	1.9	40	89	2	118	57	1	5	35	1.29
79689130--79689167	4	9.5	4	100	0	76	26	0	23	50	1.50
79694665--79694822	55	2.9	55	82	1	192	19	19	36	24	1.95
79697090--79697127	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
79697478--79697502	13	1.9	13	100	0	50	8	40	32	20	1.81
79704219--79704339	47	2.6	44	81	11	136	33	17	28	20	1.95
79704339--79704471	47	2.8	47	85	5	164	29	16	28	25	1.97
79704224--79704465	126	1.9	126	83	6	312	31	16	28	23	1.96
79705890--79705939	24	2.2	24	82	7	59	28	34	4	34	1.76
79710103--79710773	68	9.9	68	89	1	898	27	22	23	26	2.00
79724572--79725242	68	9.9	68	89	1	916	27	22	23	26	2.00
79740267--79740322	29	1.9	29	85	7	78	16	26	32	25	1.96
79748749--79749016	40	6.7	40	90	0	376	33	28	18	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79751529--79751568	20	2.0	20	95	0	71	25	22	15	37	1.93
79751659--79751689	14	2.2	14	94	0	53	19	16	12	51	1.76
79756837--79756969	66	2.0	66	98	0	257	37	18	10	33	1.85
79757537--79757596	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
79768567--79768874	40	7.7	40	91	0	465	32	28	19	19	1.96
79775291--79775478	94	2.0	94	91	0	304	27	22	25	25	2.00
79776634--79776703	24	3.0	23	68	15	61	60	0	38	1	1.06
79780233--79780389	46	3.4	46	91	3	244	28	28	20	22	1.99
79785402--79785527	46	2.7	46	95	0	216	29	30	20	19	1.97
79791516--79791573	23	2.5	23	80	8	64	43	29	1	25	1.65
79800172--79800206	17	2.1	17	100	0	70	40	20	22	17	1.92
79800863--79801067	91	2.3	90	86	5	281	31	15	21	31	1.94
79810781--79810990	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
79810728--79810990	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
79810781--79811025	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
79816265--79816874	44	14.2	43	71	8	239	26	21	20	32	1.97
79816253--79816501	87	2.9	87	90	1	374	24	22	21	32	1.98
79816439--79816764	87	3.8	86	72	12	292	27	20	20	31	1.97
79816570--79816846	83	3.3	83	72	14	287	27	20	19	31	1.97
79816637--79816725	46	1.9	46	90	0	142	24	20	22	32	1.98
79816473--79816848	170	2.2	170	97	0	698	27	20	19	31	1.97
79817991--79818037	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79819033--79819062	8	3.6	8	95	4	51	13	0	13	73	1.10
79821617--79821665	19	2.5	20	80	6	57	40	12	20	26	1.87
79825481--79825526	20	2.2	21	84	3	58	47	0	8	43	1.34
79825649--79825693	21	2.1	21	91	0	72	26	0	37	35	1.57
79825656--79825721	7	9.4	7	76	0	60	25	0	43	30	1.55
79825656--79825721	28	2.4	28	89	0	96	25	0	43	30	1.55
79826901--79826942	21	2.0	21	90	0	66	21	26	30	21	1.98
79833573--79833611	6	6.5	6	81	0	51	69	10	0	20	1.17
79833562--79833607	24	1.9	24	86	0	65	67	6	2	23	1.25
79847772--79847819	5	10.0	5	91	8	82	39	0	0	60	0.97
79848600--79848680	40	2.0	40	82	0	99	35	8	16	39	1.79
79848892--79848998	45	2.4	45	85	1	151	22	18	17	41	1.91
79855003--79855063	25	2.4	24	75	8	59	40	0	1	57	1.08
79855043--79855073	13	2.4	13	100	0	62	38	0	0	61	0.96
79855714--79855772	23	2.6	23	82	10	68	44	16	3	35	1.65
79864236--79864322	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
79864693--79864750	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
79866019--79866065	5	9.2	5	97	2	85	57	0	0	42	0.98
79866088--79866116	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
79870286--79870397	40	2.8	40	81	1	116	36	22	19	21	1.95
79878029--79878147	42	3.0	40	83	8	143	22	15	21	40	1.91
79878027--79878135	42	2.7	40	86	2	146	22	15	22	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79889917--79889973	28	2.0	28	100	0	114	22	28	38	10	1.87
79893800--79893891	43	2.1	43	84	6	114	32	2	5	59	1.32
79894361--79894392	5	6.4	5	100	0	64	81	0	0	18	0.70
79894766--79894803	13	2.9	13	88	0	58	36	44	0	18	1.50
79894973--79895015	9	4.7	9	82	5	50	46	30	0	23	1.52
79894958--79895015	28	2.2	26	90	6	89	46	27	0	25	1.53
79898682--79898779	17	5.4	17	67	13	70	30	4	14	51	1.61
79898674--79898788	37	3.1	36	91	4	194	31	6	14	47	1.69
79898787--79898834	9	5.4	9	85	5	62	27	10	22	39	1.87
79900214--79900239	13	2.0	13	100	0	52	69	0	30	0	0.89
79904657--79904694	14	2.7	14	95	0	67	55	0	0	44	0.99
79904661--79904713	18	3.1	18	81	7	67	49	0	0	50	1.00
79904675--79904717	18	2.3	19	88	8	70	46	0	0	53	1.00
79907117--79907155	21	1.9	20	94	5	69	25	12	5	56	1.57
79909616--79909798	92	2.0	92	92	0	303	34	15	20	28	1.93
79913926--79913995	35	2.0	35	94	2	124	45	0	7	47	1.30
79916874--79916929	27	2.0	28	86	3	78	55	8	12	23	1.65
79921391--79921443	28	1.9	27	81	11	63	71	1	0	26	0.96
79921418--79921446	12	2.3	13	94	5	51	79	0	0	20	0.74
79922075--79922111	15	2.5	15	84	16	51	54	2	0	43	1.14
79926514--79927028	135	3.8	135	90	1	735	26	22	22	29	1.99
79926811--79927019	45	4.6	45	70	9	156	24	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79938651--79938686	2	18.5	2	88	5	56	52	2	0	44	1.15
79943965--79944006	20	2.0	21	82	13	52	35	2	2	59	1.23
79971766--79972095	105	3.2	104	86	2	437	33	17	13	35	1.89
79973753--79973975	111	2.0	111	98	0	428	32	21	17	29	1.95
79974835--79974877	19	2.2	20	84	8	54	58	0	18	23	1.40
79980370--79980408	15	2.6	14	84	8	51	56	0	15	28	1.40
79980415--79980454	21	2.0	21	90	5	64	70	0	5	25	1.08
79980547--79980731	3	62.7	3	70	7	92	61	5	5	27	1.41
79982087--79982209	44	2.8	44	82	4	158	28	22	22	26	1.99
79982327--79982605	132	2.1	131	85	2	362	27	23	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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