genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14307973--14308012	21	1.9	21	84	0	53	32	42	15	10	1.79
14310153--14310595	126	3.5	126	89	0	681	27	17	18	37	1.93
14324091--14324144	18	3.3	18	66	28	57	24	50	7	18	1.72
14324081--14324155	30	2.5	30	97	0	141	26	52	5	16	1.65
14335858--14335891	12	2.7	13	81	9	52	79	0	20	0	0.73
14335854--14335889	19	1.9	18	94	5	63	80	0	19	0	0.71
14336818--14336851	16	2.1	16	88	0	50	14	11	5	67	1.39
14336907--14336940	16	2.1	16	88	0	50	14	11	5	67	1.39
14336762--14337285	89	5.8	89	84	7	632	25	16	19	37	1.93
14336996--14337026	13	2.4	13	88	0	53	12	9	6	70	1.31
14337082--14337130	14	3.5	14	77	0	53	20	16	6	57	1.60
14336934--14337290	188	1.9	186	87	2	527	25	17	19	37	1.93
14337209--14337427	73	2.9	75	84	3	307	31	16	19	31	1.94
14337358--14337962	89	6.8	89	98	0	1158	29	15	17	37	1.91
14337358--14338824	178	8.7	174	81	10	1319	29	15	17	36	1.92
14337358--14338832	267	5.8	256	81	11	1323	29	15	18	36	1.92
14337898--14338310	73	5.6	73	85	6	528	32	15	20	31	1.94
14337878--14338335	75	6.2	73	84	6	559	30	15	19	33	1.93
14337895--14338334	148	3.0	146	86	5	591	31	15	20	32	1.94
14337878--14338335	221	2.1	221	91	2	742	30	15	19	33	1.93
14338269--14338824	91	6.3	86	77	9	396	28	15	18	37	1.92
14338269--14338787	180	2.9	178	77	8	443	27	16	18	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14339487--14339540	18	3.3	18	66	28	57	24	48	7	20	1.75
14339477--14339574	30	3.3	30	94	0	169	25	50	6	18	1.70
14339735--14339864	23	5.5	24	75	9	79	33	6	5	54	1.48
14339802--14339866	25	2.7	24	83	4	78	33	7	6	52	1.55
14339882--14339923	22	1.9	22	90	0	66	28	2	7	61	1.35
14339888--14339941	26	2.1	26	86	6	74	31	3	7	57	1.44
14340014--14340069	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
14341170--14341224	25	2.2	25	96	0	101	18	40	23	18	1.91
14346182--14346220	18	2.2	18	85	0	51	66	7	10	15	1.43
14348514--14348557	20	2.2	20	84	8	54	40	4	15	38	1.68
14349012--14349186	46	3.7	47	75	15	157	29	20	28	22	1.98
14349012--14349231	94	2.3	92	80	8	237	29	20	28	22	1.98
14349203--14349369	49	3.6	46	81	9	169	25	19	28	26	1.99
14349203--14349369	44	3.6	45	83	7	169	25	19	28	26	1.99
14354494--14354537	20	2.2	20	84	8	54	34	0	18	47	1.49
14360766--14360814	21	2.3	21	92	0	80	40	10	6	42	1.63
14366231--14366267	19	1.9	19	94	0	65	48	2	10	37	1.52
14366997--14367076	29	2.7	29	80	7	81	48	11	5	35	1.61
14367518--14367634	38	3.1	38	96	2	209	20	30	7	41	1.80
14367699--14367852	53	2.9	53	81	6	197	33	14	19	32	1.92
14368249--14368297	22	2.3	21	82	10	64	71	2	10	16	1.22
14368743--14369042	147	2.0	147	94	1	530	34	22	13	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14369343--14369376	16	2.1	16	100	0	68	26	5	11	55	1.58
14372135--14372178	22	2.0	22	95	0	79	47	22	0	29	1.51
14372227--14372297	33	2.2	33	97	0	133	40	8	2	47	1.48
14372560--14372758	20	9.9	20	72	2	139	14	29	18	38	1.89
14372556--14372765	40	5.2	40	83	4	271	13	30	17	38	1.89
14377902--14377983	9	9.1	9	76	0	83	45	12	30	12	1.78
14377895--14377947	18	2.9	17	75	10	52	37	13	35	13	1.83
14379629--14379683	29	1.9	29	85	3	76	27	25	23	23	2.00
14379697--14379779	31	2.7	30	90	7	132	28	25	15	30	1.96
14379999--14380068	25	2.8	25	91	0	104	27	22	22	27	1.99
14380833--14380897	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
14380951--14381057	27	3.9	27	75	14	85	30	7	18	42	1.78
14381013--14381163	27	5.7	25	79	6	104	29	8	20	41	1.82
14381041--14381163	54	2.3	55	78	7	144	30	9	20	39	1.85
14381040--14381163	27	4.6	27	79	2	115	29	9	20	39	1.85
14381195--14381394	27	7.4	27	84	2	222	41	7	22	29	1.81
14381183--14381394	81	2.6	81	85	5	270	40	8	21	29	1.82
14389536--14389565	16	1.9	16	93	6	53	13	10	6	70	1.34
14391173--14391211	20	2.0	20	85	5	53	56	5	7	30	1.49
14391666--14391782	62	1.9	59	86	5	162	41	5	5	47	1.47
14394699--14394811	28	4.0	28	85	7	140	28	30	14	27	1.95
14394690--14394798	57	1.9	56	86	1	155	28	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14395026--14395064	16	2.4	16	91	0	60	12	23	15	48	1.79
14396338--14396369	16	2.0	16	93	0	55	9	0	34	56	1.32
14404633--14404697	20	3.3	20	86	2	87	47	13	12	26	1.78
14411771--14412216	44	9.9	45	74	10	338	29	19	17	33	1.95
14411738--14412215	89	5.3	88	75	10	378	29	20	17	33	1.95
14414822--14414997	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
14414818--14414989	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
14417951--14418006	15	3.7	15	85	7	78	14	16	8	60	1.57
14420407--14420582	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
14420404--14420574	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
14444490--14444514	13	1.9	13	100	0	50	36	24	24	16	1.94
14466926--14466966	15	2.7	15	96	0	73	39	4	2	53	1.35
14467754--14467873	49	2.5	48	80	4	125	27	18	25	28	1.98
14470297--14470322	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
14473325--14473367	16	2.7	16	82	10	52	39	11	2	46	1.53
14473556--14473605	25	1.9	27	84	8	68	40	2	8	50	1.43
14473604--14473653	17	2.7	17	82	14	55	44	4	0	52	1.20
14474359--14474404	18	2.5	19	82	13	60	58	2	2	36	1.22
14474468--14474517	26	1.9	26	100	0	100	38	16	22	24	1.93
14476995--14477073	27	2.9	27	77	7	70	44	11	5	39	1.62
14477061--14477121	18	3.4	18	79	0	59	37	16	9	36	1.82
14477160--14477207	19	2.6	19	80	6	55	45	12	8	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14477226--14477277	18	2.9	17	88	5	77	36	11	11	40	1.78
14477267--14477331	18	3.6	19	81	10	82	40	16	9	33	1.81
14477177--14477343	36	4.6	37	75	8	139	38	14	10	37	1.80
14479177--14479226	21	2.3	22	79	3	57	6	16	2	76	1.08
14479318--14479380	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
14491556--14492328	46	16.8	46	90	1	1077	21	23	13	41	1.89
14491556--14492328	137	5.6	138	91	1	1149	21	23	13	41	1.89
14492256--14492327	21	3.2	21	64	21	56	26	25	9	38	1.86
14492231--14492306	25	3.2	25	63	21	63	23	22	11	42	1.87
14491566--14492328	368	2.1	366	93	1	1303	21	23	13	41	1.89
14494405--14494446	11	3.8	11	96	0	75	69	0	4	26	1.08
14494392--14494450	14	4.1	14	78	18	59	69	0	3	27	1.04
14494420--14494495	20	3.7	21	77	10	68	59	5	1	34	1.28
14496083--14496130	25	1.9	25	91	0	78	39	12	22	25	1.89
14497383--14498201	46	17.8	46	92	1	1146	21	23	14	40	1.90
14497378--14498206	229	3.6	229	91	1	1304	21	23	14	40	1.90
14498037--14498107	21	3.2	21	64	21	54	23	26	11	38	1.89
14507226--14507255	14	2.1	15	93	6	53	76	0	0	23	0.78
14507118--14507487	130	2.9	128	87	7	540	55	4	4	35	1.39
14511982--14512033	25	2.1	24	82	10	61	69	1	1	26	1.10
14512196--14512242	21	2.2	22	82	14	55	44	8	19	27	1.79
14513282--14513344	30	2.1	28	78	13	72	50	9	4	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14513291--14513364	30	2.4	31	84	2	96	54	6	5	33	1.50
14513846--14513928	41	2.0	41	97	0	157	38	7	13	40	1.72
14515358--14515391	16	2.1	16	100	0	68	32	17	5	44	1.73
14516213--14516255	21	2.0	21	90	0	68	32	0	4	62	1.15
14516891--14516938	17	2.7	18	80	6	53	58	4	0	37	1.18
14516936--14516965	12	2.5	12	100	0	60	56	0	0	43	0.99
14518400--14518439	9	4.4	9	87	0	62	12	15	27	45	1.82
14523754--14523910	25	6.3	25	65	19	71	32	22	12	33	1.91
14527655--14527779	43	3.0	43	79	2	128	30	26	13	29	1.94
14533222--14533317	34	2.8	34	76	14	90	22	23	22	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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