genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34529489--34529644	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
34529485--34529665	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
34529570--34529676	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
34537675--34537852	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
34537676--34537831	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
34537672--34537852	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
34551009--34551033	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
34554176--34554288	58	1.9	59	85	5	158	44	5	1	48	1.35
34556938--34556990	18	2.9	18	75	10	54	52	5	30	11	1.60
34558734--34558778	17	2.6	17	96	0	81	20	37	22	20	1.94
34563922--34564029	37	3.1	36	72	13	93	41	1	3	52	1.30
34564008--34564121	59	1.9	59	84	7	151	41	4	2	51	1.35
34564065--34564124	16	3.7	16	73	10	50	41	3	1	53	1.27
34573952--34574014	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
34575205--34575252	26	1.9	24	83	8	60	60	8	2	29	1.37
34575710--34575747	14	2.7	14	95	0	67	42	10	13	34	1.78
34589755--34589816	22	2.9	21	83	11	72	40	9	9	40	1.71
34590096--34590133	19	2.0	19	94	0	67	50	7	5	36	1.54
34592151--34592175	9	2.8	9	100	0	50	24	20	44	12	1.85
34592492--34592603	27	4.1	27	71	11	70	41	20	10	27	1.85
34594882--34594945	24	2.7	24	76	13	69	32	3	35	28	1.73
34595346--34595406	27	2.3	27	85	0	77	36	21	16	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34598153--34598201	20	2.5	20	82	0	62	36	4	20	38	1.72
34617722--34617828	43	2.5	41	76	18	110	25	18	24	31	1.98
34618700--34618733	13	2.6	13	95	0	59	17	29	35	17	1.93
34621543--34621591	25	2.0	25	91	0	80	28	32	20	18	1.96
34622938--34623072	55	2.5	55	80	4	139	26	28	26	17	1.98
34625810--34625854	20	2.2	20	96	0	81	28	13	17	40	1.88
34628699--34628767	34	2.0	34	97	0	129	33	14	15	36	1.89
34637133--34637443	39	8.0	39	97	0	568	23	29	25	21	1.99
34643053--34643324	39	7.0	39	97	0	508	23	29	25	21	1.99
34646105--34646337	27	8.6	27	83	4	231	30	18	8	42	1.80
34646098--34646319	81	2.7	81	83	2	286	29	19	8	42	1.80
34646314--34646480	27	6.2	27	83	5	113	39	22	7	29	1.82
34646328--34646480	81	1.9	80	82	9	195	41	22	7	28	1.81
34646356--34646482	27	4.7	27	90	1	184	42	23	6	27	1.78
34646356--34646521	81	2.0	81	83	8	205	40	20	9	30	1.83
34646524--34646846	27	12.0	27	83	2	303	39	17	17	26	1.91
34646988--34647018	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
34647051--34647145	25	3.8	25	95	0	163	25	25	23	26	2.00
34649126--34649325	27	7.4	27	84	0	213	28	19	9	43	1.81
34649133--34649336	81	2.5	81	84	4	243	29	18	8	43	1.80
34649329--34649536	27	7.7	27	82	4	206	40	19	9	30	1.83
34649329--34649522	81	2.4	81	87	3	266	40	18	9	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34649525--34649848	27	12.0	27	84	2	364	37	17	18	26	1.93
34650053--34650122	25	2.8	25	93	0	113	25	24	24	25	2.00
34650052--34650135	25	3.4	24	83	8	98	28	21	23	26	1.99
34660270--34660313	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
34669132--34669229	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
34672630--34672766	60	2.3	59	81	8	143	29	21	23	26	1.99
34676585--34676632	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
34679892--34680164	56	4.9	56	85	1	325	29	13	23	33	1.93
34683341--34683392	25	2.1	25	100	0	104	25	11	28	34	1.91
34685772--34685796	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
34686938--34687173	56	4.2	57	84	5	320	29	13	23	33	1.94
34686939--34687173	112	2.1	112	90	1	364	29	14	23	32	1.94
34686940--34687216	112	2.5	112	83	3	308	28	14	24	32	1.94
34691604--34691732	34	3.8	34	80	2	143	23	24	24	27	2.00
34691604--34691744	68	2.1	68	83	0	174	24	24	22	29	1.99
34692763--34692819	4	14.0	4	92	3	96	49	24	1	24	1.60
34693582--34693645	33	1.9	33	96	0	119	34	15	4	45	1.67
34701154--34701229	38	2.0	38	97	0	143	34	9	23	32	1.87
34703441--34703505	34	1.9	33	82	14	80	24	26	24	24	2.00
34706699--34706772	22	3.4	22	76	10	89	13	32	25	28	1.94
34706678--34706771	43	2.2	43	86	3	127	15	30	24	28	1.96
34708491--34708541	27	1.9	26	92	4	84	19	25	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34708558--34708621	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
34708583--34708642	27	2.3	26	88	2	84	23	21	20	35	1.96
34709671--34709834	83	2.0	83	81	2	195	26	17	17	38	1.92
34713864--34713894	15	2.1	15	93	0	53	41	0	9	48	1.36
34723037--34723165	46	2.8	46	92	0	213	29	28	21	20	1.98
34723588--34723644	30	1.9	30	85	0	78	28	22	5	43	1.75
34736607--34736671	27	2.4	27	85	10	71	26	16	16	40	1.90
34736624--34736684	27	2.3	27	85	5	79	24	13	24	37	1.91
34754070--34754219	71	2.2	67	77	11	157	33	16	29	21	1.95
34757957--34758018	30	2.1	30	100	0	124	33	6	6	53	1.52
34758267--34758296	15	2.0	15	93	0	51	26	23	0	50	1.50
34765816--34765922	29	3.7	29	83	3	128	28	30	14	27	1.95
34765845--34765938	29	3.2	29	87	0	89	29	29	13	26	1.94
34766715--34766747	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
34782023--34782147	42	3.0	43	87	4	193	28	21	28	21	1.99
34785370--34785574	27	7.6	27	85	2	117	34	21	8	35	1.84
34785370--34785482	54	2.1	53	85	4	147	30	20	9	38	1.85
34785381--34785510	53	2.4	55	88	3	194	28	20	9	41	1.83
34785408--34785537	53	2.4	53	81	2	143	31	21	8	38	1.83
34785502--34785844	27	12.7	27	75	6	210	39	20	9	30	1.84
34785502--34785736	81	2.9	80	85	3	310	40	22	7	29	1.81
34785878--34785968	27	3.4	27	84	3	112	36	18	25	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34786585--34786632	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
34786668--34786733	20	3.3	20	93	4	107	39	10	19	30	1.86
34786784--34786903	52	2.4	51	94	2	215	26	23	23	26	2.00
34786784--34786903	26	4.7	26	90	1	181	26	23	23	26	2.00
34787053--34787144	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
34789187--34789255	27	2.5	27	70	23	63	56	10	0	33	1.33
34789265--34789289	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
34796521--34796546	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
34808118--34808225	26	4.4	24	87	5	137	29	23	18	28	1.98
34808275--34808349	20	3.8	20	87	6	102	33	18	10	37	1.86
34817886--34818029	24	5.9	24	70	8	94	34	30	11	23	1.91
34817888--34818019	50	2.7	48	75	9	131	32	30	12	24	1.93
34822189--34822303	43	2.7	42	85	6	135	29	26	20	23	1.98
34822197--34822303	42	2.5	43	86	4	137	29	26	19	24	1.98
34829340--34829522	79	2.3	80	83	7	221	25	27	22	24	2.00
34829338--34829522	40	4.7	40	79	7	207	25	27	22	24	2.00
34831978--34832047	28	2.5	28	88	4	97	32	25	14	27	1.94
34838446--34838484	16	2.4	16	73	0	51	56	20	12	10	1.65
34838695--34838787	28	3.3	28	78	0	105	23	11	31	33	1.91
34842490--34842514	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
34843635--34843762	44	3.0	41	80	8	148	24	17	27	30	1.97
34849304--34849437	50	2.8	49	82	5	139	36	8	26	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34855668--34855892	47	4.8	47	97	0	405	29	29	7	33	1.85
34861497--34861651	43	3.6	43	83	3	179	32	25	14	27	1.94
34867642--34867801	43	3.7	43	80	11	152	25	18	24	31	1.98
34875375--34875559	40	4.7	40	82	6	207	24	22	27	25	2.00
34875428--34875592	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
34880713--34880864	44	3.5	42	78	8	137	25	20	24	30	1.99
34880751--34880854	42	2.4	43	82	3	120	25	18	25	31	1.97
34880714--34880872	43	3.7	43	75	12	139	24	20	25	30	1.99
34892158--34893075	40	23.0	40	96	1	1680	24	20	29	25	1.99
34894097--34894303	48	4.3	48	93	0	351	31	25	5	37	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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