genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6542142--6542180	19	2.1	19	90	9	62	74	5	10	10	1.21
6542515--6542550	15	2.2	18	80	19	51	83	16	0	0	0.65
6543827--6543856	9	3.2	9	90	9	51	86	3	0	10	0.67
6548223--6548271	25	2.0	25	87	0	71	40	6	14	38	1.71
6583818--6583994	40	4.4	40	83	6	193	25	28	22	22	1.99
6585768--6585828	30	2.0	30	96	0	113	45	6	24	22	1.76
6588966--6589052	28	3.3	26	80	12	88	25	26	14	33	1.95
6591666--6591705	21	2.0	20	95	5	71	30	0	30	40	1.57
6592337--6592467	47	2.8	47	89	3	183	22	17	28	32	1.96
6592334--6592486	47	3.2	47	74	18	147	22	16	26	33	1.96
6594635--6594902	68	3.9	68	100	0	536	38	14	18	28	1.90
6596258--6596324	35	1.9	35	93	0	116	25	22	7	44	1.78
6600437--6600529	48	1.9	48	93	0	159	25	27	19	26	1.99
6600514--6600543	14	2.1	14	100	0	60	30	33	13	23	1.93
6600469--6600591	62	2.0	62	90	0	192	28	30	16	25	1.96
6600528--6600673	48	3.0	48	86	0	202	27	28	17	26	1.98
6604793--6604853	30	2.1	29	93	3	104	24	14	22	37	1.92
6608087--6608139	24	2.2	25	86	6	74	43	22	18	15	1.87
6608129--6608183	24	2.3	24	83	0	65	30	16	29	23	1.96
6611348--6611380	16	2.0	17	94	5	59	72	0	6	21	1.05
6618141--6618203	33	1.9	33	93	0	108	20	23	22	33	1.97
6625189--6625256	18	3.8	18	69	21	54	11	26	0	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6627785--6627834	10	5.0	10	83	9	66	70	4	6	20	1.25
6629162--6629257	47	2.1	45	84	9	122	47	12	7	32	1.69
6632807--6633271	232	2.0	231	97	0	876	42	6	16	33	1.74
6639677--6639732	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
6639800--6639848	19	2.6	19	80	3	64	30	0	0	69	0.89
6639827--6639856	11	2.8	11	95	5	53	26	0	0	73	0.84
6652305--6653066	206	3.7	206	92	1	1217	31	17	22	28	1.97
6653029--6653111	43	1.9	44	85	2	114	28	16	28	25	1.97
6654572--6654630	28	2.1	29	83	3	75	32	8	0	59	1.28
6654620--6654652	17	1.9	17	93	0	57	33	0	3	63	1.10
6654715--6654753	14	2.8	13	85	11	51	28	2	0	69	1.02
6654743--6654782	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
6655173--6655202	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
6655250--6655308	10	5.7	10	76	13	57	28	6	0	64	1.19
6661846--6661985	50	2.8	50	91	0	217	27	25	18	27	1.98
6663866--6663920	24	2.2	24	81	9	67	63	1	7	27	1.31
6664187--6664232	19	2.5	19	85	3	58	52	2	6	39	1.40
6664326--6664369	18	2.3	19	85	14	56	63	2	6	27	1.31
6666796--6666830	14	2.5	14	85	0	52	20	8	0	71	1.11
6668644--6669022	168	2.3	169	84	2	494	40	18	12	27	1.87
6669541--6669587	23	2.0	23	100	0	94	40	21	4	34	1.73
6671441--6671629	95	2.0	95	95	0	342	39	18	11	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6677321--6677355	16	2.2	17	90	10	56	51	2	20	25	1.61
6678487--6678531	22	2.0	22	91	0	72	35	0	2	62	1.08
6686016--6686112	28	3.5	28	90	2	133	31	27	13	26	1.94
6695131--6695214	29	2.9	28	94	1	141	30	29	21	17	1.96
6697988--6698044	27	2.1	27	96	0	105	24	10	14	50	1.73
6698604--6698648	21	2.2	20	81	11	56	24	4	22	48	1.68
6704941--6705080	75	1.9	74	88	5	210	45	10	12	30	1.77
6705156--6705510	71	5.1	71	63	17	215	40	9	5	44	1.61
6705074--6705607	138	3.9	138	95	0	908	41	8	5	44	1.59
6705244--6705456	67	3.1	67	63	15	173	43	8	5	42	1.59
6705601--6705626	13	2.0	13	100	0	52	23	0	7	69	1.14
6711660--6711747	33	2.7	33	78	7	99	51	13	15	19	1.77
6711721--6711814	33	2.8	33	80	0	107	46	17	20	15	1.84
6713478--6713735	40	6.5	40	86	4	301	26	28	21	22	1.99
6717427--6717505	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
6717624--6717913	47	6.1	47	89	2	427	27	30	10	32	1.89
6717624--6717913	96	3.0	95	91	3	449	27	30	10	32	1.89
6717624--6717913	143	2.0	143	90	0	454	27	30	10	32	1.89
6724689--6724731	13	3.1	14	86	10	61	4	23	2	69	1.18
6728096--6728168	28	2.6	27	76	8	74	42	10	12	34	1.78
6728096--6728177	29	2.9	28	76	8	85	40	10	13	35	1.80
6732246--6732365	62	1.9	62	89	0	186	32	18	24	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6750179--6750262	32	2.6	32	88	0	114	25	19	28	27	1.98
6752917--6752971	25	2.2	25	81	12	60	49	7	1	41	1.41
6752911--6753018	37	2.9	37	77	18	111	51	4	2	40	1.37
6755540--6755595	23	2.4	23	96	0	103	50	1	7	41	1.40
6758075--6758163	41	2.2	41	95	2	162	23	5	24	46	1.74
6758758--6758782	13	1.9	13	100	0	50	0	8	28	64	1.22
6772598--6772643	18	2.6	18	89	3	67	17	28	41	13	1.86
6773528--6773569	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
6773748--6773796	23	2.2	23	85	7	66	40	0	6	53	1.26
6777707--6777755	20	2.4	21	80	16	59	55	4	2	38	1.31
6777730--6777782	21	2.5	21	79	8	54	69	1	1	26	1.09
6777738--6777802	29	2.2	31	86	10	91	69	3	1	26	1.12
6783715--6783795	37	2.2	37	88	0	117	39	16	9	34	1.81
6783768--6784621	278	3.1	278	99	0	1681	41	7	8	42	1.63
6790831--6791006	46	3.8	44	80	11	167	22	28	19	28	1.98
6801509--6801561	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
6802741--6802845	26	4.0	26	100	0	210	35	26	7	30	1.84
6808179--6808231	26	2.0	27	85	7	74	28	15	18	37	1.91
6809701--6809751	26	2.0	26	96	0	93	37	21	7	33	1.82
6810136--6810504	45	8.0	45	77	6	301	25	30	19	24	1.98
6812155--6812181	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
6813751--6813822	36	2.0	36	94	0	126	18	9	19	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6815313--6815377	21	3.2	21	65	8	62	46	21	7	24	1.77
6817027--6817067	15	2.7	15	92	0	64	39	36	4	19	1.73
6818181--6818647	47	9.9	47	93	0	727	26	31	8	33	1.87
6821653--6821718	6	11.0	6	80	0	51	56	13	7	22	1.63
6821732--6821776	12	3.8	12	84	0	63	62	8	4	24	1.43
6821737--6821776	6	6.7	6	85	0	53	65	10	2	22	1.35
6821647--6821788	42	3.4	42	73	9	119	54	10	9	26	1.64
6821743--6821788	18	2.6	17	83	10	56	60	8	6	23	1.49
6822298--6822365	31	2.2	31	79	7	77	26	5	16	51	1.67
6830382--6830420	16	2.5	16	87	4	53	76	5	2	15	1.06
6830567--6830641	19	3.9	19	75	10	64	65	1	1	32	1.09
6830579--6830639	10	6.6	9	78	19	56	65	1	1	31	1.12
6840924--6840967	17	2.6	17	85	7	54	52	0	2	45	1.13
6842242--6842276	13	2.7	13	100	0	70	45	0	0	54	0.99
6850406--6850541	42	3.2	42	74	0	137	36	19	19	23	1.95
6860202--6860286	25	3.5	24	73	17	68	28	8	4	58	1.47
6860381--6860457	26	2.9	27	71	7	77	35	12	0	51	1.40
6861205--6861250	17	2.5	17	80	13	56	54	4	8	32	1.51
6863847--6863919	36	2.0	36	91	0	119	35	15	8	41	1.77
6874762--6874795	6	5.7	6	92	0	50	17	23	0	58	1.38
6874762--6874796	18	1.9	18	94	0	61	17	22	0	60	1.37
6881203--6881300	47	2.1	47	94	0	169	26	23	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6881272--6881391	47	2.5	47	78	9	136	24	21	19	35	1.96
6894857--6894901	3	15.0	3	82	17	58	28	2	0	68	1.01
6894851--6894901	15	3.6	14	80	17	61	27	3	0	68	1.07
6896507--6896580	6	12.5	6	82	2	87	12	4	4	79	1.01
6896514--6896587	24	3.1	24	88	3	105	12	4	4	79	1.01
6899375--6899409	13	2.7	13	95	0	61	28	22	45	2	1.67
6902674--6902712	21	1.9	20	89	5	60	33	15	7	43	1.75
6903575--6903849	109	2.5	108	85	2	379	26	17	28	27	1.98
6903575--6903849	36	7.6	36	85	2	379	26	17	28	27	1.98
6903584--6903849	73	3.6	73	90	1	417	27	17	27	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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