genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12806271--12806335	16	4.0	16	76	9	69	56	1	0	41	1.08
12806518--12806566	23	2.1	24	84	3	64	18	14	2	65	1.37
12808322--12808358	19	1.9	19	88	0	56	18	8	18	54	1.68
12808654--12808757	28	3.7	27	74	13	93	28	28	14	27	1.95
12808648--12808767	56	2.1	57	81	4	145	30	27	13	29	1.94
12808679--12808765	28	3.1	28	83	6	113	29	26	13	29	1.94
12814963--12815006	20	2.2	20	95	0	79	25	20	11	43	1.85
12816447--12816515	28	2.5	28	86	9	97	26	27	11	34	1.91
12816472--12816558	28	3.1	28	80	6	95	29	25	11	33	1.91
12820461--12820533	22	3.4	22	71	7	60	47	26	4	21	1.68
12821517--12821674	83	1.9	83	84	0	208	36	5	15	43	1.69
12823273--12823535	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
12823273--12823535	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
12823467--12823544	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
12831221--12831392	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
12831223--12831445	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
12831221--12831445	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
12831377--12831454	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
12838518--12838725	43	4.8	43	92	1	344	24	20	31	24	1.98
12838518--12838725	87	2.4	86	91	1	344	24	20	31	24	1.98
12838800--12838880	31	2.5	31	82	4	90	62	18	2	16	1.43
12839185--12839212	11	2.5	11	100	0	56	7	39	10	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12839717--12839779	33	1.9	33	90	0	99	44	17	23	14	1.85
12842686--12842731	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
12848379--12848604	9	24.6	9	74	9	134	38	0	13	47	1.49
12848379--12848635	71	3.8	69	77	9	242	38	1	13	47	1.50
12848379--12848604	18	12.3	18	75	9	152	38	0	13	47	1.49
12848432--12848604	27	6.2	27	75	10	150	38	1	14	46	1.52
12848355--12848576	114	1.9	114	85	3	304	38	0	13	47	1.49
12848709--12848764	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
12848941--12849008	24	2.8	24	86	8	102	45	7	19	27	1.76
12850920--12851172	134	1.9	133	95	0	461	52	18	9	19	1.73
12854318--12854351	14	2.4	14	90	9	52	44	23	0	32	1.54
12854516--12854653	41	3.4	41	85	2	152	21	21	23	34	1.97
12859301--12859334	17	1.9	18	94	5	61	44	0	26	29	1.55
12860906--12860959	27	2.0	27	100	0	108	29	7	14	48	1.71
12861389--12861442	6	8.8	6	89	2	63	14	27	1	55	1.50
12864111--12864161	20	2.5	22	81	18	65	39	7	5	47	1.57
12866112--12866156	18	2.4	19	79	13	58	75	2	2	20	1.01
12882892--12882939	6	7.8	6	90	9	71	4	14	0	81	0.84
12882893--12882939	17	2.5	20	90	10	73	4	12	0	82	0.80
12883389--12883442	11	4.7	11	80	8	63	5	9	1	83	0.88
12884692--12884875	62	3.0	62	95	0	323	33	4	20	41	1.74
12886976--12887022	20	2.3	20	85	0	58	55	4	10	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12887216--12887457	120	2.0	120	98	0	466	40	18	24	16	1.91
12887892--12887962	36	2.0	36	97	0	133	18	42	16	22	1.89
12888326--12888423	49	2.0	49	100	0	196	16	10	46	26	1.78
12888850--12888931	41	2.0	41	100	0	164	39	14	21	24	1.91
12889982--12890128	74	2.0	74	95	0	267	23	24	22	29	1.99
12891887--12892877	40	24.8	40	98	0	1842	24	22	27	25	2.00
12900628--12900834	40	5.2	40	91	1	328	24	23	28	24	2.00
12920189--12920264	34	2.2	34	95	2	134	56	1	25	17	1.48
12924780--12924875	47	2.0	47	91	0	156	30	14	12	42	1.83
12926147--12926230	31	2.7	31	87	1	116	29	26	16	27	1.97
12926254--12926345	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
12926480--12926561	25	3.3	24	80	8	67	26	24	21	26	2.00
12926493--12926562	25	2.8	26	80	6	90	27	25	24	22	2.00
12929688--12929891	45	4.6	45	88	2	288	23	20	28	27	1.98
12938647--12938723	39	2.0	39	92	0	127	46	9	20	23	1.79
12939383--12939546	67	2.4	67	98	0	319	32	18	29	19	1.96
12942378--12942459	43	1.9	43	92	0	137	46	8	21	23	1.79
12943118--12943281	67	2.4	67	98	0	319	32	18	29	19	1.96
12946928--12947127	27	7.4	27	87	0	274	36	19	20	24	1.95
12947774--12947825	27	2.0	26	84	3	68	17	21	23	38	1.93
12948897--12948948	21	2.8	17	76	20	59	21	11	3	63	1.43
12950231--12950350	47	2.6	47	78	11	120	30	20	28	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12950325--12950441	46	2.6	44	78	13	121	29	19	26	23	1.98
12951308--12951337	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
12954650--12954681	11	2.9	11	100	0	64	28	0	0	71	0.86
12956260--12956297	16	2.4	16	100	0	76	23	0	18	57	1.40
12959204--12959241	20	1.9	20	88	0	58	60	0	0	39	0.97
12959630--12959671	18	2.3	18	80	8	50	33	2	4	59	1.31
12959728--12959811	20	4.3	19	73	10	62	33	3	1	61	1.20
12959814--12959862	18	2.9	17	77	19	50	32	2	0	65	1.04
12961070--12961134	20	3.3	20	81	10	73	35	0	10	53	1.36
12961070--12961134	19	3.3	20	79	10	73	35	0	10	53	1.36
12962220--12962270	11	4.6	11	87	4	68	21	33	1	43	1.64
12962274--12962315	11	3.8	11	87	0	66	19	19	7	54	1.66
12962319--12962364	24	1.9	24	86	0	65	41	0	0	58	0.98
12962319--12962364	12	3.9	12	82	2	58	41	0	0	58	0.98
12962986--12963012	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
12966461--12966692	101	2.3	99	85	5	297	25	18	26	30	1.98
12966466--12966692	50	4.5	50	80	7	289	25	17	26	30	1.97
12972355--12972395	13	2.9	15	82	10	52	17	4	17	60	1.52
12972294--12972986	350	2.0	350	93	2	1180	33	8	18	39	1.82
12977549--12977577	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
12978248--12978296	15	3.3	15	82	0	62	57	16	10	16	1.65
12981186--12981365	96	1.9	96	85	2	254	22	28	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12981186--12981373	48	3.9	48	82	1	225	22	27	20	29	1.98
12981350--12981398	25	2.0	25	91	0	80	22	20	16	40	1.91
12992328--12992444	32	3.7	32	90	0	180	25	17	26	29	1.98
13009829--13009913	40	2.2	39	83	8	109	25	27	21	25	1.99
13021927--13022432	255	2.0	255	100	0	1012	44	16	18	19	1.87
13026153--13026289	39	3.5	39	80	8	145	24	27	22	24	2.00
13037097--13037274	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
13037118--13037273	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
13037860--13037884	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
13039059--13039128	27	2.6	27	88	4	97	57	24	0	18	1.41
13039280--13039333	28	1.9	28	88	7	83	51	31	1	14	1.53
13054392--13054471	40	2.0	40	100	0	160	47	27	2	22	1.64
13056358--13056407	18	2.8	18	76	11	57	28	4	10	58	1.49
13061423--13061489	34	2.0	34	96	0	125	43	13	16	26	1.85
13062488--13062543	24	2.4	24	85	5	71	17	35	25	21	1.95
13064029--13064070	18	2.3	19	91	4	68	57	0	23	19	1.41
13066688--13066713	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
13068094--13068124	16	1.9	16	93	0	53	22	0	16	61	1.34
13068603--13068662	24	2.5	24	88	2	84	48	6	28	16	1.71
13069252--13069290	19	2.1	19	100	0	78	20	5	10	64	1.44
13070693--13070742	23	2.2	22	80	13	57	48	16	2	34	1.57
13070720--13070770	17	3.0	17	88	0	75	37	17	9	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13071710--13071740	7	4.4	7	100	0	62	12	16	45	25	1.83
13079236--13079285	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
13088948--13088999	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13091699--13091739	16	2.6	15	85	11	55	31	2	4	60	1.30
13091795--13091824	15	2.1	14	93	6	51	53	3	0	43	1.17
13102006--13102109	41	2.6	41	77	7	113	18	26	18	36	1.94
13114609--13114920	154	2.0	154	99	0	615	30	8	19	41	1.81
13118761--13118933	93	1.9	93	91	0	283	28	29	20	21	1.98
13118754--13118929	46	3.8	46	76	12	180	29	28	20	21	1.98
13118805--13118948	46	3.1	45	74	11	139	31	28	18	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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