genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84792967--84793068	30	3.5	29	74	15	79	49	1	2	46	1.28
84793611--84793668	26	2.3	25	79	8	64	34	5	0	60	1.19
84793910--84793934	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
84799646--84799692	13	3.5	13	80	11	58	21	8	14	55	1.66
84799637--84799696	28	2.1	28	90	0	93	30	10	15	45	1.78
84809918--84810103	68	2.8	66	79	10	202	25	27	16	30	1.96
84815802--84815970	46	3.6	47	80	9	179	22	30	18	28	1.98
84821768--84821967	27	7.4	27	86	0	265	34	19	21	25	1.96
84822854--84823026	86	2.0	86	97	0	328	16	15	24	44	1.85
84828943--84829002	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
84832300--84832572	46	5.8	48	76	12	226	23	30	19	26	1.98
84833953--84834059	33	3.2	33	79	0	133	38	32	12	16	1.86
84848196--84848274	40	2.0	40	97	0	149	43	7	24	25	1.80
84856493--84856549	30	1.9	29	85	3	78	33	8	26	31	1.87
84858294--84858514	40	5.6	40	84	4	279	26	26	22	24	2.00
84866591--84866811	40	5.6	40	85	4	288	26	26	22	24	2.00
84868677--84868805	46	2.8	44	75	9	132	25	20	30	23	1.99
84883456--84883502	23	2.0	23	100	0	94	36	17	17	29	1.92
84892322--84892382	28	2.2	28	96	0	113	22	18	40	18	1.91
84892331--84892382	13	3.8	14	74	20	56	25	19	40	15	1.90
84894226--84894286	30	2.0	30	100	0	122	16	3	22	57	1.54
84894261--84894379	45	2.6	45	89	0	175	15	2	24	57	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84894261--84894394	45	3.0	45	86	0	151	17	2	21	57	1.53
84915842--84915883	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
84917667--84917718	21	2.4	21	93	6	86	34	28	25	11	1.91
84917644--84917730	21	4.0	23	77	10	74	36	24	22	16	1.94
84918962--84919027	24	2.7	24	86	9	89	34	21	22	21	1.96
84918962--84919033	25	2.9	25	88	8	103	33	20	25	20	1.97
84921085--84921181	46	2.1	46	98	1	185	35	4	8	52	1.50
84924352--84924408	16	3.6	16	82	0	69	47	3	19	29	1.66
84930482--84931000	132	4.0	131	81	4	564	27	18	18	35	1.95
84930484--84931088	261	2.3	261	83	7	748	27	18	18	35	1.94
84931915--84931967	19	2.7	20	82	11	65	69	0	0	30	0.88
84932552--84932586	16	2.1	17	94	5	63	34	0	5	60	1.21
84933495--84933665	3	56.0	3	76	9	141	32	7	1	59	1.32
84933827--84934197	3	125.7	3	68	12	130	26	8	2	61	1.38
84936089--84936143	25	2.2	25	81	9	60	54	14	18	12	1.71
84936117--84936211	35	2.7	35	80	3	102	50	15	25	8	1.72
84949972--84950021	17	2.9	17	87	0	64	66	4	0	30	1.10
84956462--84956498	18	2.0	19	89	5	58	51	10	0	37	1.37
84959619--84959649	12	2.7	11	95	5	53	29	0	9	61	1.28
84964098--84964210	46	2.5	46	86	0	163	30	20	26	22	1.98
84964274--84964397	49	2.5	49	86	3	160	26	19	29	24	1.98
84969810--84969847	19	2.0	19	90	10	60	13	21	0	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84973673--84973790	63	1.9	62	82	1	146	45	6	8	38	1.61
84974260--84974292	6	5.5	6	100	0	66	15	51	0	33	1.43
84975882--84975928	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
84979091--84979137	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
84980359--84980411	12	4.4	12	80	0	61	30	26	3	39	1.74
84980359--84980411	18	2.9	18	82	0	70	30	26	3	39	1.74
84982293--84982319	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
84986228--84986257	12	2.4	13	94	5	53	80	0	20	0	0.72
84990083--84990143	30	2.0	30	100	0	122	34	16	22	26	1.95
84993457--84993491	18	2.0	18	94	5	63	17	25	40	17	1.90
84999943--84999972	15	2.0	15	93	0	51	20	3	46	30	1.66
85013887--85013925	19	2.1	19	100	0	78	43	5	35	15	1.69
85014636--85014687	26	2.0	26	88	0	77	13	30	3	51	1.58
85015873--85015900	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
85029918--85029960	21	2.0	21	100	0	86	30	23	4	41	1.74
85031838--85031884	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
85031857--85031907	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
85031855--85031897	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
85032252--85032363	45	2.5	45	86	1	154	25	27	13	33	1.93
85032437--85033151	205	3.5	205	96	0	1295	27	22	19	30	1.98
85033123--85033230	44	2.4	44	90	3	171	25	27	16	29	1.97
85033174--85033881	132	5.4	132	79	8	776	26	23	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85033218--85033609	88	4.5	88	93	1	680	26	22	19	32	1.97
85033161--85033881	44	16.4	44	69	12	372	26	23	18	30	1.98
85034786--85034830	20	2.3	19	84	3	54	8	6	0	84	0.78
85041581--85041678	19	5.2	19	86	7	137	33	17	11	37	1.85
85041601--85041669	36	1.9	36	93	0	120	34	15	11	37	1.84
85045020--85045189	40	4.3	40	84	1	198	23	21	30	25	1.99
85045042--85045224	79	2.3	80	80	1	199	25	20	29	24	1.99
85046683--85046800	54	2.2	54	84	6	150	26	26	28	18	1.98
85047425--85047454	8	3.8	8	90	0	51	50	0	33	16	1.46
85047443--85047558	58	2.0	58	84	3	153	44	6	19	28	1.76
85049043--85049133	35	2.6	35	78	0	101	26	12	16	45	1.82
85052272--85052319	21	2.3	20	82	6	60	35	10	16	37	1.83
85052281--85052321	21	2.0	21	95	0	73	36	9	12	41	1.76
85052533--85052576	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
85052989--85053034	22	2.2	20	81	11	56	39	4	21	34	1.73
85056877--85056925	11	4.2	11	80	12	53	65	2	4	28	1.22
85057044--85057078	17	2.1	17	94	0	61	51	0	2	45	1.16
85067944--85068130	38	4.8	38	84	5	205	20	22	25	31	1.98
85067944--85068130	76	2.4	77	84	3	241	20	22	25	31	1.98
85072848--85072997	28	5.4	28	86	3	187	26	12	29	31	1.93
85072873--85072997	55	2.3	55	90	2	189	28	12	28	30	1.93
85078157--85078182	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85080403--85080452	24	2.1	23	88	3	73	16	16	10	58	1.63
85081160--85081195	18	2.0	18	94	0	63	25	33	30	11	1.90
85083998--85084224	47	4.8	48	76	13	213	23	29	18	27	1.98
85084006--85084224	94	2.3	94	84	4	289	23	29	18	28	1.98
85086498--85086564	23	3.0	23	75	16	70	47	0	1	50	1.10
85089283--85089323	18	2.3	19	79	12	50	48	2	4	43	1.37
85092060--85092100	20	2.0	20	86	9	57	65	4	7	21	1.37
85092198--85092578	183	2.1	183	87	1	539	23	23	24	28	2.00
85093531--85093694	44	3.6	45	73	8	120	20	18	18	42	1.89
85099245--85099358	43	2.7	42	74	9	113	31	22	15	29	1.95
85105495--85105591	43	2.3	43	87	0	131	34	24	13	27	1.93
85108213--85108260	19	2.6	19	83	3	62	35	4	14	45	1.64
85112920--85112967	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
85112981--85113071	42	2.1	43	81	4	112	30	7	12	49	1.68
85112991--85113074	42	2.0	42	90	0	132	30	11	13	44	1.79
85118849--85118896	23	2.1	23	100	0	96	22	16	27	33	1.96
85140903--85140981	39	2.0	39	100	0	158	41	22	10	25	1.85
85142879--85142954	25	2.8	28	74	11	86	43	10	15	30	1.81
85143455--85143490	16	2.1	18	90	10	58	36	0	2	61	1.11
85147628--85147660	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
85148534--85148638	51	2.1	51	98	0	201	27	15	19	38	1.91
85150858--85150922	29	2.2	29	97	0	121	36	15	12	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85156185--85156238	27	2.0	27	96	0	99	29	5	11	53	1.59
85156642--85156719	21	3.7	21	85	0	102	12	19	19	48	1.80
85163513--85163887	188	2.0	187	96	0	696	42	18	6	32	1.75
85164866--85164899	16	2.1	16	88	5	50	64	8	5	20	1.43
85170996--85171037	17	2.3	18	88	8	59	54	2	2	40	1.26
85185876--85185927	26	2.0	26	88	0	77	48	11	13	26	1.77
85191074--85191106	12	2.8	12	86	4	50	0	12	0	87	0.53
85191072--85191099	9	3.1	9	100	0	56	0	10	0	89	0.49
85191912--85191945	18	1.9	17	88	5	50	29	14	23	32	1.94
85192070--85192107	18	2.1	19	85	5	51	42	15	26	15	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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