genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23337977--23338022	24	1.9	24	86	0	65	54	4	6	34	1.46
23337956--23338039	24	3.9	21	70	11	53	55	4	4	34	1.42
23338106--23338163	25	2.3	26	86	13	79	56	8	3	31	1.46
23338104--23338170	26	2.6	25	79	13	73	56	7	4	31	1.47
23338358--23338403	15	2.8	16	87	12	67	67	2	0	30	1.03
23338813--23338921	20	5.3	20	66	26	68	56	8	2	32	1.43
23338804--23338852	18	2.6	19	84	12	66	59	8	0	32	1.27
23338921--23338957	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
23339011--23339079	24	2.8	26	82	12	74	56	4	5	33	1.43
23341049--23341097	22	2.2	23	96	3	91	20	20	4	55	1.60
23348515--23348683	84	2.0	84	94	0	293	20	27	13	39	1.90
23350974--23351040	33	2.0	33	100	0	134	31	23	17	26	1.97
23351728--23351779	22	2.4	22	80	0	59	61	11	9	17	1.55
23352733--23352780	19	2.6	18	90	9	78	72	0	10	16	1.10
23353669--23353716	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
23353660--23353730	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
23358362--23358458	6	15.8	6	76	16	92	46	16	18	18	1.84
23358346--23358468	31	4.0	31	88	3	169	47	15	17	18	1.82
23358374--23358452	25	3.2	25	84	12	85	46	16	18	17	1.84
23358618--23358719	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
23358878--23358942	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
23359387--23359859	27	17.6	27	87	1	635	24	21	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23359894--23360237	27	12.8	27	83	4	329	31	9	19	39	1.84
23359895--23360237	81	4.2	81	81	5	374	31	9	19	39	1.84
23359953--23360237	27	10.6	27	88	0	347	31	9	18	40	1.83
23366233--23366280	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
23366224--23366294	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
23380849--23380942	35	2.8	33	77	6	98	40	3	0	56	1.15
23381003--23381057	13	4.4	12	75	20	51	40	0	1	58	1.09
23382318--23382342	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
23386906--23386945	21	1.9	21	85	10	55	30	30	20	20	1.97
23388869--23388948	24	3.3	24	78	0	88	43	5	32	18	1.72
23388862--23388980	48	2.5	48	86	5	152	42	3	35	19	1.68
23392364--23392434	21	3.2	21	65	27	56	40	11	23	23	1.87
23392364--23392681	46	6.9	46	91	0	447	41	14	22	20	1.89
23396113--23396149	7	5.3	7	96	0	65	62	0	0	37	0.96
23396113--23396160	15	3.3	15	88	2	62	58	2	0	39	1.10
23400915--23400951	7	5.3	7	96	0	65	62	0	0	37	0.96
23400915--23400962	15	3.3	15	88	2	62	58	2	0	39	1.10
23403737--23403770	11	3.2	11	87	4	52	41	0	0	58	0.98
23419084--23419213	66	2.0	66	95	0	233	40	11	9	39	1.74
23429048--23429114	30	2.2	30	86	5	91	44	7	8	38	1.64
23430030--23430091	31	2.0	31	87	6	90	29	3	0	67	1.06
23431705--23431815	33	3.4	34	78	9	106	33	17	27	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23431599--23431795	107	1.8	107	83	4	263	31	16	26	24	1.96
23438825--23438978	80	1.9	78	92	2	254	22	23	29	25	1.99
23438825--23438986	39	4.1	39	89	3	252	20	22	30	25	1.99
23453151--23453179	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
23456452--23456696	121	2.0	121	95	0	445	29	26	9	33	1.89
23459145--23459182	10	3.8	10	83	10	51	34	2	2	60	1.24
23459752--23459817	32	2.1	31	88	8	98	33	0	0	66	0.92
23470941--23470972	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
23472122--23472168	23	2.0	23	100	0	94	44	0	25	29	1.54
23476031--23476092	23	2.7	23	83	13	83	64	0	0	35	0.94
23480867--23480908	14	3.0	15	86	13	63	76	11	0	11	1.03
23480961--23482246	643	2.0	643	99	0	2563	34	20	17	27	1.96
23482832--23482856	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
23484634--23484688	23	2.5	21	78	18	58	63	5	29	1	1.27
23486271--23486338	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
23488769--23489088	46	7.0	46	96	0	543	38	14	23	22	1.92
23490042--23490086	22	2.0	22	100	0	90	37	0	22	40	1.54
23490825--23490853	10	2.9	10	100	0	58	37	10	20	31	1.86
23493627--23493666	20	2.0	21	85	5	55	17	30	25	27	1.97
23494981--23495028	24	2.0	24	84	8	62	33	16	29	20	1.95
23502390--23502858	256	1.8	256	87	0	697	38	18	13	29	1.88
23504343--23504384	17	2.6	17	85	7	52	73	4	14	7	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23512086--23512191	53	2.0	53	100	0	212	7	28	15	49	1.71
23516562--23516586	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
23516579--23516692	59	1.9	59	85	5	158	37	5	2	54	1.37
23516786--23516853	22	3.2	22	66	19	63	54	5	10	29	1.58
23516782--23516865	41	2.0	41	93	0	141	52	7	8	32	1.59
23518274--23518304	16	1.9	16	93	0	53	22	3	0	74	0.96
23518321--23518362	18	2.3	19	84	12	61	64	0	0	35	0.94
23518302--23518351	27	1.9	26	88	8	75	62	0	0	38	0.96
23519358--23519392	15	2.2	17	90	10	56	34	5	5	54	1.48
23520004--23520032	12	2.5	12	94	5	51	17	27	10	44	1.81
23535896--23535948	24	2.4	22	84	9	63	28	1	0	69	0.99
23536085--23536124	20	2.0	20	85	4	55	67	0	0	32	0.91
23536418--23536467	20	2.5	21	78	18	61	38	2	0	60	1.09
23552667--23552735	25	2.8	27	81	16	71	66	10	2	20	1.34
23552685--23552748	18	3.5	17	78	10	56	73	6	3	17	1.17
23552699--23552748	23	2.1	24	85	10	68	76	4	2	18	1.04
23554769--23554837	25	2.8	27	81	16	71	66	10	2	20	1.34
23554787--23554850	18	3.5	17	78	10	56	73	6	3	17	1.17
23554801--23554850	23	2.1	24	85	10	68	76	4	2	18	1.04
23557003--23557046	22	2.0	22	100	0	88	63	0	0	36	0.95
23567165--23567243	40	2.0	40	95	2	142	25	15	11	48	1.78
23574466--23574508	19	2.3	19	80	4	61	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23579489--23579541	26	2.1	26	82	3	63	60	0	3	35	1.15
23579696--23579752	27	2.2	26	84	9	73	49	3	3	43	1.36
23580832--23580878	6	7.7	6	85	4	58	0	63	0	36	0.94
23580832--23580877	18	2.5	18	85	3	65	0	63	0	36	0.95
23598345--23598505	80	2.0	80	96	0	295	34	9	24	31	1.88
23609636--23609695	30	2.0	30	100	0	120	6	20	23	50	1.71
23621591--23621706	55	2.0	58	83	11	150	41	4	6	47	1.50
23623963--23624183	46	4.8	46	88	7	324	23	20	27	28	1.99
23627107--23627175	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
23627098--23627185	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
23629581--23629752	46	3.7	46	80	13	217	21	20	29	29	1.98
23629574--23629744	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
23631049--23631126	29	2.6	29	81	4	84	52	11	10	25	1.69
23632103--23632154	20	2.5	20	84	3	77	30	15	7	46	1.74
23647788--23647834	23	2.0	24	91	4	78	70	0	29	0	0.88
23647790--23647834	11	3.9	12	75	18	51	71	0	28	0	0.87
23651016--23651061	15	3.1	15	73	17	51	58	15	4	21	1.54
23651109--23651155	25	1.9	24	87	12	69	38	0	4	57	1.18
23656093--23656139	15	3.2	15	72	6	51	27	2	2	68	1.13
23656091--23656138	14	3.4	14	74	5	51	31	2	2	64	1.16
23661696--23661809	33	3.5	33	75	3	106	27	21	15	35	1.94
23661795--23661933	33	4.3	33	78	5	122	29	20	12	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23665261--23665299	16	2.4	17	82	4	53	41	0	0	58	0.98
23665356--23665443	39	2.2	39	89	2	131	53	3	2	40	1.30
23665553--23665619	29	2.3	30	76	19	70	50	1	1	46	1.19
23669186--23669254	29	2.4	29	79	11	79	33	4	17	44	1.68
23669912--23669968	29	2.0	29	82	0	69	47	12	5	35	1.64
23670659--23670863	30	6.8	30	98	1	385	22	3	49	23	1.65
23673632--23673727	30	3.2	29	80	5	95	20	4	46	28	1.69
23674887--23674941	27	2.0	29	82	7	69	61	1	0	36	1.06
23676253--23676298	22	2.1	22	95	0	83	67	4	13	15	1.38
23676346--23676390	17	2.6	17	92	0	72	42	6	8	42	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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