genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  118  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37646086--37646140	25	2.2	25	86	0	74	32	21	21	23	1.98
37651501--37651547	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
37651945--37652327	50	7.7	50	73	7	305	27	17	25	29	1.97
37651945--37652335	146	2.6	149	84	2	509	27	17	25	29	1.98
37652537--37652568	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
37652898--37653226	171	1.9	170	86	3	473	39	9	19	32	1.83
37656706--37656853	40	3.7	40	96	0	260	20	26	20	31	1.98
37665333--37665440	40	2.7	40	94	0	180	20	26	21	31	1.98
37670176--37670289	54	2.1	54	95	0	201	28	15	18	37	1.92
37670176--37670290	27	4.3	27	84	2	151	27	15	18	38	1.91
37670635--37670681	18	2.6	18	83	6	60	21	17	14	46	1.83
37672036--37672078	22	2.0	22	95	0	77	32	18	37	11	1.87
37676310--37676425	40	2.9	40	85	0	133	25	30	21	23	1.99
37676326--37676587	40	6.6	40	80	8	225	24	28	20	26	1.99
37676336--37676587	80	3.2	78	80	9	251	24	28	20	26	1.99
37676880--37676953	29	2.6	28	82	8	87	25	29	16	28	1.97
37676939--37677037	43	2.3	43	98	0	189	27	33	15	24	1.95
37679380--37679509	27	4.9	27	75	7	106	26	15	16	41	1.88
37679380--37679504	54	2.3	54	84	4	155	27	16	15	41	1.87
37679826--37679870	18	2.5	18	88	0	63	15	20	20	44	1.87
37688461--37688522	31	2.0	31	87	0	88	37	24	20	17	1.94
37697090--37697165	22	3.3	22	66	16	64	32	13	28	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37696711--37698206	47	31.7	47	95	1	2165	30	11	30	27	1.92
37709786--37709942	40	3.9	39	79	9	165	24	27	22	24	2.00
37709793--37709942	80	1.9	81	82	9	191	24	27	24	24	2.00
37711172--37711287	41	2.8	40	88	5	162	19	20	31	28	1.97
37711504--37711578	21	3.5	22	75	8	75	28	0	30	41	1.56
37711520--37711560	14	2.9	15	82	10	59	29	0	31	39	1.57
37711573--37711635	22	2.9	22	85	4	74	19	0	42	38	1.51
37711666--37711708	11	3.8	12	78	9	54	30	0	0	69	0.88
37711665--37711718	23	2.3	24	84	6	76	37	0	0	62	0.95
37711916--37711956	21	2.0	21	95	0	73	26	0	43	29	1.55
37711913--37711966	21	2.5	20	82	11	72	24	0	42	33	1.55
37716518--37716762	43	5.7	43	84	1	260	26	16	29	27	1.97
37716518--37716751	85	2.7	86	80	3	249	26	15	29	28	1.96
37716834--37716876	22	2.0	22	90	0	68	41	25	20	11	1.86
37718332--37718380	23	2.1	23	88	0	71	53	2	4	40	1.32
37730043--37730262	40	5.6	40	83	4	259	25	26	23	25	2.00
37732808--37733084	40	6.9	40	92	0	455	23	28	20	27	1.99
37734523--37734590	21	3.4	21	76	15	90	16	13	5	64	1.46
37734542--37734601	12	4.8	12	69	15	50	15	11	3	70	1.30
37734522--37734607	38	2.3	38	100	0	172	15	12	4	67	1.38
37734544--37734607	17	3.5	17	76	15	74	14	12	3	70	1.29
37735287--37735311	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37749630--37749675	19	2.4	18	82	10	56	19	2	2	76	1.00
37750207--37750240	17	2.0	17	88	0	50	29	0	14	55	1.40
37752483--37753075	40	14.8	41	97	0	751	30	26	20	22	1.98
37752527--37753075	80	6.8	80	97	0	956	30	26	20	22	1.98
37752527--37753075	120	4.6	120	96	0	956	30	26	20	22	1.98
37753436--37753559	62	2.0	61	98	1	239	29	20	12	37	1.90
37759687--37759959	40	6.8	41	94	0	383	27	28	21	22	1.99
37760328--37760436	55	2.0	54	98	1	209	33	16	14	35	1.89
37767207--37767400	47	4.1	47	89	0	280	32	10	29	27	1.90
37767236--37767307	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
37768885--37769212	174	1.9	174	96	0	611	30	23	14	31	1.94
37769165--37769243	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
37771045--37771189	37	3.9	37	95	0	245	24	18	31	26	1.98
37784441--37784665	92	2.4	95	79	10	228	24	30	18	26	1.98
37784449--37784666	48	4.6	48	77	7	185	25	30	17	27	1.97
37786870--37786916	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
37786963--37787056	24	3.8	25	84	5	111	26	23	22	27	1.99
37786987--37787069	25	3.4	25	81	9	91	28	19	21	30	1.98
37787277--37787340	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
37794940--37794985	24	1.9	24	86	0	65	32	23	15	28	1.95
37795022--37795068	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
37795095--37795188	24	3.8	25	88	5	129	25	24	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37795094--37795201	24	4.4	24	83	10	121	27	23	23	25	2.00
37795408--37795471	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
37797900--37799056	40	28.9	40	96	0	2046	24	27	19	28	1.98
37799057--37799314	140	1.8	140	100	0	516	37	26	10	26	1.88
37808760--37808864	31	3.2	31	64	23	79	42	13	7	36	1.73
37808738--37808872	68	2.0	68	98	0	261	40	14	8	36	1.76
37809034--37809094	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
37814786--37815174	47	8.2	47	96	0	661	31	8	30	29	1.87
37815154--37815286	44	3.0	44	100	0	266	32	13	27	27	1.94
37815381--37815459	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
37815965--37816008	23	1.9	23	95	0	79	40	11	18	29	1.85
37816507--37816556	25	2.0	25	88	0	73	34	24	22	20	1.97
37817372--37817515	43	3.3	43	99	0	279	22	14	34	27	1.94
37817497--37817570	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
37817881--37817991	40	2.8	40	78	13	104	24	24	25	26	2.00
37817934--37818037	40	2.6	40	92	0	172	25	24	25	25	2.00
37821450--37821703	47	5.4	47	92	0	391	32	7	30	28	1.86
37821822--37821923	37	2.8	37	93	0	168	25	18	29	26	1.98
37823469--37823529	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
37826908--37826994	28	3.1	28	90	5	131	28	29	13	27	1.94
37838069--37838193	46	2.7	46	91	0	196	21	19	27	32	1.97
37845595--37845869	138	2.0	138	97	0	523	24	17	24	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37850641--37850770	50	2.6	49	87	1	179	31	26	16	26	1.96
37850641--37850824	101	1.8	99	83	4	244	29	25	18	26	1.98
37853722--37853906	50	3.7	49	79	5	185	29	24	18	27	1.98
37854998--37855043	19	2.4	19	96	3	83	13	17	8	60	1.56
37857454--37857517	29	2.3	29	86	5	87	42	1	26	29	1.65
37881553--37881699	43	3.4	43	78	5	154	30	14	23	30	1.95
37883466--37883515	25	2.0	25	84	0	64	34	22	18	26	1.96
37883552--37883598	20	2.3	20	89	7	69	36	10	21	31	1.88
37883648--37883822	26	6.8	26	93	1	275	27	20	22	29	1.98
37888878--37888913	8	4.5	8	92	0	63	44	22	22	11	1.84
37889417--37889462	20	2.3	20	92	7	76	34	10	19	34	1.87
37889512--37889609	25	3.8	26	93	2	146	26	22	22	28	1.99
37908859--37909042	40	4.6	41	83	13	201	25	28	22	24	1.99
37908859--37909042	79	2.3	81	82	11	222	25	28	22	24	1.99
37915612--37915674	33	1.9	32	87	3	90	36	17	23	22	1.95
37919501--37919663	43	3.8	43	76	9	179	30	26	17	25	1.97
37922959--37922992	16	2.1	16	100	0	68	32	23	20	23	1.98
37936030--37936069	17	2.4	17	95	0	71	20	30	37	12	1.89
37936038--37936080	17	2.5	17	88	7	61	23	32	27	16	1.96
37946180--37946243	33	2.0	33	84	9	87	28	26	20	25	1.99
37946304--37946349	22	2.0	24	87	8	69	30	47	2	19	1.61
37955447--37955629	40	4.6	40	77	13	182	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37955447--37955630	79	2.3	81	82	11	222	25	27	21	25	2.00
37960284--37960426	40	3.5	39	83	6	160	25	24	26	23	2.00
37962780--37962835	15	3.7	15	76	9	69	60	14	14	10	1.58
37962780--37962839	30	2.0	30	87	6	86	58	18	13	10	1.62
37964743--37964964	40	5.6	40	90	0	336	17	22	29	30	1.96
37965479--37965826	36	9.7	36	94	2	610	20	6	23	49	1.71
37971877--37971937	30	2.0	30	93	0	104	44	4	24	26	1.74
37973077--37973258	40	4.6	40	88	1	249	17	23	29	29	1.97
37973072--37973258	80	2.3	80	91	0	311	18	22	28	30	1.97
37976620--37976813	49	4.0	49	79	7	214	28	26	19	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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