genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  183  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60254565--60254598	15	2.4	14	90	5	50	41	0	2	55	1.15
60261646--60261670	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
60265968--60266000	15	2.2	15	89	10	50	33	0	0	66	0.92
60266425--60266490	24	2.8	24	97	0	123	16	0	28	54	1.42
60266776--60266832	24	2.4	24	82	11	64	17	1	29	50	1.56
60266449--60267085	158	4.0	157	88	2	961	33	1	20	43	1.63
60267113--60267909	126	6.5	125	89	5	1156	38	16	17	27	1.91
60267631--60267847	115	1.9	115	91	3	357	36	15	18	29	1.92
60271493--60271538	18	2.6	18	85	0	56	47	8	23	19	1.77
60273328--60273376	22	2.3	21	86	10	64	55	8	16	20	1.66
60273328--60273376	21	2.3	22	85	3	64	55	8	16	20	1.66
60280792--60280836	20	2.3	19	85	11	56	24	13	33	28	1.93
60283909--60283953	20	2.3	20	84	3	56	26	13	35	24	1.92
60286051--60286221	47	3.7	46	76	9	134	22	32	18	26	1.97
60288072--60288105	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
60293795--60293839	23	2.0	23	100	0	90	60	8	17	13	1.58
60297975--60298148	82	2.1	82	83	0	213	32	25	14	27	1.95
60300226--60300264	4	9.8	4	83	10	53	71	2	0	25	0.98
60300468--60300554	37	2.3	37	82	5	104	29	36	13	19	1.91
60303296--60303473	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
60303297--60303452	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
60303293--60303473	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60303378--60303484	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
60311360--60311537	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60311361--60311516	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60311357--60311537	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60318565--60318607	23	1.9	22	85	4	59	55	0	0	44	0.99
60325643--60325732	46	2.0	45	93	2	153	14	21	24	40	1.90
60325636--60325784	39	3.7	39	81	11	147	14	23	22	38	1.91
60327523--60327562	21	1.9	21	90	10	64	25	12	7	55	1.63
60334507--60334534	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
60340291--60340413	37	3.1	40	75	10	128	26	16	21	35	1.94
60341814--60341861	24	2.0	24	95	0	87	37	10	8	43	1.69
60344377--60344485	56	2.0	56	83	5	141	56	6	6	30	1.49
60349305--60349422	25	4.8	25	65	10	64	38	0	5	55	1.28
60349711--60349735	11	2.3	11	100	0	50	24	0	24	52	1.48
60366734--60366781	21	2.3	21	85	7	62	66	2	4	27	1.21
60367404--60367437	13	2.6	13	90	0	50	82	0	17	0	0.67
60373555--60373590	18	2.0	18	100	0	72	38	5	50	5	1.49
60375561--60375729	69	2.4	69	85	1	214	21	19	18	40	1.91
60379648--60379697	23	2.3	23	80	16	61	66	6	0	28	1.15
60380087--60380111	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
60387385--60387433	22	2.2	22	89	7	73	44	14	26	14	1.83
60397027--60397249	46	4.7	46	74	13	186	29	19	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60397030--60397249	94	2.3	94	82	6	257	30	19	25	24	1.98
60398535--60398573	21	1.9	20	89	5	60	15	43	28	12	1.83
60402976--60403008	13	2.5	13	100	0	66	0	21	48	30	1.50
60401811--60403720	952	2.0	947	94	3	3395	26	16	25	30	1.97
60406019--60406106	31	2.9	31	81	5	90	34	11	5	48	1.63
60406470--60406537	35	2.0	33	83	8	84	38	8	1	51	1.42
60407648--60407826	68	2.6	68	81	0	189	42	15	12	30	1.83
60407648--60407826	34	5.3	33	72	6	126	42	15	12	30	1.83
60415744--60415972	46	4.9	48	76	9	170	25	17	32	24	1.97
60415846--60416018	50	3.6	50	78	12	152	24	19	30	25	1.98
60415746--60416113	47	7.8	47	73	11	211	26	18	30	24	1.98
60422832--60422895	32	2.0	32	93	0	110	37	12	12	37	1.81
60426948--60426985	5	8.2	5	88	11	55	0	21	0	78	0.74
60426949--60426985	9	4.1	9	86	13	58	0	21	0	78	0.75
60426948--60426982	18	1.9	18	100	0	70	0	20	0	80	0.72
60427009--60427061	26	2.0	26	89	7	81	22	7	0	69	1.13
60427052--60427083	15	2.1	15	94	0	55	43	6	0	50	1.27
60427017--60427073	25	2.3	25	78	6	62	28	7	0	64	1.19
60430194--60430266	22	3.2	25	64	28	70	26	9	17	46	1.79
60430189--60430277	44	2.0	44	100	0	178	24	8	17	48	1.76
60431458--60431570	42	2.7	42	80	13	124	29	17	24	28	1.97
60446345--60446562	40	5.5	40	87	4	284	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60448466--60448545	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
60448517--60448692	43	4.1	43	93	1	284	12	22	34	30	1.91
60453722--60454001	152	1.8	152	94	0	497	31	15	28	25	1.96
60461349--60461526	40	4.5	40	86	6	222	23	23	28	24	1.99
60463430--60463509	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
60463481--60463583	43	2.5	42	85	3	136	14	21	33	30	1.93
60472358--60472386	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
60474741--60474807	33	2.0	33	97	0	125	32	14	8	43	1.77
60475199--60475237	20	2.0	20	85	10	53	43	7	12	35	1.72
60489103--60489214	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
60489103--60489214	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
60494885--60494918	13	2.6	14	90	9	54	29	8	0	61	1.26
60494885--60494918	7	5.1	7	89	10	54	29	8	0	61	1.26
60494872--60494918	20	2.4	19	89	3	67	25	8	2	63	1.34
60494973--60495059	44	2.0	44	93	0	147	28	9	13	48	1.73
60496955--60497160	38	4.9	38	80	14	126	30	24	15	30	1.95
60496995--60497130	48	2.9	48	88	1	211	30	22	16	31	1.95
60497090--60497163	38	1.9	38	94	0	130	27	24	17	31	1.97
60504476--60504657	67	2.8	64	79	8	199	30	15	29	24	1.96
60504452--60504605	67	2.3	65	82	7	175	33	14	27	23	1.94
60508777--60508809	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
60509877--60509941	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60510047--60510109	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
60510057--60510120	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
60510573--60510611	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
60511197--60511230	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
60516512--60516544	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
60523402--60523479	31	2.6	30	86	8	97	20	15	10	53	1.70
60525997--60526028	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
60526254--60526427	51	3.6	51	82	17	264	33	27	17	21	1.96
60526337--60526415	39	2.0	39	100	0	158	34	25	17	22	1.96
60529190--60529457	43	6.3	42	74	10	186	32	29	14	23	1.94
60529229--60529461	86	2.7	86	82	2	227	33	29	13	23	1.93
60530786--60530843	29	2.0	29	96	0	107	29	13	12	44	1.80
60532883--60532968	43	2.0	43	97	0	163	36	13	15	34	1.87
60535903--60536205	41	7.4	41	91	0	426	29	19	27	24	1.98
60537663--60537795	7	18.7	7	71	11	65	45	33	0	20	1.51
60538286--60538403	40	3.0	40	81	4	116	21	19	22	36	1.95
60544777--60544827	19	2.7	19	85	11	61	31	21	3	43	1.71
60552733--60553018	44	6.5	44	86	0	347	32	18	18	30	1.95
60559049--60559073	12	2.1	12	100	0	50	68	16	8	8	1.38
60564078--60564213	30	4.4	32	67	8	102	47	12	16	22	1.80
60569292--60569333	19	2.2	19	91	0	66	19	4	33	42	1.72
60573970--60574018	23	2.1	23	84	3	62	20	10	14	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60577418--60578217	3	266.7	3	99	0	1591	66	0	33	0	0.92
60578649--60578677	13	2.1	14	93	6	51	44	0	0	55	0.99
60579114--60579153	21	1.9	21	84	0	53	32	10	22	35	1.87
60579301--60579327	14	1.9	14	100	0	54	55	7	14	22	1.64
60584287--60584330	14	3.3	13	87	12	63	61	6	2	29	1.34
60584287--60584341	26	2.0	28	89	6	87	58	9	1	30	1.40
60584290--60584341	14	3.9	13	80	12	61	57	9	1	30	1.42
60584569--60584601	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
60584674--60584718	16	2.8	16	96	0	81	55	20	0	24	1.43
60585096--60585125	5	6.0	5	100	0	60	0	40	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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