Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  55  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17227823--17227876
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28
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1.99
17240965--17241130
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2.3
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1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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0
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1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
(0-2)
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2.2
101
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1.14
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2.2
21
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47
0
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47
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17422834--17422883
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0
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33
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88
16
3
5
75
1.12
17470343--17470392
27
1.9
25
84
8
64
20
6
8
66
1.40
17470547--17470581
3
11.3
3
87
6
52
31
5
0
62
1.18
17470758--17470788
16
1.9
16
93
0
53
19
3
6
70
1.22
17471902--17472196
130
2.3
129
83
4
357
28
16
18
36
1.92
17473687--17473730
18
2.4
19
81
11
56
40
2
0
56
1.11
17474195--17474237
20
2.2
20
86
0
59
51
9
2
37
1.47
17476305--17476356
26
2.0
26
100
0
104
46
11
15
26
1.80
17477281--17477329
26
1.9
26
84
12
66
73
4
6
16
1.19
17490721--17490789
21
3.3
21
68
0
66
15
17
18
47
1.82
17490707--17490809
42
2.5
42
84
6
145
13
21
18
46
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17498837--17498957
21
5.8
21
73
1
73
17
22
14
45
1.85
17498815--17499011
42
4.7
42
82
1
173
17
23
14
44
1.86
17498900--17498971
21
3.4
21
72
0
72
20
27
11
40
1.87
17498815--17499006
84
2.3
84
78
1
206
18
23
14
43
1.87
17501506--17501630
63
2.0
63
88
0
187
20
29
24
26
1.99
17504201--17504225
3
8.3
3
100
0
50
68
0
0
32
0.90
17505116--17505191
30
2.5
31
85
6
93
47
2
5
44
1.39
17509917--17509976
30
2.0
30
87
6
86
18
33
0
48
1.48
17510074--17511186
554
2.0
555
99
0
2219
35
20
3
40
1.68
17513485--17513552
27
2.5
27
82
0
82
20
29
14
35
1.93
17513587--17513922
67
5.1
67
79
8
350
24
25
16
33
1.96
17531274--17531314
18
2.3
19
79
12
50
29
19
14
36
1.92
17543267--17543322
26
2.2
26
81
12
62
17
25
19
37
1.94
17543331--17543397
24
2.8
24
79
2
71
13
29
22
34
1.92
17553510--17553553
6
7.2
6
86
2
52
15
25
0
59
1.37
17553511--17553553
12
3.5
12
83
3
59
16
25
0
58
1.38
17553510--17553553
18
2.4
18
92
3
70
15
25
0
59
1.37
17555756--17555858
46
2.3
44
79
9
109
42
0
2
54
1.15
17560903--17561092
43
4.4
43
89
0
299
31
31
18
18
1.95
17561561--17561662
23
4.4
23
89
0
168
39
20
3
36
1.71
17564417--17564592
63
2.8
63
77
10
198
60
11
7
20
1.56
17565526--17565569
21
2.1
21
82
0
52
38
43
2
15
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17565553--17565604
15
3.5
15
84
5
70
48
30
0
21
1.51
17565629--17565671
19
2.3
19
95
0
77
20
4
6
67
1.33
17566047--17566096
22
2.3
21
89
3
73
50
18
2
30
1.58
17566093--17566137
14
3.2
14
80
0
54
46
26
0
26
1.53
17566232--17566274
14
3.2
13
83
6
50
39
39
0
20
1.53
17566232--17566272
21
2.0
21
85
9
57
36
41
0
21
1.54
17566551--17566600
22
2.2
21
83
16
57
24
0
22
54
1.45
17566628--17566694
35
1.9
35
100
0
134
19
11
26
41
1.86
17566675--17566992
41
7.8
41
83
2
336
21
22
22
32
1.98
17566675--17566992
123
2.6
121
84
4
379
21
22
22
32
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276