genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14546900--14547016	44	2.7	42	85	3	153	22	17	29	31	1.96
14554792--14554850	30	2.0	30	89	0	91	20	27	35	16	1.94
14561623--14561761	52	2.7	51	83	4	161	28	28	17	25	1.98
14566378--14566507	27	4.8	27	87	2	154	33	11	25	29	1.91
14571015--14571171	42	3.7	43	77	9	144	33	25	17	23	1.97
14571015--14571171	43	3.7	43	77	7	158	33	25	17	23	1.97
14574754--14574786	12	2.6	13	90	4	50	60	6	3	30	1.36
14575714--14575750	18	2.0	18	89	5	56	45	2	0	51	1.15
14575723--14575757	18	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
14580731--14580787	28	2.0	28	96	0	105	36	22	14	26	1.92
14584136--14584175	20	2.0	20	85	0	53	47	0	12	40	1.41
14586898--14586958	31	1.9	32	83	9	81	31	1	1	65	1.12
14588807--14588846	20	2.0	20	100	0	80	40	15	10	35	1.80
14591208--14591297	40	2.2	40	80	0	108	25	23	30	21	1.99
14591423--14591468	21	2.2	21	92	0	74	15	34	26	23	1.94
14592566--14592694	26	5.0	26	72	8	84	37	25	11	24	1.89
14606105--14606136	5	6.8	5	92	7	50	84	0	15	0	0.63
14611167--14611195	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
14612992--14613023	17	1.9	16	93	6	55	62	0	0	37	0.95
14613013--14613045	16	2.1	16	88	11	50	75	9	0	15	1.03
14613314--14613353	21	1.9	21	85	10	55	40	2	2	55	1.27
14614123--14614219	41	2.3	42	83	1	133	17	36	24	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14618891--14618971	39	2.1	39	97	0	153	30	12	30	25	1.92
14622096--14622409	155	2.0	155	98	0	610	30	34	7	27	1.83
14623270--14623315	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
14625088--14625301	107	2.0	107	99	0	419	40	10	23	25	1.87
14635101--14636021	53	17.2	53	96	1	1707	49	10	20	18	1.77
14637307--14637577	40	6.8	40	89	1	375	22	21	29	26	1.99
14645247--14645469	120	1.9	120	87	1	331	22	22	27	26	1.99
14645247--14645470	40	5.6	40	89	1	297	22	22	28	26	1.99
14650840--14650877	19	2.0	19	94	0	67	31	28	10	28	1.90
14651251--14651290	20	2.0	20	85	9	55	45	0	30	25	1.54
14651175--14651502	164	2.0	164	89	4	502	38	1	25	34	1.66
14655298--14655349	16	3.4	16	75	20	65	36	28	0	34	1.58
14654258--14655328	47	22.7	47	97	0	1980	28	29	8	33	1.86
14655297--14655359	30	2.1	30	100	0	126	36	30	0	33	1.58
14655250--14655396	77	1.9	77	95	0	267	33	27	5	33	1.80
14658048--14658309	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
14666018--14666096	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
14666215--14666757	47	11.6	47	98	0	1014	29	29	8	32	1.87
14670957--14671025	25	2.8	24	76	6	75	31	26	18	23	1.97
14673441--14673737	40	7.5	40	94	2	476	25	28	23	22	1.99
14675921--14676045	45	2.8	44	77	10	148	37	23	12	26	1.91
14675921--14676065	44	3.3	44	77	8	143	35	23	14	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14678645--14678693	22	2.2	22	92	0	80	16	34	26	22	1.95
14681638--14681713	34	2.2	34	92	0	125	26	21	23	28	1.99
14685660--14685686	8	3.4	8	100	0	54	55	11	0	33	1.35
14694911--14695008	43	2.3	43	82	7	110	24	16	25	33	1.96
14694786--14695695	456	2.0	456	96	0	1660	32	13	23	30	1.93
14695711--14695980	90	3.0	90	98	0	513	28	8	20	42	1.80
14699470--14699936	108	4.3	108	96	0	853	34	18	26	20	1.96
14699470--14699951	53	8.9	54	81	6	548	34	18	25	21	1.96
14710247--14710295	25	2.0	25	87	0	71	32	10	20	36	1.86
14717768--14717792	13	1.9	13	100	0	50	48	28	8	16	1.74
14720140--14720180	16	2.4	17	88	8	57	29	7	7	56	1.54
14733638--14733702	33	2.0	33	87	0	94	26	27	23	23	2.00
14735311--14735364	28	1.9	28	100	0	108	14	18	24	42	1.88
14737292--14737563	48	5.7	48	77	3	235	27	18	30	23	1.98
14737289--14737556	96	2.8	96	80	4	272	27	19	30	23	1.98
14737281--14737546	144	1.8	144	82	3	338	27	18	30	23	1.98
14739742--14740003	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
14749598--14749861	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
14749598--14749894	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
14751006--14751063	30	2.0	29	86	3	80	31	8	15	44	1.76
14752755--14752813	26	2.2	26	78	3	64	27	32	8	32	1.87
14758057--14758314	46	5.6	46	69	12	204	23	17	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14758106--14758361	47	5.5	47	70	19	221	22	17	28	31	1.96
14758063--14758369	93	3.3	93	95	0	524	22	17	28	31	1.96
14778527--14778646	46	2.6	46	88	2	161	29	20	29	20	1.98
14790568--14790816	106	2.3	106	100	0	498	35	20	11	32	1.88
14791712--14791843	60	2.2	60	82	8	162	26	25	19	28	1.99
14791833--14791889	19	2.9	19	73	2	51	33	22	15	28	1.95
14795400--14795537	42	3.2	43	76	9	129	26	23	21	28	1.99
14795381--14795501	42	2.8	43	77	7	122	26	24	21	27	1.99
14797083--14797132	22	2.3	22	86	3	66	20	34	30	16	1.94
14802035--14802110	25	3.2	25	83	9	88	40	18	22	18	1.91
14802499--14802525	7	3.9	7	100	0	54	44	11	0	44	1.39
14805979--14806062	44	2.0	41	81	6	96	35	21	22	20	1.96
14812636--14812676	21	2.0	21	100	0	82	43	19	0	36	1.51
14815012--14815073	13	4.8	13	78	7	72	32	4	24	38	1.76
14815728--14815757	13	2.3	13	94	0	51	40	23	6	30	1.80
14823972--14824021	17	3.1	17	78	16	61	28	10	14	48	1.75
14827013--14827057	13	3.4	14	74	20	51	48	13	15	22	1.79
14845387--14845458	36	2.0	36	97	0	135	37	9	25	27	1.87
14845454--14845650	55	3.7	53	78	3	160	38	17	23	21	1.93
14845454--14845657	53	3.8	53	78	3	201	37	16	23	22	1.93
14845454--14845680	53	4.2	53	77	4	168	38	15	23	21	1.92
14850038--14850062	13	1.9	13	100	0	50	64	16	12	8	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14854498--14854536	19	2.0	20	90	5	62	38	2	0	58	1.12
14855264--14855347	41	2.1	41	81	2	98	38	22	21	17	1.94
14855281--14855413	41	3.3	40	83	5	151	34	24	21	19	1.96
14855386--14855616	41	5.6	41	92	2	374	23	20	29	25	1.99
14855922--14855972	18	2.8	18	87	3	75	47	1	1	49	1.24
14856371--14856402	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
14856374--14856441	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
14861244--14861311	24	2.8	24	89	8	111	27	20	7	44	1.78
14861488--14861543	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
14861648--14861802	9	16.6	9	73	14	73	47	12	0	39	1.46
14861644--14861697	27	2.0	28	88	3	83	48	14	0	37	1.45
14861617--14861802	70	2.8	67	85	8	229	47	11	1	39	1.47
14867397--14867478	31	2.5	33	80	7	96	14	4	19	60	1.51
14868131--14868163	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
14868348--14868390	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
14868355--14868395	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
14872061--14872093	15	2.2	15	94	0	57	54	9	18	18	1.69
14872378--14872439	24	2.6	23	92	5	79	45	16	3	35	1.63
14872386--14872439	24	2.2	24	100	0	108	48	14	3	33	1.62
14872505--14872553	25	2.0	25	84	8	64	57	0	0	42	0.99
14872681--14872720	21	1.9	21	100	0	80	27	35	17	20	1.95
14875599--14875901	150	2.0	150	99	0	597	32	20	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14877659--14877764	53	2.0	53	96	0	194	44	18	20	16	1.87
14879841--14880003	39	4.2	39	95	0	281	40	25	23	11	1.87
14881045--14881102	29	2.0	29	96	0	107	25	17	5	51	1.65
14883847--14883994	49	3.0	49	67	20	146	26	18	23	31	1.97
14883847--14884022	97	1.8	97	98	0	343	25	16	23	35	1.95
14883865--14884015	49	3.1	49	67	19	143	24	15	22	37	1.93
14886025--14886049	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
14891813--14891870	6	10.0	6	73	14	50	13	5	3	77	1.07
14891822--14891867	24	1.9	24	82	8	58	13	6	4	76	1.14
14901987--14902022	17	2.1	18	94	5	65	16	44	27	11	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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