genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5840126--5840386	120	2.2	120	82	7	309	25	23	26	24	2.00
5851275--5851347	34	2.2	34	90	7	114	30	23	19	27	1.98
5860590--5860662	34	2.2	33	80	7	85	26	19	24	30	1.98
5863566--5863786	47	4.7	44	74	13	158	21	31	18	28	1.97
5863565--5863835	94	2.9	90	74	10	260	22	30	19	28	1.98
5867849--5868008	80	2.0	80	98	0	311	29	22	13	35	1.92
5874440--5874500	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
5880520--5880573	3	18.7	3	77	7	58	61	1	5	31	1.30
5880703--5880811	3	37.0	3	74	9	82	60	1	6	31	1.32
5880726--5880833	56	1.9	56	86	0	153	58	2	9	29	1.44
5883769--5883993	40	5.7	40	83	5	260	25	27	21	25	1.99
5883769--5883993	79	2.8	80	84	6	287	25	27	21	25	1.99
5883769--5883993	119	1.9	120	83	6	296	25	27	21	25	1.99
5890169--5890228	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
5893551--5893687	46	3.0	46	87	0	193	25	31	8	35	1.85
5893661--5893804	47	3.1	47	92	0	234	26	29	11	32	1.91
5907182--5907309	39	3.3	39	93	0	211	14	25	21	39	1.91
5921134--5921220	40	2.2	40	97	0	165	14	47	21	16	1.82
5921464--5921539	38	2.0	38	92	0	125	28	30	9	31	1.88
5922184--5922408	47	4.8	48	77	6	212	21	30	20	28	1.98
5926547--5926876	27	12.2	27	84	0	426	39	18	8	32	1.82
5926537--5926862	54	6.0	54	90	0	481	39	19	8	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5926555--5926947	27	14.6	27	80	5	251	38	19	9	32	1.84
5926547--5926943	81	4.9	81	83	1	449	39	19	9	31	1.84
5926853--5926929	26	2.9	27	86	3	102	37	18	11	32	1.87
5926816--5926995	80	2.2	82	80	6	190	38	20	8	32	1.82
5926843--5926995	27	5.7	27	74	7	96	38	20	8	32	1.83
5926979--5927281	27	11.3	27	83	4	326	35	20	18	25	1.95
5927708--5927772	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
5927931--5928032	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
5928169--5928241	6	11.8	6	78	16	78	17	17	15	49	1.80
5928172--5928236	25	2.6	25	95	0	112	16	18	16	47	1.83
5928169--5928241	25	2.5	30	72	25	84	17	17	15	49	1.80
5928163--5928245	19	4.5	18	73	16	62	19	19	13	48	1.81
5930249--5931417	108	10.8	108	98	0	2158	41	18	7	32	1.79
5930249--5931492	81	15.4	81	75	4	411	41	18	7	32	1.79
5931266--5931489	54	4.1	54	80	5	168	40	19	8	32	1.81
5931538--5931813	27	10.3	27	85	0	356	34	18	21	25	1.96
5932241--5932304	22	2.9	22	84	9	85	18	21	23	35	1.95
5932463--5932564	27	3.8	26	84	5	105	19	23	19	37	1.94
5932463--5932564	54	1.9	53	81	2	123	19	23	19	37	1.94
5932701--5932773	6	11.8	6	75	16	69	17	16	15	50	1.78
5932701--5932773	31	2.4	31	92	0	119	17	16	15	50	1.78
5936637--5936675	20	2.1	19	90	9	62	53	15	25	5	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5939759--5939893	45	3.0	44	91	3	207	28	27	20	23	1.99
5940695--5940852	47	3.4	46	94	3	271	47	13	10	27	1.77
5947144--5947168	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
5948793--5948875	42	2.0	43	83	7	107	31	16	14	37	1.89
5948882--5949002	43	2.8	43	85	0	170	29	14	22	33	1.93
5949317--5949449	66	2.0	65	85	5	178	14	27	17	41	1.88
5951840--5951883	20	2.3	19	85	14	56	13	31	31	22	1.93
5956249--5956340	47	2.0	47	95	0	166	33	22	19	23	1.97
5956510--5956676	43	3.9	43	77	9	135	26	13	23	35	1.93
5975178--5975333	48	3.5	48	65	28	137	36	3	26	32	1.75
5975215--5975285	34	2.1	34	97	0	133	38	0	25	36	1.56
5975297--5975367	34	2.1	34	97	0	133	38	0	25	36	1.56
5975369--5975440	36	2.0	36	100	0	144	36	8	27	27	1.86
5975408--5976294	48	18.5	48	97	0	1641	36	4	27	31	1.77
5975178--5976267	96	11.9	82	93	3	762	36	4	26	31	1.77
5976442--5976512	37	1.9	37	91	0	115	25	19	29	25	1.99
5988325--5988437	43	2.6	42	83	5	129	26	15	23	35	1.94
5988363--5988446	43	1.9	44	85	2	116	25	14	25	35	1.93
5991807--5991863	27	2.2	26	83	3	69	19	24	21	35	1.96
5998282--5998453	40	4.3	40	83	5	215	24	21	26	27	1.99
6002193--6002289	30	3.1	31	75	21	119	31	11	24	31	1.91
6002181--6002279	34	3.0	34	75	21	129	30	11	24	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6006422--6006546	40	3.2	40	82	5	155	23	22	27	27	1.99
6006774--6006815	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
6014737--6015040	38	6.9	40	75	16	202	30	24	15	29	1.95
6014744--6015038	95	3.3	88	75	17	272	30	24	15	29	1.96
6014777--6015040	48	5.8	47	81	9	330	30	23	15	30	1.95
6014754--6015040	133	2.2	133	96	0	520	30	24	14	30	1.95
6022879--6022978	43	2.3	43	89	0	155	34	21	16	29	1.94
6025894--6026036	40	3.5	40	81	4	162	26	25	25	22	2.00
6035609--6035918	47	6.6	47	88	1	431	28	30	8	32	1.87
6035753--6035831	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
6039240--6039603	40	9.1	40	88	0	514	26	28	20	25	1.99
6039657--6039731	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
6041508--6041569	31	2.0	32	93	3	108	53	1	20	24	1.55
6044839--6046124	40	32.2	40	96	0	2126	26	29	20	23	1.99
6047577--6047985	47	8.7	47	96	1	732	29	30	8	32	1.87
6047746--6047819	22	3.3	22	64	17	62	28	31	10	29	1.91
6047577--6047985	186	2.2	186	95	1	719	29	30	8	32	1.87
6049373--6049499	65	1.9	66	96	1	238	33	20	12	33	1.90
6049565--6049721	52	3.0	52	100	0	314	43	19	7	29	1.78
6051700--6051869	46	3.7	46	79	12	156	24	30	19	25	1.98
6055098--6055137	15	2.7	15	88	0	62	15	12	20	52	1.74
6056693--6056924	49	4.7	49	84	3	302	28	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6056693--6056924	100	2.3	99	86	2	322	28	27	18	24	1.98
6066674--6066843	46	3.7	46	79	12	156	24	30	19	25	1.98
6070072--6070111	15	2.7	15	88	0	62	15	12	20	52	1.74
6073664--6073834	93	1.8	93	92	0	288	29	27	21	22	1.99
6073656--6073831	46	3.8	47	77	12	202	30	27	20	21	1.98
6076713--6077022	48	6.5	49	74	11	180	27	19	28	24	1.98
6082471--6082534	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
6089225--6089272	16	3.0	16	82	11	62	27	0	16	56	1.41
6092534--6092612	38	2.1	37	86	6	106	26	30	17	25	1.97
6092731--6093311	48	12.2	47	94	1	919	28	31	8	31	1.87
6102560--6102598	21	1.9	20	84	5	51	33	0	17	48	1.48
6124456--6124659	40	5.1	40	79	2	196	24	25	16	33	1.96
6124456--6124623	80	2.1	80	88	2	248	25	26	16	32	1.96
6125011--6125058	22	2.1	24	81	14	57	14	4	27	54	1.59
6136227--6136272	18	2.6	17	82	3	56	50	4	10	34	1.57
6137430--6137481	21	2.5	20	72	9	50	42	1	0	55	1.10
6137796--6137826	13	2.4	13	94	0	53	61	0	3	35	1.12
6139550--6139579	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
6145574--6145620	20	2.3	20	85	0	67	23	38	19	19	1.93
6153931--6154131	40	5.0	40	86	4	246	26	27	22	22	1.99
6153953--6154131	80	2.2	80	89	0	277	25	28	23	22	1.99
6156086--6156161	5	14.4	5	74	15	57	76	1	5	17	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6156086--6156158	38	1.9	37	89	8	112	76	1	5	16	1.04
6156094--6156161	12	5.6	11	78	14	64	76	1	4	17	1.03
6161518--6161543	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
6166236--6166360	46	2.7	45	88	2	178	29	28	20	21	1.98
6172185--6172311	49	2.6	49	87	2	175	29	21	26	22	1.99
6172266--6172525	136	1.9	135	89	2	405	24	20	25	29	1.99
6173635--6173673	21	1.9	20	84	5	51	10	33	30	25	1.89
6175224--6175338	27	4.3	27	82	0	149	27	19	18	34	1.95
6175323--6175499	27	6.6	27	75	8	123	29	10	20	38	1.87
6175238--6175365	54	2.4	54	81	2	141	28	16	19	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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