Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  201  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66758566--66758616
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2.3
22
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12
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35
3
9
50
1.54
66758667--66758715
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2.5
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2
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55
1.37
66771141--66771795
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2.2
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20
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2.8
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599
30
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0
0
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52
0
0
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3.1
59
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20
173
48
6
2
42
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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17
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0
5
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2.1
92
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4
44
1.41
66796631--66796657
11
2.5
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100
0
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100
0
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0
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2.5
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2.1
26
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0
90
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1.81
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1.70
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124
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1.35
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2.0
34
100
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1.83
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0
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2.0
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16
100
0
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0
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1.92
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6.6
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81
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28
29
1.96
66828279--66828456
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3.3
55
81
5
209
26
15
28
29
1.96
66828280--66828435
82
1.9
81
86
3
224
26
15
28
29
1.96
66828276--66828456
82
2.2
81
82
2
220
27
15
27
29
1.96
66834790--66834967
27
6.6
27
83
3
205
26
15
28
29
1.96
66834791--66834946
82
1.9
81
88
3
233
26
15
28
29
1.96
66834787--66834967
82
2.2
81
83
2
229
27
15
27
29
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
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1
9
50
1.42
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2.5
28
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11
101
27
15
29
27
1.96
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1.9
174
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0
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13
23
31
1.93
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24
2.5
24
75
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43
15
22
18
1.88
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6
100
0
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100
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0
0
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2.0
25
100
0
102
35
3
25
35
1.75
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24
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25
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2.5
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1.11
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14
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15
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11
5
3
78
1.06
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14
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1.17
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58
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0
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1.16
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2.2
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20
1.08
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54
22
0
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1.11
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2.4
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10
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28
0
5
66
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66890908--66890938
3
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0
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32
0
32
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1.58
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100
0
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15
0
0
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2.8
26
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18
33
1.81
66914683--66914756
27
2.8
26
85
6
87
39
8
18
33
1.81
66916673--66916790
27
4.3
28
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7
91
35
11
26
26
1.91
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2.4
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55
35
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12
45
1.67
66925429--66925468
21
1.9
21
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10
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50
5
5
40
1.46
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3.1
23
69
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5
0
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1.24
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2.0
22
95
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0
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0
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11
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16
90
0
54
44
0
16
38
1.48
66938583--66938676
44
2.1
46
84
7
122
35
5
22
37
1.77
66938871--66938897
12
2.2
12
100
0
54
55
0
0
44
0.99
66938788--66938880
20
4.8
20
70
14
77
54
1
0
44
1.07
66938762--66938900
58
2.4
58
83
7
192
53
0
0
44
1.10
66940265--66940297
16
2.1
16
94
0
57
30
24
15
30
1.95
66942672--66942717
25
1.9
24
91
8
76
10
8
32
47
1.69
66943654--66943703
3
16.7
3
100
0
100
32
0
0
68
0.90
66945383--66945632
55
4.7
54
78
9
239
22
24
18
35
1.95
66945430--66945626
108
1.8
110
87
4
301
22
25
17
34
1.96
66950429--66950467
18
2.3
18
86
8
55
43
12
5
38
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66950624--66950654
15
2.1
15
100
0
62
22
32
6
38
1.80
66952950--66952979
15
2.0
15
93
0
51
23
46
6
23
1.75
66953721--66953759
18
2.3
18
86
8
55
43
12
5
38
1.65
66953916--66953946
15
2.1
15
100
0
62
22
32
6
38
1.80
66962347--66962391
24
1.9
24
90
4
74
17
2
17
62
1.43
66967507--66967562
25
2.4
23
82
14
62
39
0
1
58
1.08
66967810--66967861
27
1.9
27
88
7
79
32
3
1
61
1.25
66971572--66971668
47
2.0
47
94
6
167
20
29
2
47
1.62
66975472--66975521
14
3.5
15
82
15
61
24
26
10
40
1.86
66980570--66980613
17
2.6
17
96
0
79
45
15
18
20
1.85
66983562--66983925
184
2.0
184
96
0
665
28
18
22
30
1.97
66983746--66984501
210
3.6
210
88
3
1014
30
18
21
29
1.97
66986080--66986135
25
2.4
23
82
14
62
39
0
1
58
1.08
66987662--66987714
26
2.0
26
100
0
106
37
3
26
32
1.74
66993703--66993804
37
2.8
37
92
1
161
26
32
17
23
1.97
66993945--66995001
48
21.9
48
97
1
1952
29
28
7
33
1.85
66997385--66997523
47
2.8
50
81
8
169
27
14
26
31
1.95
66997723--66997754
16
2.0
16
93
0
55
46
0
18
34
1.49
67000803--67001025
119
1.9
120
83
6
292
25
27
22
25
2.00
67000801--67001025
40
5.7
40
84
6
278
25
27
22
24
2.00
67002305--67002688
193
2.0
194
98
0
743
31
23
12
32
1.91
67004114--67004345
49
4.7
49
80
3
284
28
27
18
25
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67004114--67004345
100
2.3
99
83
4
288
28
27
18
25
1.98
67022209--67022470
80
3.3
80
86
3
334
26
22
25
25
2.00
67022209--67022437
40
5.7
40
88
2
343
25
22
25
25
2.00
67022209--67022470
120
2.2
120
86
3
350
26
22
25
25
2.00
67025663--67026631
47
20.6
47
98
0
1832
32
8
30
29
1.86
67032384--67032558
46
3.8
46
96
0
314
29
29
21
20
1.98
67040248--67040526
138
2.0
138
97
1
533
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20
8
32
1.84
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2
175
23
27
24
24
2.00
67047941--67048196
40
6.5
40
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4
333
25
22
26
25
2.00
67047943--67048163
119
1.9
119
87
3
329
23
22
27
26
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          273   274   275   276