genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  211  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70087089--70087941	50	17.1	50	100	0	1706	30	23	3	41	1.73
70089578--70089822	49	4.9	50	79	4	273	29	25	18	26	1.98
70089590--70089822	100	2.3	98	82	4	279	30	26	18	25	1.98
70095360--70095537	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
70095386--70095536	82	1.9	81	88	4	232	28	27	16	27	1.97
70098145--70098181	16	2.3	16	90	0	56	62	8	8	21	1.49
70117898--70117939	15	2.7	15	92	3	66	28	28	23	19	1.98
70119210--70119238	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
70123684--70123776	40	2.3	40	88	0	141	23	18	24	33	1.97
70129116--70129249	51	2.9	46	79	8	130	23	17	28	30	1.97
70133425--70133578	79	1.9	79	97	0	290	33	15	28	22	1.95
70135460--70135795	167	2.0	167	100	0	672	34	16	20	28	1.94
70144905--70144966	30	2.1	29	90	3	97	56	9	3	30	1.47
70152667--70152701	18	1.9	18	88	0	52	22	5	14	57	1.59
70154806--70154864	11	5.4	11	100	0	118	62	0	37	0	0.95
70155295--70155434	40	3.5	40	88	4	205	23	22	27	25	2.00
70168990--70169200	40	5.3	40	87	2	266	28	28	20	22	1.99
70172607--70172762	78	2.0	78	100	0	312	26	25	20	26	1.99
70176796--70176937	40	3.6	40	85	2	198	23	21	26	28	1.99
70178334--70178439	42	2.5	42	92	3	167	24	20	32	22	1.98
70179270--70179675	46	8.9	46	77	6	355	36	23	6	33	1.80
70179272--70179653	69	5.5	68	79	9	375	36	23	6	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70179270--70179653	23	16.7	23	77	10	308	36	23	6	33	1.81
70183310--70183378	22	3.1	22	78	2	84	39	0	0	60	0.97
70183321--70183380	30	2.0	30	90	6	95	35	0	0	65	0.93
70183310--70183377	7	9.3	7	85	6	73	39	0	0	60	0.97
70183317--70183404	7	10.9	8	78	17	67	36	0	2	61	1.09
70183721--70183767	23	2.0	23	84	8	60	48	0	6	44	1.28
70183818--70183875	22	2.7	21	80	12	64	51	31	0	17	1.45
70189823--70189872	25	2.0	25	100	0	100	40	16	12	32	1.84
70193738--70193762	13	1.9	13	100	0	50	8	0	16	76	1.02
70196821--70196992	93	1.8	93	91	4	285	29	26	20	23	1.99
70196813--70196988	46	3.8	46	75	10	171	30	26	19	22	1.98
70200617--70200747	39	3.4	39	89	1	192	23	28	22	25	2.00
70204891--70205272	50	7.6	50	78	5	365	31	26	17	24	1.97
70204891--70205223	101	3.3	100	86	2	427	29	26	18	25	1.98
70204880--70205228	151	2.3	151	83	2	414	29	26	18	25	1.98
70208944--70209021	38	2.1	38	97	0	147	35	14	21	28	1.92
70210718--70210789	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
70214487--70214526	14	2.8	15	85	11	57	5	20	0	75	0.99
70214490--70214528	13	2.8	14	84	11	53	7	20	0	71	1.10
70227836--70227926	42	2.2	42	96	2	166	40	24	20	14	1.90
70229824--70229945	28	4.3	28	82	5	120	27	32	12	27	1.92
70229824--70229945	57	2.1	57	82	5	140	27	32	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70229823--70229969	29	5.2	28	79	8	111	27	31	12	29	1.93
70234440--70234545	44	2.5	44	81	6	119	22	16	28	32	1.96
70234440--70234597	43	3.7	42	73	10	124	24	17	26	31	1.97
70242748--70242800	28	1.9	27	81	11	63	22	9	18	49	1.76
70244578--70244643	27	2.4	27	85	7	80	19	22	22	34	1.96
70244605--70244690	27	3.2	26	82	8	91	16	23	20	39	1.92
70244597--70244671	27	2.8	28	82	10	93	18	24	20	37	1.94
70251984--70252020	8	4.6	8	93	0	56	48	21	24	5	1.71
70252439--70252547	27	4.0	26	83	9	128	17	22	22	37	1.94
70252439--70252547	55	2.0	54	85	5	148	17	22	22	37	1.94
70254241--70254341	44	2.4	44	79	9	120	34	25	15	23	1.95
70255982--70256061	36	2.2	36	95	0	142	22	13	18	45	1.85
70257672--70257872	42	4.7	41	82	4	204	25	20	27	26	1.99
70257674--70257872	85	2.3	86	82	5	226	25	20	27	27	1.99
70257930--70257959	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
70259313--70259497	40	4.7	40	82	9	218	25	27	22	24	2.00
70259313--70259497	79	2.3	82	82	9	222	25	27	22	24	2.00
70266765--70266982	79	2.8	81	78	11	213	26	26	21	26	1.99
70266798--70266982	40	4.7	40	79	9	200	26	27	21	24	1.99
70275493--70275685	42	4.5	42	77	6	156	26	19	26	27	1.99
70275752--70275781	15	1.9	16	93	6	53	46	3	16	33	1.64
70281019--70281045	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70281432--70281486	24	2.3	23	87	9	83	49	10	5	34	1.61
70281442--70281489	24	2.0	24	100	0	96	50	8	4	37	1.52
70282894--70282976	27	3.1	27	89	0	130	37	19	18	25	1.94
70282894--70283011	54	2.2	54	82	0	137	36	20	18	24	1.95
70283724--70283783	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
70285465--70285594	38	3.4	38	79	4	127	40	27	17	13	1.88
70290656--70290899	121	2.0	121	94	1	427	38	12	17	31	1.87
70305723--70305881	39	4.1	39	86	0	210	30	26	19	23	1.98
70313162--70313210	6	7.8	6	86	8	71	77	2	20	0	0.87
70313832--70313865	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
70317390--70317689	150	2.0	150	99	0	591	36	28	11	24	1.89
70317718--70318174	228	2.0	228	100	0	914	36	26	9	26	1.87
70328357--70328904	47	11.6	49	87	5	747	32	7	29	30	1.86
70328368--70328904	238	2.3	239	91	2	861	32	8	29	30	1.86
70328357--70328904	285	1.9	283	88	2	821	32	7	29	30	1.86
70330262--70330293	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
70331256--70331356	24	4.2	24	90	0	148	23	38	1	35	1.67
70331890--70332008	27	4.4	27	87	3	150	40	21	15	23	1.90
70341528--70341706	27	6.6	27	88	2	234	33	15	16	35	1.90
70341528--70341706	54	3.3	54	88	3	261	33	15	16	35	1.90
70341561--70341724	81	2.0	80	81	6	188	32	15	16	35	1.90
70341709--70341776	27	2.5	27	80	2	64	33	25	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70341736--70341802	27	2.5	27	83	7	82	34	23	20	20	1.97
70342106--70342149	22	2.0	23	90	4	72	25	2	50	22	1.61
70342410--70342465	28	2.0	28	96	0	103	26	32	30	10	1.90
70344608--70344633	8	3.2	8	100	0	52	26	38	0	34	1.57
70346995--70347022	12	2.3	12	100	0	56	46	0	14	39	1.44
70351923--70352001	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
70352120--70352608	47	10.4	47	96	0	861	29	30	8	31	1.87
70358689--70358891	55	3.8	54	80	1	237	37	19	24	18	1.94
70368978--70369048	34	2.1	34	100	0	142	32	28	7	32	1.84
70369394--70369556	48	3.4	48	76	3	168	23	28	19	27	1.98
70384733--70384824	27	3.4	27	88	5	132	29	25	6	39	1.81
70384886--70385055	27	6.3	26	72	13	110	38	17	10	32	1.84
70384887--70385046	53	2.9	54	80	5	153	40	18	8	31	1.81
70384945--70385052	27	3.9	27	79	11	112	41	18	8	31	1.80
70385969--70386038	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
70385967--70386051	25	3.5	24	82	7	100	27	23	23	25	2.00
70386259--70386430	31	5.5	31	92	0	299	30	17	23	29	1.97
70389085--70389202	37	3.2	37	92	2	184	25	29	18	26	1.98
70389338--70389522	48	3.8	48	85	5	264	30	26	7	35	1.84
70389341--70389522	98	1.9	98	89	4	287	30	26	7	35	1.85
70389492--70389616	47	2.7	47	89	0	196	24	27	12	35	1.92
70392870--70392939	37	1.9	36	82	8	88	42	2	2	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70394983--70395075	34	2.7	34	89	0	114	25	24	22	26	2.00
70395068--70395144	18	4.3	17	69	18	50	40	12	19	27	1.88
70395472--70395615	27	5.3	27	86	3	191	20	17	21	40	1.91
70395607--70395788	27	6.7	27	90	0	274	37	15	14	31	1.89
70402921--70402957	18	2.1	18	100	0	74	29	32	0	37	1.58
70414745--70414919	46	3.8	46	73	13	169	29	30	20	19	1.97
70414752--70414921	93	1.8	93	89	0	268	29	30	20	20	1.97
70419524--70419581	23	2.5	23	91	0	98	24	20	15	39	1.91
70421262--70421315	21	2.5	20	82	8	54	38	1	37	22	1.65
70443742--70444023	40	7.1	40	90	4	428	27	27	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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