genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6903838--6904129	42	6.7	42	73	14	193	28	16	25	29	1.97
6903862--6904006	48	3.0	48	89	2	220	28	15	25	29	1.96
6906474--6906583	26	4.2	26	95	0	175	32	5	24	37	1.78
6910670--6910745	40	1.9	40	86	5	109	19	17	31	31	1.95
6919870--6919913	21	2.0	22	82	4	54	34	2	11	52	1.50
6922783--6922812	14	2.1	15	93	6	53	30	0	6	63	1.20
6927482--6927556	29	2.6	29	91	0	114	28	28	18	25	1.98
6927448--6927556	58	1.9	58	86	1	157	27	29	15	27	1.96
6927781--6927816	16	2.2	16	90	0	54	8	22	19	50	1.74
6927781--6927823	16	2.7	16	79	13	52	9	20	18	51	1.74
6935016--6935101	28	3.0	28	81	9	111	27	30	15	26	1.96
6935007--6935088	29	2.9	29	80	8	105	26	31	15	25	1.96
6935601--6935685	41	2.1	41	93	0	143	42	20	17	20	1.90
6936495--6936526	16	2.0	16	93	0	55	21	6	21	50	1.71
6937257--6938445	297	4.0	297	99	0	2360	27	6	19	45	1.76
6942404--6942498	38	2.5	38	96	0	181	30	14	22	32	1.94
6945382--6945468	28	3.1	28	75	15	90	39	25	14	20	1.91
6949430--6949547	23	4.9	25	79	14	115	31	20	25	22	1.98
6957858--6957989	49	2.7	47	80	8	167	23	26	19	30	1.98
6957858--6958030	93	1.8	97	82	5	228	26	27	18	28	1.98
6965639--6965858	49	4.6	47	74	10	196	23	29	19	27	1.98
6967464--6967522	25	2.4	25	97	0	109	38	8	15	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6971867--6972051	79	2.3	81	82	7	209	25	27	22	24	2.00
6971867--6972051	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	24	2.00
6974098--6974282	40	4.6	40	87	0	253	20	20	26	32	1.97
6982107--6982331	40	5.6	40	87	0	306	18	20	26	33	1.96
6982107--6982331	120	1.9	120	89	1	353	18	20	26	33	1.96
6995644--6995782	39	3.5	40	89	2	194	17	21	28	32	1.96
6995644--6995800	39	4.0	39	85	4	160	17	20	29	33	1.95
7000144--7000202	30	2.0	30	93	0	100	59	10	1	28	1.40
7000183--7000211	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
7008677--7008708	6	5.3	6	96	0	55	62	0	0	37	0.95
7009040--7009153	60	1.9	60	100	0	228	32	17	10	39	1.84
7012084--7012143	31	2.0	30	86	3	84	45	8	10	36	1.68
7012092--7012160	31	2.2	31	84	5	86	46	8	8	36	1.66
7012322--7012363	16	2.6	16	84	0	57	52	2	0	45	1.13
7012494--7012545	22	2.3	22	77	9	52	32	9	0	57	1.31
7023869--7023898	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
7024353--7024442	34	2.6	34	85	0	117	30	7	16	45	1.76
7030309--7030450	40	3.6	40	76	11	132	33	19	16	30	1.94
7030334--7030448	37	2.9	40	75	8	128	33	18	16	31	1.93
7031374--7031401	13	2.2	13	100	0	56	7	21	0	71	1.09
7031414--7031451	18	2.1	18	85	9	51	52	0	0	47	1.00
7034821--7034881	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7035056--7035097	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7035047--7035088	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7035313--7035380	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
7037200--7037413	48	4.5	48	78	8	204	30	16	26	25	1.97
7037433--7037557	48	2.6	49	82	8	148	27	23	28	20	1.99
7043477--7043515	20	2.0	20	100	0	78	25	10	30	33	1.89
7043923--7044063	63	2.2	64	83	3	187	27	20	25	26	1.99
7044377--7044432	27	2.1	27	96	0	103	30	7	23	39	1.81
7051956--7051991	18	2.0	18	94	0	63	36	27	19	16	1.93
7052788--7052839	24	2.2	24	96	0	95	28	5	28	36	1.80
7054999--7055121	58	2.1	58	87	3	176	44	0	4	51	1.20
7058568--7058601	12	2.7	13	86	9	52	0	14	0	85	0.60
7059620--7059666	20	2.6	18	78	15	60	42	0	4	53	1.20
7059780--7059849	36	1.9	36	88	0	104	40	2	0	57	1.14
7060852--7060915	24	2.6	25	80	4	78	65	4	0	29	1.13
7060952--7061013	22	2.8	20	71	23	54	66	0	4	29	1.12
7064520--7064570	20	2.5	21	81	9	61	43	7	7	41	1.63
7064615--7065236	124	5.0	124	99	0	1235	31	19	15	32	1.93
7068780--7068999	40	5.6	40	83	4	259	25	26	23	24	2.00
7077220--7077390	93	1.8	93	87	0	252	29	28	20	21	1.98
7077215--7077387	46	3.7	46	76	10	163	30	27	20	21	1.98
7085682--7086198	27	19.6	27	76	8	341	29	8	21	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7085945--7086079	49	2.8	48	89	4	198	29	8	23	38	1.84
7090699--7090735	18	1.9	19	89	10	58	64	13	0	21	1.27
7097520--7097565	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
7103758--7103857	50	2.0	50	98	0	191	32	23	12	33	1.91
7106418--7106497	37	2.2	37	86	0	115	27	31	17	23	1.97
7106616--7107167	47	11.7	47	96	0	944	29	28	8	33	1.87
7112392--7112423	16	2.0	16	100	0	64	43	18	25	12	1.85
7112652--7112758	29	3.8	29	83	2	128	27	17	28	26	1.98
7112639--7112752	29	4.0	29	82	3	108	28	16	28	27	1.97
7118521--7118562	14	3.1	14	79	3	50	73	0	0	26	0.83
7128376--7128454	37	2.1	37	88	0	113	25	31	17	25	1.97
7128617--7128695	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
7128316--7128797	241	2.0	241	97	0	901	29	22	18	29	1.97
7128814--7129531	47	15.2	47	93	2	1168	29	29	8	32	1.87
7133342--7133498	81	1.9	81	94	0	278	39	23	4	32	1.75
7134253--7134691	40	11.0	40	97	0	808	27	30	20	22	1.98
7134828--7134857	15	2.0	15	100	0	60	46	20	6	26	1.75
7137112--7137190	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
7137309--7137627	47	6.7	47	88	5	444	28	30	8	32	1.87
7137309--7137627	96	3.3	95	90	2	480	28	30	8	32	1.87
7137311--7137627	143	2.2	142	88	3	474	28	30	8	32	1.87
7141339--7141393	28	2.0	28	92	0	92	34	5	18	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7144646--7144751	40	2.7	40	85	5	126	29	16	23	31	1.96
7146424--7146595	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
7146448--7146631	67	2.8	64	78	8	194	29	16	30	23	1.96
7152947--7153000	27	2.0	27	100	0	108	33	7	11	48	1.67
7156922--7157951	40	25.8	40	97	0	1882	27	29	20	22	1.98
7159166--7159241	37	2.1	37	89	0	116	26	31	19	22	1.98
7159363--7159538	47	3.7	47	88	3	253	28	30	7	32	1.86
7159363--7159538	96	1.9	94	87	2	262	28	30	7	32	1.86
7160843--7161384	63	8.6	63	100	0	1084	26	10	26	35	1.90
7160843--7161547	189	3.6	189	95	4	1212	27	11	26	34	1.90
7161423--7161547	63	2.0	63	98	0	241	26	11	28	34	1.90
7162087--7162203	38	3.1	38	89	1	171	17	22	27	33	1.96
7162528--7162581	27	2.0	27	100	0	108	40	11	14	33	1.82
7164299--7164469	93	1.8	93	91	0	279	28	29	20	21	1.98
7164291--7164466	46	3.8	46	79	12	189	29	28	19	21	1.98
7165933--7166140	80	2.6	80	93	0	337	26	28	22	22	1.99
7165952--7166143	40	4.8	41	81	3	221	26	28	22	22	1.99
7168018--7168059	18	2.3	18	95	0	75	38	26	4	30	1.77
7171401--7171443	20	2.2	20	91	0	68	32	16	6	44	1.74
7176830--7176875	23	2.0	23	83	8	58	60	10	0	28	1.30
7182711--7182898	79	2.4	81	83	8	242	25	22	27	25	2.00
7182715--7182898	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7182715--7182931	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
7185495--7185542	21	2.5	18	81	18	53	16	27	0	56	1.41
7188627--7188684	23	2.5	23	94	0	98	39	22	20	17	1.92
7188669--7188732	27	2.4	27	78	5	67	35	23	23	17	1.95
7190195--7190271	27	2.9	27	80	0	82	28	16	11	42	1.84
7195087--7195178	44	2.1	44	83	2	114	31	18	23	26	1.97
7200566--7200798	49	4.7	49	80	6	288	30	27	18	24	1.98
7200566--7200798	102	2.3	98	84	5	306	30	27	18	24	1.98
7206399--7206560	27	6.1	27	86	2	202	44	18	12	24	1.84
7212730--7212881	27	5.6	27	88	2	214	26	15	28	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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