genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  236  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78044185--78044223	15	2.5	15	87	8	51	71	10	17	0	1.12
78046326--78046622	127	2.3	126	86	3	382	26	18	19	35	1.95
78057974--78058226	44	5.6	44	70	15	144	32	17	18	31	1.95
78058160--78058318	41	3.6	41	69	15	111	31	20	19	28	1.97
78058109--78058421	92	3.4	91	84	2	394	31	18	20	30	1.96
78058982--78059022	14	3.0	14	80	16	50	73	9	17	0	1.09
78058989--78059028	15	2.5	15	88	8	53	72	10	17	0	1.11
78061128--78061416	127	2.3	127	85	2	384	26	16	19	37	1.93
78062144--78062174	16	1.9	16	93	0	53	51	6	9	32	1.60
78081902--78082009	56	1.9	55	90	5	173	43	12	5	37	1.67
78083694--78083749	20	2.8	20	75	0	58	37	14	8	39	1.77
78091534--78091580	18	2.6	18	93	3	76	61	23	2	12	1.42
78092470--78092557	32	2.8	33	77	16	96	34	5	1	59	1.29
78093105--78093151	24	2.0	24	87	8	69	21	4	12	61	1.48
78094802--78095050	130	1.9	130	87	3	367	36	18	16	28	1.92
78095899--78095981	31	2.6	32	82	3	96	61	19	3	15	1.48
78103594--78103721	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
78103594--78103721	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
78103843--78104327	241	2.0	240	93	1	837	33	14	17	34	1.90
78104349--78104408	24	2.5	24	88	0	84	46	8	18	26	1.77
78104365--78104419	24	2.3	24	84	6	76	45	7	18	29	1.76
78104467--78104600	64	2.1	64	91	0	214	47	5	9	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78105352--78105381	7	4.3	7	100	0	60	73	13	13	0	1.10
78107925--78108072	41	3.6	40	80	8	156	24	21	19	34	1.96
78107925--78108084	83	1.9	82	81	8	191	23	21	20	35	1.96
78108016--78108097	42	2.0	42	95	2	148	18	24	18	39	1.92
78114698--78114969	64	4.2	64	81	6	305	24	28	15	31	1.95
78120303--78120388	9	9.6	9	83	9	81	79	4	1	15	0.96
78120313--78120382	28	2.4	29	88	6	99	80	4	0	15	0.87
78121590--78121978	135	2.9	134	85	3	500	29	19	26	24	1.98
78121806--78122203	44	9.0	44	67	8	225	28	18	27	25	1.98
78121806--78122367	177	3.2	176	81	7	640	28	19	26	25	1.98
78122183--78122520	133	2.6	129	80	6	380	29	21	23	25	1.99
78122316--78122495	44	4.2	44	69	15	115	28	21	25	24	1.99
78122430--78122524	44	2.2	44	84	7	122	30	20	22	27	1.98
78122598--78122894	45	6.6	44	71	14	187	30	19	22	27	1.98
78122592--78122894	135	2.2	135	89	0	453	31	19	22	27	1.97
78132768--78132915	76	2.0	70	91	7	233	50	8	10	31	1.67
78137949--78138027	39	2.0	39	100	0	158	37	20	7	34	1.81
78142043--78142212	85	2.0	85	95	0	304	43	11	8	35	1.73
78142553--78142602	21	2.4	21	93	0	82	30	34	22	14	1.93
78143573--78143798	69	3.3	68	78	3	229	34	23	21	20	1.97
78148794--78148835	18	2.3	19	95	4	77	16	2	4	76	1.07
78154467--78154516	6	8.5	6	88	2	75	18	0	2	80	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78158216--78158338	40	3.1	40	90	3	187	34	20	22	22	1.97
78158384--78158463	41	2.0	41	97	0	151	16	23	33	26	1.95
78158886--78158914	14	2.0	15	93	6	51	31	0	34	34	1.58
78158998--78159139	74	1.9	75	86	4	207	25	1	28	44	1.63
78163924--78164014	43	2.1	43	86	6	123	35	9	9	45	1.71
78164287--78164471	43	4.3	43	86	2	246	21	18	30	28	1.97
78164287--78164493	86	2.4	86	82	2	272	24	18	28	28	1.98
78168755--78168793	18	2.2	18	90	9	62	23	12	5	58	1.54
78172991--78173026	8	4.5	8	89	0	54	58	2	8	30	1.42
78180301--78180373	34	2.1	35	87	7	105	34	1	19	45	1.59
78180416--78180517	34	3.0	34	85	4	118	43	0	16	40	1.48
78180599--78180975	127	3.0	126	87	1	531	37	18	15	27	1.92
78183252--78183836	289	2.0	289	84	1	753	31	17	24	26	1.97
78184510--78184555	21	2.2	21	88	0	65	4	13	41	41	1.63
78184596--78184641	24	1.9	24	82	8	58	23	21	26	28	1.99
78184791--78184828	18	2.1	18	90	0	58	39	10	28	21	1.86
78185416--78185458	21	2.0	22	90	4	70	55	9	4	30	1.52
78185416--78185447	7	4.6	7	92	0	55	59	9	0	31	1.29
78186599--78186648	21	2.4	21	82	0	55	38	2	26	34	1.68
78188156--78188180	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
78193908--78194018	40	2.8	40	85	0	150	29	21	23	25	1.99
78194151--78194237	21	4.1	21	76	14	81	17	1	33	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78194159--78194226	14	4.9	14	80	5	75	19	1	32	47	1.58
78194151--78194224	7	10.6	7	71	11	53	18	1	31	48	1.57
78195332--78195365	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
78198245--78198310	34	1.9	34	84	9	89	36	3	6	54	1.41
78198245--78198313	35	2.0	35	83	11	88	36	2	5	55	1.39
78198442--78198673	43	5.4	43	78	4	218	25	15	28	31	1.95
78199031--78199180	72	2.1	73	84	3	196	12	35	4	48	1.61
78199368--78199496	63	2.1	63	86	5	183	23	7	10	58	1.58
78202880--78202956	23	3.3	23	96	0	136	37	2	18	41	1.64
78203438--78203615	43	4.2	42	74	8	137	25	15	25	33	1.95
78218337--78218553	43	4.9	43	72	13	147	28	21	20	29	1.98
78218663--78218756	47	2.0	47	93	0	161	50	23	5	21	1.69
78219365--78219393	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
78224593--78224695	9	11.6	9	77	6	102	34	0	15	48	1.52
78224544--78224650	43	2.4	45	81	7	128	39	0	17	42	1.56
78224602--78224711	26	4.1	27	80	6	125	36	0	13	49	1.49
78224593--78224707	44	3.0	36	74	18	122	36	0	14	47	1.51
78225146--78225185	22	1.9	20	85	10	53	62	2	0	35	1.09
78228564--78228617	20	2.7	20	97	0	99	38	25	20	14	1.91
78231868--78231921	20	2.7	20	97	0	99	38	25	20	14	1.91
78238712--78239125	207	2.0	207	100	0	828	32	20	14	32	1.92
78247133--78247173	3	13.7	3	100	0	82	34	0	31	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78257064--78257114	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
78258593--78258681	44	2.0	44	91	0	142	37	14	4	43	1.66
78262995--78263112	43	2.8	42	81	3	148	25	17	24	32	1.97
78267354--78267384	11	2.8	11	95	0	53	58	0	12	29	1.35
78269949--78270102	78	2.0	78	94	0	272	18	31	11	38	1.86
78272841--78273143	40	7.6	40	89	3	389	27	28	20	23	1.99
78282562--78282739	27	6.6	27	82	5	180	29	27	15	27	1.96
78282583--78282738	82	1.9	81	87	6	226	29	27	15	27	1.96
78295412--78295470	31	1.9	31	86	6	84	27	30	28	13	1.94
78309673--78309709	19	1.9	19	88	0	56	8	29	40	21	1.82
78314307--78314363	15	3.5	15	71	17	51	45	0	3	50	1.18
78314396--78314437	13	2.9	14	82	13	50	42	0	2	54	1.13
78314527--78314592	18	3.5	18	76	10	69	46	0	0	53	1.00
78314729--78314775	22	2.3	20	85	10	60	21	17	12	48	1.79
78317676--78317705	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
78321506--78321544	18	2.1	19	85	4	53	61	0	7	30	1.24
78321521--78321570	24	2.1	24	85	7	66	70	0	2	28	0.99
78321536--78321573	18	2.1	19	90	9	62	68	0	0	31	0.90
78321714--78321774	28	2.3	27	78	18	74	26	8	0	65	1.20
78332689--78332722	15	2.3	15	94	0	59	23	20	8	47	1.78
78337664--78337736	38	1.9	37	83	2	92	32	10	15	41	1.82
78342056--78342106	26	2.0	26	84	0	66	35	35	13	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78343769--78343803	16	2.2	16	100	0	70	34	28	11	25	1.91
78349703--78349775	38	1.9	38	85	0	101	32	9	15	42	1.79
78355283--78355353	22	3.2	22	65	11	63	35	8	9	46	1.67
78355263--78355353	45	2.0	45	93	0	155	38	6	10	43	1.66
78363258--78363343	42	2.0	42	100	0	172	39	16	11	32	1.84
78363399--78363484	26	3.2	26	66	15	75	55	1	9	33	1.39
78387837--78387913	27	3.0	25	75	17	70	50	1	2	45	1.23
78391764--78392110	173	2.0	173	100	0	694	37	8	17	36	1.80
78392910--78393029	43	2.9	41	79	13	127	23	21	27	27	1.99
78394241--78394296	11	4.9	11	80	8	58	32	0	3	64	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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