genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20677398--20677445	26	1.9	25	83	8	62	60	4	0	35	1.16
20678145--20678194	11	4.5	11	82	2	55	54	24	10	12	1.67
20678136--20678194	22	2.7	23	79	10	61	55	25	8	10	1.61
20678179--20678209	11	2.8	11	95	0	53	45	35	12	6	1.68
20678422--20678472	9	5.7	9	90	0	57	19	39	5	35	1.76
20678422--20678472	18	2.8	18	84	0	66	19	39	5	35	1.76
20681936--20681985	20	2.5	20	96	0	91	52	8	32	8	1.60
20682335--20682361	14	1.9	14	100	0	54	59	0	18	22	1.38
20684413--20684545	46	3.0	43	80	12	155	37	8	22	31	1.84
20703320--20703372	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
20711699--20711737	20	2.0	19	90	5	60	30	5	7	56	1.49
20713755--20713855	28	3.6	28	89	2	157	34	21	11	31	1.90
20713753--20713881	57	2.3	57	80	2	161	33	24	12	30	1.92
20718293--20718346	23	2.4	23	93	3	92	31	9	16	42	1.80
20726407--20726681	133	2.1	132	86	0	345	28	22	18	31	1.97
20726407--20726771	133	2.7	132	81	6	328	27	23	17	30	1.97
20726540--20726942	178	2.3	179	89	2	605	26	26	18	28	1.98
20726714--20726813	43	2.3	43	81	13	107	30	26	14	30	1.94
20726734--20726814	43	1.9	42	85	12	112	27	28	13	30	1.94
20726793--20727055	137	1.9	137	85	3	368	28	23	20	27	1.99
20728090--20728136	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
20748397--20748456	30	2.0	30	96	0	111	10	51	13	25	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20762907--20762944	17	2.2	17	90	0	58	63	5	28	2	1.30
20777983--20778061	38	2.1	38	100	0	158	21	20	24	34	1.97
20783016--20783081	20	3.2	20	75	12	69	43	0	1	54	1.09
20830200--20830236	19	1.9	19	88	0	56	29	18	27	24	1.98
20880800--20880904	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
20886416--20886729	46	6.6	47	77	12	272	24	29	19	26	1.98
20889775--20890041	134	2.0	134	96	0	498	23	18	27	30	1.98
20891603--20891658	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
20894052--20894224	46	3.7	46	75	14	176	23	21	24	30	1.99
20896469--20896582	46	2.5	44	84	7	131	25	29	17	27	1.97
20896694--20897517	36	22.9	36	100	0	1648	33	16	10	39	1.84
20903316--20903354	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
20903818--20903898	28	2.9	28	92	5	128	30	20	25	22	1.98
20903818--20903908	28	3.2	27	84	7	110	31	21	25	20	1.98
20904014--20904078	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
20906431--20906744	46	6.6	48	77	13	230	25	29	17	27	1.97
20906425--20906744	94	3.4	93	77	13	280	25	29	17	27	1.97
20913670--20913764	13	7.6	13	68	23	62	24	2	1	72	1.02
20913673--20913766	22	4.1	22	84	6	107	23	2	1	73	1.01
20913669--20913757	31	2.9	32	81	8	96	24	2	1	71	1.04
20920076--20920106	16	2.0	15	93	6	53	45	0	0	54	0.99
20920288--20920329	22	1.9	22	95	0	75	47	14	2	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20928186--20928212	8	3.4	8	100	0	54	44	11	14	29	1.80
20933041--20933263	79	2.8	78	82	9	256	25	27	21	25	2.00
20933041--20933263	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	2.00
20940950--20941159	39	5.3	39	90	2	298	25	27	22	24	2.00
20940950--20941211	118	2.2	119	81	9	306	25	27	22	25	2.00
20957354--20957520	42	4.0	42	88	0	244	21	17	30	30	1.96
20957586--20957649	32	2.0	32	93	0	110	37	9	26	26	1.87
20959659--20959781	37	3.4	37	79	5	151	28	17	26	27	1.97
20959769--20959966	42	4.7	42	75	6	170	26	17	27	28	1.97
20964021--20964241	120	1.8	120	100	0	442	31	9	18	40	1.83
20964242--20964373	42	3.1	42	87	0	192	20	17	31	31	1.96
20964439--20964505	32	2.1	32	85	0	89	35	7	26	29	1.84
20967233--20967257	12	2.1	12	100	0	50	8	28	40	24	1.83
20969036--20969076	20	2.0	20	86	13	57	48	21	0	29	1.50
20972001--20972058	21	2.7	21	77	17	57	36	18	13	31	1.90
20972814--20972848	18	2.0	18	88	5	54	14	40	25	20	1.90
20978124--20978307	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
20978124--20978304	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
20978125--20978344	40	5.6	38	78	10	165	24	20	27	27	1.99
20983595--20983664	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
20983595--20983689	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
20986444--20986474	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20988241--20988359	46	2.6	46	86	0	157	23	18	26	31	1.97
20992444--20992627	40	4.6	40	78	10	180	25	27	21	25	1.99
20992421--20992628	79	2.6	81	78	11	198	26	26	20	25	1.99
20996642--20996853	46	4.6	46	75	11	164	21	16	28	32	1.96
20999996--21000083	45	2.0	45	88	4	133	39	25	10	25	1.87
21008703--21008750	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
21008741--21008877	60	2.3	59	83	8	161	29	20	24	26	1.99
21008835--21008889	28	2.0	28	82	3	67	30	16	25	27	1.96
21014219--21014341	45	2.7	45	91	0	183	39	21	13	26	1.89
21022286--21022360	37	2.0	37	92	0	123	22	24	8	45	1.79
21030272--21030350	31	2.5	31	81	0	104	26	22	18	31	1.97
21030374--21030465	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
21031460--21031547	27	3.3	27	90	3	124	18	25	20	36	1.95
21031587--21031815	27	8.4	27	78	3	190	31	10	18	39	1.85
21031806--21031991	27	6.9	27	87	2	212	40	5	22	30	1.78
21031727--21031840	54	2.1	54	80	3	122	35	7	18	37	1.80
21031808--21032018	54	3.9	53	81	6	210	39	6	22	31	1.80
21031997--21032086	27	3.3	27	82	3	110	33	10	16	40	1.82
21031997--21032101	27	3.9	27	76	9	81	35	9	16	39	1.81
21034285--21034363	31	2.5	30	80	8	95	25	25	17	31	1.97
21034387--21034478	42	2.2	42	90	0	139	33	22	14	29	1.93
21034623--21034719	26	3.8	26	89	2	153	25	22	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21034617--21034719	51	2.0	50	94	5	181	26	21	22	30	1.99
21035540--21035609	27	2.6	27	90	0	104	18	28	17	35	1.93
21035663--21035945	27	10.4	27	78	3	138	34	10	18	36	1.85
21035756--21035892	54	2.5	54	83	4	177	32	8	18	40	1.82
21035880--21036072	54	3.6	54	90	2	273	42	8	21	26	1.82
21035871--21036064	81	2.4	80	88	2	273	41	8	22	27	1.83
21035872--21036072	27	7.5	27	89	2	246	41	8	21	28	1.82
21036086--21036175	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
21036086--21036191	27	3.9	27	79	9	92	33	9	16	39	1.81
21042348--21042384	14	2.7	14	87	4	58	48	13	2	35	1.57
21043459--21043484	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
21043473--21043826	40	8.8	40	84	4	239	35	18	23	22	1.96
21043510--21043826	40	7.8	40	85	3	393	34	19	23	22	1.96
21043510--21043826	81	3.9	80	86	3	386	34	19	23	22	1.96
21043826--21043956	48	2.8	47	86	3	183	48	32	2	16	1.59
21044528--21044565	19	2.0	20	94	5	69	65	2	5	26	1.27
21045500--21045562	8	8.4	7	92	5	72	68	3	3	25	1.19
21045514--21045562	8	6.2	8	92	4	73	71	4	0	24	1.03
21045507--21045564	23	2.5	22	88	2	80	67	3	1	27	1.17
21045689--21045829	41	3.5	40	75	8	115	43	10	18	26	1.82
21045721--21045829	41	2.7	41	81	1	130	39	11	19	29	1.87
21050745--21050871	68	1.9	67	96	3	238	50	14	11	24	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21055729--21055984	39	6.6	39	91	0	379	37	21	28	12	1.91
21055729--21055984	116	2.2	117	90	0	397	37	21	28	12	1.91
21058134--21058182	21	2.5	20	77	9	57	55	10	2	32	1.45
21058220--21058264	22	2.0	22	82	0	54	40	2	15	42	1.59
21058352--21058391	21	2.0	20	85	5	53	60	5	5	30	1.40
21060053--21060102	20	2.5	20	87	3	66	42	0	2	56	1.11
21060981--21061044	31	2.1	30	83	11	78	42	6	1	50	1.37
21068952--21069025	25	3.0	24	72	16	71	16	8	21	54	1.68
21069033--21069359	160	2.0	160	92	0	546	30	11	17	40	1.84
21083458--21083888	87	4.9	86	83	7	429	28	16	18	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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