genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  229  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76128149--76128182	15	2.3	15	90	10	52	76	0	14	8	1.01
76129332--76129363	13	2.5	13	94	0	55	53	0	0	46	1.00
76130858--76130899	21	2.0	21	90	0	66	35	7	14	42	1.73
76135098--76135143	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
76135105--76135149	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
76142800--76142845	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
76142807--76142851	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
76150129--76150358	41	5.9	40	75	11	183	34	22	16	26	1.95
76150195--76150335	72	2.0	71	83	4	176	32	24	16	26	1.96
76150266--76150377	41	2.7	40	79	5	134	33	24	17	25	1.97
76152683--76152712	14	2.1	15	93	6	53	50	13	0	36	1.42
76156140--76156860	373	1.9	373	99	0	1424	36	14	9	39	1.79
76157069--76157128	15	4.0	15	75	16	61	48	1	0	50	1.11
76162699--76162749	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
76163004--76163070	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
76163122--76163214	42	2.2	41	85	11	118	24	27	22	24	2.00
76164553--76164604	27	1.9	27	96	0	95	28	19	7	44	1.78
76169509--76169561	26	2.0	26	100	0	106	37	7	11	43	1.69
76172444--76172485	20	2.2	19	87	12	59	30	4	0	64	1.14
76172444--76172485	19	2.2	18	87	12	57	30	4	0	64	1.14
76172593--76172661	13	4.8	15	73	21	67	33	2	0	63	1.09
76172594--76172702	38	2.9	38	80	10	91	32	3	0	63	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76172593--76172759	57	2.9	61	79	15	157	33	4	0	61	1.22
76172613--76172702	19	4.8	18	71	21	69	32	3	1	63	1.18
76183430--76183463	17	2.0	17	94	0	59	47	14	5	32	1.69
76184600--76184648	20	2.5	20	89	0	71	18	32	22	26	1.97
76184640--76184704	20	3.3	20	78	4	69	6	33	23	36	1.80
76185637--76185702	32	2.1	32	100	0	132	12	0	27	60	1.32
76186520--76186576	20	2.9	20	87	10	82	40	5	21	33	1.75
76188375--76188511	72	1.9	73	80	7	163	21	27	17	33	1.96
76188475--76188531	23	2.4	23	82	5	69	19	24	17	38	1.93
76188475--76188572	25	4.0	24	70	14	74	20	27	19	32	1.97
76193819--76193887	27	2.6	27	88	4	95	36	24	24	14	1.93
76199112--76199187	30	2.6	28	78	12	80	22	18	6	52	1.68
76201682--76201855	87	2.0	87	97	0	330	32	20	13	33	1.91
76201841--76202269	181	2.4	182	80	3	479	28	20	16	34	1.94
76202584--76202620	17	2.2	17	90	0	56	40	0	5	54	1.24
76204072--76204140	29	2.4	29	80	4	77	52	1	2	43	1.25
76206239--76206277	5	7.6	5	82	5	51	30	0	2	66	1.05
76209836--76209927	48	1.9	48	95	0	166	27	26	21	25	2.00
76210808--76210838	5	6.4	5	96	3	55	0	16	0	83	0.64
76210803--76210839	15	2.5	15	86	0	56	0	16	0	83	0.64
76212078--76212350	68	4.1	68	78	4	266	36	16	22	25	1.94
76212083--76212336	133	1.9	134	86	4	359	36	15	22	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76215496--76215522	14	1.9	14	100	0	54	85	0	14	0	0.61
76219126--76219175	14	3.6	13	80	15	55	22	2	4	72	1.12
76223092--76223269	27	6.6	26	80	6	169	26	15	28	29	1.96
76223093--76223248	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
76223089--76223269	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
76223174--76223280	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
76225940--76225967	13	2.2	13	100	0	56	21	0	25	53	1.46
76227939--76227984	22	2.1	22	95	0	83	26	28	4	41	1.74
76237183--76237308	62	2.0	62	95	0	225	17	16	26	38	1.91
76241847--76241902	17	3.2	17	89	2	76	16	26	41	16	1.88
76252601--76252659	10	5.9	10	88	7	84	67	1	8	22	1.26
76252640--76252695	22	2.5	22	85	5	76	66	3	8	21	1.35
76253299--76253336	18	2.2	17	95	4	67	0	18	0	81	0.69
76253340--76253392	3	17.7	3	96	0	97	1	0	32	66	1.03
76254289--76254324	17	2.1	17	94	0	63	75	0	2	22	0.94
76258024--76258082	10	5.9	10	84	7	84	67	1	10	20	1.28
76259508--76259568	30	2.0	30	96	0	113	27	3	11	57	1.49
76260415--76260476	30	2.1	30	93	0	106	58	12	3	25	1.50
76260503--76260564	22	2.8	22	78	7	63	64	4	12	17	1.44
76262686--76262778	46	2.0	45	93	4	168	32	10	26	29	1.90
76272707--76272752	23	2.0	23	100	0	92	17	13	21	47	1.81
76298804--76298921	59	2.0	58	96	1	218	38	18	0	42	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76299588--76299674	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
76302768--76302803	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
76303360--76303531	50	4.2	39	70	22	122	37	4	5	52	1.46
76303321--76303652	126	2.6	128	86	5	440	39	4	4	51	1.43
76303335--76303657	68	5.0	63	71	20	222	39	4	4	50	1.45
76303429--76303554	37	3.4	37	70	13	114	38	3	5	52	1.41
76307467--76307514	21	2.2	22	85	3	62	60	2	6	31	1.33
76307837--76307880	23	2.0	23	86	8	65	52	6	13	27	1.66
76307837--76307919	23	3.6	23	74	16	64	51	7	10	30	1.63
76307887--76308013	22	5.3	23	75	16	89	55	4	4	34	1.41
76307943--76307991	13	4.2	12	75	21	50	59	0	2	38	1.09
76307943--76308028	22	4.0	22	80	11	99	59	3	2	34	1.27
76307970--76308058	34	2.6	32	84	11	115	60	6	2	30	1.34
76308036--76308075	21	2.1	18	86	13	53	62	2	5	30	1.29
76307954--76308075	19	6.3	19	66	25	60	59	4	3	31	1.34
76308149--76308286	69	2.0	69	100	0	276	57	4	4	33	1.38
76311513--76311553	9	4.6	9	81	0	55	43	21	9	24	1.83
76311571--76311611	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
76311636--76311660	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
76311637--76311674	18	2.1	18	95	0	67	7	0	47	44	1.32
76313370--76313432	33	1.9	33	83	6	83	30	9	17	42	1.81
76314989--76315053	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76315310--76315350	22	1.9	21	85	14	57	51	19	14	14	1.77
76316902--76316957	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
76320015--76320170	40	3.9	40	80	7	140	37	23	21	18	1.94
76320005--76320170	41	4.1	40	79	9	151	38	22	19	18	1.93
76320317--76320370	7	7.7	7	78	0	54	24	0	25	50	1.50
76320325--76320409	21	3.9	21	75	11	89	28	1	25	44	1.61
76320336--76320425	46	2.0	46	97	0	171	30	2	25	42	1.67
76320469--76320581	7	15.7	7	69	14	52	20	0	40	38	1.53
76323107--76323156	12	4.2	12	73	14	50	34	0	24	42	1.55
76323115--76323160	23	2.0	23	87	8	67	30	0	23	45	1.53
76323158--76323186	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
76323547--76324062	23	22.4	23	76	9	432	33	5	23	37	1.78
76323526--76324062	46	11.7	46	81	6	604	33	5	23	37	1.78
76325941--76325987	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
76326484--76326556	31	2.2	34	83	11	91	52	9	1	36	1.43
76326492--76326575	39	2.2	39	79	10	93	53	9	2	34	1.46
76328069--76328207	40	3.2	40	67	26	113	12	5	39	43	1.64
76330400--76330456	18	3.2	19	72	25	61	61	7	0	31	1.23
76330400--76330497	32	3.3	31	70	16	89	59	6	3	31	1.37
76330421--76330479	24	2.5	23	86	8	82	61	5	0	33	1.18
76333566--76333615	19	2.6	19	87	6	75	34	14	2	50	1.54
76336638--76336729	46	2.0	46	89	0	139	31	9	27	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76339535--76339601	5	13.4	5	81	6	73	43	2	1	52	1.25
76339673--76339707	13	2.6	14	95	4	63	80	2	17	0	0.84
76339672--76339707	17	2.1	18	89	5	56	77	2	19	0	0.88
76339821--76339855	18	1.9	18	94	0	61	31	0	25	42	1.55
76341915--76341980	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
76341932--76342029	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
76341932--76342029	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
76342472--76342977	176	2.9	175	88	3	737	27	20	19	33	1.96
76343109--76343691	84	7.0	84	88	5	853	24	22	22	30	1.99
76343109--76343691	167	3.5	168	88	6	853	24	22	22	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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