genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  182  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59825318--59825398	41	1.9	43	85	5	112	29	24	20	24	1.99
59827714--59827784	33	2.2	33	84	5	90	36	25	15	22	1.93
59827952--59827996	22	2.0	22	82	0	54	31	24	33	11	1.90
59835598--59835718	41	2.9	42	77	4	136	32	24	19	23	1.97
59836871--59836987	40	2.9	40	97	0	216	23	18	28	29	1.98
59855229--59855273	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
59855875--59855899	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
59858444--59858523	38	2.1	38	81	9	92	20	16	28	35	1.94
59860448--59860609	43	3.8	44	75	11	149	32	26	16	25	1.96
59871864--59871933	25	2.8	25	84	0	95	22	20	21	35	1.96
59885359--59885481	43	2.8	45	84	4	137	27	18	23	30	1.98
59897446--59897523	32	2.4	33	80	18	92	30	24	14	30	1.94
59897464--59897655	105	1.9	100	84	7	260	27	24	16	32	1.96
59899001--59899027	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
59909500--59909824	48	6.8	48	79	6	329	26	19	25	28	1.99
59911740--59911770	16	1.9	16	100	0	62	38	12	25	22	1.90
59917051--59917270	48	4.6	48	74	8	189	26	20	26	26	1.99
59920615--59920825	43	4.9	43	82	6	241	27	14	24	32	1.95
59922846--59923090	48	5.2	48	77	7	241	28	24	18	27	1.98
59930452--59930575	48	2.6	48	84	0	158	28	25	19	26	1.99
59930901--59930957	30	1.9	30	85	0	78	29	29	5	35	1.79
59933317--59933384	30	2.3	30	89	0	100	38	7	23	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59936240--59936312	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
59940060--59940114	21	2.9	18	82	15	74	63	7	1	27	1.31
59940066--59940116	21	2.3	23	83	16	81	58	7	3	29	1.44
59940734--59940783	25	2.0	25	96	0	91	30	20	18	32	1.96
59947434--59947614	40	4.6	40	80	6	181	25	27	22	24	2.00
59953041--59953081	22	1.9	22	85	5	57	19	12	17	51	1.76
59953472--59953541	16	4.4	16	80	7	88	34	5	30	30	1.81
59953523--59953616	44	2.1	46	88	4	138	32	5	26	35	1.79
59954715--59955116	201	2.0	200	99	0	795	39	14	19	26	1.90
59967400--59967436	18	2.1	18	94	0	65	27	18	16	37	1.92
59972669--59972851	46	4.0	46	92	0	285	24	31	9	34	1.87
59972825--59973062	47	5.1	47	90	1	343	26	29	10	34	1.89
59972915--59972989	22	3.3	22	68	17	71	26	29	12	32	1.92
59977278--59977345	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
59977167--59977494	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	30	1.94
59977447--59977525	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
59990585--59990641	18	3.2	18	82	0	69	14	36	31	17	1.89
59994758--59994930	43	4.1	43	86	1	224	31	31	23	13	1.93
60002106--60002153	20	2.4	20	78	0	60	43	22	22	10	1.84
60006682--60007619	40	23.5	40	98	0	1765	27	27	22	22	1.99
60010695--60010735	18	2.3	18	86	0	55	46	12	0	41	1.41
60014147--60014209	31	2.0	31	84	0	81	30	12	17	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60018808--60018855	20	2.4	20	78	0	60	20	29	16	33	1.95
60021409--60021495	6	13.8	6	70	12	59	71	1	20	6	1.16
60023546--60023594	19	2.6	19	93	0	80	20	40	18	20	1.91
60023587--60023634	20	2.4	20	78	0	60	22	31	16	29	1.96
60037710--60037934	114	2.0	114	90	1	353	28	19	20	31	1.97
60042279--60042534	40	6.5	40	89	4	355	23	26	23	25	2.00
60047933--60048163	54	4.3	54	83	1	268	38	20	15	25	1.92
60047933--60048163	27	8.6	27	79	2	241	38	20	15	25	1.92
60051487--60051539	6	8.8	6	84	15	74	49	16	16	16	1.81
60051487--60051539	11	4.4	12	86	13	74	49	16	16	16	1.81
60051487--60051539	17	3.0	18	94	5	99	49	16	16	16	1.81
60051841--60052071	54	4.3	54	84	1	268	38	20	14	26	1.91
60051841--60052071	27	8.6	27	80	2	241	38	20	14	26	1.91
60053230--60053310	40	2.0	40	90	0	126	41	4	35	17	1.71
60074704--60075651	40	23.7	40	96	0	1720	26	27	22	23	2.00
60081196--60081413	40	5.5	40	87	4	284	25	28	24	22	1.99
60083786--60084004	46	4.7	46	75	14	150	30	18	28	22	1.97
60083786--60084003	93	2.4	91	79	11	214	30	18	28	22	1.98
60085030--60085070	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
60106892--60106965	29	2.6	29	84	4	87	25	29	16	28	1.97
60114323--60114435	23	4.9	23	77	14	117	36	17	21	24	1.95
60114305--60114435	68	1.9	70	84	6	178	33	19	21	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60115039--60115998	37	26.0	37	99	0	1861	24	19	16	39	1.91
60115962--60116276	52	6.2	52	80	9	375	28	22	13	34	1.93
60116012--60116282	46	5.7	46	81	10	319	28	22	14	34	1.93
60115961--60116282	98	3.3	98	94	0	545	28	22	13	34	1.93
60125949--60125994	23	2.0	23	100	0	92	26	0	34	39	1.57
60126462--60126668	53	3.8	53	75	5	184	38	15	24	21	1.92
60128290--60128566	48	5.8	48	77	9	262	27	24	19	27	1.99
60131272--60131584	46	6.8	46	91	0	430	39	14	24	21	1.91
60134490--60134519	14	2.1	14	100	0	60	16	13	13	56	1.67
60140661--60140838	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60140662--60140817	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60140658--60140838	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60140743--60140849	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
60148739--60148916	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
60148740--60148895	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
60148736--60148916	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
60155398--60155591	47	4.1	47	89	0	280	32	10	29	27	1.90
60155427--60155498	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
60155562--60155745	98	1.9	96	92	4	307	35	6	26	30	1.82
60155561--60155745	48	3.8	48	89	5	300	35	6	26	31	1.82
60155891--60155999	37	2.9	37	93	0	182	22	17	31	28	1.97
60159852--60159888	19	2.0	18	89	5	56	24	16	37	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60166127--60166158	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
60175532--60175586	29	1.9	28	88	3	83	32	27	18	21	1.96
60178658--60178710	25	2.1	25	96	0	97	39	11	13	35	1.80
60195112--60195185	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
60195511--60195636	40	3.2	40	75	8	157	26	20	27	24	1.99
60195496--60195674	80	2.2	80	100	0	358	25	22	27	24	2.00
60195535--60195666	40	3.3	40	76	8	160	27	20	28	24	1.99
60195655--60195811	40	3.9	40	88	0	224	26	22	26	24	2.00
60195496--60195779	80	3.5	80	87	3	310	25	21	27	25	2.00
60197977--60198079	43	2.4	43	96	3	190	21	14	37	26	1.92
60198061--60198134	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
60198524--60198720	40	4.9	40	87	0	277	26	22	25	24	2.00
60201208--60201359	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
60201208--60201359	55	2.8	55	89	2	234	26	14	28	30	1.95
60201208--60201359	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
60207402--60207610	102	2.0	102	91	0	337	35	11	25	27	1.90
60207678--60207744	32	2.1	32	100	0	134	40	20	14	23	1.90
60208653--60208740	42	2.1	42	97	0	167	19	43	23	13	1.87
60209586--60209846	47	5.6	47	77	10	234	22	29	19	28	1.98
60209586--60209846	140	1.9	141	83	4	348	22	29	19	28	1.98
60211758--60211838	38	2.1	38	81	4	92	34	24	17	23	1.96
60211833--60211941	41	2.7	41	84	2	148	35	29	17	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60217170--60217340	94	1.8	94	83	5	231	26	29	16	27	1.97
60226888--60226938	21	2.6	19	78	6	57	58	0	7	33	1.27
60230179--60230383	90	2.3	90	80	1	214	36	16	22	23	1.94
60233711--60233852	40	3.6	40	93	2	234	25	27	23	23	2.00
60240193--60240280	44	2.0	44	100	0	176	36	15	11	36	1.84
60241941--60242038	43	2.2	45	87	8	139	28	8	16	46	1.75
60243574--60243633	29	2.0	31	84	15	81	56	6	6	30	1.51
60252348--60252395	18	2.6	18	81	15	53	41	4	2	52	1.32
60253623--60253670	6	8.0	6	97	0	87	52	14	33	0	1.42
60254311--60254377	26	2.5	27	95	2	118	43	17	5	32	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276