genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  240  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79202811--79203045	117	2.0	117	97	0	443	20	17	12	48	1.80
79203228--79203282	28	2.0	28	85	7	76	32	9	0	58	1.30
79203384--79203674	105	2.7	105	92	2	465	33	5	4	56	1.43
79203640--79203670	14	2.3	14	94	5	55	35	0	0	64	0.94
79204976--79205004	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
79205642--79205707	31	2.1	31	85	0	87	19	10	21	48	1.79
79205772--79205856	43	1.9	45	86	9	122	24	23	18	32	1.97
79211154--79211216	23	2.7	23	79	13	76	58	1	4	34	1.29
79219421--79219457	19	1.9	19	88	0	56	0	35	0	64	0.94
79219520--79219544	13	1.9	13	100	0	50	8	48	24	20	1.76
79231659--79231915	48	5.4	48	82	2	302	28	21	29	21	1.98
79231659--79231915	96	2.7	96	90	0	388	28	21	29	21	1.98
79242734--79242806	15	5.0	15	71	5	60	26	32	16	24	1.96
79242792--79242831	13	3.0	13	81	3	53	32	32	15	20	1.93
79242646--79242860	14	15.0	14	67	14	91	30	30	16	22	1.96
79242649--79242860	29	7.4	27	79	9	156	30	30	16	22	1.96
79245274--79245326	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
79246361--79246688	163	2.0	165	93	1	570	30	24	8	36	1.85
79246974--79247057	26	3.2	26	93	0	141	35	25	4	34	1.77
79255362--79255398	19	1.9	19	94	0	65	29	18	29	21	1.97
79255737--79255767	16	1.9	16	100	0	62	19	29	32	19	1.96
79258152--79258296	6	23.8	6	74	15	129	47	13	17	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79258199--79258296	25	3.8	24	80	17	115	45	14	19	20	1.84
79258169--79258293	55	2.3	55	97	0	232	46	14	18	20	1.84
79258414--79258479	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
79258414--79258487	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
79258438--79258495	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
79258652--79258710	22	2.7	22	83	0	73	33	22	23	20	1.97
79258801--79258880	27	3.0	26	88	3	106	36	21	22	20	1.95
79259079--79259266	27	7.0	27	87	1	207	26	19	19	35	1.95
79259097--79259274	81	2.2	81	86	0	239	25	17	19	37	1.94
79259095--79259274	54	3.3	54	86	3	236	26	17	18	36	1.94
79259279--79259608	27	12.2	27	81	9	307	40	8	21	28	1.83
79259283--79259605	81	4.0	82	83	6	370	40	8	21	28	1.82
79264449--79264696	64	3.8	64	85	5	313	29	16	30	24	1.96
79271074--79271460	40	9.7	40	91	0	612	26	27	22	22	2.00
79272949--79273174	46	5.0	46	72	9	194	27	28	7	36	1.85
79272917--79273105	89	2.1	89	98	0	360	29	25	7	37	1.84
79273148--79273314	47	3.6	47	85	1	210	26	29	10	32	1.90
79273285--79273344	30	2.0	30	93	0	102	25	30	11	33	1.91
79273238--79273391	77	2.0	77	93	0	263	25	28	12	33	1.92
79273315--79273556	47	5.1	47	94	0	412	25	27	10	35	1.89
79273409--79273480	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
79273148--79273485	171	2.0	171	91	1	543	25	28	11	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79281170--79281221	23	2.3	22	83	9	68	53	7	7	30	1.57
79286731--79286817	44	2.0	43	90	2	138	35	13	17	33	1.89
79294560--79294903	40	8.6	40	91	4	511	25	21	27	26	1.99
79307283--79307544	55	4.9	54	77	6	262	22	25	16	34	1.95
79307268--79307437	53	3.2	53	84	6	252	20	26	18	34	1.96
79307268--79307544	108	2.6	108	88	0	383	22	25	16	35	1.95
79313547--79313841	55	5.5	54	79	4	303	23	24	17	34	1.96
79313547--79313841	107	2.7	107	93	1	482	23	24	17	34	1.96
79321385--79321646	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
79323670--79323971	45	6.5	44	79	13	236	27	18	30	23	1.98
79325117--79325155	21	1.9	20	84	5	51	12	35	28	23	1.91
79329794--79329832	21	1.9	20	84	5	51	12	35	28	23	1.91
79333471--79333527	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
79333469--79333534	20	3.3	20	95	0	123	36	12	19	31	1.89
79333480--79333534	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
79335906--79336167	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
79338735--79338838	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
79338735--79338860	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
79339747--79339803	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
79346760--79346808	26	2.0	24	84	8	62	65	2	2	30	1.15
79347541--79347565	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
79349257--79349282	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79350221--79350260	3	13.3	3	100	0	80	32	35	0	32	1.58
79352340--79352389	24	2.1	23	82	10	57	58	6	0	36	1.23
79354455--79354493	20	1.9	21	89	5	62	20	0	2	76	0.90
79361364--79361438	33	2.3	32	88	6	107	28	4	18	49	1.65
79362366--79362408	17	2.5	17	92	0	68	39	4	11	44	1.62
79384945--79385441	247	2.0	248	99	0	978	22	19	18	39	1.92
79397077--79397952	438	2.0	438	100	0	1752	36	14	17	31	1.90
79399877--79399910	12	2.9	11	91	8	50	23	35	29	11	1.90
79423135--79423212	39	2.0	39	92	0	129	37	12	17	32	1.88
79424057--79424101	23	2.0	23	95	0	81	35	2	13	48	1.54
79438142--79438166	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
79445055--79445107	25	2.1	25	86	6	72	20	39	0	39	1.53
79445835--79445894	11	5.5	11	80	4	68	33	0	1	65	1.03
79448867--79449051	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
79448848--79449051	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
79456833--79457000	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
79456856--79457000	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
79458774--79458800	13	2.1	13	100	0	54	22	22	14	40	1.90
79458966--79459122	46	3.4	46	86	5	219	41	12	24	21	1.88
79458966--79459142	92	1.9	92	84	2	239	41	14	24	20	1.89
79459213--79460099	444	2.0	443	100	0	1765	42	5	17	33	1.73
79461902--79461954	26	2.0	26	96	0	97	26	7	11	54	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79462659--79462822	46	3.6	46	75	9	140	26	17	24	31	1.97
79462740--79462838	45	2.2	45	83	1	117	31	18	22	28	1.97
79466848--79466896	22	2.3	22	82	10	57	36	4	24	34	1.75
79467931--79467970	16	2.4	17	83	8	55	22	17	30	30	1.97
79472084--79472213	44	2.9	44	80	3	127	43	13	20	23	1.86
79472137--79472249	44	2.5	45	85	7	142	40	14	19	25	1.89
79478744--79478903	88	1.8	86	85	2	221	35	20	11	32	1.89
79479079--79479122	20	2.1	22	84	12	58	27	9	2	61	1.38
79479090--79479217	29	4.5	27	71	16	82	28	7	2	60	1.37
79479149--79479217	27	2.5	27	85	4	84	26	7	1	65	1.27
79479177--79479226	9	5.4	9	83	11	66	22	2	2	74	1.03
79479177--79479234	9	6.1	10	78	13	61	24	1	1	72	1.03
79479202--79479257	19	2.9	19	79	12	53	30	1	1	66	1.12
79479655--79479841	99	1.9	102	85	4	263	39	15	9	35	1.80
79479919--79480006	29	3.0	29	79	11	92	62	1	3	32	1.19
79479945--79479985	20	2.0	20	90	0	64	70	0	4	24	1.06
79479990--79480029	8	4.9	8	81	6	53	67	2	2	27	1.16
79480229--79480313	36	2.4	35	84	7	100	37	0	2	60	1.10
79490289--79490326	19	2.0	19	94	0	67	31	28	10	28	1.90
79492963--79493003	17	2.4	17	100	0	82	29	19	7	43	1.78
79495804--79495861	23	2.5	23	88	0	80	37	22	17	22	1.93
79503442--79503521	23	3.5	23	91	3	126	33	22	20	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79509451--79509516	25	2.6	25	87	0	96	25	24	22	27	2.00
79519969--79519998	15	2.0	15	93	0	51	70	3	13	13	1.30
79526533--79526602	30	2.3	30	97	0	131	28	32	22	15	1.95
79531114--79531176	30	2.1	30	84	0	81	50	14	17	17	1.78
79531114--79531176	15	4.2	15	79	0	72	50	14	17	17	1.78
79532721--79532819	30	3.3	30	94	0	171	21	25	26	27	1.99
79533109--79533182	37	2.0	37	82	15	91	41	24	8	25	1.82
79533527--79533570	9	4.7	9	83	10	61	43	6	0	50	1.29
79533529--79533571	10	4.4	10	80	16	54	39	6	0	53	1.28
79539241--79539374	55	2.4	55	78	0	151	29	26	26	17	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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