genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23909167--23909305	61	2.2	61	84	14	169	35	2	0	61	1.16
23909245--23909305	20	2.9	22	79	18	58	31	4	1	62	1.26
23909448--23909499	23	2.4	21	81	15	61	36	5	0	57	1.23
23909601--23909650	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
23912948--23913069	42	2.8	42	76	15	117	22	20	24	31	1.98
23912948--23913114	43	3.9	42	73	10	151	22	19	25	32	1.97
23923502--23923583	41	2.0	40	95	2	146	35	15	25	21	1.94
23926247--23926744	249	2.0	249	90	0	782	32	20	17	29	1.95
23926963--23927027	26	2.4	27	92	2	105	52	3	21	23	1.61
23935938--23935967	13	2.3	13	94	0	51	30	33	6	30	1.83
23940233--23940352	47	2.6	44	78	11	125	29	18	29	23	1.98
23952985--23953019	17	2.1	17	94	0	61	25	8	28	37	1.85
23960749--23961590	35	24.0	35	99	0	1639	37	14	11	37	1.82
23976649--23976726	25	3.2	25	78	7	106	42	7	12	37	1.72
23976659--23976752	23	4.0	23	82	5	125	39	13	11	35	1.82
23976649--23976749	48	2.1	48	100	0	202	41	9	11	36	1.75
23982743--23982785	21	2.1	20	83	12	52	30	30	20	18	1.97
23987867--23988050	49	3.7	49	82	2	242	27	19	26	27	1.99
23987858--23988045	100	1.9	100	95	0	340	25	20	26	27	1.99
23988300--23988382	41	2.0	41	97	0	157	37	15	19	27	1.92
23989865--23989891	10	2.7	10	100	0	54	29	0	29	40	1.57
23990157--23990189	17	1.9	17	93	0	57	51	9	15	24	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23991101--23991149	6	8.0	6	79	4	53	73	0	8	18	1.07
23999303--23999340	16	2.4	16	91	4	60	81	2	0	15	0.80
24002037--24002070	17	2.0	17	88	0	50	41	0	11	47	1.40
24003870--24003900	12	2.6	12	94	0	53	25	45	19	9	1.81
24004393--24004459	31	2.2	30	94	2	116	43	5	17	31	1.73
24006528--24006598	24	3.0	24	93	0	115	36	1	36	25	1.65
24008027--24008135	27	4.0	27	82	8	123	15	22	22	38	1.92
24008027--24008135	54	2.0	54	85	3	148	15	22	22	38	1.92
24008165--24008230	33	2.0	33	93	0	114	16	25	34	22	1.95
24023121--24023180	30	2.0	30	93	0	102	10	6	16	66	1.41
24023121--24023180	15	4.0	15	84	0	84	10	6	16	66	1.41
24023816--24023898	42	2.0	41	95	0	139	30	18	27	22	1.97
24025366--24025504	49	2.8	49	83	2	170	25	20	25	28	1.99
24029116--24029140	12	2.1	12	100	0	50	8	0	32	60	1.26
24029112--24029141	15	1.9	15	93	6	51	10	0	30	60	1.30
24034491--24034548	25	2.3	25	88	8	82	36	1	0	62	1.06
24034535--24034591	17	3.3	17	85	7	71	36	3	0	59	1.14
24034491--24034563	25	2.9	24	84	10	67	38	1	0	60	1.06
24039665--24039693	12	2.4	12	100	0	58	72	0	0	27	0.85
24042824--24042933	45	2.4	45	90	0	175	25	29	17	28	1.97
24042917--24042947	14	2.2	14	100	0	62	16	48	6	29	1.70
24042872--24042992	59	2.1	59	98	0	233	24	32	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24042931--24043016	45	1.9	45	90	0	136	27	29	16	26	1.97
24042829--24043016	104	1.8	104	90	0	304	26	29	17	27	1.97
24043010--24043185	82	2.1	82	89	4	266	25	21	21	31	1.98
24043043--24043312	127	2.1	127	84	4	352	26	22	20	30	1.98
24043203--24044216	82	12.4	82	98	0	1879	25	23	21	29	1.99
24042945--24043394	209	2.2	209	98	0	864	26	23	20	29	1.99
24044066--24044296	45	5.2	46	68	17	166	28	21	17	32	1.96
24048664--24048738	36	2.1	36	94	0	132	21	21	16	41	1.90
24057005--24057063	18	3.4	17	76	21	59	33	13	15	37	1.86
24057004--24057070	35	1.9	35	84	6	91	32	14	17	34	1.91
24058854--24058988	68	2.0	68	95	0	243	31	17	6	44	1.74
24060253--24060355	51	2.0	51	96	0	188	34	19	9	35	1.85
24064976--24065028	17	3.1	17	76	15	63	30	16	20	32	1.95
24067561--24067725	43	3.9	42	77	7	138	31	25	20	23	1.98
24069481--24069533	26	2.0	26	96	0	97	47	16	7	28	1.74
24069933--24069977	18	2.6	18	85	3	56	13	35	28	22	1.92
24070446--24070483	17	2.2	17	90	0	58	39	34	0	26	1.57
24070623--24070660	19	2.0	19	100	0	76	26	21	36	15	1.93
24071963--24072079	40	2.9	40	81	5	148	30	25	17	25	1.97
24081028--24081065	16	2.2	18	86	9	53	36	10	2	50	1.51
24084426--24084454	14	2.1	14	100	0	58	27	24	13	34	1.93
24086948--24086997	23	2.2	21	82	10	55	50	14	6	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24087667--24087715	24	2.0	24	96	0	89	32	28	4	34	1.76
24088877--24089033	84	1.9	84	81	2	190	23	19	18	38	1.93
24095745--24096083	170	2.0	170	97	0	642	41	14	16	27	1.87
24096282--24096379	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
24096289--24096377	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
24096528--24096675	75	2.0	75	98	0	287	33	22	8	36	1.84
24101841--24101938	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
24101848--24101936	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
24102087--24102309	75	3.0	75	99	0	437	33	21	8	36	1.83
24103739--24103793	7	7.9	7	86	6	76	30	0	0	69	0.89
24108521--24108601	13	6.2	13	86	0	90	51	0	4	43	1.23
24108571--24108613	13	3.4	12	84	15	52	46	0	4	48	1.22
24109384--24109420	16	2.2	18	85	9	51	51	0	0	48	1.00
24110301--24110351	25	2.1	25	85	3	68	58	1	3	35	1.28
24112800--24112916	59	2.0	58	80	11	132	21	17	21	39	1.93
24114593--24114643	25	2.0	25	100	0	102	56	3	19	19	1.57
24118362--24118417	29	1.9	29	88	0	85	39	8	14	37	1.77
24125075--24125324	125	2.0	125	97	0	473	25	28	17	28	1.98
24134010--24134091	41	2.0	41	88	4	121	23	4	13	58	1.54
24145070--24145121	24	2.2	24	100	0	104	32	3	25	38	1.74
24147358--24147405	18	2.7	18	76	0	51	33	2	8	56	1.41
24151931--24151962	3	11.0	3	93	6	57	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24158213--24158237	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24164036--24164078	21	2.0	21	100	0	86	39	13	18	27	1.89
24165568--24165624	29	2.0	29	82	0	69	42	1	3	52	1.28
24171434--24171458	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
24172670--24172716	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
24175725--24175766	20	2.2	18	84	16	50	64	2	0	33	1.07
24175785--24175863	31	2.5	31	79	2	86	35	17	16	30	1.92
24179428--24179458	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
24183216--24183470	110	2.3	110	93	2	440	43	18	2	35	1.64
24185370--24185428	30	1.9	32	86	10	88	42	0	3	54	1.17
24186291--24186333	21	2.0	21	86	8	61	51	4	2	41	1.35
24193916--24193981	24	2.7	23	79	9	69	42	1	1	54	1.18
24197639--24197716	32	2.5	31	79	4	84	57	0	2	39	1.12
24198352--24198396	23	2.0	23	100	0	90	57	2	4	35	1.31
24199155--24199193	20	1.9	21	84	5	53	25	10	23	41	1.86
24212469--24212509	4	10.5	4	84	5	57	0	24	4	70	1.06
24212454--24212509	11	5.3	11	74	22	57	0	25	3	71	1.02
24214705--24214739	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24214693--24214964	144	1.9	147	94	3	487	47	2	3	46	1.34
24214849--24214883	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24215045--24215139	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
24215118--24215150	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24215131--24215173	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
24216623--24216681	31	1.9	31	89	0	91	32	5	13	49	1.64
24221357--24221412	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
24222802--24222874	31	2.5	28	74	20	76	52	1	1	45	1.18
24224048--24224092	20	2.2	20	84	4	54	28	6	2	62	1.33
24227658--24227689	6	5.3	6	92	0	55	43	37	18	0	1.51
24235068--24235148	43	1.9	42	94	2	144	44	1	3	50	1.27
24235188--24235230	12	3.5	12	76	17	52	44	0	0	55	0.99
24237358--24237400	11	3.5	13	84	12	56	0	20	0	79	0.74
24237371--24237400	12	2.5	12	94	0	51	0	23	0	76	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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