genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8469748--8469825	30	2.7	31	83	11	96	64	1	1	33	1.10
8476836--8476899	22	3.0	22	73	15	71	50	9	10	29	1.69
8477027--8477079	26	2.0	26	100	0	106	49	3	11	35	1.57
8487885--8487953	28	2.5	28	85	4	86	28	27	14	28	1.95
8494503--8494547	20	2.2	20	88	0	63	35	11	2	51	1.50
8496143--8496177	13	2.7	13	90	0	61	17	20	31	31	1.95
8500210--8500340	69	1.9	67	87	3	190	40	3	5	50	1.43
8501430--8501515	43	2.0	43	97	0	163	19	30	17	32	1.95
8506229--8506304	36	2.1	36	83	11	93	39	1	2	56	1.21
8522430--8522465	18	2.0	18	100	0	72	33	11	5	50	1.61
8524778--8524968	30	6.4	30	75	10	115	39	13	24	21	1.90
8524811--8524880	29	2.4	29	88	7	97	40	12	31	15	1.85
8524779--8524940	30	5.5	30	77	9	120	37	13	26	22	1.91
8524837--8525025	90	2.1	90	82	2	218	40	12	23	24	1.88
8527412--8527437	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
8534340--8534407	34	2.0	34	94	0	118	29	20	14	35	1.93
8540458--8540496	18	2.1	18	85	4	51	58	12	2	25	1.47
8540696--8540759	33	1.9	33	93	0	110	57	14	4	23	1.55
8545412--8545518	53	2.0	53	85	0	142	22	22	17	37	1.94
8551368--8551435	34	2.0	34	83	11	86	32	23	23	20	1.98
8553193--8553399	47	4.2	48	79	7	177	27	15	28	29	1.96
8561262--8561384	40	3.1	39	88	2	174	41	11	18	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8563149--8563290	43	3.3	43	78	9	148	28	19	23	28	1.99
8571168--8571245	28	2.8	28	92	0	129	8	30	19	41	1.82
8571548--8571926	44	8.7	44	64	9	157	21	24	20	34	1.96
8571544--8571928	87	4.4	87	84	3	522	21	24	20	34	1.97
8571544--8571928	176	2.2	174	86	2	522	21	24	20	34	1.97
8584181--8584251	23	3.1	23	77	4	72	66	7	5	21	1.37
8584479--8584597	44	2.7	44	82	10	120	57	1	9	31	1.40
8584425--8584596	3	56.7	3	73	14	113	59	1	7	31	1.36
8584726--8584770	23	1.9	23	86	4	63	62	0	8	28	1.25
8585368--8585423	30	1.9	29	82	7	69	37	21	0	41	1.53
8590263--8590306	21	2.1	21	100	0	88	59	18	0	22	1.38
8593557--8593674	32	3.8	32	82	5	98	44	3	2	50	1.32
8593576--8593687	32	3.5	31	82	2	125	40	3	2	53	1.32
8594193--8594253	23	2.7	21	72	20	52	60	6	1	31	1.32
8603877--8603901	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
8604838--8604868	16	2.0	16	93	6	55	51	3	25	19	1.62
8605031--8605134	51	2.0	51	98	0	199	39	7	14	38	1.75
8605370--8605399	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
8611492--8611598	49	2.2	48	78	8	117	50	11	9	28	1.69
8611652--8611718	32	2.1	32	94	0	116	49	14	8	26	1.73
8619491--8619545	29	1.9	28	89	10	85	27	9	5	58	1.51
8623258--8623293	17	2.3	15	90	9	54	22	0	2	75	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8624085--8624137	18	2.9	18	83	10	65	16	28	37	16	1.91
8625736--8626221	131	3.7	129	74	7	397	34	17	19	27	1.94
8629441--8629641	45	4.5	44	69	7	129	28	25	17	27	1.98
8629627--8629774	44	3.4	44	66	5	129	33	22	17	26	1.96
8629619--8629813	87	2.2	87	100	0	390	30	23	18	28	1.98
8629225--8629728	132	3.8	132	91	0	819	27	24	19	28	1.98
8629487--8630090	219	2.8	219	95	0	1073	30	24	18	27	1.98
8629227--8629863	264	2.4	263	81	4	645	28	24	18	27	1.98
8629706--8629946	132	1.8	132	98	0	464	30	24	17	27	1.97
8629838--8630036	87	2.3	87	97	0	373	32	23	17	26	1.97
8637117--8637191	37	2.0	37	89	0	114	18	36	9	36	1.83
8641637--8642116	129	3.7	128	75	7	385	35	17	19	27	1.95
8646166--8646233	35	1.9	35	82	5	84	22	22	25	30	1.99
8648991--8649049	24	2.7	21	74	20	66	64	0	3	32	1.10
8649590--8649695	34	3.2	34	74	14	103	53	1	0	43	1.18
8649672--8649836	57	2.8	58	80	9	174	46	1	0	52	1.13
8649919--8650006	44	2.0	46	84	13	121	37	18	4	39	1.71
8654778--8654816	15	2.6	15	95	0	69	74	10	7	7	1.22
8655386--8655434	19	2.5	19	78	21	57	36	0	10	53	1.35
8655397--8655434	20	2.0	20	85	15	53	34	0	13	52	1.40
8659125--8659208	26	3.2	26	93	0	141	32	4	26	36	1.77
8664101--8664126	13	2.0	13	100	0	52	7	23	38	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8665723--8666555	42	19.8	42	99	0	1639	23	26	21	28	1.99
8666518--8666660	43	3.3	43	83	5	157	34	25	13	26	1.94
8669239--8669281	20	2.2	20	100	0	86	53	0	0	46	1.00
8672196--8672276	39	2.1	39	97	0	153	44	13	13	28	1.82
8672546--8672596	15	3.5	15	72	5	50	47	27	1	23	1.63
8672833--8673000	81	2.1	82	83	5	207	20	21	20	37	1.94
8672833--8673000	41	4.1	40	83	4	185	20	21	20	37	1.94
8673024--8673049	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
8673468--8673542	39	1.9	40	83	5	100	29	4	9	57	1.48
8673873--8674215	125	2.7	124	89	4	503	41	17	10	30	1.84
8675239--8675274	18	2.0	18	94	0	63	27	16	41	13	1.87
8678435--8678459	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
8681997--8682044	21	2.2	21	77	3	51	60	12	8	18	1.57
8684586--8684632	6	7.8	6	90	0	67	0	27	48	23	1.51
8684578--8684618	18	2.3	18	91	0	64	2	24	46	26	1.65
8684586--8684630	18	2.5	18	96	0	81	0	26	48	24	1.51
8687053--8687168	33	3.5	33	77	4	135	26	19	18	34	1.96
8691645--8691949	101	3.0	101	99	0	601	38	9	14	37	1.79
8694313--8694359	20	2.3	20	96	3	85	27	19	10	42	1.84
8695622--8695975	174	2.0	175	93	3	608	35	15	13	34	1.88
8702112--8702163	11	4.7	11	76	6	52	21	3	1	73	1.10
8702650--8702817	88	1.9	87	84	3	221	27	5	14	51	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8705474--8705695	46	4.8	48	75	11	212	21	18	29	30	1.97
8705474--8705687	93	2.3	93	100	0	428	21	19	29	29	1.97
8705473--8705633	47	3.4	47	76	11	195	21	18	29	29	1.97
8705894--8705921	12	2.3	12	100	0	56	7	14	32	46	1.71
8705927--8706014	39	2.2	40	87	2	124	35	22	20	21	1.96
8705927--8706044	40	3.0	40	78	8	109	31	22	19	27	1.98
8706612--8706653	7	5.9	7	83	5	57	23	0	33	42	1.55
8706604--8706646	22	2.0	22	90	0	68	23	0	32	44	1.54
8706627--8706757	57	2.3	57	78	3	140	22	0	35	41	1.59
8715514--8715663	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
8715538--8715721	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
8720292--8720334	21	2.0	21	100	0	86	44	13	4	37	1.65
8720518--8720568	24	2.1	24	100	0	102	41	13	23	21	1.89
8722980--8723061	33	2.5	33	95	0	146	28	19	21	30	1.98
8722980--8723079	33	3.0	33	85	8	132	28	19	22	31	1.97
8733576--8733660	42	2.0	42	100	0	170	35	7	12	44	1.70
8734701--8734740	21	1.9	21	94	0	71	27	10	17	45	1.80
8736670--8736870	42	4.8	42	78	2	188	30	25	14	29	1.95
8736795--8736886	42	2.2	42	90	0	139	36	25	8	29	1.86
8749631--8749802	40	4.3	40	87	2	204	26	27	20	25	1.99
8758335--8758440	43	2.4	43	75	4	106	33	27	16	22	1.96
8765385--8765429	22	2.0	22	95	0	81	31	13	28	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8766140--8766280	35	4.0	36	82	0	169	31	7	19	41	1.80
8766121--8766282	71	2.3	70	83	5	200	30	8	19	41	1.81
8780025--8780088	15	4.3	15	85	0	83	53	18	15	12	1.73
8783697--8783800	52	2.0	52	84	3	138	28	28	17	25	1.97
8783776--8783881	43	2.4	44	76	1	106	30	31	18	19	1.96
8788393--8788499	29	3.7	29	75	8	94	25	32	14	27	1.95
8788718--8788747	16	1.9	15	93	6	51	10	20	16	53	1.71
8788713--8788759	24	2.0	24	95	0	85	10	21	19	48	1.78
8793827--8794009	79	2.3	81	82	7	214	25	27	22	24	2.00
8793825--8794009	40	4.7	40	80	9	200	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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