genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6175223--6175392	81	2.1	80	77	8	175	28	15	18	37	1.92
6175378--6175499	26	4.6	26	78	12	124	30	10	20	38	1.87
6181534--6181572	21	1.9	20	84	5	51	10	33	30	25	1.89
6183123--6183237	27	4.3	27	82	0	149	27	19	18	34	1.95
6183222--6183398	27	6.6	27	75	8	123	29	10	20	38	1.87
6183137--6183264	54	2.4	54	81	2	141	28	16	19	35	1.94
6183122--6183291	81	2.1	80	77	8	175	28	15	18	37	1.92
6183277--6183398	26	4.6	26	78	12	124	30	10	20	38	1.87
6189787--6189938	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
6189787--6189938	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
6197869--6198036	40	4.2	40	89	0	221	26	28	20	24	1.99
6197870--6198082	40	5.3	40	85	3	180	27	27	19	25	1.99
6205772--6206036	40	6.7	40	85	6	261	26	28	20	24	1.99
6208959--6208991	12	2.8	12	100	0	66	24	9	15	51	1.72
6217371--6217869	46	10.8	46	68	11	211	22	28	17	30	1.97
6217375--6217820	138	3.2	138	84	1	597	22	28	17	30	1.97
6226131--6226231	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
6228391--6228506	46	2.5	43	82	14	128	23	31	16	29	1.96
6229551--6229583	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
6232496--6232553	6	10.3	6	83	10	70	81	0	1	17	0.78
6232476--6232553	12	6.8	11	75	18	63	76	0	2	20	0.90
6238653--6238706	27	2.0	27	100	0	108	40	11	11	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6244886--6245148	40	6.6	40	88	3	316	26	27	20	24	1.99
6245080--6245157	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
6252875--6253098	40	5.6	40	86	8	296	25	28	21	24	1.99
6252836--6253098	80	3.3	80	84	7	304	25	28	22	24	2.00
6258338--6258391	26	2.1	26	100	0	108	42	18	7	31	1.78
6266012--6266118	39	2.7	39	91	0	178	25	23	21	29	1.99
6273737--6273777	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
6274549--6274586	18	2.2	18	90	4	60	36	15	2	44	1.61
6275775--6275819	23	2.0	23	100	0	90	6	13	26	53	1.64
6280883--6280952	30	2.3	30	95	0	122	44	15	15	24	1.86
6297750--6297971	67	3.4	64	76	9	205	32	15	28	23	1.95
6299179--6299400	47	4.8	47	79	9	208	24	29	17	29	1.97
6299316--6299441	47	2.7	46	80	9	148	25	26	18	30	1.98
6299180--6299435	140	1.8	140	84	6	349	25	28	17	28	1.98
6301339--6301368	15	2.0	15	100	0	60	33	20	0	46	1.51
6302604--6302664	23	2.7	23	89	0	86	37	18	14	29	1.90
6303198--6303293	45	2.1	45	96	0	174	41	20	5	32	1.75
6309201--6309238	19	2.0	19	89	0	58	34	13	18	34	1.89
6317462--6317507	24	1.9	24	86	8	67	30	2	4	63	1.26
6317987--6318081	43	2.2	43	100	0	190	35	14	20	29	1.92
6325495--6325636	40	3.6	40	93	2	234	26	26	23	23	2.00
6326363--6326999	319	2.0	319	99	0	1265	35	22	10	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6334713--6334816	40	2.6	40	92	4	167	25	25	24	24	2.00
6337399--6337599	100	2.0	100	100	0	402	34	11	22	30	1.90
6357391--6357575	40	4.7	40	81	5	187	25	28	21	24	1.99
6357507--6357584	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
6361059--6361137	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
6361258--6361642	49	8.0	49	88	4	577	28	31	9	31	1.88
6361256--6361645	96	4.0	97	89	4	576	27	31	9	31	1.88
6361259--6361642	145	2.6	145	92	0	624	28	31	9	30	1.88
6366083--6366115	9	3.8	9	92	8	59	9	6	0	84	0.76
6366083--6366115	17	1.9	17	100	0	66	9	6	0	84	0.76
6366131--6366204	36	2.0	36	85	12	98	21	5	4	68	1.26
6366158--6366205	18	2.7	17	75	9	51	27	4	2	66	1.21
6366221--6366280	21	2.7	22	82	10	61	41	0	1	56	1.09
6366221--6366280	23	2.7	23	82	10	63	41	0	1	56	1.09
6366539--6366579	18	2.4	16	88	12	55	63	0	0	36	0.95
6366547--6366603	21	2.6	22	81	10	64	59	0	0	40	0.97
6366569--6366607	21	1.9	21	94	5	71	48	0	0	51	1.00
6366943--6366986	21	2.1	21	84	16	56	36	2	0	61	1.09
6367086--6367124	18	2.2	18	90	0	60	61	0	0	38	0.96
6371563--6371622	30	2.0	30	96	0	111	26	28	20	25	1.99
6376227--6376397	59	2.9	58	76	2	180	29	19	12	38	1.88
6376907--6376945	14	2.9	13	81	7	51	23	5	0	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6391127--6391221	49	1.9	49	97	0	181	32	8	27	31	1.86
6391136--6391301	80	2.1	80	95	0	305	31	9	29	28	1.89
6391186--6391252	31	2.2	31	100	0	134	28	11	32	26	1.92
6391217--6391399	47	3.9	47	96	1	312	32	8	28	29	1.87
6394858--6394973	46	2.6	44	79	6	117	25	28	17	28	1.97
6398877--6398909	6	5.5	6	92	0	57	57	0	27	15	1.38
6399059--6399117	25	2.3	26	85	2	75	45	6	15	32	1.72
6400935--6400971	18	2.1	18	94	0	65	59	0	18	21	1.38
6413231--6413277	18	2.6	18	83	10	51	55	6	17	21	1.64
6417350--6417498	40	3.7	40	78	8	133	32	24	19	23	1.97
6417366--6417493	42	3.1	42	78	4	143	34	23	17	24	1.96
6418623--6418771	40	3.7	40	78	8	133	32	24	19	23	1.97
6418639--6418766	42	3.1	42	78	4	143	34	23	17	24	1.96
6432864--6432966	37	2.8	37	93	0	170	26	32	18	23	1.97
6433139--6433408	48	5.6	48	95	0	468	30	27	8	34	1.86
6436487--6436657	93	1.8	93	94	0	306	29	29	20	21	1.98
6436479--6436654	46	3.8	46	77	12	207	30	28	19	21	1.98
6441691--6441769	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
6441888--6442128	47	5.1	47	90	3	358	27	30	9	31	1.89
6445788--6445837	26	1.9	26	91	0	82	26	28	16	30	1.96
6448259--6448429	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
6448251--6448426	46	3.8	46	77	12	207	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6451498--6451627	29	4.6	29	76	6	122	33	30	15	20	1.94
6451633--6451829	40	4.9	40	90	1	290	25	29	22	21	1.99
6453104--6453203	37	2.7	37	95	0	173	24	32	19	25	1.98
6453379--6453742	48	7.6	48	94	1	597	30	27	7	34	1.85
6456393--6456445	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
6456566--6456624	27	2.2	27	93	0	100	11	33	22	32	1.90
6457954--6458009	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
6465865--6465992	42	3.0	43	82	6	143	28	28	17	24	1.98
6465822--6465985	86	1.9	85	82	3	204	27	28	20	23	1.99
6468083--6468251	27	6.2	27	83	4	196	27	15	26	30	1.96
6468084--6468239	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
6475153--6475243	48	1.9	47	88	2	137	18	15	26	39	1.90
6479820--6479853	17	2.0	17	94	0	59	44	5	20	29	1.75
6482398--6482643	49	4.9	50	80	2	253	25	18	26	29	1.98
6486098--6486149	20	2.6	20	81	0	68	17	30	32	19	1.95
6487295--6487469	90	1.9	90	81	2	208	32	25	14	28	1.94
6503237--6503324	42	2.1	42	80	4	97	29	25	14	30	1.95
6506240--6506295	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
6506229--6506295	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
6506346--6506486	23	6.1	23	94	3	248	26	20	21	30	1.98
6506346--6506507	23	6.9	23	90	6	183	26	21	22	29	1.99
6506701--6506764	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6522261--6523207	47	20.1	47	97	0	1741	29	12	31	25	1.93
6523181--6523271	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
6523418--6523526	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
6524804--6525075	40	6.8	40	90	0	409	22	21	29	26	1.99
6527262--6527361	51	2.0	51	97	0	191	23	23	26	28	1.99
6528231--6528440	47	4.4	47	88	4	296	33	9	30	26	1.87
6528231--6528440	96	2.2	94	84	4	296	33	9	30	26	1.87
6535716--6535759	20	2.3	19	85	11	63	47	15	2	34	1.58
6535867--6535892	7	3.7	7	100	0	52	61	0	11	26	1.30
6540399--6540677	144	2.0	141	88	8	415	28	14	3	53	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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