genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9508559--9508815	46	5.5	46	66	13	150	23	18	28	29	1.98
9508552--9508816	93	2.8	93	86	1	370	23	19	27	29	1.98
9508552--9508769	46	4.7	47	70	16	159	23	17	28	29	1.97
9530254--9530510	55	4.8	55	78	8	241	35	17	25	21	1.95
9530264--9530461	108	1.8	110	87	4	303	34	17	25	22	1.95
9530700--9530730	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
9537240--9537326	44	2.0	44	97	0	165	37	10	27	24	1.88
9537357--9537833	55	8.8	54	77	7	420	36	17	24	21	1.95
9537367--9537784	110	3.8	110	96	1	743	35	17	24	22	1.95
9570422--9570512	40	2.3	40	77	9	96	28	24	15	31	1.95
9577105--9577161	26	2.2	26	100	0	114	26	8	10	54	1.63
9579031--9579102	28	2.6	28	90	0	108	29	29	12	29	1.93
9582934--9583012	40	2.0	40	90	2	124	34	25	21	18	1.96
9586384--9586652	46	5.8	46	72	14	239	21	16	29	33	1.95
9586436--9586598	47	3.5	47	73	14	183	21	15	29	33	1.94
9586380--9586636	93	2.8	93	97	0	478	21	15	29	32	1.95
9587725--9587773	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
9590333--9590594	39	6.7	38	90	3	380	29	30	21	18	1.97
9590667--9590739	28	2.6	28	84	0	101	30	21	9	38	1.86
9591726--9591803	27	2.8	27	75	13	77	34	0	5	60	1.19
9592869--9593005	51	2.7	51	75	0	157	39	6	14	39	1.72
9595891--9596027	51	2.7	51	74	0	148	39	7	14	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9596659--9596716	12	4.9	11	74	15	53	3	15	1	79	0.95
9596660--9596705	22	2.1	22	84	8	58	4	17	0	78	0.91
9597802--9597842	22	1.9	21	85	5	55	26	12	46	14	1.80
9597880--9597925	20	2.3	21	75	14	53	23	17	30	28	1.97
9597918--9598054	60	2.3	59	85	8	170	28	20	25	25	1.99
9600731--9600767	18	2.0	19	89	5	58	35	5	8	51	1.55
9600766--9600809	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
9602082--9602124	15	3.0	14	83	12	52	4	20	2	72	1.14
9603526--9603571	20	2.3	21	75	14	53	23	17	30	28	1.97
9605909--9606720	46	17.7	46	100	0	1624	21	19	28	30	1.98
9608533--9608622	45	2.0	45	97	0	171	47	4	12	35	1.61
9609786--9609853	15	4.5	15	79	0	73	13	17	11	57	1.65
9609777--9609853	30	2.6	30	77	8	84	12	16	14	55	1.69
9621972--9622724	378	2.0	378	96	0	1382	26	21	18	33	1.96
9623556--9623733	27	6.6	27	81	5	189	30	28	14	26	1.95
9623576--9623732	82	1.9	81	88	3	235	30	28	14	26	1.95
9625501--9625525	13	1.9	13	100	0	50	12	32	8	48	1.69
9625548--9625577	14	2.1	15	93	6	53	6	33	6	53	1.53
9630228--9630270	12	3.8	11	82	14	52	58	27	0	13	1.37
9630228--9630271	24	1.9	22	90	9	70	59	27	0	13	1.35
9631000--9631103	43	2.4	43	79	6	104	33	20	17	28	1.95
9663957--9664039	29	2.9	29	94	1	141	31	22	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9666168--9666220	10	5.3	10	82	8	63	24	0	1	73	0.93
9666174--9666221	15	3.2	16	85	14	75	27	0	0	72	0.84
9666168--9666220	25	2.1	25	85	0	70	24	0	1	73	0.93
9666178--9666220	5	8.6	5	82	10	52	25	0	0	74	0.82
9676906--9677041	26	5.3	26	85	3	181	25	22	22	28	1.99
9676906--9677041	52	2.7	51	90	5	215	25	22	22	28	1.99
9677091--9677157	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
9677870--9677921	27	1.9	27	84	7	70	23	25	21	30	1.99
9677983--9678090	27	3.9	27	77	13	94	30	8	19	41	1.81
9677960--9678203	54	4.5	54	75	10	165	29	9	20	40	1.84
9678046--9678221	27	6.5	27	83	6	207	27	8	22	42	1.82
9678071--9678256	54	3.5	53	79	8	182	27	11	20	39	1.87
9678070--9678265	81	2.4	80	79	8	209	27	11	21	38	1.89
9678255--9678452	81	2.4	81	89	1	290	38	8	24	28	1.84
9678255--9678452	27	7.3	27	85	4	238	38	8	24	28	1.84
9689329--9689393	34	1.9	34	87	0	94	32	21	23	23	1.98
9701098--9701250	43	3.6	43	80	7	184	30	27	16	25	1.97
9703916--9703945	14	2.1	14	93	0	51	50	10	0	40	1.36
9704420--9704517	28	3.5	28	94	1	162	26	13	28	31	1.94
9704420--9704530	28	4.0	27	89	3	125	28	12	26	32	1.93
9712290--9712349	27	2.3	26	82	2	66	36	18	23	21	1.95
9712967--9713020	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9713021--9713162	27	5.3	27	80	3	151	24	18	19	37	1.94
9713022--9713166	54	2.7	54	84	4	193	24	19	18	37	1.94
9714167--9714212	22	2.1	22	84	11	60	54	13	2	30	1.50
9717094--9717221	27	4.7	27	89	3	186	36	17	20	25	1.94
9718048--9718111	27	2.4	27	84	5	87	32	18	21	26	1.97
9718111--9718164	26	2.0	26	86	10	74	22	24	18	35	1.96
9718760--9718811	27	2.0	26	84	3	68	17	26	19	36	1.94
9718857--9718916	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
9719637--9719717	27	3.0	27	77	0	90	33	17	20	28	1.95
9719858--9719943	27	3.2	27	75	8	70	22	22	18	37	1.94
9719936--9719988	26	2.1	25	85	3	70	20	15	22	41	1.89
9723593--9723751	42	3.8	42	85	4	207	21	20	24	33	1.97
9723597--9723778	83	2.2	83	85	5	244	21	19	24	34	1.96
9726494--9726576	32	2.6	32	84	3	96	21	27	34	15	1.94
9732900--9732974	28	2.7	29	81	4	82	33	17	26	22	1.96
9735663--9735802	50	2.8	50	83	5	169	30	19	30	20	1.97
9735765--9735925	43	3.6	45	78	7	136	26	15	26	31	1.96
9740505--9740537	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
9741589--9741652	28	2.3	28	91	0	101	32	28	7	31	1.85
9741760--9741849	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
9741770--9741860	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
9744224--9744371	27	5.5	27	83	6	183	23	16	20	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9744205--9744368	54	3.0	54	83	1	204	23	17	19	39	1.92
9744278--9744623	27	12.9	27	82	4	312	29	10	19	39	1.86
9750328--9750366	17	2.3	17	100	0	78	15	25	43	15	1.86
9756814--9756839	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
9757321--9757498	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	30	1.95
9757322--9757477	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
9769317--9769405	40	2.2	38	79	13	97	29	22	22	25	1.99
9769336--9769451	40	2.9	40	85	2	162	28	23	20	27	1.99
9769728--9769769	21	2.0	21	90	0	66	19	0	33	47	1.49
9769955--9770000	21	2.2	21	88	0	65	19	4	32	43	1.71
9770435--9770522	7	10.9	8	79	13	67	59	3	1	36	1.22
9770462--9770534	7	10.0	7	84	8	83	56	1	0	42	1.08
9770635--9770750	41	2.8	41	82	2	144	37	12	21	28	1.89
9774778--9775039	86	3.1	85	81	7	273	25	14	29	30	1.95
9774778--9775039	43	6.1	43	77	3	215	25	14	29	30	1.95
9777404--9777439	18	1.9	19	88	5	56	22	2	8	66	1.31
9779151--9779309	27	5.9	27	82	10	182	34	20	24	20	1.96
9779151--9779309	81	2.0	80	83	6	205	34	20	24	20	1.96
9779151--9779312	54	3.0	54	90	2	238	34	20	24	19	1.96
9779699--9779728	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
9780907--9781013	26	4.2	26	93	1	189	36	26	6	30	1.82
9786212--9786355	48	3.0	48	79	6	150	34	29	14	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9788913--9788980	28	2.4	28	92	0	109	33	10	26	29	1.89
9789004--9789253	51	4.9	51	91	1	367	31	14	22	31	1.94
9806608--9806780	93	1.9	93	88	2	267	30	28	19	22	1.98
9806603--9806776	46	3.8	46	74	14	160	31	27	18	22	1.97
9811899--9811961	31	2.0	31	96	0	117	33	23	15	26	1.95
9814830--9814915	42	2.0	42	93	0	145	40	19	11	27	1.86
9815062--9815184	26	4.8	26	91	1	187	27	23	22	26	2.00
9815062--9815184	52	2.4	51	95	2	221	27	23	22	26	2.00
9815234--9815290	20	2.8	20	91	0	96	31	19	12	36	1.89
9815234--9815289	11	5.5	11	75	16	66	30	19	12	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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