Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  82  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25260461--25260647
40
4.7
40
91
0
275
32
27
20
19
1.97
25266479--25266552
37
2.0
37
91
0
121
32
25
13
28
1.94
25268208--25268472
40
6.6
40
94
0
440
32
29
21
16
1.96
25286346--25286492
47
3.2
44
77
11
111
28
25
14
31
1.94
25286372--25286544
47
3.7
47
88
1
204
28
24
15
30
1.96
25286373--25286544
94
1.8
94
86
2
247
29
25
15
30
1.96
25286548--25286576
7
4.1
7
100
0
58
13
27
13
44
1.82
25286575--25286783
31
6.7
31
91
0
310
26
26
19
28
1.99
25286761--25286937
50
3.5
50
88
2
257
26
21
16
35
1.94
25289279--25289307
8
3.6
8
100
0
58
13
0
0
86
0.58
25291159--25291187
8
3.6
8
100
0
58
13
0
0
86
0.58
25292981--25293191
31
6.8
31
88
0
296
25
26
19
28
1.99
25293167--25293393
50
4.5
50
89
0
337
25
22
15
36
1.93
25305555--25305636
20
4.3
18
76
15
76
31
4
2
60
1.30
25305565--25305623
9
6.3
9
71
21
50
32
5
1
61
1.28
25305548--25305633
38
2.3
37
80
5
111
29
4
2
63
1.26
25306601--25306694
9
9.5
10
73
14
63
62
1
2
34
1.14
25306620--25306652
17
1.9
17
93
0
57
72
0
0
27
0.85
25306621--25306660
17
2.3
17
86
4
53
72
0
2
25
0.97
25306622--25306705
21
4.2
21
72
15
65
65
0
2
32
1.05
25307072--25307108
18
1.9
19
89
10
58
54
2
8
35
1.44
25307174--25307264
46
2.1
42
86
12
121
50
12
2
35
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25317054--25317094
19
2.2
19
86
0
55
31
0
7
60
1.24
25318510--25318566
28
2.0
28
96
0
105
22
17
19
40
1.91
25319346--25319417
24
3.0
23
70
24
58
20
23
18
37
1.94
25321812--25321836
7
3.6
7
100
0
50
44
0
28
28
1.55
25323423--25323786
120
3.0
122
97
1
705
35
15
5
42
1.71
25325777--25325902
66
1.9
66
85
0
171
20
26
25
26
1.99
25325985--25326065
40
2.0
40
95
0
144
24
16
13
45
1.83
25330378--25330455
33
2.4
33
86
4
104
20
17
17
43
1.88
25330881--25331012
43
3.1
42
80
8
151
31
24
13
30
1.94
25331747--25331839
48
1.9
48
100
0
186
32
26
17
23
1.96
25350576--25350610
15
2.3
15
90
0
52
51
0
31
17
1.45
25355332--25355366
3
11.7
3
100
0
70
65
0
34
0
0.93
25355479--25355513
3
11.7
3
100
0
70
0
31
0
68
0.90
25355932--25355961
14
2.1
15
93
6
53
0
16
13
70
1.18
25357891--25357917
12
2.2
12
100
0
54
37
11
7
44
1.68
25360452--25360574
62
2.0
62
96
0
228
41
17
12
28
1.86
25362255--25362296
19
2.3
18
80
8
50
50
0
0
50
1.00
25362504--25362611
54
2.0
54
98
0
207
50
12
18
19
1.78
25364744--25364774
13
2.4
13
94
0
53
58
0
3
38
1.15
25365198--25365241
21
2.0
22
86
4
63
22
2
6
68
1.25
25369006--25369045
19
2.1
19
85
4
53
37
2
2
57
1.26
25369416--25369444
14
2.1
14
93
6
51
55
0
0
44
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25369651--25369698
22
2.2
22
85
7
62
54
2
0
43
1.12
25370343--25370383
21
2.0
21
85
9
57
31
4
0
63
1.15
25371276--25371310
16
2.2
16
94
0
61
40
17
8
34
1.80
25372101--25372158
30
1.9
30
96
0
107
43
22
3
31
1.70
25372346--25372434
40
2.1
40
79
8
97
53
7
5
32
1.53
25384271--25384330
31
1.9
31
100
0
120
18
18
6
56
1.62
25384758--25384811
27
1.9
28
82
14
67
29
3
18
48
1.65
25384983--25385029
15
3.1
15
76
14
51
61
2
2
34
1.20
25394465--25394585
45
2.7
45
92
0
197
14
8
54
22
1.67
25397369--25397416
19
2.7
17
84
12
53
79
14
6
0
0.92
25397351--25397413
29
2.1
29
82
2
72
80
11
6
1
0.95
25405712--25405807
48
2.0
48
100
0
192
43
16
8
31
1.78
25408484--25408509
9
2.9
9
100
0
52
19
0
23
57
1.40
25416637--25416675
17
2.2
19
86
9
55
53
2
5
38
1.37
25416736--25416794
19
3.4
18
75
13
61
23
0
1
74
0.91
25429300--25429433
39
3.4
39
88
2
153
26
29
22
20
1.99
25429331--25429440
39
2.8
39
94
0
184
27
30
21
20
1.98
25437539--25437585
21
2.2
22
92
3
78
21
38
19
21
1.94
25453583--25453641
29
2.0
29
93
0
100
49
5
8
37
1.55
25455582--25455682
46
2.1
49
83
8
129
29
25
13
30
1.94
25455711--25455859
31
4.8
31
87
0
208
26
26
18
27
1.98
25455835--25455963
50
2.5
51
89
2
197
27
20
16
35
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25459394--25459418
8
3.1
8
100
0
50
0
0
24
76
0.80
25461826--25461869
20
2.2
21
80
12
56
27
11
27
34
1.91
25469777--25469906
69
1.9
68
95
1
233
31
10
13
45
1.76
25470184--25470221
15
2.5
15
95
4
67
34
0
13
52
1.40
25472308--25472371
20
3.2
19
73
8
56
46
0
3
50
1.17
25473184--25473242
19
2.9
20
80
14
59
28
8
10
52
1.64
25475218--25475257
20
2.0
20
85
4
55
45
10
0
45
1.37
25475245--25475285
18
2.4
17
80
8
55
43
4
2
48
1.37
25475357--25475390
8
4.1
8
88
3
50
32
0
0
67
0.91
25480660--25480704
19
2.4
20
85
14
69
77
6
0
15
0.96
25486299--25486363
32
2.0
32
96
0
121
20
41
6
32
1.77
25488574--25488617
22
2.0
22
100
0
88
31
27
13
27
1.94
25489518--25489573
21
2.7
21
91
0
94
28
8
33
28
1.87
25489704--25489971
143
1.9
141
80
10
312
49
4
4
42
1.42
25491235--25491285
26
2.0
26
84
7
68
52
0
0
47
1.00
25492801--25492906
44
2.4
45
84
6
126
34
14
21
29
1.93
25500179--25500293
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
25500179--25500312
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
25504594--25504664
34
2.1
34
97
0
133
21
26
19
32
1.97
25505180--25505241
13
4.8
13
71
11
56
41
20
0
37
1.53
25506207--25506363
59
2.7
58
87
2
224
20
19
24
35
1.96
25506285--25507850
780
2.0
780
99
0
3105
29
17
17
34
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25509685--25509725
13
3.4
13
80
12
52
53
0
0
46
1.00
25520867--25520894
10
2.8
10
100
0
56
28
0
0
71
0.86
25524603--25524628
11
2.4
11
100
0
52
15
0
0
84
0.62
25525331--25525357
14
1.9
14
100
0
54
40
14
14
29
1.86
25529787--25529829
20
2.1
21
86
4
61
44
2
0
53
1.13
25530184--25530225
20
2.2
20
91
4
68
23
7
0
69
1.13
25537961--25537986
6
4.3
6
100
0
52
80
0
0
19
0.71
25538685--25538731
17
2.7
18
83
6
53
59
2
4
34
1.29
25543881--25543922
19
2.1
21
86
8
61
50
0
0
50
1.00
25544591--25544655
29
2.2
29
86
8
87
52
0
0
47
1.00
25544591--25544670
30
2.7
30
79
9
85
53
1
0
45
1.08
25550345--25550398
18
3.0
18
83
0
72
3
48
0
48
1.19
25550348--25550397
6
8.3
6
79
0
55
2
50
0
48
1.12
25550345--25550394
9
5.6
9
80
0
64
2
48
0
50
1.12
25556711--25556740
13
2.3
13
100
0
60
46
6
0
46
1.29
25560302--25560339
19
2.0
19
100
0
76
10
26
15
47
1.78
25564408--25564432
13
1.9
13
100
0
50
12
24
32
32
1.91
25564857--25565166
157
2.0
157
96
0
566
47
4
3
44
1.40
25565026--25565060
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
25565296--25565347
16
3.2
16
97
0
95
38
34
0
26
1.57
25567095--25567747
132
5.0
132
78
5
588
27
18
18
35
1.95
25571036--25571076
20
2.0
20
85
9
55
56
4
4
34
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25571112--25571160
10
5.3
10
76
16
52
63
2
6
28
1.30
25571426--25571474
21
2.4
21
75
3
55
67
4
2
26
1.19
25571888--25571924
7
5.1
7
96
3
65
0
59
0
40
0.97
25575240--25575282
20
2.2
20
87
8
61
51
13
9
25
1.71
25579674--25579700
12
2.2
12
100
0
54
14
7
25
51
1.68
25582016--25582054
20
2.0
20
85
10
53
58
0
0
41
0.98
25582077--25582118
15
2.9
15
83
16
52
42
2
0
54
1.13
25583260--25583293
14
2.3
15
90
5
52
55
0
2
41
1.15
25589437--25589466
8
3.9
8
95
4
53
13
13
0
73
1.10
25605103--25605132
4
7.2
4
92
7
51
46
30
0
23
1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276