genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  96  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30209306--30209355	20	2.7	19	80	20	61	52	2	2	44	1.24
30209312--30209359	25	1.9	25	83	8	62	52	2	2	43	1.24
30209259--30209414	68	2.2	70	76	10	160	50	3	1	43	1.31
30213982--30214030	25	2.0	25	91	0	80	53	24	2	20	1.56
30214186--30214251	33	2.0	33	82	8	82	51	7	6	34	1.55
30214198--30214263	33	2.0	33	82	5	80	51	6	9	33	1.58
30227367--30227443	29	2.6	29	72	13	77	33	3	2	59	1.29
30227506--30227560	25	2.2	25	84	9	69	32	1	3	61	1.24
30227625--30227693	29	2.4	29	78	9	79	26	8	20	44	1.80
30252372--30252450	22	3.5	23	77	13	76	20	25	20	34	1.96
30254834--30255012	48	3.9	45	78	13	179	29	23	19	27	1.98
30254838--30254970	42	3.0	42	76	6	131	31	24	16	27	1.96
30254843--30255012	90	1.9	89	84	7	227	29	22	19	28	1.98
30262746--30262830	27	3.1	27	82	0	107	28	24	14	32	1.94
30262980--30263049	27	2.6	27	88	0	113	28	25	14	31	1.95
30269719--30270167	252	1.8	244	91	4	738	34	19	8	37	1.82
30270558--30270703	63	2.2	63	80	10	159	23	26	16	33	1.96
30271206--30271266	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
30273056--30273086	10	3.1	10	95	0	53	22	29	41	6	1.78
30289082--30289142	27	2.3	27	80	5	70	31	13	22	32	1.92
30308677--30308733	27	2.1	27	86	0	78	22	17	21	38	1.93
30308882--30308947	33	2.0	34	84	3	89	24	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30310593--30310617	10	2.5	10	100	0	50	68	0	0	32	0.90
30312529--30312631	45	2.3	45	89	0	161	37	17	23	21	1.94
30312619--30312876	46	5.6	46	88	1	318	43	13	22	21	1.87
30313326--30313372	24	2.0	23	91	4	76	10	4	36	48	1.57
30314229--30314496	111	2.4	111	100	0	536	33	8	13	45	1.73
30320667--30320703	19	1.9	20	88	5	58	45	18	2	32	1.64
30324272--30324311	8	5.0	8	87	0	53	7	25	22	45	1.78
30325282--30325328	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
30325648--30325752	49	2.1	49	94	0	183	31	32	15	20	1.94
30331044--30331155	57	2.0	54	83	8	136	36	22	22	18	1.95
30331044--30331155	28	4.0	28	79	6	113	36	22	22	18	1.95
30331568--30331607	8	5.0	8	87	0	53	7	25	22	45	1.78
30332581--30332627	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
30339747--30339800	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
30341650--30341795	43	3.4	43	74	5	116	26	14	26	33	1.94
30344743--30344853	28	4.0	27	83	8	107	27	32	14	25	1.94
30344746--30344855	56	2.0	56	83	3	141	27	32	14	25	1.95
30351892--30352119	40	5.7	40	89	3	352	25	27	22	25	2.00
30379320--30379383	26	2.5	26	81	0	74	34	25	18	21	1.96
30382278--30382522	49	4.9	49	81	3	283	29	26	17	26	1.98
30382291--30382522	100	2.3	99	84	4	297	29	27	17	25	1.97
30383170--30383229	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30414723--30414783	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
30421717--30421840	45	2.8	45	80	2	142	27	19	14	38	1.90
30423581--30423620	19	1.9	19	85	14	53	70	5	0	25	1.08
30423603--30423646	22	2.0	21	91	4	70	77	2	4	15	1.04
30425098--30425219	35	3.5	35	88	2	183	34	24	13	27	1.93
30439284--30439408	43	2.9	43	86	3	155	29	32	17	20	1.96
30455228--30455310	43	1.9	43	95	0	148	27	32	18	21	1.96
30459375--30459407	15	2.1	16	88	5	50	27	9	3	60	1.42
30459946--30460036	45	2.0	45	91	2	148	46	7	13	32	1.71
30461179--30461222	21	2.1	21	95	0	79	36	20	9	34	1.84
30461242--30461336	46	2.1	46	95	0	172	36	5	17	40	1.73
30462415--30462476	29	2.1	29	93	0	106	35	17	12	33	1.88
30462415--30462489	29	2.6	29	89	0	96	34	20	12	33	1.89
30462998--30463133	57	2.4	58	83	12	165	32	22	15	29	1.95
30463038--30463151	58	2.0	57	86	5	158	34	21	14	29	1.93
30469040--30469150	33	3.4	33	79	6	109	33	10	21	34	1.88
30476396--30476501	33	3.2	32	79	1	113	33	12	23	31	1.91
30481087--30481120	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
30481164--30481195	15	2.2	15	94	5	57	40	0	0	59	0.97
30481828--30481881	25	2.1	26	86	10	76	31	3	1	62	1.23
30502814--30502921	49	2.2	49	100	0	216	33	15	18	32	1.93
30503509--30503551	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30507243--30507285	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
30514423--30514453	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
30516141--30516222	26	3.2	26	96	0	146	32	7	24	35	1.83
30524190--30524241	26	2.0	26	100	0	104	30	7	26	34	1.85
30525652--30525712	28	2.2	28	96	0	113	52	13	14	19	1.74
30527465--30527533	30	2.3	31	82	7	79	21	10	20	47	1.79
30530522--30530549	13	2.2	13	100	0	56	25	0	21	53	1.46
30532638--30532687	26	1.9	26	88	8	75	8	32	2	58	1.39
30538572--30538604	5	6.6	5	92	0	57	78	0	0	21	0.75
30545652--30545706	27	2.0	27	96	0	101	21	34	10	32	1.89
30552247--30552422	47	3.8	44	74	16	135	27	19	28	24	1.98
30553736--30553775	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
30560058--30560275	48	4.7	46	79	10	178	25	18	30	25	1.98
30561862--30561918	28	2.0	28	96	0	105	36	10	5	47	1.61
30569125--30569153	13	2.2	13	100	0	58	13	6	27	51	1.66
30569410--30569472	31	2.0	32	84	3	83	14	20	4	60	1.52
30569484--30569527	18	2.4	18	92	0	70	18	29	9	43	1.80
30570658--30570685	14	2.0	14	100	0	56	71	21	7	0	1.09
30572732--30572791	25	2.4	25	100	0	120	21	28	20	30	1.98
30572732--30572798	25	2.8	23	93	6	91	22	28	19	29	1.98
30572833--30572944	22	5.0	22	78	8	118	19	25	17	37	1.94
30572766--30572890	63	2.0	62	95	1	223	24	23	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30572829--30572944	47	2.5	47	91	4	184	20	24	17	37	1.93
30575455--30575480	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
30578619--30578752	64	2.1	64	94	0	241	37	11	3	47	1.57
30578632--30578766	64	2.1	64	89	4	202	40	9	3	46	1.54
30578800--30578870	24	3.0	24	93	0	124	28	19	8	43	1.80
30579044--30579099	15	3.8	15	76	4	69	42	1	0	55	1.10
30579211--30579497	9	32.4	9	79	6	273	47	13	2	37	1.55
30579211--30579497	44	6.3	44	82	8	315	47	13	2	37	1.55
30579209--30579488	97	2.9	97	86	3	341	47	13	2	37	1.55
30584669--30584697	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
30585111--30585186	21	3.6	21	75	12	66	31	18	47	2	1.62
30585433--30585499	31	2.2	31	83	0	80	17	7	17	56	1.63
30585574--30585688	43	2.7	43	90	0	176	27	27	20	23	1.99
30587106--30587151	17	2.8	17	93	3	76	52	0	0	47	1.00
30588704--30588742	19	2.1	19	85	0	51	51	5	2	41	1.38
30603151--30603362	40	5.3	40	85	3	241	24	19	27	29	1.98
30603464--30603502	19	2.1	19	95	0	69	23	15	28	33	1.95
30605649--30605771	22	5.3	22	63	18	70	33	9	30	26	1.89
30605646--30606034	47	8.3	47	94	0	670	33	8	30	27	1.86
30605837--30605912	22	3.3	22	66	16	64	32	10	31	25	1.89
30615178--30615364	95	2.0	96	88	1	277	27	23	22	26	2.00
30615178--30615361	48	3.9	48	83	0	226	27	23	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30622853--30622950	48	2.0	48	84	0	124	28	22	19	29	1.98
30623256--30623311	29	2.0	28	86	10	78	19	26	10	42	1.84
30627238--30627378	40	3.5	40	92	1	212	28	28	19	24	1.98
30629854--30629898	20	2.2	20	96	0	81	22	33	31	13	1.92
30635711--30635738	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
30654675--30654887	43	5.0	43	85	5	261	30	29	15	24	1.96
30654675--30654886	86	2.5	86	87	1	291	30	29	16	24	1.96
30660515--30660556	18	2.3	18	100	0	84	19	30	0	50	1.48
30660880--30660918	16	2.4	16	87	8	53	46	15	23	15	1.83
30661138--30661220	29	2.9	29	90	0	130	28	15	27	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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